MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chamaesiphon minutus PCC 6605 plasmid pCHA6605.01

Total Repeats: 161

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020053	CACCGC	2	12	94	105	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	436736819
2	NC_020053	ATCGAT	2	12	246	257	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	436736819
3	NC_020053	GCGACC	2	12	1929	1940	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	436736820
4	NC_020053	ATCAGC	2	12	3292	3303	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	436736820
5	NC_020053	GGAATG	2	12	3518	3529	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	436736820
6	NC_020053	AAGCTA	2	12	5969	5980	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	436736823
7	NC_020053	TCTTTA	2	12	9936	9947	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	436736824
8	NC_020053	TCGTTG	2	12	10179	10190	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	436736824
9	NC_020053	GAGCCA	2	12	12887	12898	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	436736827
10	NC_020053	TGTTGA	2	12	14763	14774	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	436736831
11	NC_020053	ATCTAA	2	12	15680	15691	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	436736833
12	NC_020053	GCTTTT	2	12	16150	16161	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	436736834
13	NC_020053	CAACCA	2	12	16875	16886	50 %	0 %	0 %	50 %	436736836
14	NC_020053	GGAGCA	2	12	25877	25888	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	436736851
15	NC_020053	TCCCAA	2	12	34000	34011	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	436736856
16	NC_020053	GCGGAG	2	12	44567	44578	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	436736864
17	NC_020053	CAGATG	2	12	48154	48165	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436736865
18	NC_020053	AGTTGA	2	12	52577	52588	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	436736869
19	NC_020053	AATAGA	2	12	56367	56378	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	436736872
20	NC_020053	CTCAAT	2	12	57724	57735	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	436736873
21	NC_020053	AAGGAT	2	12	60359	60370	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	436736876
22	NC_020053	ATTAGA	2	12	65822	65833	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	436736878
23	NC_020053	GTCAGA	2	12	73687	73698	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436736885
24	NC_020053	ATGATT	2	12	76607	76618	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	436736886
25	NC_020053	ATTGAA	2	12	80739	80750	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	436736888
26	NC_020053	ACCACA	2	12	83205	83216	50 %	0 %	0 %	50 %	436736892
27	NC_020053	AAGATG	2	12	83960	83971	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	436736894
28	NC_020053	GACCAC	2	12	85229	85240	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	436736897
29	NC_020053	TCCGAA	2	12	87251	87262	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	436736899
30	NC_020053	ATCTAA	2	12	89427	89438	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	436736901
31	NC_020053	AATGCA	2	12	91770	91781	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	436736902
32	NC_020053	TCGTGC	2	12	94624	94635	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	436736905
33	NC_020053	CCAATC	2	12	96395	96406	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	436736906
34	NC_020053	GCAAAG	2	12	97366	97377	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	436736907
35	NC_020053	ACGCCA	2	12	98360	98371	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	436736907
36	NC_020053	CGATCG	2	12	99108	99119	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	436736908
37	NC_020053	GCTTCA	2	12	99675	99686	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	436736908
38	NC_020053	GCCAAC	2	12	102966	102977	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	436736911
39	NC_020053	GCGATC	2	12	103209	103220	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	436736911
40	NC_020053	CATCGA	2	12	104955	104966	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	436736913
41	NC_020053	AAACAG	2	12	107733	107744	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	436736914
42	NC_020053	AACGGT	2	12	108318	108329	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436736916
43	NC_020053	AGCGTC	2	12	112393	112404	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	436736917
44	NC_020053	GATTTT	2	12	114005	114016	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	436736919
45	NC_020053	ATTCCA	2	12	117105	117116	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	436736922
46	NC_020053	TCGCCA	2	12	118404	118415	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	436736922
47	NC_020053	TCTGCT	2	12	124390	124401	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	436736926
48	NC_020053	GAATTA	2	12	129796	129807	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	436736933
49	NC_020053	GCTGCG	2	12	131148	131159	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	436736934
50	NC_020053	CAGCTT	2	12	131977	131988	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	436736934
51	NC_020053	GTGAAT	2	12	133513	133524	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	436736935
52	NC_020053	ACCACA	2	12	134118	134129	50 %	0 %	0 %	50 %	436736936
53	NC_020053	GTTTTT	2	12	134361	134372	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	436736936
54	NC_020053	TCAGGC	2	12	134990	135001	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	436736937
