MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Lawsonia intracellularis N343 plasmid 2

Total Repeats: 56

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020129	GTTAT	2	10	936	945	20 %	60 %	20 %	0 %	442556510
2	NC_020129	TTTAT	2	10	974	983	20 %	80 %	0 %	0 %	442556510
3	NC_020129	ACAAA	2	10	1099	1108	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_020129	TAAAA	2	10	2570	2579	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020129	AAAAG	2	10	3437	3446	80 %	0 %	20 %	0 %	442556512
6	NC_020129	TTTGC	2	10	5825	5834	0 %	60 %	20 %	20 %	442556513
7	NC_020129	TAAGG	2	10	6685	6694	40 %	20 %	40 %	0 %	442556513
8	NC_020129	ATTAT	2	10	7901	7910	40 %	60 %	0 %	0 %	442556513
9	NC_020129	TATTG	2	10	8154	8163	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020129	TGTAT	2	10	9056	9065	20 %	60 %	20 %	0 %	442556514
11	NC_020129	CTATG	2	10	9207	9216	20 %	40 %	20 %	20 %	442556514
12	NC_020129	AAGTA	2	10	9418	9427	60 %	20 %	20 %	0 %	442556514
13	NC_020129	CAATT	2	10	10250	10259	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_020129	CTTTT	2	10	10623	10632	0 %	80 %	0 %	20 %	442556515
15	NC_020129	AAAGT	2	10	11860	11869	60 %	20 %	20 %	0 %	442556515
16	NC_020129	GGCTT	2	10	11922	11931	0 %	40 %	40 %	20 %	442556515
17	NC_020129	TGTCC	2	10	13647	13656	0 %	40 %	20 %	40 %	442556516
18	NC_020129	ATGGA	2	10	13803	13812	40 %	20 %	40 %	0 %	442556516
19	NC_020129	AGTAT	2	10	14243	14252	40 %	40 %	20 %	0 %	442556516
20	NC_020129	TTGCA	2	10	15643	15652	20 %	40 %	20 %	20 %	442556518
21	NC_020129	TTTTA	2	10	15715	15724	20 %	80 %	0 %	0 %	442556518
22	NC_020129	TAATT	2	10	16139	16148	40 %	60 %	0 %	0 %	442556518
23	NC_020129	TTTTA	2	10	16657	16666	20 %	80 %	0 %	0 %	442556519
24	NC_020129	TACAT	2	10	19342	19351	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020129	ATAAA	2	10	19384	19393	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020129	AAAAT	2	10	20018	20027	80 %	20 %	0 %	0 %	442556522
27	NC_020129	TGATA	2	10	20073	20082	40 %	40 %	20 %	0 %	442556522
28	NC_020129	AGAAA	2	10	20529	20538	80 %	0 %	20 %	0 %	442556522
29	NC_020129	GTTAT	2	10	20664	20673	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020129	GTCTT	2	10	21488	21497	0 %	60 %	20 %	20 %	442556523
31	NC_020129	ATGAA	2	10	22049	22058	60 %	20 %	20 %	0 %	442556524
32	NC_020129	TACAT	2	10	22125	22134	40 %	40 %	0 %	20 %	442556524
33	NC_020129	TACAC	2	10	22372	22381	40 %	20 %	0 %	40 %	442556524
34	NC_020129	AAATG	2	10	23001	23010	60 %	20 %	20 %	0 %	442556525
35	NC_020129	AGAAA	2	10	24923	24932	80 %	0 %	20 %	0 %	442556527
36	NC_020129	TGTAA	2	10	25283	25292	40 %	40 %	20 %	0 %	442556527
37	NC_020129	ATTAA	2	10	27371	27380	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020129	ATTAA	2	10	27399	27408	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020129	ATTAT	2	10	27428	27437	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020129	AAATA	2	10	27694	27703	80 %	20 %	0 %	0 %	442556529
41	NC_020129	ATAAA	2	10	27821	27830	80 %	20 %	0 %	0 %	442556529
42	NC_020129	AATTA	2	10	29276	29285	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020129	ATCAA	2	10	29574	29583	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_020129	TATAA	2	10	29686	29695	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020129	TTCCC	2	10	29941	29950	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
46	NC_020129	TATAT	2	10	30898	30907	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020129	AATAG	2	10	31755	31764	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020129	AACAA	2	10	32868	32877	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_020129	TAATA	2	10	33325	33334	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020129	AGCTA	2	10	33470	33479	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_020129	TAAAT	2	10	33511	33520	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020129	TATTT	2	10	36742	36751	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020129	GGATA	2	10	36871	36880	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020129	ATTTT	2	10	37771	37780	20 %	80 %	0 %	0 %	442556532
55	NC_020129	ATATA	2	10	38531	38540	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020129	AACTT	2	10	38867	38876	40 %	40 %	0 %	20 %	442556533

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.