MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Lawsonia intracellularis N343 plasmid 3

Total Repeats: 186

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020130	TAAC	2	8	26	33	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_020130	AGTA	2	8	511	518	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020130	TTAA	2	8	1857	1864	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020130	GTAA	2	8	1989	1996	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020130	CCAA	2	8	2470	2477	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_020130	ATCT	2	8	2595	2602	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_020130	TCTT	2	8	2651	2658	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_020130	AATA	2	8	3712	3719	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020130	GAAT	2	8	5706	5713	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020130	ATTT	2	8	6691	6698	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020130	ATTT	2	8	10278	10285	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020130	TTAA	2	8	10323	10330	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020130	TAGA	2	8	10427	10434	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020130	TATT	2	8	11235	11242	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020130	TGTA	2	8	18521	18528	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020130	ATTT	2	8	21741	21748	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020130	TAGT	2	8	23036	23043	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020130	TAGC	2	8	23046	23053	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_020130	ATAG	2	8	26492	26499	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020130	TAGA	2	8	26719	26726	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020130	GATG	2	8	27038	27045	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020130	CTTT	2	8	27656	27663	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_020130	AAAG	2	8	28559	28566	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020130	AATG	2	8	28596	28603	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020130	AGTT	2	8	29127	29134	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020130	ATCC	2	8	29447	29454	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_020130	AGAA	2	8	29561	29568	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020130	TTTA	2	8	29713	29720	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020130	AATA	2	8	31191	31198	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020130	AAAG	2	8	31951	31958	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020130	AGGT	2	8	34040	34047	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020130	TAGT	2	8	35918	35925	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020130	TCAA	2	8	36213	36220	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_020130	CTTT	2	8	37235	37242	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_020130	CATA	2	8	37485	37492	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_020130	TTAT	2	8	41143	41150	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020130	CATA	2	8	41736	41743	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_020130	CATA	2	8	41899	41906	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_020130	GATA	2	8	41954	41961	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020130	ACTT	2	8	42584	42591	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_020130	AGAA	2	8	42659	42666	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020130	AAGT	2	8	43082	43089	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020130	TAAG	2	8	43142	43149	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020130	GATT	2	8	44270	44277	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020130	TAAT	2	8	46434	46441	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020130	TACA	2	8	46577	46584	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_020130	TTGT	2	8	51794	51801	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020130	GATT	2	8	51979	51986	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020130	TGTA	2	8	51988	51995	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020130	TGGT	2	8	52096	52103	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020130	CTAT	2	8	53388	53395	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_020130	TAAA	2	8	55635	55642	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020130	TAAA	2	8	57802	57809	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020130	GATG	2	8	57969	57976	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020130	ATAA	2	8	58029	58036	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020130	ATAG	2	8	58119	58126	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020130	ATGA	2	8	58425	58432	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020130	ATAA	2	8	58588	58595	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020130	TTAT	2	8	59082	59089	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020130	AATA	2	8	59185	59192	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020130	TATT	2	8	59627	59634	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020130	TCAC	2	8	59877	59884	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_020130	CTTT	2	8	60252	60259	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_020130	CTAA	2	8	60269	60276	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_020130	TAAA	2	8	62852	62859	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020130	ATAA	2	8	63006	63013	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020130	CTAA	2	8	69499	69506	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_020130	GTAT	2	8	69914	69921	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020130	AGAT	2	8	70153	70160	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020130	ATTT	2	8	70266	70273	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020130	ACCA	2	8	73023	73030	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_020130	ATAG	2	8	76018	76025	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020130	ATTA	2	8	76219	76226	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020130	CTAT	2	8	76443	76450	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_020130	TTTA	2	8	76794	76801	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020130	AAAG	2	8	77118	77125	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020130	TTCT	2	8	77142	77149	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_020130	TTAT	2	8	77321	77328	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020130	ACAT	2	8	77352	77359	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_020130	ATAA	2	8	77500	77507	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020130	TATT	2	8	80747	80754	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020130	GAAT	2	8	80836	80843	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020130	TATT	2	8	80895	80902	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020130	TAAA	2	8	80931	80938	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020130	TATT	2	8	81041	81048	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020130	TAAA	3	12	81050	81061	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020130	AATT	2	8	81099	81106	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020130	CTAA	2	8	81616	81623	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_020130	TTAC	2	8	83771	83778	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_020130	TAAT	2	8	83784	83791	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020130	TTTA	2	8	83972	83979	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020130	