MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Cylindrospermum stagnale PCC 7417 plasmid pCYLST.01

Total Repeats: 133

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020050	TCAGCA	2	12	124	135	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	436669980
2	NC_020050	GCTAGG	2	12	10808	10819	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	436669986
3	NC_020050	GATGTT	2	12	14960	14971	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	436669990
4	NC_020050	TATGGG	2	12	27761	27772	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	436670001
5	NC_020050	GATTTG	2	12	31782	31793	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	436670003
6	NC_020050	GGAACT	2	12	41684	41695	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436670011
7	NC_020050	AATCCC	2	12	41891	41902	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	436670011
8	NC_020050	CAAACT	2	12	47000	47011	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	436670011
9	NC_020050	GTTGAA	2	12	47782	47793	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	436670013
10	NC_020050	GCAACG	2	12	48390	48401	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	436670015
11	NC_020050	GGTTAA	2	12	49511	49522	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	436670016
12	NC_020050	GATACT	2	12	55849	55860	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	436670021
13	NC_020050	TATTCA	2	12	57307	57318	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	436670023
14	NC_020050	GCACTT	2	12	59471	59482	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	436670024
15	NC_020050	CTTTGG	2	12	59591	59602	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	436670024
16	NC_020050	AGGAAC	2	12	61721	61732	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	436670024
17	NC_020050	GCTCAT	2	12	62415	62426	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	436670024
18	NC_020050	GCTTTA	2	12	62944	62955	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	436670024
19	NC_020050	TCGTCC	2	12	63953	63964	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	436670024
20	NC_020050	GCTGGT	2	12	66937	66948	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	436670025
21	NC_020050	TAGCAG	2	12	67469	67480	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436670025
22	NC_020050	GCCTTA	2	12	68518	68529	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	436670025
23	NC_020050	CAATTA	2	12	75451	75462	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	436670026
24	NC_020050	GAATTA	2	12	75916	75927	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	436670026
25	NC_020050	ATTGCT	2	12	82663	82674	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	436670028
26	NC_020050	TAGTGG	2	12	92499	92510	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	436670030
27	NC_020050	TATTTT	2	12	94175	94186	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	436670032
28	NC_020050	TAAAAT	2	12	94494	94505	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	436670033
29	NC_020050	GCTAAA	2	12	94815	94826	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	436670034
30	NC_020050	ATAAGC	2	12	96676	96687	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	436670035
31	NC_020050	CAAGAA	2	12	98708	98719	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	436670036
32	NC_020050	TTGTCA	2	12	104342	104353	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	436670039
33	NC_020050	TGTTCC	2	12	106019	106030	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	436670041
34	NC_020050	ACATAG	2	12	111711	111722	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	436670043
35	NC_020050	GTTGAA	2	12	113506	113517	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	436670044
36	NC_020050	TATCTT	2	12	119977	119988	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	436670049
37	NC_020050	GTTGAA	2	12	124219	124230	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	436670053
38	NC_020050	TTCGGT	2	12	124435	124446	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	436670053
39	NC_020050	GTTCTG	2	12	130587	130598	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	436670061
40	NC_020050	AATGGT	2	12	130771	130782	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	436670061
41	NC_020050	AGATGA	2	12	132994	133005	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	436670065
42	NC_020050	CCAAAT	2	12	134013	134024	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	436670065
43	NC_020050	TAGCGT	2	12	134092	134103	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	436670065
44	NC_020050	GCGATC	2	12	135155	135166	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	436670065
45	NC_020050	TAGCTG	2	12	135498	135509	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	436670066
46	NC_020050	GAGTCA	2	12	137479	137490	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436670068
47	NC_020050	GAGAAA	2	12	138690	138701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	436670070
48	NC_020050	AATGTA	2	12	141544	141555	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	436670071
49	NC_020050	AAAAAG	2	12	142060	142071	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	436670071
50	NC_020050	AGCTAC	2	12	143184	143195	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	436670071
51	NC_020050	TTGAGA	2	12	147695	147706	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	436670074
52	NC_020050	AAGATG	2	12	151231	151242	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	436670078
53	NC_020050	CCAAAT	2	12	152356	152367	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	436670078
54	NC_020050	GCGATC	2	12	153498	153509	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	436670078
55	NC_020050	CCATAA	2	12	154102	154113	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	436670079
56	NC_020050	GAGTCA	2	12	156652	156663	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436670082
57	NC_020050	GAGAAA	2	12	157886	157897	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	436670084
58	NC_020050	CTGTTG	2	12	159180	159191	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	436670084
59	NC_020050	CCAAAG	2	12	160657	160668	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	436670086
60	NC_020050	GGCGGT	2	12	163547	163558	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	436670088
61	NC_020050	TTGGCA	2	12	165494	165505	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	436670088
62	NC_020050	AAACCA	2	12	166107	166118	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	436670088
63	NC_020050	CTTCAC	2	12	181037	181048	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	436670102
64	NC_020050	CTTCAC	2	12	181115	181126	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	436670102
65	NC_020050	CTTCAC	2	12	181193	181204	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	436670102
66	NC_020050	TGGTTC	2	12	181278	181289	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	436670102
