MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium tropici CIAT 899 plasmid pRtrCIAT899b

Total Repeats: 98

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020061	CGAGA	2	10	1522	1531	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_020061	TTCTG	2	10	3148	3157	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_020061	TTGGG	2	10	4094	4103	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020061	TCGCA	2	10	11226	11235	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_020061	TGCGT	2	10	22947	22956	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_020061	TCTCG	2	10	27173	27182	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_020061	ACCTC	2	10	27451	27460	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
8	NC_020061	ACCGT	2	10	28967	28976	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_020061	ATGGC	2	10	29770	29779	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_020061	TGTCG	2	10	33425	33434	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_020061	ATCGA	2	10	43461	43470	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020061	CGAGA	2	10	47251	47260	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_020061	CAGGG	2	10	60471	60480	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
14	NC_020061	CGGCA	2	10	61604	61613	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_020061	CCAAT	2	10	65003	65012	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_020061	CATCG	2	10	67106	67115	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_020061	GCCAC	2	10	74557	74566	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
18	NC_020061	TGAGG	2	10	82686	82695	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020061	CTCCG	2	10	85577	85586	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
20	NC_020061	GGGCA	2	10	85620	85629	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020061	CGAGA	2	10	85904	85913	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020061	CTTGT	2	10	91539	91548	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020061	CCGTT	2	10	92852	92861	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_020061	CGGCG	2	10	95724	95733	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
25	NC_020061	GCCGC	2	10	100297	100306	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
26	NC_020061	GCACG	2	10	100888	100897	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_020061	GGTGT	2	10	105132	105141	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020061	GACCG	2	10	107958	107967	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_020061	GGCGA	2	10	108771	108780	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020061	GTCCG	2	10	110083	110092	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_020061	GGAAA	2	10	113063	113072	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020061	TGCGG	2	10	121678	121687	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
33	NC_020061	GCTGC	2	10	125836	125845	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_020061	GCGCG	2	10	129925	129934	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020061	TGCGC	2	10	130736	130745	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_020061	CAGAG	2	10	135679	135688	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_020061	TGCCA	2	10	140149	140158	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_020061	TTGGC	2	10	147517	147526	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_020061	GGATG	2	10	164601	164610	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020061	TAATG	2	10	181385	181394	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020061	TCAAT	2	10	188503	188512	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020061	GCAGT	2	10	216768	216777	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020061	GAAAA	2	10	226293	226302	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020061	ACTAA	2	10	229677	229686	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020061	ATCGG	2	10	231319	231328	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_020061	GTGCG	2	10	231346	231355	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
47	NC_020061	GGCCA	2	10	246606	246615	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_020061	CGCGC	2	10	250183	250192	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
49	NC_020061	TCGCT	2	10	250551	250560	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_020061	CTGGG	2	10	251104	251113	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
51	NC_020061	GCCAT	2	10	268204	268213	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_020061	GCCTG	2	10	287820	287829	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_020061	AGGCT	2	10	287845	287854	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020061	GCTCG	2	10	294256	294265	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_020061	GGCGG	2	10	303658	303667	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020061	CCGGG	2	10	312016	312025	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
57	NC_020061	GCCGC	2	10	314651	314660	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
58	NC_020061	GGTCC	2	10	316639	316648	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
59	NC_020061	GATCA	2	10	320769	320778	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_020061	GATCG	2	10	324444	324453	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_020061	CAAGG	2	10	324795	324804	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_020061	AAGGC	2	10	325442	325451	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020061	CCATG	2	10	325531	325540	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_020061	CAGAA	2	10	327366	327375	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020061	GTCGG	2	10	332389	332398	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
66	NC_020061	CTCTT	2	10	335699	335708	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_020061	TCACA	2	10	341711	341720	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_020061	CAGGG	2	10	354166	354175	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_020061	CAACG	2	10	358882	358891	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_020061	ACACC	2	10	360999	361008	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
71	NC_020061	AAACG	2	10	362510	362519	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_020061	GTCGA	2	10	366587	366596	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_020061	CTTTT	2	10	370822	370831	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_020061	GCGAC	2	10	371387	371396	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_020061	CAACG	2	10	385093	385102	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_020061	AGCCG	2	10	385458	385467	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_020061	ATCGT	2	10	396730	396739	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_020061	AGCCC	2	10	397765	397774	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
79	NC_020061	GGTAA	2	10	401338	401347	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020061	TTTTC	2	10	403035	403044	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_020061	TGGGC	2	10	416005	416014	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
82	NC_020061	TCGCT	2	10	419324	419333	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_020061	TGCGG	2	10	421856	421865	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
84	NC_020061	GCACG	2	10	433190	433199	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_020061	TCGGC	2	10	451124	451133	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_020061	AATTG	2	10	455083	455092	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020061	CGCAA	2	10	459099	459108	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_020061	CCTGG	2	10	467036	467045	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
89	NC_020061	GGTCG	2	10	469313	469322	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
90	NC_020061	GTGGA	2	10	478190	478199	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020061	GATCG	2	10	483126	483135	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020061	CAAGG	2	10	483477	483486	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020061	GAAGC	2	10	490894	490903	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020061	TGGCG	2	10	492302	492311	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020061	AGCGC	2	10	505280	505289	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_020061	CTAAG	2	10	509808	509817	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_020061	CCGGC	2	10	514833	514842	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
98	NC_020061	CTGAT	2	10	545576	545585	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.