MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chamaesiphon minutus PCC 6605 plasmid pCHA6605.01

Total Repeats: 216

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020053	GGCAT	2	10	3499	3508	20 %	20 %	40 %	20 %	436736820
2	NC_020053	CATCT	2	10	4171	4180	20 %	40 %	0 %	40 %	436736820
3	NC_020053	CAATC	2	10	6328	6337	40 %	20 %	0 %	40 %	436736823
4	NC_020053	AATTA	2	10	6364	6373	60 %	40 %	0 %	0 %	436736823
5	NC_020053	ATAAC	2	10	6637	6646	60 %	20 %	0 %	20 %	436736823
6	NC_020053	CAAGA	2	10	8645	8654	60 %	0 %	20 %	20 %	436736824
7	NC_020053	GGTGC	2	10	9950	9959	0 %	20 %	60 %	20 %	436736824
8	NC_020053	GATCC	2	10	11631	11640	20 %	20 %	20 %	40 %	436736826
9	NC_020053	CGTTC	2	10	11701	11710	0 %	40 %	20 %	40 %	436736826
10	NC_020053	TGAAT	2	10	16417	16426	40 %	40 %	20 %	0 %	436736835
11	NC_020053	GCTGG	2	10	20927	20936	0 %	20 %	60 %	20 %	436736842
12	NC_020053	GTGAT	2	10	29317	29326	20 %	40 %	40 %	0 %	436736852
13	NC_020053	AAATT	2	10	30409	30418	60 %	40 %	0 %	0 %	436736852
14	NC_020053	AAACA	2	10	30831	30840	80 %	0 %	0 %	20 %	436736852
15	NC_020053	TCCCA	2	10	33963	33972	20 %	20 %	0 %	60 %	436736856
16	NC_020053	TCAAC	2	10	35102	35111	40 %	20 %	0 %	40 %	436736858
17	NC_020053	AGCGG	2	10	35674	35683	20 %	0 %	60 %	20 %	436736858
18	NC_020053	TGGGG	2	10	36968	36977	0 %	20 %	80 %	0 %	436736858
19	NC_020053	AAGAA	2	10	36978	36987	80 %	0 %	20 %	0 %	436736858
20	NC_020053	CTGTT	2	10	37812	37821	0 %	60 %	20 %	20 %	436736858
21	NC_020053	GCGAA	2	10	39113	39122	40 %	0 %	40 %	20 %	436736858
22	NC_020053	CGGTT	2	10	39851	39860	0 %	40 %	40 %	20 %	436736858
23	NC_020053	AAGAT	2	10	39886	39895	60 %	20 %	20 %	0 %	436736858
24	NC_020053	AGAGG	2	10	40580	40589	40 %	0 %	60 %	0 %	436736859
25	NC_020053	AATAA	2	10	41939	41948	80 %	20 %	0 %	0 %	436736861
26	NC_020053	CAAGT	2	10	42576	42585	40 %	20 %	20 %	20 %	436736862
27	NC_020053	GCGAA	2	10	44304	44313	40 %	0 %	40 %	20 %	436736864
28	NC_020053	TCCAA	2	10	53107	53116	40 %	20 %	0 %	40 %	436736869
29	NC_020053	TGATT	2	10	53588	53597	20 %	60 %	20 %	0 %	436736870
30	NC_020053	TACCC	2	10	59934	59943	20 %	20 %	0 %	60 %	436736876
31	NC_020053	TCACT	2	10	60039	60048	20 %	40 %	0 %	40 %	436736876
32	NC_020053	AGAGG	2	10	65170	65179	40 %	0 %	60 %	0 %	436736878
33	NC_020053	TAGTC	2	10	66716	66725	20 %	40 %	20 %	20 %	436736879
34	NC_020053	CGATG	2	10	67861	67870	20 %	20 %	40 %	20 %	436736880
35	NC_020053	GATTC	2	10	70957	70966	20 %	40 %	20 %	20 %	436736883
