MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Lawsonia intracellularis N343 plasmid 3

Total Repeats: 100

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020130	TTATT	2	10	769	778	20 %	80 %	0 %	0 %	442556536
2	NC_020130	TTTTA	2	10	6269	6278	20 %	80 %	0 %	0 %	442556540
3	NC_020130	TATAA	2	10	6280	6289	60 %	40 %	0 %	0 %	442556540
4	NC_020130	TAATT	2	10	7352	7361	40 %	60 %	0 %	0 %	442556541
5	NC_020130	TTATT	2	10	9510	9519	20 %	80 %	0 %	0 %	442556542
6	NC_020130	GTAAT	2	10	11620	11629	40 %	40 %	20 %	0 %	442556544
7	NC_020130	ATAGA	2	10	12433	12442	60 %	20 %	20 %	0 %	442556544
8	NC_020130	AATAT	2	10	12532	12541	60 %	40 %	0 %	0 %	442556544
9	NC_020130	CATAG	2	10	13310	13319	40 %	20 %	20 %	20 %	442556544
10	NC_020130	AAAAT	2	10	14054	14063	80 %	20 %	0 %	0 %	442556544
11	NC_020130	AGCCA	2	10	14420	14429	40 %	0 %	20 %	40 %	442556544
12	NC_020130	TGATA	2	10	17387	17396	40 %	40 %	20 %	0 %	442556547
13	NC_020130	GTTTA	2	10	18998	19007	20 %	60 %	20 %	0 %	442556549
14	NC_020130	AAAAG	2	10	23205	23214	80 %	0 %	20 %	0 %	442556554
15	NC_020130	TAAAA	2	10	25616	25625	80 %	20 %	0 %	0 %	442556554
16	NC_020130	ATGGA	2	10	34882	34891	40 %	20 %	40 %	0 %	442556559
17	NC_020130	ATTTA	2	10	35853	35862	40 %	60 %	0 %	0 %	442556559
18	NC_020130	CAAAG	2	10	38868	38877	60 %	0 %	20 %	20 %	442556560
19	NC_020130	AGTTT	2	10	48963	48972	20 %	60 %	20 %	0 %	442556566
20	NC_020130	TGTAA	2	10	54009	54018	40 %	40 %	20 %	0 %	442556568
21	NC_020130	CTTTT	2	10	56845	56854	0 %	80 %	0 %	20 %	442556569
22	NC_020130	ATGTA	2	10	63121	63130	40 %	40 %	20 %	0 %	442556571
23	NC_020130	ATGTA	2	10	65276	65285	40 %	40 %	20 %	0 %	442556572
24	NC_020130	TATAT	2	10	65675	65684	40 %	60 %	0 %	0 %	442556572
25	NC_020130	ATTCA	2	10	65705	65714	40 %	40 %	0 %	20 %	442556572
26	NC_020130	TCTGC	2	10	65824	65833	0 %	40 %	20 %	40 %	442556572
27	NC_020130	TATAT	2	10	67693	67702	40 %	60 %	0 %	0 %	442556573
28	NC_020130	TGGAA	2	10	68288	68297	40 %	20 %	40 %	0 %	442556573
29	NC_020130	ATTTT	2	10	72421	72430	20 %	80 %	0 %	0 %	442556574
30	NC_020130	ATATA	2	10	72758	72767	60 %	40 %	0 %	0 %	442556574
31	NC_020130	GCTTG	2	10	74160	74169	0 %	40 %	40 %	20 %	442556575
32	NC_020130	TGCTT	2	10	74801	74810	0 %	60 %	20 %	20 %	442556575
33	NC_020130	CTCTT	2	10	75557	75566	0 %	60 %	0 %	40 %	442556575
34	NC_020130	TTGTT	2	10	78251	78260	0 %	80 %	20 %	0 %	442556576
35	NC_020130	TGTCC	2	10	80526	80535	0 %	40 %	20 %	40 %	442556577
36	NC_020130	TCCAT	2	10	82050	82059	20 %	40 %	0 %	40 %	442556578
37	NC_020130	GTAGT	2	10	82643	82652	20 %	40 %	40 %	0 %	442556578
38	NC_020130	AACAA	2	10	83001	83010	80 %	0 %	0 %	20 %	442556578
39	NC_020130	ACAAA	2	10	83615	83624	80 %	0 %	0 %	20 %	442556578
40	NC_020130	AAAAG	2	10	83669	83678	80 %	0 %	20 %	0 %	442556578
41	NC_020130	TTTTA	2	10	84405	84414	20 %	80 %	0 %	0 %	442556579
42	NC_020130	AAATT	2	10	86164	86173	60 %	40 %	0 %	0 %	442556579
43	NC_020130	AATGA	2	10	88628	88637	60 %	20 %	20 %	0 %	442556580
44	NC_020130	AACAT	2	10	89180	89189	60 %	20 %	0 %	20 %	442556581
45	NC_020130	CTTTG	2	10	89754	89763	0 %	60 %	20 %	20 %	442556581
46	NC_020130	AACTA	2	10	90762	90771	60 %	20 %	0 %	20 %	442556581
47	NC_020130	GCTCT	2	10	95257	95266	0 %	40 %	20 %	40 %	442556583
48	NC_020130	TTCTG	2	10	99585	99594	0 %	60 %	20 %	20 %	442556585
49	NC_020130	AGCCT	2	10	100219	100228	20 %	20 %	20 %	40 %	442556585
50	NC_020130	TTCAT	2	10	100245	100254	20 %	60 %	0 %	20 %	442556585
51	NC_020130	ACTTC	2	10	100687	100696	20 %	40 %	0 %	40 %	442556585
52	NC_020130	CAAAA	2	10	101253	101262	80 %	0 %	0 %	20 %	442556585
