MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lawsonia intracellularis N343

Total Repeats: 336

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020127	TATAG	2	10	54	63	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020127	TTAGT	2	10	5248	5257	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020127	TAAAT	2	10	5347	5356	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020127	TATCT	2	10	13613	13622	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020127	TAGCT	2	10	13961	13970	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_020127	ATAAA	2	10	20909	20918	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020127	CAGTT	2	10	24458	24467	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_020127	GGTAG	2	10	26272	26281	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020127	ATTAT	2	10	30043	30052	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020127	TAAAA	2	10	30069	30078	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020127	TAAAT	2	10	34596	34605	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020127	ATATT	2	10	45242	45251	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020127	TAAAA	2	10	55892	55901	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020127	TTACT	2	10	56293	56302	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020127	ATAGT	2	10	59527	59536	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020127	AGAAA	2	10	60863	60872	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020127	ATTAT	2	10	61532	61541	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020127	TTAAG	2	10	64857	64866	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020127	CTAAT	2	10	64935	64944	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_020127	CAATT	2	10	74640	74649	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020127	ATATA	2	10	74831	74840	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020127	GTTAT	2	10	74849	74858	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020127	TATGA	2	10	77620	77629	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020127	ATCTT	2	10	81098	81107	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020127	ATCTA	2	10	81428	81437	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020127	TAATT	2	10	81441	81450	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020127	TTATT	2	10	83088	83097	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020127	TTATT	2	10	83245	83254	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020127	ACTTT	2	10	84230	84239	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020127	ATACT	2	10	85748	85757	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_020127	CTAAA	2	10	85779	85788	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020127	TAAGA	2	10	86352	86361	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020127	ATATA	2	10	91501	91510	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020127	AGAAT	2	10	92096	92105	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020127	ATATT	2	10	96527	96536	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020127	TTTAT	2	10	97166	97175	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020127	TATAG	2	10	98110	98119	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020127	CATAA	2	10	101532	101541	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_020127	AAATA	2	10	108392	108401	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020127	TGATA	2	10	109156	109165	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020127	TTTAA	2	10	112098	112107	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020127	TAAAT	2	10	112574	112583	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020127	CCTTT	2	10	114392	114401	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_020127	TATAA	2	10	124267	124276	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020127	TTAAA	2	10	137016	137025	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020127	TTATA	2	10	145769	145778	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020127	ACCAT	2	10	145855	145864	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_020127	AGGTA	2	10	153712	153721	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020127	TTATA	2	10	153836	153845	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020127	ATATT	2	10	164914	164923	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020127	TTTTA	2	10	167828	167837	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020127	CAGAA	2	10	168492	168501	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_020127	TATCT	2	10	170854	170863	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020127	ATTAT	2	10	173657	173666	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020127	GTTAT	2	10	175905	175914	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020127	CTCGA	2	10	177591	177600	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_020127	ACACA	2	10	200535	200544	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_020127	ATGTT	2	10	211152	211161	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020127	AATAA	2	10	218245	218254	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020127	CATAG	2	10	228135	228144	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_020127	CTTTT	2	10	232770	232779	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_020127	TAAAG	2	10	246537	246546	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020127	TATTT	2	10	246747	246756	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020127	ATTAT	2	10	249505	249514	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020127	TATAA	2	10	250315	250324	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020127	GAATA	2	10	256582	256591	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020127	ATTTT	2	10	259005	259014	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020127	TTATA	2	10	264146	264155	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020127	CTTTT	2	10	279376	279385	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020127	AATAA	2	10	283472	283481	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020127	GATAA	2	10	285616	285625	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020127	TAGTA	2	10	332819	332828	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020127	TTCTC	2	10	350078	350087	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_020127	ACCTA	2	10	355132	355141	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_020127	TAAAA	2	10	355147	355156	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020127	TTATT	2	10	360678	360687	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020127	TATTT	2	10	360721	360730	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020127	TAATA	2	10	362422	362431	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020127	TATAA	2	10	365767	365776	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020127	ATATC	2	10	365962	365971	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_020127	ATGTA	2	10	368987	368996	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020127	TAATA	2	10	369035	369044	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020127	TCATA	2	10	369155	369164	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_020127	ATAAA	2	10	371069	371078	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020127	ATCAG	2	10	371980	371989	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_020127	AATGT	2	10	387260	387269	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020127	GATAA	2	10	387410	387419	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020127	ATATT	2	10	391972	391981	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020127	GTTTA	2	10	400919	400928	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020127	TATAA	2	10	401024	401033	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020127	TCTTT	2	10	407870	407879	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020127	TATAA	2	10	407950	407959	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020127	AAATA	2	10	408996	409005	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020127	CAATA	2	10	411121	411130	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020127	TTTTA	2	10	411211	411220	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020127	ATAAG	2	10	420402	420411	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020127	