36	NC_020053	CACCG	2	10	71723	71732	20 %	0 %	20 %	60 %	436736884
37	NC_020053	CGAAC	2	10	72096	72105	40 %	0 %	20 %	40 %	436736884
38	NC_020053	AAAGA	2	10	73199	73208	80 %	0 %	20 %	0 %	436736884
39	NC_020053	GAACG	2	10	73212	73221	40 %	0 %	40 %	20 %	436736884
40	NC_020053	ATCGA	2	10	74651	74660	40 %	20 %	20 %	20 %	436736886
41	NC_020053	AAATT	2	10	76086	76095	60 %	40 %	0 %	0 %	436736886
42	NC_020053	AAGGG	2	10	76329	76338	40 %	0 %	60 %	0 %	436736886
43	NC_020053	ATTCC	2	10	79996	80005	20 %	40 %	0 %	40 %	436736887
44	NC_020053	CACAA	2	10	89977	89986	60 %	0 %	0 %	40 %	436736901
45	NC_020053	ATGAA	2	10	91008	91017	60 %	20 %	20 %	0 %	436736901
46	NC_020053	ATTTT	2	10	92955	92964	20 %	80 %	0 %	0 %	436736904
47	NC_020053	AAATG	2	10	94075	94084	60 %	20 %	20 %	0 %	436736904
48	NC_020053	TGGCT	2	10	96951	96960	0 %	40 %	40 %	20 %	436736906
49	NC_020053	CAATC	2	10	100256	100265	40 %	20 %	0 %	40 %	436736910
50	NC_020053	CTGTG	2	10	100790	100799	0 %	40 %	40 %	20 %	436736910
51	NC_020053	TTCAT	2	10	101395	101404	20 %	60 %	0 %	20 %	436736910
52	NC_020053	ATTTT	2	10	101816	101825	20 %	80 %	0 %	0 %	436736910
53	NC_020053	CTTCT	2	10	102926	102935	0 %	60 %	0 %	40 %	436736911
54	NC_020053	TTCGT	2	10	105437	105446	0 %	60 %	20 %	20 %	436736913
55	NC_020053	TCCAC	2	10	105804	105813	20 %	20 %	0 %	60 %	436736913
56	NC_020053	TCATC	2	10	106008	106017	20 %	40 %	0 %	40 %	436736913
57	NC_020053	GTCGA	2	10	106930	106939	20 %	20 %	40 %	20 %	436736913
58	NC_020053	CAATA	2	10	110315	110324	60 %	20 %	0 %	20 %	436736916
59	NC_020053	GAATG	2	10	110886	110895	40 %	20 %	40 %	0 %	436736917
60	NC_020053	AATGC	2	10	112316	112325	40 %	20 %	20 %	20 %	436736917
61	NC_020053	CTCAT	2	10	114287	114296	20 %	40 %	0 %	40 %	436736920
62	NC_020053	TAATG	2	10	116611	116620	40 %	40 %	20 %	0 %	436736922
63	NC_020053	CCTTG	2	10	121086	121095	0 %	40 %	20 %	40 %	436736925
64	NC_020053	GATTG	2	10	126450	126459	20 %	40 %	40 %	0 %	436736929
65	NC_020053	ATTAG	2	10	126692	126701	40 %	40 %	20 %	0 %	436736929
66	NC_020053	CTGAA	2	10	127186	127195	40 %	20 %	20 %	20 %	436736930
67	NC_020053	CAGTA	2	10	127569	127578	40 %	20 %	20 %	20 %	436736931
68	NC_020053	CGATC	2	10	131608	131617	20 %	20 %	20 %	40 %	436736934
69	NC_020053	CGAGG	2	10	133009	133018	20 %	0 %	60 %	20 %	436736934
70	NC_020053	CCGTT	2	10	141072	141081	0 %	40 %	20 %	40 %	436736947
71	NC_020053	CCGAC	2	10	141485	141494	20 %	0 %	20 %	60 %	436736947
72	NC_020053	GCGAA	2	10	146192	146201	40 %	0 %	40 %	20 %	436736951
