MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus plantarum ZJ316

Total Repeats: 427

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020229	TATAA	2	10	3932	3941	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020229	AATTA	2	10	22754	22763	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020229	TATTC	2	10	29681	29690	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_020229	ATTTA	2	10	31254	31263	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020229	ACTTA	2	10	31739	31748	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_020229	ATATA	2	10	41780	41789	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020229	TAACC	2	10	44450	44459	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
8	NC_020229	TAATT	2	10	53904	53913	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020229	TAATT	2	10	70732	70741	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020229	AATTA	2	10	72506	72515	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020229	ATTAT	2	10	83178	83187	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020229	CGTAC	2	10	91949	91958	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_020229	TTTAA	2	10	107158	107167	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020229	TGTTA	2	10	130238	130247	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020229	TAATA	2	10	130259	130268	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020229	ACTCG	2	10	136211	136220	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_020229	TCAAA	2	10	140932	140941	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020229	CTGAC	2	10	158863	158872	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_020229	TTCAT	2	10	173462	173471	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_020229	ATTTT	2	10	177867	177876	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020229	ACTTT	2	10	192275	192284	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020229	GCTAT	2	10	192570	192579	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020229	AAACT	2	10	194651	194660	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020229	TTAAC	2	10	194676	194685	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020229	TAAAC	2	10	196904	196913	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020229	CCAAT	2	10	196933	196942	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_020229	TTTAA	2	10	202633	202642	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020229	AACTC	2	10	209330	209339	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_020229	TTTCT	2	10	214604	214613	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020229	CCAAA	2	10	227392	227401	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_020229	TTAAT	2	10	233289	233298	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020229	ATACC	2	10	236840	236849	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020229	CAAAA	2	10	241559	241568	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020229	TAAAT	2	10	243785	243794	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020229	ATATT	2	10	246995	247004	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020229	TATAA	2	10	247295	247304	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020229	ATCTT	2	10	263093	263102	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_020229	GTATA	2	10	275169	275178	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020229	AAACA	2	10	276301	276310	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020229	TTGAA	2	10	321134	321143	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020229	TATGA	2	10	332380	332389	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020229	CGACA	2	10	353614	353623	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_020229	TAAAT	2	10	363425	363434	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020229	GTTCA	2	10	373114	373123	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020229	TTGAC	2	10	387439	387448	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_020229	TTTAA	2	10	421115	421124	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020229	AATTG	2	10	421190	421199	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020229	ATATA	2	10	421246	421255	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020229	ATTAA	2	10	426769	426778	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020229	TCAAA	2	10	444195	444204	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_020229	TATAA	2	10	444331	444340	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020229	GTTTG	2	10	456420	456429	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020229	AAAAT	2	10	472112	472121	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020229	GTGAC	2	10	489157	489166	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_020229	AGGTT	2	10	495672	495681	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020229	TGCAA	2	10	507519	507528	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_020229	TTAAT	2	10	513774	513783	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020229	CTAGG	2	10	517205	517214	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_020229	TTAAT	2	10	521365	521374	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020229	AGGGA	2	10	522160	522169	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020229	TGATT	2	10	531678	531687	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020229	TTGGC	2	10	535512	535521	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020229	GATGT	2	10	542544	542553	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020229	TGGCG	2	10	543539	543548	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020229	ATTAA	2	10	544893	544902	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020229	TAAAC	2	10	549920	549929	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_020229	GATTA	2	10	560937	560946	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020229	CTCAT	2	10	567648	567657	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_020229	CAACA	2	10	567748	567757	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_020229	TACAA	2	10	570132	570141	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_020229	TAGAA	2	10	582231	582240	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020229	ATGCT	2	10	586192	586201	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_020229	ATTTA	2	10	594509	594518	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020229	GCTAT	2	10	602497	602506	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_020229	ATTGA	2	10	606796	606805	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020229	TTTCA	2	10	611391	611400	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020229	GTAAA	2	10	620045	620054	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020229	TCGGT	2	10	638844	638853	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_020229	TTAAA	2	10	655413	655422	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020229	GCAAG	2	10	657877	657886	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
