MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rhizobium tropici CIAT 899 plasmid pRtrCIAT899b

Total Repeats: 180

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020061	GCTCCG	2	12	2857	2868	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440222459
2	NC_020061	GAAGCG	2	12	5348	5359	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	440222464
3	NC_020061	CTGTCG	2	12	7022	7033	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	440222467
4	NC_020061	GACGCG	2	12	13671	13682	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	440222475
5	NC_020061	CGAAAA	2	12	14019	14030	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	440222476
6	NC_020061	CTTCGT	2	12	18353	18364	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	440222479
7	NC_020061	CAAGGC	2	12	18476	18487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	440222479
8	NC_020061	CCTGTC	2	12	23351	23362	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	440222484
9	NC_020061	GCAAGG	2	12	25481	25492	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	440222486
10	NC_020061	GAAGCC	2	12	35228	35239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	440222491
11	NC_020061	TCGGCA	2	12	47689	47700	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222503
12	NC_020061	GGAATG	2	12	52818	52829	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	440222506
13	NC_020061	ATCTCG	2	12	55753	55764	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222508
14	NC_020061	TGAAGA	2	12	60310	60321	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	440222511
15	NC_020061	GCCTCG	2	12	62660	62671	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440222516
16	NC_020061	GGCAGC	2	12	66514	66525	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	440222520
17	NC_020061	GGCGTC	2	12	69855	69866	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	440222525
18	NC_020061	AGGAAC	2	12	70141	70152	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	440222525
19	NC_020061	CGAATG	2	12	70645	70656	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_020061	AACGCA	2	12	75710	75721	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	440222530
21	NC_020061	CGCCAC	2	12	76358	76369	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	440222531
22	NC_020061	GCCGGC	2	12	76725	76736	0 %	0 %	50 %	50 %	440222531
23	NC_020061	GCTGGG	2	12	79263	79274	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	440222534
24	NC_020061	GATCGC	2	12	83158	83169	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222538
25	NC_020061	CGGCCT	2	12	83236	83247	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440222538
26	NC_020061	CGGCTA	2	12	86662	86673	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222540
27	NC_020061	AGGCGA	2	12	89243	89254	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_020061	GCCGCA	2	12	96050	96061	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	440222550
29	NC_020061	AAGGCG	2	12	101144	101155	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	440222557
30	NC_020061	CGATGG	2	12	103086	103097	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020061	TGAATC	2	12	103342	103353	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_020061	CCGAAA	2	12	109437	109448	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	440222563
33	NC_020061	CCGAGG	2	12	111017	111028	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	440222564
34	NC_020061	TGTCCA	2	12	111891	111902	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_020061	CGGACG	2	12	115815	115826	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	440222568
36	NC_020061	GGTGCT	2	12	117815	117826	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	440222569
37	NC_020061	TGGTGC	2	12	118427	118438	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	440222570
38	NC_020061	CCGTCG	2	12	120016	120027	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440222572
39	NC_020061	AGCGGG	2	12	122170	122181	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_020061	GCGGGA	2	12	126830	126841	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	440222576
41	NC_020061	CTGTGG	2	12	127142	127153	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	440222576
42	NC_020061	CTGCCT	2	12	128059	128070	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	440222578
43	NC_020061	CCCGCG	2	12	128829	128840	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	440222578
44	NC_020061	ATTGGC	2	12	129743	129754	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	440222578
45	NC_020061	GATGAA	2	12	133646	133657	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020061	TCAGCA	3	18	134929	134946	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_020061	AGCAGG	2	12	135994	136005	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_020061	GCGAAA	2	12	136157	136168	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_020061	GCTGAC	2	12	146530	146541	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222592
50	NC_020061	GCCTCG	2	12	149950	149961	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440222594
51	NC_020061	AACGCA	2	12	150899	150910	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_020061	GCAAGC	2	12	151432	151443	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	440222595
53	NC_020061	CGGACC	2	12	152003	152014	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	440222596
54	NC_020061	AATATA	2	12	153170	153181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020061	ATGCCG	2	12	158099	158110	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222601
56	NC_020061	CCTCGA	2	12	162045	162056	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	440222604
57	NC_020061	TCTTGC	2	12	163037	163048	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	440222605
58	NC_020061	CGAGGG	2	12	165030	165041	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_020061	CAGCGC	2	12	167608	167619	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	440222610
