MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Lawsonia intracellularis N343 plasmid 1

Total Repeats: 338

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020128	AAT	2	6	386	391	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556481
2	NC_020128	TAC	2	6	511	516	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556481
3	NC_020128	ATG	2	6	537	542	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556481
4	NC_020128	AAT	2	6	592	597	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556481
5	NC_020128	TTA	2	6	832	837	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556481
6	NC_020128	CCT	2	6	851	856	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	442556481
7	NC_020128	TGA	2	6	862	867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556481
8	NC_020128	CAC	2	6	891	896	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	442556481
9	NC_020128	GTG	2	6	996	1001	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	442556481
10	NC_020128	GAA	2	6	1097	1102	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556481
11	NC_020128	TTA	2	6	1128	1133	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556481
12	NC_020128	TCG	2	6	1204	1209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	442556481
13	NC_020128	ATT	2	6	1288	1293	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556481
14	NC_020128	TTC	2	6	1300	1305	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556481
15	NC_020128	AGA	2	6	1350	1355	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556481
16	NC_020128	TAT	2	6	1696	1701	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556482
17	NC_020128	AGA	2	6	2615	2620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556483
18	NC_020128	TAT	2	6	2642	2647	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556483
19	NC_020128	TGT	2	6	2656	2661	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556483
20	NC_020128	GAA	2	6	2685	2690	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556483
21	NC_020128	TCT	2	6	2917	2922	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556483
22	NC_020128	GTT	2	6	3450	3455	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556484
23	NC_020128	AGA	2	6	3521	3526	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556484
24	NC_020128	TTC	2	6	3531	3536	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556484
25	NC_020128	AGC	2	6	3564	3569	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556484
26	NC_020128	CAA	2	6	3967	3972	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556484
27	NC_020128	ATA	2	6	4059	4064	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
28	NC_020128	AAT	2	6	4111	4116	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
29	NC_020128	TAC	2	6	4167	4172	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556484
30	NC_020128	ATA	2	6	4204	4209	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
31	NC_020128	ATA	2	6	4239	4244	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
32	NC_020128	AAT	2	6	4320	4325	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
33	NC_020128	GAA	2	6	4348	4353	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556484
34	NC_020128	GCA	2	6	4366	4371	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556484
35	NC_020128	TAA	2	6	4418	4423	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
36	NC_020128	TAA	2	6	4533	4538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
37	NC_020128	AGT	2	6	4546	4551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556484
38	NC_020128	GTG	2	6	4574	4579	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	442556484
39	NC_020128	TTG	2	6	4637	4642	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556484
40	NC_020128	CAG	2	6	4697	4702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556484
41	NC_020128	AAT	2	6	4759	4764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
42	NC_020128	TTA	2	6	4799	4804	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556484
43	NC_020128	CAA	2	6	4820	4825	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556484
44	NC_020128	CAT	2	6	4832	4837	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556484
45	NC_020128	TAA	2	6	4866	4871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
46	NC_020128	TTG	2	6	4959	4964	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556484
47	NC_020128	ATA	2	6	5003	5008	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
48	NC_020128	ATA	2	6	5053	5058	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
49	NC_020128	ATT	2	6	5109	5114	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556484
50	NC_020128	AGT	2	6	5115	5120	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556484
51	NC_020128	TGT	2	6	5128	5133	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556484
52	NC_020128	ATT	2	6	5151	5156	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556484
53	NC_020128	TAA	2	6	5164	5169	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
54	NC_020128	AGA	2	6	5282	5287	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556484
55	NC_020128	ATG	2	6	5297	5302	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556484
56	NC_020128	ATT	2	6	5881	5886	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556485
57	NC_020128	TAA	2	6	5920	5925	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556485
58	NC_020128	ATT	2	6	5980	5985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556485
59	NC_020128	AAT	2	6	6129	6134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556485
60	NC_020128	AAT	2	6	6343	6348	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556485
61	NC_020128	AAT	2	6	6402	6407	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556485
62	NC_020128	CTT	2	6	6432	6437	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556485
63	NC_020128	TAA	2	6	6855	6860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556486
64	NC_020128	CTA	2	6	6928	6933	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556486
65	NC_020128	TAA	2	6	6940	6945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556486
66	NC_020128	TAA	2	6	6974	6979	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556486
67	NC_020128	GTT	2	6	7017	7022	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556486
68	NC_020128	AGG	2	6	7040	7045	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	442556486
69	NC_020128	CCT	2	6	7059	7064	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	442556486
70	NC_020128	TAA	2	6	7085	7090	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556486
71	NC_020128	TCT	2	6	7149	7154	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556486
72	NC_020128	AGG	2	6	7165	7170	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	442556486
73	NC_020128	GTT	2	6	7184	7189	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556486
