MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium tropici CIAT 899 plasmid pRtrCIAT899a

Total Repeats: 68

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020060	GATCGG	2	12	2384	2395	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	440228568
2	NC_020060	CTGATC	2	12	4718	4729	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440228571
3	NC_020060	TGGCAT	2	12	14183	14194	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	440228580
4	NC_020060	TCGCAA	2	12	21956	21967	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	440228589
5	NC_020060	GGCAGC	2	12	22958	22969	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	440228590
6	NC_020060	TATCGA	2	12	25573	25584	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	440228593
7	NC_020060	GGGAAC	2	12	26302	26313	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	440228593
8	NC_020060	TCGCCG	2	12	28419	28430	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440228595
9	NC_020060	TGCGGC	2	12	30524	30535	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	440228597
10	NC_020060	CGATCG	2	12	32567	32578	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440228599
11	NC_020060	CCTGTT	2	12	33965	33976	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	440228600
12	NC_020060	GGGGAG	2	12	34687	34698	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	440228600
13	NC_020060	ATCTCA	2	12	36334	36345	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	440228602
14	NC_020060	AAGACG	2	12	44358	44369	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	440228610
15	NC_020060	ACGCCC	2	12	54374	54385	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	440228618
16	NC_020060	TCCTGC	2	12	62244	62255	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	440228628
17	NC_020060	GCTCGC	2	12	62728	62739	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440228629
18	NC_020060	GCCTCG	2	12	67107	67118	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440228633
19	NC_020060	CTCGAT	2	12	72235	72246	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440228638
20	NC_020060	CGGCTG	2	12	73555	73566	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	440228639
21	NC_020060	GCACGA	2	12	75798	75809	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	440228643
22	NC_020060	GATCAG	2	12	77377	77388	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	440228645
23	NC_020060	CTCAGA	2	12	81595	81606	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	440228647
24	NC_020060	AGAGTG	2	12	81784	81795	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	440228647
25	NC_020060	GCGGTT	2	12	85141	85152	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	440228651
26	NC_020060	GGTCGA	2	12	88293	88304	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	440228654
27	NC_020060	CAGTGG	2	12	96230	96241	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	440228660
28	NC_020060	CCTGGG	2	12	101956	101967	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	440228665
29	NC_020060	TTCGCT	2	12	105830	105841	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	440228669
30	NC_020060	CTGATG	2	12	108729	108740	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	440228671
31	NC_020060	CATTTG	2	12	110677	110688	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	440228673
32	NC_020060	CCGGCT	2	12	111012	111023	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440228674
33	NC_020060	GGCGAA	2	12	111181	111192	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	440228674
34	NC_020060	ATGTCG	2	12	119827	119838	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	440228683
35	NC_020060	CTCGAC	2	12	122075	122086	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	440228685
36	NC_020060	GGGCAG	2	12	122441	122452	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	440228685
37	NC_020060	TCGGCA	2	12	134248	134259	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440228696
38	NC_020060	CGATCA	2	12	135441	135452	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	440228698
39	NC_020060	CCTGGC	2	12	142211	142222	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440228705
40	NC_020060	CGAGAA	2	12	146005	146016	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	440228708
41	NC_020060	TACGTT	2	12	150438	150449	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	440228713
42	NC_020060	TCGCTT	2	12	154622	154633	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	440228717
43	NC_020060	TCTCGA	2	12	156168	156179	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440228718
44	NC_020060	AGGTCG	2	12	156602	156613	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	440228718
45	NC_020060	TAGGGA	2	12	158226	158237	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	440228719
46	NC_020060	GTGACA	2	12	160253	160264	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	440228719
47	NC_020060	TTGATG	2	12	166762	166773	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	440228725
48	NC_020060	CGCGGT	2	12	170636	170647	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	440228729
49	NC_020060	CTCCGC	2	12	170837	170848	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	440228729
50	NC_020060	GAAAAG	2	12	173988	173999	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	440228733
51	NC_020060	CGCAAG	2	12	175981	175992	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	440228735
52	NC_020060	GACGAT	2	12	177624	177635	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	440228735
53	NC_020060	GAGCTC	2	12	177913	177924	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	440228735
54	NC_020060	GACAAC	2	12	178708	178719	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	440228735
55	NC_020060	AGTCGA	2	12	180647	180658	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	440228737
56	NC_020060	GACGAT	2	12	188013	188024	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	440228746
57	NC_020060	CGGCTC	2	12	191683	191694	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	440228751
58	NC_020060	CGCCGG	2	12	194756	194767	0 %	0 %	50 %	50 %	440228754
59	NC_020060	CGCCAG	2	12	195141	195152	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	440228754
60	NC_020060	CCGTCA	2	12	198687	198698	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	440228757
61	NC_020060	GGCGAT	2	12	198748	198759	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	440228757
62	NC_020060	GGTCAA	2	12	199676	199687	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	440228758
63	NC_020060	AAGGCG	2	12	200114	200125	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	440228759
64	NC_020060	TTTTGC	2	12	200310	200321	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	440228759
65	NC_020060	CCTTGC	2	12	205185	205196	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	440228766
66	NC_020060	CCGATC	2	12	212260	212271	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	440228774
67	NC_020060	TCGATC	2	12	213466	213477	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	440228775
68	NC_020060	AGAGCA	2	12	215112	215123	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	440228776

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.