60	NC_020061	TTGATC	2	12	167986	167997	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	440222611
61	NC_020061	CATAGG	2	12	179831	179842	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	440222620
62	NC_020061	TTCATG	2	12	180598	180609	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	440222620
63	NC_020061	GCTAAG	2	12	184304	184315	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	440222622
64	NC_020061	CGCAAA	2	12	186270	186281	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_020061	TAGGTG	2	12	187090	187101	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	440222627
66	NC_020061	GAGTTT	2	12	189994	190005	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	440222631
67	NC_020061	ACGTCG	2	12	190279	190290	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222631
68	NC_020061	GCCATC	2	12	191740	191751	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
69	NC_020061	GTGGTT	2	12	194507	194518	0 %	50 %	50 %	0 %	440222635
70	NC_020061	ATAGCG	2	12	200301	200312	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	440222640
71	NC_020061	GAGCGC	2	12	200959	200970	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_020061	TGCCGA	2	12	210582	210593	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222648
73	NC_020061	GTAGCC	2	12	213045	213056	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222650
74	NC_020061	TGGCGT	2	12	214843	214854	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_020061	GCCTCG	2	12	217455	217466	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440222655
76	NC_020061	TTGCCT	2	12	219125	219136	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	440222657
77	NC_020061	GATGGT	2	12	221294	221305	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	440222658
78	NC_020061	GCGTTC	2	12	223133	223144	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	440222660
79	NC_020061	CGCCGG	2	12	226272	226283	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
80	NC_020061	GCCACC	2	12	228246	228257	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	440222665
81	NC_020061	GGGCCG	2	12	228391	228402	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	440222665
82	NC_020061	TTTTTC	2	12	229520	229531	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_020061	CCGAGG	2	12	233454	233465	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	440222670
84	NC_020061	CCCTTT	2	12	243869	243880	0 %	50 %	0 %	50 %	440222682
85	NC_020061	GCGATC	2	12	248556	248567	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222687
86	NC_020061	CCCTAT	2	12	250048	250059	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_020061	TGTCGT	2	12	251092	251103	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_020061	ATTTTC	2	12	253862	253873	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	440222692
89	NC_020061	CCGGTT	2	12	253926	253937	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	440222692
90	NC_020061	GCGACG	2	12	255863	255874	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	440222695
91	NC_020061	ACGGCG	2	12	264210	264221	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	440222703
92	NC_020061	AAGATA	2	12	276255	276266	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	440222715
93	NC_020061	ACCAGG	2	12	277570	277581	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	440222716
94	NC_020061	ACGGAA	2	12	280863	280874	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	440222718
95	NC_020061	GCTTCC	2	12	284522	284533	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	440222722
96	NC_020061	AGCGAG	2	12	290962	290973	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	440222726
97	NC_020061	TCGCCG	2	12	297036	297047	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440222735
98	NC_020061	CTTCGA	2	12	311013	311024	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222746
99	NC_020061	CGCGCT	2	12	315279	315290	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
100	NC_020061	CCTTTC	2	12	317466	317477	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_020061	CCGTCA	2	12	318430	318441	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	440222751
102	NC_020061	CTGAAA	2	12	318934	318945	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_020061	TGATGC	2	12	321823	321834	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	440222753
104	NC_020061	CTTCAA	2	12	327569	327580	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_020061	TCCAAA	2	12	328206	328217	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	440222757
106	NC_020061	GCTCGT	2	12	329147	329158	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	440222758
107	NC_020061	ATCGCG	2	12	334467	334478	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_020061	TCCTGA	2	12	338767	338778	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222766
109	NC_020061	CGCGCT	2	12	343461	343472	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440222769
110	NC_020061	GATCAC	2	12	345009	345020	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	440222770
111	NC_020061	CGCGAT	2	12	346516	346527	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222772
112	NC_020061	CATCAA	2	12	352713	352724	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	440222778
113	NC_020061	CTCGAG	2	12	356043	356054	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222780
114	NC_020061	TCGGCA	2	12	356549	356560	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222781
115	NC_020061	AGGCCG	2	12	357687	357698	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	440222782
116	NC_020061	GTCAAT	2	12	358142	358153	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	440222782
117	NC_020061	GCCATC	2	12	358160	358171	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	440222782
118	NC_020061	CGGCGC	2	12	360040	360051	0 %	0 %	50 %	50 %	440222784
