MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium tropici CIAT 899 plasmid pRtrCIAT899b

Total Repeats: 135

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020061	GCTCCG	2	12	2857	2868	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440222459
2	NC_020061	GAAGCG	2	12	5348	5359	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	440222464
3	NC_020061	CTGTCG	2	12	7022	7033	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	440222467
4	NC_020061	GACGCG	2	12	13671	13682	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	440222475
5	NC_020061	CGAAAA	2	12	14019	14030	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	440222476
6	NC_020061	CTTCGT	2	12	18353	18364	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	440222479
7	NC_020061	CAAGGC	2	12	18476	18487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	440222479
8	NC_020061	CCTGTC	2	12	23351	23362	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	440222484
9	NC_020061	GCAAGG	2	12	25481	25492	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	440222486
10	NC_020061	GAAGCC	2	12	35228	35239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	440222491
11	NC_020061	TCGGCA	2	12	47689	47700	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222503
12	NC_020061	GGAATG	2	12	52818	52829	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	440222506
13	NC_020061	ATCTCG	2	12	55753	55764	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222508
14	NC_020061	TGAAGA	2	12	60310	60321	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	440222511
15	NC_020061	GCCTCG	2	12	62660	62671	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440222516
16	NC_020061	GGCAGC	2	12	66514	66525	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	440222520
17	NC_020061	GGCGTC	2	12	69855	69866	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	440222525
18	NC_020061	AGGAAC	2	12	70141	70152	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	440222525
19	NC_020061	AACGCA	2	12	75710	75721	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	440222530
20	NC_020061	CGCCAC	2	12	76358	76369	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	440222531
21	NC_020061	GCCGGC	2	12	76725	76736	0 %	0 %	50 %	50 %	440222531
22	NC_020061	GCTGGG	2	12	79263	79274	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	440222534
23	NC_020061	GATCGC	2	12	83158	83169	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222538
24	NC_020061	CGGCCT	2	12	83236	83247	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440222538
25	NC_020061	CGGCTA	2	12	86662	86673	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222540
26	NC_020061	GCCGCA	2	12	96050	96061	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	440222550
27	NC_020061	AAGGCG	2	12	101144	101155	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	440222557
28	NC_020061	CCGAAA	2	12	109437	109448	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	440222563
29	NC_020061	CCGAGG	2	12	111017	111028	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	440222564
30	NC_020061	CGGACG	2	12	115815	115826	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	440222568
31	NC_020061	GGTGCT	2	12	117815	117826	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	440222569
32	NC_020061	TGGTGC	2	12	118427	118438	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	440222570
33	NC_020061	CCGTCG	2	12	120016	120027	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440222572
34	NC_020061	GCGGGA	2	12	126830	126841	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	440222576
35	NC_020061	CTGTGG	2	12	127142	127153	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	440222576
36	NC_020061	CTGCCT	2	12	128059	128070	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	440222578
37	NC_020061	CCCGCG	2	12	128829	128840	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	440222578
38	NC_020061	ATTGGC	2	12	129743	129754	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	440222578
39	NC_020061	GCTGAC	2	12	146530	146541	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222592
40	NC_020061	GCCTCG	2	12	149950	149961	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440222594
41	NC_020061	GCAAGC	2	12	151432	151443	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	440222595
42	NC_020061	CGGACC	2	12	152003	152014	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	440222596
43	NC_020061	ATGCCG	2	12	158099	158110	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222601
44	NC_020061	CCTCGA	2	12	162045	162056	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	440222604
45	NC_020061	TCTTGC	2	12	163037	163048	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	440222605
46	NC_020061	CAGCGC	2	12	167608	167619	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	440222610
47	NC_020061	TTGATC	2	12	167986	167997	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	440222611
48	NC_020061	CATAGG	2	12	179831	179842	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	440222620
49	NC_020061	TTCATG	2	12	180598	180609	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	440222620
50	NC_020061	GCTAAG	2	12	184304	184315	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	440222622
51	NC_020061	TAGGTG	2	12	187090	187101	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	440222627
52	NC_020061	GAGTTT	2	12	189994	190005	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	440222631
53	NC_020061	ACGTCG	2	12	190279	190290	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222631
54	NC_020061	GTGGTT	2	12	194507	194518	0 %	50 %	50 %	0 %	440222635
55	NC_020061	ATAGCG	2	12	200301	200312	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	440222640
56	NC_020061	TGCCGA	2	12	210582	210593	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222648
57	NC_020061	GTAGCC	2	12	213045	213056	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222650
58	NC_020061	GCCTCG	2	12	217455	217466	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440222655
59	NC_020061	TTGCCT	2	12	219125	219136	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	440222657
60	NC_020061	GATGGT	2	12	221294	221305	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	440222658
61	NC_020061	GCGTTC	2	12	223133	223144	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	440222660
62	NC_020061	GCCACC	2	12	228246	228257	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	440222665
63	NC_020061	GGGCCG	2	12	228391	228402	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	440222665
64	NC_020061	CCGAGG	2	12	233454	233465	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	440222670
65	NC_020061	CCCTTT	2	12	243869	243880	0 %	50 %	0 %	50 %	440222682
66	NC_020061	GCGATC	2	12	248556	248567	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222687
67	NC_020061	ATTTTC	2	12	253862	253873	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	440222692
