MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Lawsonia intracellularis N343 plasmid 1

Total Repeats: 94

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020128	TTTA	2	8	258	265	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020128	ATTA	2	8	457	464	50 %	50 %	0 %	0 %	442556481
3	NC_020128	TTAG	2	8	902	909	25 %	50 %	25 %	0 %	442556481
4	NC_020128	CTTC	2	8	1373	1380	0 %	50 %	0 %	50 %	442556481
5	NC_020128	ATAA	2	8	2184	2191	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020128	ATCA	2	8	2302	2309	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_020128	GAAA	2	8	2456	2463	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020128	CTTT	2	8	2526	2533	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_020128	GTAA	2	8	2562	2569	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020128	AGCA	2	8	2767	2774	50 %	0 %	25 %	25 %	442556483
11	NC_020128	TAAA	2	8	3301	3308	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020128	GGTA	2	8	3331	3338	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020128	AAAT	2	8	3396	3403	75 %	25 %	0 %	0 %	442556484
14	NC_020128	AGAT	2	8	3875	3882	50 %	25 %	25 %	0 %	442556484
15	NC_020128	GTAA	2	8	4045	4052	50 %	25 %	25 %	0 %	442556484
16	NC_020128	AGAA	2	8	4374	4381	75 %	0 %	25 %	0 %	442556484
17	NC_020128	TCTT	2	8	4399	4406	0 %	75 %	0 %	25 %	442556484
18	NC_020128	GAAG	2	8	4592	4599	50 %	0 %	50 %	0 %	442556484
19	NC_020128	TCTG	2	8	4768	4775	0 %	50 %	25 %	25 %	442556484
20	NC_020128	TATT	2	8	5086	5093	25 %	75 %	0 %	0 %	442556484
21	NC_020128	AAAT	2	8	5173	5180	75 %	25 %	0 %	0 %	442556484
22	NC_020128	TAAA	2	8	5440	5447	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020128	CTAA	2	8	5513	5520	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020128	AATA	2	8	5565	5572	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020128	AAAG	2	8	5726	5733	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020128	AAAG	2	8	6095	6102	75 %	0 %	25 %	0 %	442556485
27	NC_020128	ATAA	2	8	6255	6262	75 %	25 %	0 %	0 %	442556485
28	NC_020128	GAAG	2	8	6569	6576	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020128	TATG	2	8	7114	7121	25 %	50 %	25 %	0 %	442556486
30	NC_020128	TGGT	2	8	8743	8750	0 %	50 %	50 %	0 %	442556488
31	NC_020128	ACAA	2	8	8860	8867	75 %	0 %	0 %	25 %	442556488
32	NC_020128	TCTA	2	8	8875	8882	25 %	50 %	0 %	25 %	442556488
33	NC_020128	AGAA	2	8	9484	9491	75 %	0 %	25 %	0 %	442556488
34	NC_020128	ATAG	2	8	9937	9944	50 %	25 %	25 %	0 %	442556489
35	NC_020128	TTTA	2	8	10682	10689	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020128	TAAA	2	8	10874	10881	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020128	TAAA	2	8	11013	11020	75 %	25 %	0 %	0 %	442556490
38	NC_020128	TGTA	2	8	11646	11653	25 %	50 %	25 %	0 %	442556491
39	NC_020128	CTAT	2	8	12016	12023	25 %	50 %	0 %	25 %	442556491
40	NC_020128	AAAG	2	8	12486	12493	75 %	0 %	25 %	0 %	442556492
41	NC_020128	TAAC	2	8	12935	12942	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_020128	ATTA	2	8	12963	12970	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020128	ATAA	2	8	13027	13034	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020128	TAAA	2	8	13070	13077	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020128	TTAG	2	8	13125	13132	25 %	50 %	25 %	0 %	442556493