TTAAT	2	10	429779	429788	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020127	TTTTA	2	10	431301	431310	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020127	AAATT	2	10	462271	462280	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020127	TTTAA	2	10	466027	466036	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020127	CTAAA	2	10	466801	466810	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020127	AGTAT	2	10	480108	480117	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020127	ATAAA	2	10	485744	485753	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020127	AGTAT	2	10	521165	521174	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020127	TTATA	2	10	521262	521271	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020127	TTTAT	2	10	521700	521709	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020127	GATAA	2	10	526822	526831	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020127	TGGTT	2	10	540097	540106	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020127	TATAA	2	10	540246	540255	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020127	CTAAT	2	10	562194	562203	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_020127	ATAAA	2	10	565440	565449	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020127	TACAA	2	10	565463	565472	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_020127	CAGCC	2	10	565768	565777	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
114	NC_020127	ATTAT	2	10	572857	572866	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020127	ATAAA	2	10	578331	578340	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020127	TAAAA	2	10	578642	578651	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020127	TTACT	2	10	579340	579349	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_020127	AATTA	2	10	579864	579873	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020127	ATATT	2	10	580574	580583	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020127	TATAT	2	10	581143	581152	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020127	CTTAA	2	10	585267	585276	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_020127	TTTTA	2	10	585288	585297	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020127	ATATT	2	10	587086	587095	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020127	CTTAT	2	10	594648	594657	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_020127	GGAAT	2	10	622275	622284	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020127	AGATA	2	10	624073	624082	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020127	TAAAA	2	10	624105	624114	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020127	ATTTA	2	10	624386	624395	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020127	TTATA	2	10	628896	628905	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020127	CATTA	2	10	630651	630660	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_020127	AAAAT	2	10	638603	638612	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020127	ATAAA	2	10	639762	639771	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020127	TAAAA	2	10	657023	657032	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020127	AATAA	2	10	665666	665675	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020127	TGCTT	2	10	672683	672692	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_020127	CCTTA	2	10	673197	673206	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_020127	TTCTC	2	10	674246	674255	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_020127	TTTCC	2	10	674365	674374	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_020127	TATTG	2	10	689697	689706	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020127	AGTTT	2	10	696902	696911	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020127	TATAA	3	15	701684	701698	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020127	GATTG	2	10	701829	701838	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020127	ATATG	2	10	701862	701871	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020127	TTCTT	2	10	702910	702919	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_020127	TAAAT	2	10	714847	714856	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020127	ATAAA	2	10	727127	727136	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020127	ATTAT	2	10	727890	727899	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020127	ATAAG	2	10	739516	739525	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020127	CATTG	2	10	741762	741771	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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291	NC_020127	TTATT	2	10	1306872	1306881	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_020127	TGTTA	2	10	1309509	1309518	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
293	NC_020127	TATAT	2	10	1311872	1311881	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_020127	ATTTT	2	10	1312140	1312149	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_020127	GTTAC	2	10	1321679	1321688	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
296	NC_020127	ATTAG	2	10	1324006	1324015	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
297	NC_020127	ATGGG	2	10	1324410	1324419	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
298	NC_020127	TATAT	2	10	1324508	1324517	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NC_020127	ATAGT	2	10	1336895	1336904	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
300	NC_020127	TTATA	2	10	1338089	1338098	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
301	NC_020127	AAATA	2	10	1340365	1340374	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_020127	TAAAT	2	10	1367991	1368000	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
303	NC_020127	TTTTA	2	10	1370111	1370120	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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306	NC_020127	AACTG	2	10	1380151	1380160	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
307	NC_020127	GTATA	2	10	1380187	1380196	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
308	NC_020127	TTTTA	2	10	1382444	1382453	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NC_020127	CTAGT	2	10	1382656	1382665	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
310	NC_020127	TCCGC	2	10	1382820	1382829	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
311	NC_020127	TTAAG	2	10	1388411	1388420	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
312	NC_020127	TTTTA	2	10	1394568	1394577	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
313	NC_020127	GTAAT	2	10	1394660	1394669	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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319	NC_020127	ATAGT	2	10	1414857	1414866	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
320	NC_020127	ATTTT	2	10	1414915	1414924	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
321	NC_020127	TAAAA	2	10	1415257	1415266	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
322	NC_020127	ATTAG	2	10	1416355	1416364	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
323	NC_020127	ATATT	2	10	1417621	1417630	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
324	NC_020127	CCTTA	2	10	1417879	1417888	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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327	NC_020127	TATTT	2	10	1418686	1418695	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
328	NC_020127	TAGTT	2	10	1418703	1418712	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
329	NC_020127	ACTAT	2	10	1420827	1420836	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
330	NC_020127	TATAA	2	10	1422211	1422220	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
331	NC_020127	AATTA	2	10	1434533	1434542	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
332	NC_020127	GTTAG	2	10	1434550	1434559	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
333	NC_020127	TTATT	2	10	1438163	1438172	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
334	NC_020127	AATAT	2	10	1450072	1450081	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
335	NC_020127	ATTAT	2	10	1453313	1453322	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
336	NC_020127	TAAGC	2	10	1455035	1455044	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.