73	NC_020053	ATTTC	2	10	147285	147294	20 %	60 %	0 %	20 %	436736952
74	NC_020053	TTGCT	2	10	147673	147682	0 %	60 %	20 %	20 %	436736952
75	NC_020053	CGAAC	2	10	149726	149735	40 %	0 %	20 %	40 %	436736955
76	NC_020053	ATGGG	2	10	152770	152779	20 %	20 %	60 %	0 %	436736957
77	NC_020053	TGACT	2	10	152987	152996	20 %	40 %	20 %	20 %	436736957
78	NC_020053	ATTAT	2	10	154139	154148	40 %	60 %	0 %	0 %	436736958
79	NC_020053	TGAAA	2	10	155199	155208	60 %	20 %	20 %	0 %	436736958
80	NC_020053	GGAAC	2	10	157847	157856	40 %	0 %	40 %	20 %	436736960
81	NC_020053	TGGTA	2	10	158479	158488	20 %	40 %	40 %	0 %	436736961
82	NC_020053	GGCTG	2	10	158831	158840	0 %	20 %	60 %	20 %	436736961
83	NC_020053	ACTCA	2	10	159463	159472	40 %	20 %	0 %	40 %	436736962
84	NC_020053	GGATT	2	10	163194	163203	20 %	40 %	40 %	0 %	436736967
85	NC_020053	AAGCA	2	10	164694	164703	60 %	0 %	20 %	20 %	436736969
86	NC_020053	GCTGG	2	10	169537	169546	0 %	20 %	60 %	20 %	436736974
87	NC_020053	GGTGC	2	10	175774	175783	0 %	20 %	60 %	20 %	436736981
88	NC_020053	TTGAC	2	10	179505	179514	20 %	40 %	20 %	20 %	436736986
89	NC_020053	CGTGC	2	10	179708	179717	0 %	20 %	40 %	40 %	436736986
90	NC_020053	CCAGC	2	10	182667	182676	20 %	0 %	20 %	60 %	436736990
91	NC_020053	CGCAG	2	10	183506	183515	20 %	0 %	40 %	40 %	436736991
92	NC_020053	CATCG	2	10	187234	187243	20 %	20 %	20 %	40 %	436736996
93	NC_020053	CATCG	2	10	187270	187279	20 %	20 %	20 %	40 %	436736996
94	NC_020053	CATCG	2	10	187306	187315	20 %	20 %	20 %	40 %	436736996
95	NC_020053	ACTCC	2	10	197594	197603	20 %	20 %	0 %	60 %	436737004
96	NC_020053	TGAAA	2	10	198389	198398	60 %	20 %	20 %	0 %	436737005
97	NC_020053	TCGCT	2	10	199539	199548	0 %	40 %	20 %	40 %	436737006
98	NC_020053	CAAGC	2	10	201706	201715	40 %	0 %	20 %	40 %	436737009
99	NC_020053	AACGG	2	10	208440	208449	40 %	0 %	40 %	20 %	436737016
100	NC_020053	CATTG	2	10	211671	211680	20 %	40 %	20 %	20 %	436737020
101	NC_020053	GGGCA	2	10	212281	212290	20 %	0 %	60 %	20 %	436737021
102	NC_020053	CATCA	2	10	214266	214275	40 %	20 %	0 %	40 %	436737026
103	NC_020053	AGCGG	2	10	214547	214556	20 %	0 %	60 %	20 %	436737027
104	NC_020053	GCTGG	2	10	215410	215419	0 %	20 %	60 %	20 %	436737028
105	NC_020053	GTTCG	2	10	219954	219963	0 %	40 %	40 %	20 %	436737034
106	NC_020053	TGAAC	2	10	220275	220284	40 %	20 %	20 %	20 %	436737035
107	NC_020053	AATGC	2	10	221130	221139	40 %	20 %	20 %	20 %	436737036
108	NC_020053	GCTGC	2	10	221327	221336	0 %	20 %	40 %	40 %	436737036
109	NC_020053	AAAAT	2	10	221476	221485	80 %	20 %	0 %	0 %	436737036
