MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lawsonia intracellularis N343

Total Repeats: 122

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020127	ATATAC	2	12	3359	3370	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_020127	CTCTAC	2	12	7263	7274	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_020127	TATTTT	2	12	8030	8041	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020127	ATATTA	2	12	9176	9187	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020127	TAGTAA	2	12	19159	19170	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020127	ACATAA	2	12	19186	19197	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_020127	AATAAC	2	12	32956	32967	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_020127	GTATAG	2	12	36389	36400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020127	TAGCTT	2	12	44201	44212	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_020127	GTAATA	2	12	45055	45066	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020127	TTTTTA	2	12	61476	61487	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020127	TAGTTA	2	12	64307	64318	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020127	TAACTA	2	12	74724	74735	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_020127	ATAATT	2	12	81324	81335	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020127	ATTCTT	2	12	96495	96506	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_020127	TAGTAA	2	12	103341	103352	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020127	ACCGTT	2	12	110017	110028	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_020127	TTTTAA	2	12	110184	110195	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020127	ATTTTT	2	12	110371	110382	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020127	GTATTC	2	12	116500	116511	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_020127	CTATGA	2	12	119371	119382	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_020127	TATTAC	2	12	123985	123996	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_020127	ATCTTA	2	12	137213	137224	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_020127	AGTAAA	2	12	138404	138415	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020127	AAAGAA	2	12	145748	145759	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020127	TATACT	2	12	155506	155517	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_020127	CTTTTT	2	12	167972	167983	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_020127	TTTAAC	2	12	175628	175639	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_020127	AAAATA	2	12	206550	206561	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020127	TAAATT	2	12	211435	211446	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020127	AGTTAT	2	12	211543	211554	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020127	TCCAAG	2	12	225236	225247	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_020127	TTAAAT	2	12	254484	254495	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020127	TAAAAT	2	12	263894	263905	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020127	GAAAAA	2	12	267099	267110	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020127	TAAAAA	2	12	299038	299049	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020127	AATACA	2	12	307829	307840	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_020127	TATAAT	2	12	314357	314368	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020127	CAATAT	2	12	328822	328833	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_020127	TTATAT	2	12	332562	332573	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020127	TCTAAT	2	12	360769	360780	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_020127	ATTTAA	2	12	360791	360802	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020127	TTTATA	2	12	372076	372087	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020127	ATTATA	2	12	411248	411259	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020127	CATATT	2	12	427424	427435	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_020127	ATGATA	2	12	434761	434772	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020127	AATAAA	2	12	481734	481745	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020127	AAAATA	2	12	521902	521913	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020127	ATATAA	2	12	533278	533289	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020127	ACTAAA	2	12	534870	534881	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_020127	TACTAT	2	12	539695	539706	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_020127	AAAAAT	2	12	541803	541814	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020127	AAAAAG	2	12	580825	580836	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020127	TAAAAA	2	12	596167	596178	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020127	AAAAAT	2	12	605859	605870	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020127	TACCTT	2	12	612357	612368	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_020127	GACCCT	2	12	616645	616656	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
58	NC_020127	TTAGCA	2	12	634840	634851	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_020127	TATCTA	2	12	651310	651321	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_020127	ATTATA	2	12	656768	656779	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020127	GTTCCA	2	12	676215	676226	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_020127	ACTATA	2	12	691577	691588	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_020127	CTCCTG	2	12	694740	694751	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
64	NC_020127	GTTATG	2	12	704372	704383	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020127	ATATTA	2	12	742030	742041	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020127	TATTTT	2	12	744633	744644	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020127	GTTAAT	2	12	749271	749282	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020127	ATTTTA	2	12	757977	757988	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020127	TTTAAT	2	12	786333	786344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020127	AAGATA	2	12	786633	786644	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020127	TAAAAA	2	12	789294	789305	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020127	AAAAAT	2	12	801751	801762	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020127	TACAAT	2	12	815643	815654	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_020127	GATACA	2	12	821031	821042	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_020127	ATAAAA	2	12	827825	827836	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020127	TATCAG	2	12	835275	835286	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_020127	GTTACT	2	12	875304	875315	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_020127	TGCCTT	2	12	882415	882426	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_020127	TATAAA	2	12	901320	901331	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020127	AAGAAA	2	12	906514	906525	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020127	AATGTT	2	12	922674	922685	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020127	TTACTC	2	12	933997	934008	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_020127	TTATAA	2	12	940825	940836	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020127	ACTATT	2	12	940965	940976	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_020127	ATTTAT	2	12	1009054	1009065	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020127	TACACA	2	12	1011800	1011811	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_020127	AATAGT	2	12	1025924	1025935	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020127	AGGTGG	2	12	1043634	1043645	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020127	ATAGTA	2	12	1045007	1045018	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020127	ATTTCT	2	12	1048102	1048113	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_020127	GTTATT	2	12	1057558	1057569	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020127	TTAATA	2	12	1058282	1058293	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020127	TAAAAA	2	12	1077292	1077303	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020127	ATTTTA	2	12	1083503	1083514	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020127	ATAGTG	2	12	1090300	1090311	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020127	GAATAG	2	12	1095004	1095015	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020127	AATTTT	2	12	1104028	1104039	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020127	TAAATA	2	12	1110135	1110146	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020127	TCTTAT	2	12	1110534	1110545	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_020127	ACTAAA	2	12	1114711	1114722	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_020127	TATAAT	2	12	1118795	1118806	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020127	TTTTTA	2	12	1143088	1143099	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020127	TTAACT	2	12	1162176	1162187	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_020127	ATAGTT	2	12	1184480	1184491	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020127	AGTAAT	2	12	1195616	1195627	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020127	TTTTTA	2	12	1212034	1212045	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020127	GGAACA	2	12	1243738	1243749	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_020127	TATTAA	2	12	1243959	1243970	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020127	GTTATA	2	12	1251063	1251074	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020127	GAAAGG	2	12	1275683	1275694	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020127	TTTTTA	2	12	1286162	1286173	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020127	CTATAA	2	12	1286201	1286212	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_020127	ATAATT	2	12	1309599	1309610	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020127	ATTTTT	2	12	1324607	1324618	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020127	GTTATA	2	12	1375959	1375970	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020127	ACTGGA	2	12	1404170	1404181	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_020127	ATAGTA	2	12	1417899	1417910	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020127	AAAATA	2	12	1422222	1422233	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020127	AAAATT	2	12	1422379	1422390	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020127	CATTAT	3	18	1434425	1434442	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_020127	TATCCT	2	12	1434570	1434581	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_020127	AATGTT	2	12	1454917	1454928	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.