68	NC_020061	CCGGTT	2	12	253926	253937	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	440222692
69	NC_020061	GCGACG	2	12	255863	255874	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	440222695
70	NC_020061	ACGGCG	2	12	264210	264221	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	440222703
71	NC_020061	AAGATA	2	12	276255	276266	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	440222715
72	NC_020061	ACCAGG	2	12	277570	277581	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	440222716
73	NC_020061	ACGGAA	2	12	280863	280874	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	440222718
74	NC_020061	GCTTCC	2	12	284522	284533	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	440222722
75	NC_020061	AGCGAG	2	12	290962	290973	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	440222726
76	NC_020061	TCGCCG	2	12	297036	297047	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440222735
77	NC_020061	CTTCGA	2	12	311013	311024	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222746
78	NC_020061	CCGTCA	2	12	318430	318441	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	440222751
79	NC_020061	TGATGC	2	12	321823	321834	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	440222753
80	NC_020061	TCCAAA	2	12	328206	328217	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	440222757
81	NC_020061	GCTCGT	2	12	329147	329158	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	440222758
82	NC_020061	TCCTGA	2	12	338767	338778	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222766
83	NC_020061	CGCGCT	2	12	343461	343472	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440222769
84	NC_020061	GATCAC	2	12	345009	345020	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	440222770
85	NC_020061	CGCGAT	2	12	346516	346527	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222772
86	NC_020061	CATCAA	2	12	352713	352724	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	440222778
87	NC_020061	CTCGAG	2	12	356043	356054	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222780
88	NC_020061	TCGGCA	2	12	356549	356560	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222781
89	NC_020061	AGGCCG	2	12	357687	357698	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	440222782
90	NC_020061	GTCAAT	2	12	358142	358153	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	440222782
91	NC_020061	GCCATC	2	12	358160	358171	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	440222782
92	NC_020061	CGGCGC	2	12	360040	360051	0 %	0 %	50 %	50 %	440222784
93	NC_020061	GAAGAT	2	12	376061	376072	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	440222795
94	NC_020061	TTGGCC	2	12	377795	377806	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	440222797
95	NC_020061	CGATCT	2	12	379964	379975	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222799
96	NC_020061	TCGGCA	2	12	380086	380097	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222799
97	NC_020061	ACCGGA	2	12	380860	380871	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	440222800
98	NC_020061	AAGTCG	2	12	389719	389730	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	440222809
99	NC_020061	GAACCG	2	12	390634	390645	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	440222810
100	NC_020061	CCGTCA	2	12	392120	392131	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	440222812
101	NC_020061	CTGCTT	2	12	393407	393418	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	440222813
102	NC_020061	GCCGAA	2	12	400993	401004	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	440222819
103	NC_020061	CGCTGA	2	12	402158	402169	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222821
104	NC_020061	GTTTCG	2	12	409661	409672	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	440222828
105	NC_020061	GAAATA	2	12	415223	415234	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	440222833
106	NC_020061	GCGTTT	2	12	415709	415720	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	440222835
107	NC_020061	GCTTCA	2	12	421091	421102	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222841
108	NC_020061	CGAAAT	2	12	423724	423735	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	440222844
109	NC_020061	AAGGCG	2	12	433446	433457	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	440222850
110	NC_020061	GCCTCA	2	12	441001	441012	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	440222853
111	NC_020061	TGATGT	2	12	455786	455797	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	440222862
112	NC_020061	CGATCT	2	12	460421	460432	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222865
113	NC_020061	TCGTCA	2	12	463212	463223	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222869
114	NC_020061	TCCCTG	2	12	468442	468453	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	440222874
115	NC_020061	CTCGAT	2	12	470781	470792	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222877
116	NC_020061	GCATCT	2	12	479905	479916	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222886
117	NC_020061	TGATGC	2	12	480505	480516	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	440222887
118	NC_020061	GAACCG	2	12	486837	486848	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	440222892
119	NC_020061	CCGTCA	2	12	488323	488334	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	440222894
120	NC_020061	TAAAAT	2	12	496767	496778	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	440222903
121	NC_020061	GATCGA	2	12	499552	499563	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	440222904
122	NC_020061	GCCGTC	2	12	500738	500749	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440222905
123	NC_020061	CATCGA	2	12	502015	502026	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	440222906
124	NC_020061	GTGTCG	2	12	503675	503686	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	440222907
125	NC_020061	CGCGAT	2	12	506293	506304	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440222910
126	NC_020061	AAGAGG	2	12	511508	511519	50 %	0 %	50 %	0 %	440222915
127	NC_020061	TGCCAT	2	12	517405	517416	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222920
128	NC_020061	CCGCGC	2	12	519275	519286	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	440222922
129	NC_020061	TCGAGA	2	12	521974	521985	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	440222927
130	NC_020061	CGCCGG	2	12	523386	523397	0 %	0 %	50 %	50 %	440222931
131	NC_020061	GGGATG	2	12	530818	530829	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	440222937
132	NC_020061	AGCGCA	2	12	531319	531330	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	440222937
133	NC_020061	CCGAGG	2	12	534610	534621	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	440222942
134	NC_020061	GCGGCC	2	12	538640	538651	0 %	0 %	50 %	50 %	440222946
135	NC_020061	CGATCT	2	12	540941	540952	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440222949

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.