46	NC_020128	AATA	2	8	13450	13457	75 %	25 %	0 %	0 %	442556493
47	NC_020128	TATT	2	8	13606	13613	25 %	75 %	0 %	0 %	442556493
48	NC_020128	TGTA	2	8	13689	13696	25 %	50 %	25 %	0 %	442556493
49	NC_020128	TGAT	2	8	13785	13792	25 %	50 %	25 %	0 %	442556493
50	NC_020128	AACT	2	8	13965	13972	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_020128	TTTA	2	8	14440	14447	25 %	75 %	0 %	0 %	442556494
52	NC_020128	GAAA	2	8	14516	14523	75 %	0 %	25 %	0 %	442556494
53	NC_020128	TTTA	2	8	14950	14957	25 %	75 %	0 %	0 %	442556494
54	NC_020128	ATAG	2	8	15242	15249	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020128	CTAT	2	8	15284	15291	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_020128	AGAA	2	8	15435	15442	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020128	TAAT	2	8	15844	15851	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020128	TATC	2	8	16297	16304	25 %	50 %	0 %	25 %	442556495
59	NC_020128	AAGG	2	8	17023	17030	50 %	0 %	50 %	0 %	442556495
60	NC_020128	ATCC	2	8	17978	17985	25 %	25 %	0 %	50 %	442556497
61	NC_020128	AACA	2	8	18208	18215	75 %	0 %	0 %	25 %	442556497
62	NC_020128	TATT	2	8	18304	18311	25 %	75 %	0 %	0 %	442556497
63	NC_020128	ATAA	2	8	18698	18705	75 %	25 %	0 %	0 %	442556498
64	NC_020128	GGGA	2	8	18738	18745	25 %	0 %	75 %	0 %	442556498
65	NC_020128	TTAA	2	8	18860	18867	50 %	50 %	0 %	0 %	442556498
66	NC_020128	CTGT	2	8	19796	19803	0 %	50 %	25 %	25 %	442556500
67	NC_020128	CTAT	2	8	20045	20052	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_020128	TTCT	2	8	20467	20474	0 %	75 %	0 %	25 %	442556501
69	NC_020128	AAAT	2	8	20544	20551	75 %	25 %	0 %	0 %	442556501
70	NC_020128	AAAT	2	8	20589	20596	75 %	25 %	0 %	0 %	442556501
71	NC_020128	TGAA	2	8	21271	21278	50 %	25 %	25 %	0 %	442556502
72	NC_020128	AAAG	2	8	21404	21411	75 %	0 %	25 %	0 %	442556502
73	NC_020128	TAAT	2	8	21992	21999	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020128	AATA	2	8	22744	22751	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020128	ATCA	2	8	23442	23449	50 %	25 %	0 %	25 %	442556505
76	NC_020128	AGTT	2	8	23610	23617	25 %	50 %	25 %	0 %	442556505
77	NC_020128	GTAA	2	8	23632	23639	50 %	25 %	25 %	0 %	442556505
78	NC_020128	TTTC	2	8	23739	23746	0 %	75 %	0 %	25 %	442556505
79	NC_020128	CATT	2	8	24188	24195	25 %	50 %	0 %	25 %	442556505
80	NC_020128	TTTA	2	8	24872	24879	25 %	75 %	0 %	0 %	442556506
81	NC_020128	ATTT	2	8	25248	25255	25 %	75 %	0 %	0 %	442556506
82	NC_020128	GGCT	2	8	25390	25397	0 %	25 %	50 %	25 %	442556506
83	NC_020128	TACT	2	8	25496	25503	25 %	50 %	0 %	25 %	442556506
84	NC_020128	GTAT	2	8	25556	25563	25 %	50 %	25 %	0 %	442556506
85	NC_020128	GGTA	2	8	26036	26043	25 %	25 %	50 %	0 %	442556507
86	NC_020128	ATTG	2	8	26358	26365	25 %	50 %	25 %	0 %	442556507
87	NC_020128	CAAT	2	8	26389	26396	50 %	25 %	0 %	25 %	442556507
88	NC_020128	TAAA	2	8	26503	26510	75 %	25 %	0 %	0 %	442556507
89	NC_020128	TAGA	2	8	26563	26570	50 %	25 %	25 %	0 %	442556507
90	NC_020128	AAGT	2	8	26751	26758	50 %	25 %	25 %	0 %	442556507
91	NC_020128	TAAA	2	8	26786	26793	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020128	TAAA	3	12	26831	26842	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020128	TAAA	2	8	26880	26887	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020128	TAAA	2	8	26921	26928	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.