MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Cylindrospermum stagnale PCC 7417 plasmid pCYLST.01

Total Repeats: 160

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020050	AGCGC	2	10	709	718	20 %	0 %	40 %	40 %	436669980
2	NC_020050	CTAAA	2	10	1269	1278	60 %	20 %	0 %	20 %	436669980
3	NC_020050	ACAAG	2	10	8488	8497	60 %	0 %	20 %	20 %	436669983
4	NC_020050	TGAAG	2	10	10164	10173	40 %	20 %	40 %	0 %	436669985
5	NC_020050	CGTCC	2	10	11075	11084	0 %	20 %	20 %	60 %	436669986
6	NC_020050	CTGGA	2	10	11510	11519	20 %	20 %	40 %	20 %	436669986
7	NC_020050	GTTGT	2	10	11630	11639	0 %	60 %	40 %	0 %	436669986
8	NC_020050	TTGGT	2	10	14261	14270	0 %	60 %	40 %	0 %	436669990
9	NC_020050	CTGCA	2	10	14495	14504	20 %	20 %	20 %	40 %	436669990
10	NC_020050	TGTTT	2	10	15245	15254	0 %	80 %	20 %	0 %	436669990
11	NC_020050	CACCG	2	10	19207	19216	20 %	0 %	20 %	60 %	436669992
12	NC_020050	ACAAA	2	10	19941	19950	80 %	0 %	0 %	20 %	436669993
13	NC_020050	GCTAT	2	10	20398	20407	20 %	40 %	20 %	20 %	436669993
14	NC_020050	ATGGC	2	10	20773	20782	20 %	20 %	40 %	20 %	436669993
15	NC_020050	GTTTT	2	10	25527	25536	0 %	80 %	20 %	0 %	436670000
16	NC_020050	TTTCT	2	10	28757	28766	0 %	80 %	0 %	20 %	436670001
17	NC_020050	ATTAA	2	10	36239	36248	60 %	40 %	0 %	0 %	436670009
18	NC_020050	CATAG	2	10	36963	36972	40 %	20 %	20 %	20 %	436670010
19	NC_020050	ATTTT	2	10	37019	37028	20 %	80 %	0 %	0 %	436670010
20	NC_020050	ATTTT	2	10	37522	37531	20 %	80 %	0 %	0 %	436670010
21	NC_020050	TTGTC	2	10	39060	39069	0 %	60 %	20 %	20 %	436670010
22	NC_020050	GTTAT	2	10	39947	39956	20 %	60 %	20 %	0 %	436670010
23	NC_020050	TGGAT	2	10	39972	39981	20 %	40 %	40 %	0 %	436670010
24	NC_020050	CCAAC	2	10	40280	40289	40 %	0 %	0 %	60 %	436670010
25	NC_020050	GATTG	2	10	44794	44803	20 %	40 %	40 %	0 %	436670011
26	NC_020050	CGCTT	2	10	45963	45972	0 %	40 %	20 %	40 %	436670011
27	NC_020050	TCAAT	2	10	46812	46821	40 %	40 %	0 %	20 %	436670011
28	NC_020050	GTTCG	2	10	48214	48223	0 %	40 %	40 %	20 %	436670014
29	NC_020050	TACGT	2	10	57655	57664	20 %	40 %	20 %	20 %	436670023
30	NC_020050	GTACG	2	10	60089	60098	20 %	20 %	40 %	20 %	436670024
31	NC_020050	AGCAA	2	10	61856	61865	60 %	0 %	20 %	20 %	436670024
32	NC_020050	GCACA	2	10	62857	62866	40 %	0 %	20 %	40 %	436670024
33	NC_020050	GTGAA	2	10	64024	64033	40 %	20 %	40 %	0 %	436670024
34	NC_020050	TGGAA	2	10	64409	64418	40 %	20 %	40 %	0 %	436670024
35	NC_020050	CAGGG	2	10	68189	68198	20 %	0 %	60 %	20 %	436670025
36	NC_020050	TGTAT	2	10	68313	68322	20 %	60 %	20 %	0 %	436670025
37	NC_020050	GGAAA	2	10	69387	69396	60 %	0 %	40 %	0 %	436670025
38	NC_020050	ACTGA	2	10	75529	75538	40 %	20 %	20 %	20 %	436670026
39	NC_020050	GGCTT	2	10	77257	77266	0 %	40 %	40 %	20 %	436670026
40	NC_020050	GGAAT	2	10	79453	79462	40 %	20 %	40 %	0 %	436670027
41	NC_020050	TGTAT	2	10	80366	80375	20 %	60 %	20 %	0 %	436670028
42	NC_020050	GTAGT	2	10	81875	81884	20 %	40 %	40 %	0 %	436670028
43	NC_020050	TTGGA	2	10	83502	83511	20 %	40 %	40 %	0 %	436670028
44	NC_020050	ATACC	2	10	84083	84092	40 %	20 %	0 %	40 %	436670028
45	NC_020050	TCAAA	2	10	86907	86916	60 %	20 %	0 %	20 %	436670029
46	NC_020050	AACTT	2	10	86995	87004	40 %	40 %	0 %	20 %	436670029
47	NC_020050	CTGGT	2	10	88856	88865	0 %	40 %	40 %	20 %	436670029
48	NC_020050	AAACA	2	10	89406	89415	80 %	0 %	0 %	20 %	436670029