67	NC_020050	TGAGGA	2	12	184699	184710	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	436670104
68	NC_020050	TGCGGA	2	12	186794	186805	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	436670106
69	NC_020050	ATGTTC	2	12	189619	189630	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	436670108
70	NC_020050	TAGTTC	2	12	191025	191036	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	436670110
71	NC_020050	AGAGTT	2	12	191076	191087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	436670110
72	NC_020050	TTTTAA	2	12	194539	194550	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	436670112
73	NC_020050	AGAGCA	2	12	194731	194742	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	436670112
74	NC_020050	ACCTTC	2	12	195660	195671	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	436670114
75	NC_020050	TTGGGT	2	12	199680	199691	0 %	50 %	50 %	0 %	436670117
76	NC_020050	ATAGGC	2	12	201205	201216	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436670118
77	NC_020050	CGGTTG	2	12	202283	202294	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	436670118
78	NC_020050	TTGCCA	2	12	205786	205797	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	436670120
79	NC_020050	AGTAGG	2	12	212109	212120	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	436670125
80	NC_020050	TTCTGG	2	12	212250	212261	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	436670125
81	NC_020050	TTATGC	2	12	221921	221932	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	436670130
82	NC_020050	AAACAG	2	12	222055	222066	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	436670130
83	NC_020050	TCCAAA	2	12	224355	224366	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	436670131
84	NC_020050	ATGAGC	2	12	225403	225414	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436670132
85	NC_020050	AATAGA	2	12	226123	226134	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	436670132
86	NC_020050	CTTTCT	2	12	227844	227855	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	436670134
87	NC_020050	CTTTTT	2	12	228865	228876	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	436670134
88	NC_020050	TCATCC	2	12	229393	229404	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	436670135
89	NC_020050	TATCAA	2	12	230422	230433	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	436670137
90	NC_020050	TCTTTA	2	12	232032	232043	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	436670139
91	NC_020050	TGGTAT	2	12	235540	235551	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	436670140
92	NC_020050	TCTGGT	2	12	239290	239301	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	436670142
93	NC_020050	TGACGT	2	12	239573	239584	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	436670142
94	NC_020050	GAGTAC	2	12	251103	251114	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	436670150
95	NC_020050	TCGGCT	2	12	251822	251833	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	436670150
96	NC_020050	GTTAGA	2	12	254645	254656	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	436670153
97	NC_020050	AGTGAT	2	12	255168	255179	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	436670154
98	NC_020050	GTTAAA	2	12	263841	263852	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	436670158
99	NC_020050	CCGCAC	2	12	268465	268476	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	436670162
100	NC_020050	CTAGGG	2	12	272473	272484	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	436670163
101	NC_020050	TTTTGG	2	12	273499	273510	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	436670163
102	NC_020050	TTCCTG	2	12	278557	278568	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	436670166
103	NC_020050	ATTAAG	2	12	283726	283737	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	436670169
104	NC_020050	TCTGAT	2	12	287415	287426	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	436670171
105	NC_020050	TAAAGT	3	18	288644	288661	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	436670171
106	NC_020050	GTAACT	2	12	291645	291656	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	436670171
107	NC_020050	GCGGTA	2	12	293011	293022	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	436670172
108	NC_020050	CTTTCT	2	12	295671	295682	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	436670173
109	NC_020050	ACAAAA	2	12	297053	297064	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	436670175
110	NC_020050	AAATTC	2	12	298188	298199	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	436670175
111	NC_020050	GGTAGT	2	12	300044	300055	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	436670175
112	NC_020050	GATTTG	2	12	302528	302539	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	436670178
113	NC_020050	TCCCAC	2	12	309479	309490	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	436670183
114	NC_020050	TAATTT	2	12	316474	316485	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	436670187
115	NC_020050	CATTTT	2	12	317162	317173	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	436670188
116	NC_020050	TCAACA	2	12	324243	324254	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	436670195
117	NC_020050	GATATT	2	12	342831	342842	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	436670211
118	NC_020050	GGTTAG	2	12	357966	357977	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	436670215
119	NC_020050	TGTTTG	2	12	358012	358023	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	436670215
120	NC_020050	CAGCTG	2	12	360326	360337	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	436670217
121	NC_020050	CAAGCA	2	12	362894	362905	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	436670219
122	NC_020050	GAACGG	2	12	367715	367726	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	436670223
123	NC_020050	TGGATG	2	12	373685	373696	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	436670227
124	NC_020050	AGATTT	2	12	376185	376196	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	436670228
125	NC_020050	AAATCT	2	12	384737	384748	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	436670231
126	NC_020050	TAAAAA	2	12	389537	389548	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	436670234
127	NC_020050	CAAACT	2	12	395567	395578	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	436670236
128	NC_020050	AGCAAA	2	12	407187	407198	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	436670243
129	NC_020050	CTTACA	2	12	407608	407619	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	436670243
130	NC_020050	ATCCCG	2	12	416583	416594	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	436670247
131	NC_020050	GGGTGT	2	12	426375	426386	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	436670255
132	NC_020050	GTGCGG	2	12	426629	426640	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	436670255
133	NC_020050	CAAAGG	2	12	430882	430893	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	436670260

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.