MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Riemerella anatipestifer RA-CH-2

Total Repeats: 122

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020125	TCGCTT	2	12	12536	12547	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_020125	CTACTC	2	12	15467	15478	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_020125	AAATTG	2	12	31427	31438	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020125	TATTTT	2	12	42546	42557	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020125	TTTTAA	2	12	46725	46736	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020125	AAAACA	2	12	53506	53517	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_020125	TTGTGC	2	12	130883	130894	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_020125	CAAAAA	2	12	162512	162523	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_020125	CCCCAA	2	12	163225	163236	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_020125	ATTTTT	2	12	163238	163249	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020125	TCAAAT	2	12	190205	190216	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_020125	AACCAA	2	12	201867	201878	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_020125	AATTTT	2	12	218888	218899	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020125	TATTTT	2	12	221725	221736	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020125	CATTAA	2	12	223843	223854	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_020125	TATAAA	2	12	238736	238747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020125	TTAATT	2	12	240602	240613	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020125	AATTAA	2	12	249921	249932	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020125	ATTTTT	2	12	252634	252645	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020125	AATAAA	2	12	305045	305056	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020125	ATAATT	2	12	313381	313392	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020125	AAAGAA	2	12	336064	336075	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020125	TTAAAT	2	12	347026	347037	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020125	AAAAAT	2	12	348755	348766	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020125	ATTTTA	2	12	411855	411866	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020125	TAAAAA	2	12	422008	422019	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020125	CCTACA	2	12	424303	424314	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_020125	ATTTTT	2	12	435923	435934	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020125	AATTCA	2	12	490082	490093	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_020125	TTAAAA	2	12	500440	500451	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020125	TAAAAT	2	12	536909	536920	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020125	AAGCGA	2	12	573531	573542	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_020125	AGTTAT	2	12	576212	576223	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020125	TTTTAT	2	12	582785	582796	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020125	TCAAAT	2	12	595348	595359	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_020125	TAAAAA	2	12	663034	663045	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020125	TATTTC	2	12	695202	695213	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_020125	AAGATA	2	12	736529	736540	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020125	CTTTAA	2	12	751576	751587	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_020125	TGAAAA	2	12	819447	819458	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020125	AAGCGA	2	12	839966	839977	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_020125	ATTTTT	2	12	849973	849984	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020125	GTTGCG	2	12	928093	928104	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_020125	TTTAAT	2	12	940058	940069	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020125	ATTTAT	2	12	962683	962694	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020125	AAATAA	2	12	964722	964733	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020125	TAATTT	2	12	972500	972511	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020125	AAGATA	2	12	990088	990099	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020125	TTTATT	2	12	1054024	1054035	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020125	ATTTTT	2	12	1077294	1077305	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020125	TAAAAA	2	12	1090809	1090820	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020125	TTATTT	2	12	1098133	1098144	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020125	TTAAAT	2	12	1122249	1122260	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020125	CTTTTT	2	12	1169530	1169541	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_020125	AGTACA	2	12	1201651	1201662	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_020125	TTTTAT	2	12	1219585	1219596	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020125	AATAAA	2	12	1235124	1235135	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020125	TAAAAA	2	12	1256863	1256874	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020125	ATAAAA	2	12	1268865	1268876	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020125	ATTTTT	2	12	1269043	1269054	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020125	AAAAGA	2	12	1269106	1269117	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020125	ACTAAA	2	12	1270013	1270024	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_020125	AAATAA	2	12	1272933	1272944	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020125	TTTAAA	2	12	1272958	1272969	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020125	TAAAAA	2	12	1282610	1282621	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020125	AAATTA	2	12	1358624	1358635	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020125	ATAAAA	2	12	1387024	1387035	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020125	ATTTAC	2	12	1424428	1424439	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_020125	AAAAAC	2	12	1427377	1427388	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_020125	TAATTG	2	12	1447785	1447796	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020125	ATGTAA	2	12	1447824	1447835	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020125	TAAAAA	2	12	1520568	1520579	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020125	TTTTTA	2	12	1528395	1528406	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020125	TGCTCC	2	12	1534294	1534305	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
75	NC_020125	AATGTA	2	12	1551268	1551279	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020125	TTTTAT	2	12	1557095	1557106	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020125	TAAAAA	2	12	1589622	1589633	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020125	TTTTAA	2	12	1591019	1591030	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020125	TAAATC	2	12	1602539	1602550	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_020125	TTAGAA	2	12	1611223	1611234	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020125	AAAAGA	2	12	1623150	1623161	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020125	TAAGGA	2	12	1628612	1628623	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020125	TAAAAA	2	12	1638032	1638043	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020125	TATTTA	2	12	1656863	1656874	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020125	ATTTTT	2	12	1662211	1662222	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020125	ACTCTA	2	12	1662378	1662389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_020125	CCTGTC	2	12	1685508	1685519	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
88	NC_020125	GATAAT	2	12	1687594	1687605	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020125	TATTTT	2	12	1744703	1744714	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020125	ACTAAA	2	12	1755051	1755062	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_020125	ACTTTA	2	12	1769477	1769488	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_020125	TTTCTA	2	12	1778579	1778590	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_020125	AAATAA	2	12	1788880	1788891	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020125	ATTTGA	2	12	1796602	1796613	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020125	TCTTTA	2	12	1817296	1817307	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_020125	TTTTCA	2	12	1825432	1825443	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_020125	CAACTC	2	12	1826062	1826073	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_020125	CATTTC	2	12	1826439	1826450	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_020125	AATTTT	2	12	1831695	1831706	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020125	TCTTTA	2	12	1831927	1831938	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_020125	TCTTTA	2	12	1834017	1834028	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_020125	TTGTCG	2	12	1835988	1835999	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_020125	TTTTCA	2	12	1865346	1865357	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_020125	CAACTC	2	12	1865976	1865987	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_020125	ATTTTA	2	12	1877140	1877151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020125	TTATTT	2	12	1912499	1912510	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020125	AAAGAT	2	12	1927618	1927629	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020125	AGAATA	2	12	1927679	1927690	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020125	ATATTT	2	12	1964531	1964542	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020125	AATGAA	2	12	1971617	1971628	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020125	TTAAAA	2	12	1977202	1977213	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020125	CTTTAC	2	12	2006995	2007006	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_020125	AAATAA	2	12	2011072	2011083	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020125	TAAGGG	2	12	2017627	2017638	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020125	ATTTTT	2	12	2060705	2060716	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020125	AATTTT	2	12	2060896	2060907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020125	GTAAAA	2	12	2064294	2064305	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020125	TTAAAA	2	12	2083717	2083728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020125	AATTTT	2	12	2086569	2086580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020125	CTGTGG	2	12	2095543	2095554	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_020125	ATACAA	2	12	2109848	2109859	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_020125	TCTTTT	2	12	2148889	2148900	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.