53	NC_020130	ATCTT	2	10	106448	106457	20 %	60 %	0 %	20 %	442556587
54	NC_020130	ATACT	2	10	106460	106469	40 %	40 %	0 %	20 %	442556587
55	NC_020130	AAAAG	2	10	107329	107338	80 %	0 %	20 %	0 %	442556587
56	NC_020130	CTTTT	2	10	108806	108815	0 %	80 %	0 %	20 %	442556588
57	NC_020130	TAAAA	2	10	109799	109808	80 %	20 %	0 %	0 %	442556588
58	NC_020130	TTGTG	2	10	112895	112904	0 %	60 %	40 %	0 %	442556590
59	NC_020130	GTTTT	2	10	117628	117637	0 %	80 %	20 %	0 %	442556593
60	NC_020130	TTTAC	2	10	118122	118131	20 %	60 %	0 %	20 %	442556593
61	NC_020130	GTTGT	2	10	119992	120001	0 %	60 %	40 %	0 %	442556593
62	NC_020130	GAATG	2	10	122307	122316	40 %	20 %	40 %	0 %	442556594
63	NC_020130	ATGGA	2	10	122465	122474	40 %	20 %	40 %	0 %	442556594
64	NC_020130	AGCAT	2	10	124555	124564	40 %	20 %	20 %	20 %	442556596
65	NC_020130	AAAGA	2	10	137587	137596	80 %	0 %	20 %	0 %	442556608
66	NC_020130	GTTTG	2	10	142073	142082	0 %	60 %	40 %	0 %	442556613
67	NC_020130	ATCAA	2	10	143462	143471	60 %	20 %	0 %	20 %	442556614
68	NC_020130	ATATA	2	10	147313	147322	60 %	40 %	0 %	0 %	442556616
69	NC_020130	AAGAT	2	10	152887	152896	60 %	20 %	20 %	0 %	442556617
70	NC_020130	TATCA	2	10	152950	152959	40 %	40 %	0 %	20 %	442556617
71	NC_020130	TTAGA	2	10	155324	155333	40 %	40 %	20 %	0 %	442556617
72	NC_020130	AGAGA	2	10	159769	159778	60 %	0 %	40 %	0 %	442556617
73	NC_020130	AAGAT	2	10	159971	159980	60 %	20 %	20 %	0 %	442556617
74	NC_020130	ATTTT	2	10	161002	161011	20 %	80 %	0 %	0 %	442556617
75	NC_020130	GAAAA	2	10	162736	162745	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
76	NC_020130	AAAGA	2	10	162844	162853	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
77	NC_020130	AGAAA	2	10	163857	163866	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
78	NC_020130	GAAAA	2	10	164002	164011	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
79	NC_020130	AAAGA	2	10	164110	164119	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
80	NC_020130	GAAAA	2	10	165259	165268	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
81	NC_020130	AAAGA	2	10	165314	165323	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
82	NC_020130	AAGCA	2	10	165407	165416	60 %	0 %	20 %	20 %	442556617
83	NC_020130	GAAAA	2	10	167018	167027	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
84	NC_020130	GCTTA	2	10	167112	167121	20 %	40 %	20 %	20 %	442556617
85	NC_020130	ACAGA	2	10	169393	169402	60 %	0 %	20 %	20 %	442556617
86	NC_020130	AAGAG	2	10	169557	169566	60 %	0 %	40 %	0 %	442556617
87	NC_020130	AAAGA	2	10	169669	169678	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
88	NC_020130	AGAAA	2	10	171569	171578	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
89	NC_020130	AAAGT	2	10	174023	174032	60 %	20 %	20 %	0 %	442556617
90	NC_020130	TCACA	2	10	175236	175245	40 %	20 %	0 %	40 %	442556618
91	NC_020130	GATTT	2	10	175845	175854	20 %	60 %	20 %	0 %	442556618
92	NC_020130	AATAG	2	10	179694	179703	60 %	20 %	20 %	0 %	442556621
93	NC_020130	TTTTG	2	10	180465	180474	0 %	80 %	20 %	0 %	442556622
94	NC_020130	CATTT	2	10	183199	183208	20 %	60 %	0 %	20 %	442556624
95	NC_020130	AAAAG	2	10	183428	183437	80 %	0 %	20 %	0 %	442556624
96	NC_020130	ACAAA	2	10	184842	184851	80 %	0 %	0 %	20 %	442556625
97	NC_020130	CATGT	2	10	189437	189446	20 %	40 %	20 %	20 %	442556628
98	NC_020130	TTTCA	2	10	190358	190367	20 %	60 %	0 %	20 %	442556629
99	NC_020130	CTTTG	2	10	191668	191677	0 %	60 %	20 %	20 %	442556629
100	NC_020130	CTTAT	2	10	192417	192426	20 %	60 %	0 %	20 %	442556629

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.