110	NC_020053	TGAGG	2	10	224462	224471	20 %	20 %	60 %	0 %	436737040
111	NC_020053	TTGGA	2	10	225249	225258	20 %	40 %	40 %	0 %	436737040
112	NC_020053	CGATC	2	10	226257	226266	20 %	20 %	20 %	40 %	436737042
113	NC_020053	CCATG	2	10	239715	239724	20 %	20 %	20 %	40 %	436737059
114	NC_020053	ACAAT	2	10	240386	240395	60 %	20 %	0 %	20 %	436737060
115	NC_020053	TGATT	2	10	240664	240673	20 %	60 %	20 %	0 %	436737060
116	NC_020053	GCTTC	2	10	241547	241556	0 %	40 %	20 %	40 %	436737061
117	NC_020053	CGCGG	2	10	243969	243978	0 %	0 %	60 %	40 %	436737062
118	NC_020053	TCGAG	2	10	244997	245006	20 %	20 %	40 %	20 %	436737062
119	NC_020053	CGCGG	2	10	246095	246104	0 %	0 %	60 %	40 %	436737064
120	NC_020053	TTTAC	2	10	252245	252254	20 %	60 %	0 %	20 %	436737069
121	NC_020053	TCACA	2	10	252634	252643	40 %	20 %	0 %	40 %	436737069
122	NC_020053	ATTTA	2	10	252820	252829	40 %	60 %	0 %	0 %	436737070
123	NC_020053	AGTGA	2	10	253698	253707	40 %	20 %	40 %	0 %	436737071
124	NC_020053	GGGTA	2	10	253803	253812	20 %	20 %	60 %	0 %	436737071
125	NC_020053	CAAGC	2	10	255863	255872	40 %	0 %	20 %	40 %	436737073
126	NC_020053	TAATT	2	10	256319	256328	40 %	60 %	0 %	0 %	436737073
127	NC_020053	AGAAT	2	10	259445	259454	60 %	20 %	20 %	0 %	436737076
128	NC_020053	TCAAG	2	10	264143	264152	40 %	20 %	20 %	20 %	436737083
129	NC_020053	TCGAT	2	10	267003	267012	20 %	40 %	20 %	20 %	436737088
130	NC_020053	AAGGC	2	10	268581	268590	40 %	0 %	40 %	20 %	436737089
131	NC_020053	GCCTC	2	10	273717	273726	0 %	20 %	20 %	60 %	436737093
132	NC_020053	AGGCT	2	10	278429	278438	20 %	20 %	40 %	20 %	436737097
133	NC_020053	CACAG	2	10	281773	281782	40 %	0 %	20 %	40 %	436737104
134	NC_020053	AGTTG	2	10	286218	286227	20 %	40 %	40 %	0 %	436737105
135	NC_020053	TGACT	2	10	291204	291213	20 %	40 %	20 %	20 %	436737114
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167	NC_020053	TTGGA	2	10	346771	346780	20 %	40 %	40 %	0 %	436737162
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172	NC_020053	ATTAA	2	10	351032	351041	60 %	40 %	0 %	0 %	436737166
173	NC_020053	AAGTC	2	10	353079	353088	40 %	20 %	20 %	20 %	436737166
174	NC_020053	TTACC	2	10	354184	354193	20 %	40 %	0 %	40 %	436737166
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177	NC_020053	CATAT	2	10	358118	358127	40 %	40 %	0 %	20 %	436737168
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216	NC_020053	TAGAG	2	10	444997	445006	40 %	20 %	40 %	0 %	436737242

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.