AATA	2	8	84272	84279	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020130	TACT	2	8	84295	84302	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_020130	ATTA	2	8	86403	86410	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020130	TTTA	2	8	86503	86510	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020130	GTTT	2	8	88985	88992	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020130	TACT	2	8	89050	89057	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_020130	TACT	2	8	91396	91403	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_020130	TAAT	2	8	93546	93553	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020130	TATT	2	8	93655	93662	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020130	TAGT	2	8	95903	95910	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020130	CATA	2	8	95925	95932	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_020130	TAAT	2	8	98317	98324	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020130	ATAA	2	8	98398	98405	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020130	ATTA	3	12	98407	98418	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020130	AATA	2	8	99278	99285	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020130	TTAT	2	8	99439	99446	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020130	TACA	2	8	101808	101815	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_020130	TAAT	2	8	101864	101871	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020130	ATTA	2	8	101930	101937	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020130	ACTA	2	8	101981	101988	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_020130	TATT	2	8	102019	102026	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020130	TAAA	2	8	105266	105273	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020130	AAAC	3	12	105355	105366	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_020130	ATAA	2	8	105483	105490	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020130	AAAG	2	8	107490	107497	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020130	TATT	2	8	107539	107546	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020130	CTAT	2	8	107903	107910	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_020130	AGAT	2	8	107932	107939	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020130	GTAT	2	8	107986	107993	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020130	TTTA	2	8	110145	110152	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020130	TAAT	2	8	110498	110505	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020130	ATTT	2	8	110660	110667	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020130	ATGT	2	8	111508	111515	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020130	AAGG	2	8	111539	111546	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020130	ATAA	2	8	111549	111556	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020130	AAAT	2	8	111895	111902	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020130	CTAT	2	8	112107	112114	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_020130	CAAT	2	8	112137	112144	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_020130	ATTT	2	8	112218	112225	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020130	ATTT	2	8	112437	112444	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020130	TTCT	2	8	112478	112485	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_020130	AGTT	2	8	112569	112576	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020130	AAAG	2	8	114468	114475	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020130	TATC	2	8	117250	117257	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_020130	TTTA	2	8	121086	121093	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020130	GATA	2	8	121174	121181	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020130	TCTA	2	8	121310	121317	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_020130	TTAT	2	8	121626	121633	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020130	GAAA	2	8	121966	121973	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020130	TAAG	2	8	126907	126914	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020130	ATGG	2	8	127886	127893	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020130	TTGA	2	8	129063	129070	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020130	CAAT	2	8	129184	129191	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020130	CAAA	2	8	129610	129617	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_020130	AGAA	2	8	130228	130235	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020130	ATTT	2	8	130373	130380	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020130	TTAT	2	8	130485	130492	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020130	ATTT	2	8	133148	133155	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020130	GTTA	2	8	136191	136198	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020130	AGTA	2	8	136235	136242	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020130	TTAA	2	8	138120	138127	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_020130	TTTA	2	8	138488	138495	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020130	ATAA	2	8	138587	138594	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_020130	ATGG	2	8	140514	140521	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
156	NC_020130	TAAA	2	8	143296	143303	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_020130	ATTA	2	8	143318	143325	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_020130	ATGG	2	8	145657	145664	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
159	NC_020130	AGGA	2	8	145713	145720	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
160	NC_020130	AGGG	2	8	145821	145828	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
161	NC_020130	AATA	2	8	145901	145908	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_020130	ATAA	2	8	148105	148112	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_020130	TATT	2	8	148185	148192	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_020130	TATT	2	8	148264	148271	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_020130	TAAA	2	8	174665	174672	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_020130	TATT	2	8	174783	174790	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_020130	GTAT	2	8	174791	174798	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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170	NC_020130	AGAT	2	8	176642	176649	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
171	NC_020130	TAAT	2	8	178322	178329	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_020130	TGAT	2	8	178469	178476	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
173	NC_020130	ATGT	2	8	183715	183722	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
174	NC_020130	ATAA	2	8	183726	183733	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_020130	TTTA	2	8	183847	183854	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_020130	GGAA	2	8	183930	183937	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
177	NC_020130	TTTA	2	8	185834	185841	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_020130	TAAT	2	8	189910	189917	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_020130	TCTA	2	8	190241	190248	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
184	NC_020130	TAAT	2	8	193665	193672	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_020130	ATTA	2	8	193694	193701	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_020130	TAAC	2	8	194545	194552	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.