MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Lawsonia intracellularis N343 plasmid 3

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020130	GGCCAT	2	12	12481	12492	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	442556544
2	NC_020130	AAAAAG	2	12	24651	24662	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	442556554
3	NC_020130	AGGGAA	2	12	26382	26393	50 %	0 %	50 %	0 %	442556554
4	NC_020130	AAATGA	2	12	27367	27378	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020130	GAGGAA	2	12	30059	30070	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020130	AATCAA	2	12	31360	31371	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	442556556
7	NC_020130	TTTATT	2	12	36223	36234	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020130	TTCTGC	2	12	45114	45125	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	442556564
9	NC_020130	TTAAAA	2	12	46740	46751	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020130	ATAGTA	2	12	48444	48455	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	442556566
11	NC_020130	GTAAAC	2	12	49707	49718	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	442556566
12	NC_020130	CAAAAA	2	12	51772	51783	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_020130	CATAGT	2	12	52070	52081	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_020130	TGCTAT	2	12	52572	52583	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	442556567
15	NC_020130	TATAAG	2	12	55685	55696	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020130	ATTCCT	2	12	56288	56299	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	442556569
17	NC_020130	CTTGTT	2	12	57438	57449	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	442556569
18	NC_020130	AAAGAA	2	12	57952	57963	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020130	GAACCT	2	12	61690	61701	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	442556570
20	NC_020130	AAAGAC	2	12	63351	63362	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	442556571
21	NC_020130	TGAAGC	2	12	66338	66349	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	442556572
22	NC_020130	ATAAAA	2	12	67129	67140	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	442556572
23	NC_020130	TTTATA	2	12	69943	69954	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020130	TGAAGG	2	12	71727	71738	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	442556574
25	NC_020130	GTATAG	2	12	71942	71953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556574
26	NC_020130	ATTTTT	2	12	72036	72047	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	442556574
27	NC_020130	CCTCTT	2	12	75097	75108	0 %	50 %	0 %	50 %	442556575
28	NC_020130	TGAAGA	2	12	75722	75733	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	442556575
29	NC_020130	ATAGCA	2	12	75780	75791	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	442556575
30	NC_020130	ATCATT	2	12	77720	77731	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020130	AGAAAA	2	12	82362	82373	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	442556578
32	NC_020130	CCTCTT	3	18	82949	82966	0 %	50 %	0 %	50 %	442556578
33	NC_020130	CTTCAT	2	12	85586	85597	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	442556579
34	NC_020130	ATTATA	2	12	88848	88859	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020130	TGTCTT	2	12	92306	92317	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	442556582
36	NC_020130	TAAAAA	2	12	93469	93480	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	442556582
37	NC_020130	TAAAAA	2	12	93853	93864	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020130	TTTCAT	2	12	95232	95243	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	442556583
39	NC_020130	GAACTA	2	12	97686	97697	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	442556584
40	NC_020130	TGATAC	2	12	98621	98632	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_020130	CTTTTT	2	12	100399	100410	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	442556585
42	NC_020130	TAAAAT	2	12	101339	101350	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556585
43	NC_020130	ATTAAT	2	12	107583	107594	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020130	ACCACA	2	12	109482	109493	50 %	0 %	0 %	50 %	442556588
45	NC_020130	ATAATT	2	12	110286	110297	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020130	CTTCAT	2	12	111009	111020	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	442556589
47	NC_020130	ACCTGC	2	12	119480	119491	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	442556593
48	NC_020130	TACCAT	2	12	120733	120744	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556593
49	NC_020130	GTAATA	2	12	120793	120804	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	442556593
50	NC_020130	CTTTAT	2	12	121791	121802	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_020130	AATATA	2	12	122369	122380	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556594
52	NC_020130	CTTGGT	2	12	123942	123953	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	442556595
53	NC_020130	TTTGGT	2	12	125498	125509	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556598
54	NC_020130	AAATAC	2	12	128661	128672	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	442556601