55	NC_020053	TAATTG	2	12	137316	137327	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	436736942
56	NC_020053	GACTAT	2	12	140025	140036	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	436736946
57	NC_020053	GAACGT	2	12	143456	143467	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436736949
58	NC_020053	GTTTGA	2	12	144242	144253	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	436736949
59	NC_020053	CAACAG	2	12	149754	149765	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	436736955
60	NC_020053	CGCGAT	2	12	152909	152920	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	436736957
61	NC_020053	AGCATT	2	12	159855	159866	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	436736962
62	NC_020053	ACGTTT	2	12	163387	163398	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	436736967
63	NC_020053	GCCATT	2	12	165693	165704	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	436736970
64	NC_020053	ATCTCT	2	12	166339	166350	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	436736971
65	NC_020053	ATCCCG	2	12	168669	168680	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	436736973
66	NC_020053	ATCGAT	2	12	178409	178420	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	436736983
67	NC_020053	ACTTCA	2	12	187690	187701	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	436736997
68	NC_020053	GCTTTG	5	30	198952	198981	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	436737005
69	NC_020053	AACCCA	2	12	199776	199787	50 %	0 %	0 %	50 %	436737006
70	NC_020053	GCTTGA	2	12	201232	201243	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	436737008
71	NC_020053	GAGTTA	2	12	204572	204583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	436737012
72	NC_020053	GTGTGG	2	12	205465	205476	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	436737013
73	NC_020053	GATCGC	2	12	206004	206015	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	436737014
74	NC_020053	TATGAC	2	12	210442	210453	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	436737019
75	NC_020053	GCTTTG	2	12	212039	212050	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	436737021
76	NC_020053	CAGATG	2	12	215425	215436	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436737028
77	NC_020053	CAAATG	2	12	218490	218501	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	436737031
78	NC_020053	CTCAAC	2	12	218925	218936	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	436737032
79	NC_020053	TGACAG	2	12	223763	223774	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436737039
80	NC_020053	CGATCG	2	12	229412	229423	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	436737045
81	NC_020053	TCGCAA	2	12	231744	231755	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	436737049
82	NC_020053	CAGTCA	2	12	238357	238368	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	436737057
83	NC_020053	ATTAAT	2	12	239341	239352	50 %	50 %	0 %	0 %	436737058
84	NC_020053	GCGATC	2	12	242063	242074	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	436737061
85	NC_020053	AGATCG	2	12	245249	245260	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436737063
86	NC_020053	CACAGT	2	12	252295	252306	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	436737069
87	NC_020053	CTTCCT	2	12	252378	252389	0 %	50 %	0 %	50 %	436737069
88	NC_020053	TGCATC	2	12	253167	253178	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	436737070
89	NC_020053	ATCCTT	2	12	253376	253387	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	436737071
90	NC_020053	ATTGAG	2	12	257889	257900	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	436737075
91	NC_020053	TATTTC	2	12	259244	259255	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	436737076
92	NC_020053	CCACGT	2	12	267506	267517	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	436737088
93	NC_020053	TAGCTC	2	12	269452	269463	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	436737089
94	NC_020053	TCGAGT	2	12	269724	269735	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	436737089
95	NC_020053	AGATCG	2	12	274154	274165	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436737093
96	NC_020053	TGGTCG	2	12	274553	274564	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	436737093
97	NC_020053	CCTTTA	2	12	274868	274879	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	436737093
98	NC_020053	CGATGA	2	12	276204	276215	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436737095
99	NC_020053	CGATGC	2	12	277648	277659	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	436737097
100	NC_020053	TCCCCG	2	12	285331	285342	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	436737104
101	NC_020053	TGAGTC	2	12	285690	285701	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	436737104
102	NC_020053	CCATTG	2	12	285888	285899	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	436737105
103	NC_020053	CTTTGC	2	12	287495	287506	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	436737108
104	NC_020053	TTAGTC	2	12	291523	291534	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	436737115
105	NC_020053	AGCTTT	2	12	294240	294251	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	436737120
106	NC_020053	GCAACC	2	12	308502	308513	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	436737131
107	NC_020053	ATCGAT	2	12	308941	308952	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	436737131
108	NC_020053	GCCTCA	2	12	309293	309304	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	436737131