74	NC_020128	ATT	2	6	7278	7283	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556486
75	NC_020128	TCT	2	6	7436	7441	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556487
76	NC_020128	AGA	2	6	7454	7459	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556487
77	NC_020128	GAA	2	6	7590	7595	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556487
78	NC_020128	CAT	2	6	7603	7608	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556487
79	NC_020128	ATT	2	6	7615	7620	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556487
80	NC_020128	TGC	2	6	7732	7737	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	442556487
81	NC_020128	ACC	2	6	7858	7863	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	442556487
82	NC_020128	TGC	2	6	7936	7941	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	442556487
83	NC_020128	AGA	2	6	7988	7993	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556487
84	NC_020128	GAA	2	6	8015	8020	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556487
85	NC_020128	TTA	2	6	8213	8218	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556487
86	NC_020128	AAC	2	6	8230	8235	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556487
87	NC_020128	CAC	2	6	8238	8243	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	442556487
88	NC_020128	TAA	2	6	8313	8318	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556487
89	NC_020128	ATA	2	6	8321	8326	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556487
90	NC_020128	ATA	2	6	8360	8365	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556488
91	NC_020128	AGC	2	6	8458	8463	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556488
92	NC_020128	TGT	2	6	8487	8492	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556488
93	NC_020128	ATC	2	6	8498	8503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556488
94	NC_020128	TAA	2	6	8674	8679	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556488
95	NC_020128	CTT	2	6	8712	8717	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556488
96	NC_020128	ATG	2	6	8756	8761	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556488
97	NC_020128	CAT	2	6	8940	8945	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556488
98	NC_020128	TTG	2	6	9031	9036	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556488
99	NC_020128	TAT	2	6	9192	9197	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556488
100	NC_020128	TAA	2	6	9210	9215	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556488
101	NC_020128	GAT	2	6	9231	9236	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556488
102	NC_020128	TCA	2	6	9281	9286	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556488
103	NC_020128	TTA	2	6	9291	9296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556488
104	NC_020128	ACC	2	6	9610	9615	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	442556488
105	NC_020128	TTA	2	6	9678	9683	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556489
106	NC_020128	TCC	2	6	9798	9803	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	442556489
107	NC_020128	TAA	2	6	9843	9848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556489
108	NC_020128	GTT	2	6	9866	9871	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556489
109	NC_020128	TAA	2	6	9925	9930	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556489
110	NC_020128	CAG	2	6	10032	10037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556489
111	NC_020128	TAT	2	6	10171	10176	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556489
112	NC_020128	TCA	2	6	10272	10277	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556489
113	NC_020128	CAA	2	6	10325	10330	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556489
114	NC_020128	ATC	2	6	10396	10401	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556489
115	NC_020128	ATA	2	6	10415	10420	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556489
116	NC_020128	CTC	2	6	10458	10463	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	442556489
117	NC_020128	GAA	2	6	10482	10487	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556489
118	NC_020128	TTA	2	6	10527	10532	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556489
119	NC_020128	AAT	2	6	10648	10653	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556489
120	NC_020128	TAA	2	6	11025	11030	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556490
121	NC_020128	ATG	2	6	11050	11055	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556490
122	NC_020128	TAA	2	6	11115	11120	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556490
123	NC_020128	CAT	2	6	11232	11237	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556490
124	NC_020128	AAT	2	6	11299	11304	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556490
125	NC_020128	CAA	2	6	11320	11325	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556490
126	NC_020128	AAT	2	6	11353	11358	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556490
127	NC_020128	ATC	2	6	11377	11382	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556490
128	NC_020128	ATG	2	6	11472	11477	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556491
129	NC_020128	AGG	2	6	11532	11537	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	442556491
130	NC_020128	AAT	2	6	11608	11613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556491
131	NC_020128	TAA	2	6	11696	11701	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556491
132	NC_020128	AGA	2	6	11734	11739	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556491
133	NC_020128	ATG	2	6	11781	11786	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556491
134	NC_020128	TCA	2	6	11839	11844	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556491
135	NC_020128	TAA	2	6	11846	11851	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556491
136	NC_020128	CAT	2	6	11963	11968	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556491
137	NC_020128	TGA	2	6	12000	12005	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556491
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139	NC_020128	GTA	2	6	12222	12227	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556492
140	NC_020128	TGA	2	6	12255	12260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556492
141	NC_020128	ATT	2	6	12299	12304	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556492
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144	NC_020128	ATC	2	6	12545	12550	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556492
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146	NC_020128	TAT	2	6	12901	12906	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556492
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151	NC_020128	TCC	2	6	13401	13406	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	442556493
152	NC_020128	GTT	2	6	13467	13472	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556493