119	NC_020061	TGGAGC	2	12	367487	367498	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_020061	CGTGTT	2	12	374677	374688	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_020061	GAAGAT	2	12	376061	376072	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	440222795
122	NC_020061	TTGGCC	2	12	377795	377806	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	440222797
123	NC_020061	CGATCT	2	12	379964	379975	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222799
124	NC_020061	TCGGCA	2	12	380086	380097	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222799
125	NC_020061	ACCGGA	2	12	380860	380871	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	440222800
126	NC_020061	TGCCGA	2	12	384975	384986	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_020061	GTCAAG	2	12	385277	385288	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_020061	AAGTCG	2	12	389719	389730	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	440222809
129	NC_020061	GAACCG	2	12	390634	390645	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	440222810
130	NC_020061	CCGTCA	2	12	392120	392131	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	440222812
131	NC_020061	CTGCTT	2	12	393407	393418	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	440222813
132	NC_020061	CATTTA	2	12	395722	395733	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_020061	CTTCGG	2	12	396053	396064	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_020061	GCCGAA	2	12	400993	401004	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	440222819
135	NC_020061	CGCTGA	2	12	402158	402169	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222821
136	NC_020061	GTTTCG	2	12	409661	409672	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	440222828
137	NC_020061	GAAATA	2	12	415223	415234	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	440222833
138	NC_020061	GCGTTT	2	12	415709	415720	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	440222835
139	NC_020061	TGCACG	2	12	415864	415875	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_020061	GCTTCA	2	12	421091	421102	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222841
141	NC_020061	CGAAAT	2	12	423724	423735	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	440222844
142	NC_020061	AAGGCG	2	12	433446	433457	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	440222850
143	NC_020061	GCCTCA	2	12	441001	441012	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	440222853
144	NC_020061	CGATTT	2	12	445043	445054	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_020061	TGATGT	2	12	455786	455797	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	440222862
146	NC_020061	TGAATC	2	12	456599	456610	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_020061	CTTCGG	2	12	456647	456658	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_020061	CGATCT	2	12	460421	460432	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222865
149	NC_020061	TCGTCA	2	12	463212	463223	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222869
150	NC_020061	TCCCTG	2	12	468442	468453	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	440222874
151	NC_020061	CTCGAT	2	12	470781	470792	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222877
152	NC_020061	CGGCGT	2	12	476138	476149	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_020061	GCATCT	2	12	479905	479916	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222886
154	NC_020061	TGATGC	2	12	480505	480516	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	440222887
155	NC_020061	AAGTCG	2	12	485922	485933	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
156	NC_020061	GAACCG	2	12	486837	486848	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	440222892
157	NC_020061	CCGTCA	2	12	488323	488334	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	440222894
158	NC_020061	TCGAGA	2	12	488538	488549	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
159	NC_020061	AGATCG	2	12	495384	495395	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
160	NC_020061	TAAAAT	2	12	496767	496778	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	440222903
161	NC_020061	GATCGA	2	12	499552	499563	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	440222904
162	NC_020061	GCCGTC	2	12	500738	500749	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440222905
163	NC_020061	CATCGA	2	12	502015	502026	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	440222906
164	NC_020061	GTGTCG	2	12	503675	503686	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	440222907
165	NC_020061	CGCGAT	2	12	506293	506304	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222910
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167	NC_020061	GTTCGC	2	12	512333	512344	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
168	NC_020061	AATGGA	2	12	513653	513664	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
169	NC_020061	AGTCGA	2	12	513968	513979	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
170	NC_020061	CGTGGT	2	12	514133	514144	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
171	NC_020061	TGCCAT	2	12	517405	517416	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222920
172	NC_020061	CCGCGC	2	12	519275	519286	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	440222922
173	NC_020061	GCCTCA	2	12	520249	520260	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
174	NC_020061	TCGAGA	2	12	521974	521985	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	440222927
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176	NC_020061	GGGATG	2	12	530818	530829	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	440222937
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178	NC_020061	CCGAGG	2	12	534610	534621	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	440222942
179	NC_020061	GCGGCC	2	12	538640	538651	0 %	0 %	50 %	50 %	440222946
180	NC_020061	CGATCT	2	12	540941	540952	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222949

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.