109	NC_020053	CGCCAA	2	12	309631	309642	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	436737131
110	NC_020053	AAATCT	2	12	312197	312208	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	436737132
111	NC_020053	GCAAAT	2	12	317403	317414	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	436737135
112	NC_020053	GATCGA	2	12	319562	319573	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436737137
113	NC_020053	TCGATC	2	12	319774	319785	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	436737137
114	NC_020053	CCCTCA	2	12	324516	324527	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	436737142
115	NC_020053	TCGATT	2	12	324727	324738	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	436737143
116	NC_020053	GGGGGT	2	12	327938	327949	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	436737144
117	NC_020053	TGGGGA	2	12	329981	329992	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	436737145
118	NC_020053	TTGCTG	2	12	330731	330742	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	436737146
119	NC_020053	ACAAAG	2	12	335175	335186	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	436737151
120	NC_020053	ATTGCG	2	12	336433	336444	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	436737151
121	NC_020053	AGTTTG	2	12	340606	340617	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	436737155
122	NC_020053	CTGGAG	2	12	340667	340678	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	436737155
123	NC_020053	AGTCGC	2	12	342109	342120	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	436737157
124	NC_020053	GCTTGA	2	12	342284	342295	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	436737157
125	NC_020053	GATGTA	2	12	351650	351661	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	436737166
126	NC_020053	AATGCC	2	12	356045	356056	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	436737166
127	NC_020053	CGTTAA	2	12	356896	356907	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	436737167
128	NC_020053	TAATGC	2	12	359957	359968	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	436737168
129	NC_020053	CCCAAC	2	12	364709	364720	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	436737171
130	NC_020053	GGAACA	2	12	365754	365765	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	436737172
131	NC_020053	TCAAAC	2	12	366650	366661	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	436737173
132	NC_020053	CTCTGA	3	18	367510	367527	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	436737174
133	NC_020053	TCGGAT	2	12	367887	367898	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	436737174
134	NC_020053	TATCGA	2	12	369054	369065	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	436737174
135	NC_020053	CATCAC	2	12	376307	376318	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	436737180
136	NC_020053	GTTTCT	2	12	376680	376691	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	436737180
137	NC_020053	GGATGA	2	12	377358	377369	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	436737180
138	NC_020053	CATCTT	2	12	380871	380882	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	436737184
139	NC_020053	TGTGGT	2	12	381625	381636	0 %	50 %	50 %	0 %	436737186
140	NC_020053	CAGGCA	2	12	383429	383440	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	436737190
141	NC_020053	TTCAAT	2	12	386051	386062	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	436737193
142	NC_020053	TAATCA	2	12	387662	387673	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	436737195
143	NC_020053	TCTGAC	2	12	390583	390594	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	436737196
144	NC_020053	CTGAGC	2	12	391838	391849	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	436737197
145	NC_020053	TGAAGC	2	12	393193	393204	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436737198
146	NC_020053	TTCCCC	2	12	405251	405262	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	436737207
147	NC_020053	ATGGCA	2	12	405923	405934	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436737208
148	NC_020053	ATCGAG	2	12	412490	412501	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436737216
149	NC_020053	CTGCAA	2	12	413434	413445	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	436737216
150	NC_020053	GATCGG	2	12	419571	419582	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	436737219
151	NC_020053	AGCTGA	2	12	420370	420381	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436737220
152	NC_020053	AAGAAA	2	12	421109	421120	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	436737221
153	NC_020053	AGCTAA	2	12	426482	426493	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	436737226
154	NC_020053	GGTCTT	2	12	426711	426722	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	436737226
155	NC_020053	GAAACA	2	12	428448	428459	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	436737228
156	NC_020053	CCAACC	2	12	429444	429455	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	436737229
157	NC_020053	ACTGTC	2	12	430392	430403	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	436737229
158	NC_020053	TTGCCG	2	12	434920	434931	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	436737233
159	NC_020053	CCTAAG	2	12	440197	440208	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	436737237
160	NC_020053	CCAGAA	2	12	440455	440466	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	436737237
161	NC_020053	TAAATA	2	12	444922	444933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	436737242

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.