55	NC_020130	TCTCAA	2	12	131173	131184	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556602
56	NC_020130	GTTATT	2	12	133276	133287	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020130	CTTCAA	2	12	133404	133415	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556605
58	NC_020130	TGATAT	2	12	134505	134516	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	442556606
59	NC_020130	TAAAAA	2	12	135737	135748	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	442556607
60	NC_020130	ATAGTT	2	12	140483	140494	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020130	AAGGTT	2	12	141196	141207	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556612
62	NC_020130	TGGGAT	2	12	141445	141456	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	442556612
63	NC_020130	ACTATT	2	12	146278	146289	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_020130	TATGTA	2	12	148496	148507	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	442556617
65	NC_020130	TATTCC	2	12	148824	148835	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	442556617
66	NC_020130	AGAAAA	2	12	149048	149059	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	442556617
67	NC_020130	GAAAAA	2	12	149278	149289	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	442556617
68	NC_020130	GAAAAA	2	12	151021	151032	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	442556617
69	NC_020130	AAAAAT	2	12	154072	154083	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	442556617
70	NC_020130	AAAAAG	2	12	154918	154929	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	442556617
71	NC_020130	GAAAAA	2	12	156036	156047	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	442556617
72	NC_020130	AAAAGA	2	12	157485	157496	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	442556617
73	NC_020130	AATCCA	2	12	157654	157665	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	442556617
74	NC_020130	TGAAGA	2	12	157728	157739	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	442556617
75	NC_020130	CTAGAA	2	12	159049	159060	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	442556617
76	NC_020130	GAACAA	2	12	159619	159630	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	442556617
77	NC_020130	AGATGA	2	12	160278	160289	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	442556617
78	NC_020130	GAAAAA	2	12	161809	161820	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	442556617
79	NC_020130	AAGAAA	2	12	162724	162735	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	442556617
80	NC_020130	AAGAAA	2	12	162767	162778	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	442556617
81	NC_020130	ACAAGC	2	12	162930	162941	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	442556617
82	NC_020130	CAAGAA	2	12	162994	163005	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	442556617
83	NC_020130	AAGAAA	2	12	163990	164001	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	442556617
84	NC_020130	AAGAAA	2	12	164033	164044	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	442556617
85	NC_020130	ACAAGC	2	12	164196	164207	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	442556617
86	NC_020130	CAAGAA	2	12	164260	164271	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	442556617
87	NC_020130	GAAGGA	2	12	165133	165144	50 %	0 %	50 %	0 %	442556617
88	NC_020130	AGAAAA	2	12	165981	165992	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	442556617
89	NC_020130	AAAAAG	2	12	167437	167448	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	442556617
90	NC_020130	ATAAAC	2	12	168104	168115	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	442556617
91	NC_020130	AGATGA	2	12	169827	169838	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	442556617
92	NC_020130	TAGTGA	2	12	170445	170456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556617
93	NC_020130	AGAAAA	2	12	170558	170569	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	442556617
94	NC_020130	GAGGAA	2	12	171526	171537	50 %	0 %	50 %	0 %	442556617
95	NC_020130	CAGAAG	2	12	172253	172264	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	442556617
96	NC_020130	AGTACT	2	12	172390	172401	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	442556617
97	NC_020130	CCTGAT	2	12	172960	172971	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	442556617
98	NC_020130	TATCAA	2	12	177358	177369	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	442556619
99	NC_020130	TATTTT	2	12	181755	181766	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	442556623
100	NC_020130	TGTTTG	2	12	182503	182514	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556624
101	NC_020130	ATATTT	2	12	182756	182767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556624
102	NC_020130	ATAGAT	2	12	182894	182905	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	442556624
103	NC_020130	TTTTTG	2	12	183237	183248	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	442556624
104	NC_020130	ATTAAG	2	12	185111	185122	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	442556625
105	NC_020130	AATCTA	2	12	191656	191667	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	442556629
106	NC_020130	TTTTCG	2	12	193367	193378	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	442556631

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.