153	NC_020128	AGT	2	6	13489	13494	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556493
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156	NC_020128	TTA	2	6	13600	13605	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556493
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158	NC_020128	ATT	2	6	13995	14000	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556494
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160	NC_020128	TAA	2	6	14211	14216	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556494
161	NC_020128	AAT	2	6	14226	14231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556494
162	NC_020128	AAT	2	6	14301	14306	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556494
163	NC_020128	TAA	2	6	14320	14325	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556494
164	NC_020128	CAA	2	6	14334	14339	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556494
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166	NC_020128	AAT	2	6	14412	14417	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556494
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174	NC_020128	TCT	2	6	14715	14720	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556494
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240	NC_020128	CAC	2	6	19850	19855	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	442556500
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250	NC_020128	TCT	2	6	20354	20359	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556501
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253	NC_020128	CCA	2	6	20558	20563	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	442556501
254	NC_020128	CCT	2	6	20564	20569	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	442556501
255	NC_020128	AAT	2	6	20632	20637	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556501
256	NC_020128	AGC	2	6	20677	20682	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556501
257	NC_020128	TTC	2	6	20692	20697	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556501
258	NC_020128	TAT	2	6	20760	20765	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556501
259	NC_020128	ATA	2	6	20815	20820	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556501
260	NC_020128	CAT	2	6	20911	20916	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556501
261	NC_020128	TCT	2	6	20924	20929	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556501
262	NC_020128	ACT	2	6	20995	21000	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556501
263	NC_020128	ACC	2	6	21023	21028	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	442556501
264	NC_020128	CCA	2	6	21083	21088	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	442556501
265	NC_020128	ACC	2	6	21202	21207	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	442556502
266	NC_020128	ACT	2	6	21221	21226	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556502
267	NC_020128	ATA	2	6	21242	21247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556502
268	NC_020128	GTA	2	6	21290	21295	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556502
269	NC_020128	ATG	2	6	21415	21420	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556502
270	NC_020128	ATT	2	6	21574	21579	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556502
271	NC_020128	ATC	2	6	21610	21615	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556502
272	NC_020128	ATA	2	6	21647	21652	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556502
273	NC_020128	CAT	2	6	21783	21788	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556502
274	NC_020128	TCT	2	6	21851	21856	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556502
275	NC_020128	TAA	2	6	22053	22058	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556503
276	NC_020128	TCT	2	6	22063	22068	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556503
277	NC_020128	TTC	2	6	22073	22078	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556503
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280	NC_020128	TAA	2	6	22182	22187	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556503
281	NC_020128	ATA	2	6	22291	22296	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556503
282	NC_020128	ATC	2	6	22317	22322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556503
283	NC_020128	TAA	2	6	22338	22343	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556503
284	NC_020128	ATT	2	6	22356	22361	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556503
285	NC_020128	TCA	2	6	22427	22432	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556504
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287	NC_020128	TAT	2	6	22473	22478	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556504
288	NC_020128	CAG	2	6	22515	22520	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556504
289	NC_020128	TAA	2	6	22539	22544	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556504
290	NC_020128	ATA	2	6	22634	22639	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556504
291	NC_020128	TTC	2	6	23148	23153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556505
292	NC_020128	TGT	2	6	23181	23186	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556505
293	NC_020128	ATA	2	6	23206	23211	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556505
294	NC_020128	CAA	2	6	23219	23224	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556505
295	NC_020128	TAA	2	6	23241	23246	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556505
296	NC_020128	TAA	2	6	23255	23260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556505
297	NC_020128	ATA	2	6	23466	23471	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556505
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300	NC_020128	CCT	2	6	23599	23604	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	442556505
301	NC_020128	TAA	2	6	23703	23708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556505
302	NC_020128	ATG	2	6	23769	23774	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556505
303	NC_020128	TCT	2	6	23815	23820	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556505
304	NC_020128	ATA	2	6	23878	23883	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556505
305	NC_020128	CTT	2	6	24014	24019	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556505
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307	NC_020128	TCT	2	6	24160	24165	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556505
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322	NC_020128	CTA	2	6	25148	25153	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556506
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338	NC_020128	ATT	2	6	26710	26715	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556507

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.