81	NC_020229	AAAGG	2	10	658176	658185	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020229	AATAA	2	10	659319	659328	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020229	ACGGG	2	10	662153	662162	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
84	NC_020229	TGGAC	2	10	664466	664475	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_020229	GTGAG	2	10	678717	678726	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020229	TAAAT	2	10	680250	680259	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020229	AATTA	2	10	691830	691839	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020229	GTCAA	2	10	691950	691959	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_020229	TTGAC	2	10	697675	697684	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_020229	TCAAA	2	10	697707	697716	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_020229	GTCTG	2	10	732169	732178	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020229	TCGTG	2	10	732503	732512	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020229	GTTAA	2	10	733182	733191	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020229	CCAAA	2	10	733451	733460	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_020229	GGGAG	2	10	733713	733722	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020229	GAGAT	2	10	735976	735985	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020229	GTTTT	2	10	736785	736794	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020229	TTAAT	2	10	736974	736983	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020229	AAAGA	2	10	754351	754360	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020229	TATAA	2	10	755057	755066	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020229	ATATA	2	10	778474	778483	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020229	AACCA	2	10	781618	781627	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_020229	TAAGT	2	10	782039	782048	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020229	TAAAT	2	10	810696	810705	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020229	TAAAT	2	10	833277	833286	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020229	TATTT	2	10	843467	843476	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020229	TGTAA	2	10	878051	878060	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020229	AGCTT	2	10	878610	878619	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_020229	AGATT	2	10	878703	878712	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020229	CAAAA	2	10	887460	887469	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_020229	TATAA	2	10	889846	889855	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020229	TAAAA	2	10	892894	892903	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020229	TAGAA	2	10	897584	897593	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020229	TTTAT	2	10	912300	912309	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020229	AATAT	2	10	930318	930327	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020229	TAGAC	2	10	930395	930404	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_020229	GACGA	2	10	933364	933373	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_020229	ATGGT	2	10	935144	935153	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020229	TTAGT	2	10	936863	936872	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020229	TATAA	2	10	938878	938887	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020229	ATTTA	2	10	952030	952039	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020229	CTAAC	2	10	952215	952224	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
123	NC_020229	GTCTC	2	10	953112	953121	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_020229	AATTT	2	10	971622	971631	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020229	CTAAA	2	10	974785	974794	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_020229	AGTCC	2	10	977900	977909	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_020229	GTTTA	2	10	999133	999142	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020229	ATTTT	2	10	1009824	1009833	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020229	AGAAA	2	10	1011924	1011933	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020229	TTTGC	2	10	1017087	1017096	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_020229	CAGTT	2	10	1019618	1019627	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_020229	AATTA	2	10	1026230	1026239	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020229	AAATT	2	10	1028808	1028817	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020229	ATATG	2	10	1037191	1037200	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020229	CAAGC	2	10	1045438	1045447	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_020229	TAATT	2	10	1049816	1049825	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020229	AAAAG	2	10	1059108	1059117	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020229	TTAGT	2	10	1059451	1059460	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020229	TAAAA	2	10	1066740	1066749	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020229	GCGGA	2	10	1091162	1091171	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
141	NC_020229	TGACA	2	10	1091211	1091220	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_020229	AGAAA	2	10	1095605	1095614	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020229	AACTG	2	10	1103218	1103227	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_020229	CAGTT	2	10	1103238	1103247	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_020229	GCACG	2	10	1113390	1113399	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
146	NC_020229	ATTAA	2	10	1119349	1119358	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020229	AGTTA	2	10	1132615	1132624	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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149	NC_020229	TCTGC	2	10	1144996	1145005	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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274	NC_020229	ATTCA	2	10	2178826	2178835	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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283	NC_020229	TTAAA	2	10	2241070	2241079	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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424	NC_020229	CCAAG	2	10	3194358	3194367	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
425	NC_020229	TTTAG	2	10	3197465	3197474	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
426	NC_020229	CAATT	2	10	3200535	3200544	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
427	NC_020229	TGACC	2	10	3200800	3200809	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.