49	NC_020050	ATTCT	2	10	94293	94302	20 %	60 %	0 %	20 %	436670032
50	NC_020050	TAATT	2	10	97186	97195	40 %	60 %	0 %	0 %	436670036
51	NC_020050	CAGGG	2	10	99648	99657	20 %	0 %	60 %	20 %	436670037
52	NC_020050	GCATC	2	10	104142	104151	20 %	20 %	20 %	40 %	436670039
53	NC_020050	TGGAA	2	10	114773	114782	40 %	20 %	40 %	0 %	436670045
54	NC_020050	TAGTC	2	10	116448	116457	20 %	40 %	20 %	20 %	436670046
55	NC_020050	ATGAC	2	10	117200	117209	40 %	20 %	20 %	20 %	436670047
56	NC_020050	CAAAT	2	10	123493	123502	60 %	20 %	0 %	20 %	436670052
57	NC_020050	ATGTT	2	10	124553	124562	20 %	60 %	20 %	0 %	436670053
58	NC_020050	GTTCA	2	10	125654	125663	20 %	40 %	20 %	20 %	436670054
59	NC_020050	ATTTG	2	10	129754	129763	20 %	60 %	20 %	0 %	436670058
60	NC_020050	TGCTG	2	10	129830	129839	0 %	40 %	40 %	20 %	436670059
61	NC_020050	TTTGC	2	10	130886	130895	0 %	60 %	20 %	20 %	436670062
62	NC_020050	CCTCT	2	10	133792	133801	0 %	40 %	0 %	60 %	436670065
63	NC_020050	CCTAG	2	10	134186	134195	20 %	20 %	20 %	40 %	436670065
64	NC_020050	TCACC	2	10	136093	136102	20 %	20 %	0 %	60 %	436670066
65	NC_020050	CTAGA	2	10	138327	138336	40 %	20 %	20 %	20 %	436670069
66	NC_020050	TCACC	2	10	139163	139172	20 %	20 %	0 %	60 %	436670070
67	NC_020050	ACGGG	2	10	150815	150824	20 %	0 %	60 %	20 %	436670078
68	NC_020050	AGCCA	2	10	151953	151962	40 %	0 %	20 %	40 %	436670078
69	NC_020050	CCTCT	2	10	152135	152144	0 %	40 %	0 %	60 %	436670078
70	NC_020050	CCTAG	2	10	152529	152538	20 %	20 %	20 %	40 %	436670078
71	NC_020050	GTGGA	2	10	153387	153396	20 %	20 %	60 %	0 %	436670078
72	NC_020050	CAAAT	2	10	154122	154131	60 %	20 %	0 %	20 %	436670079
73	NC_020050	TCACC	2	10	155267	155276	20 %	20 %	0 %	60 %	436670081
74	NC_020050	CTAGA	2	10	157523	157532	40 %	20 %	20 %	20 %	436670083
75	NC_020050	ATTGT	2	10	158090	158099	20 %	60 %	20 %	0 %	436670084
76	NC_020050	GCAAG	2	10	162578	162587	40 %	0 %	40 %	20 %	436670088
77	NC_020050	ACCTG	2	10	179526	179535	20 %	20 %	20 %	40 %	436670101
78	NC_020050	GAATA	2	10	181520	181529	60 %	20 %	20 %	0 %	436670102
79	NC_020050	TAGCG	2	10	183384	183393	20 %	20 %	40 %	20 %	436670103
80	NC_020050	ATTTA	2	10	184368	184377	40 %	60 %	0 %	0 %	436670104
81	NC_020050	CCTTG	2	10	186068	186077	0 %	40 %	20 %	40 %	436670106
82	NC_020050	ACCGC	2	10	186445	186454	20 %	0 %	20 %	60 %	436670106
83	NC_020050	CAGAG	2	10	188756	188765	40 %	0 %	40 %	20 %	436670107
84	NC_020050	TTTGT	2	10	189833	189842	0 %	80 %	20 %	0 %	436670108
85	NC_020050	TTGGC	2	10	190029	190038	0 %	40 %	40 %	20 %	436670109
86	NC_020050	TAGCC	2	10	195022	195031	20 %	20 %	20 %	40 %	436670113
87	NC_020050	TTCCA	2	10	197138	197147	20 %	40 %	0 %	40 %	436670115
88	NC_020050	TTCTG	2	10	198980	198989	0 %	60 %	20 %	20 %	436670116
89	NC_020050	TTGAA	2	10	200506	200515	40 %	40 %	20 %	0 %	436670117
90	NC_020050	CTGCG	2	10	203074	203083	0 %	20 %	40 %	40 %	436670118
91	NC_020050	TGCTG	2	10	204843	204852	0 %	40 %	40 %	20 %	436670120
92	NC_020050	AGGAT	2	10	208219	208228	40 %	20 %	40 %	0 %	436670122
93	NC_020050	TAATT	2	10	212703	212712	40 %	60 %	0 %	0 %	436670126
94	NC_020050	CATGA	2	10	226006	226015	40 %	20 %	20 %	20 %	436670132
95	NC_020050	CAATG	2	10	232905	232914	40 %	20 %	20 %	20 %	436670139
96	NC_020050	ATTTC	2	10	233442	233451	20 %	60 %	0 %	20 %	436670139
97	NC_020050	TTTGA	2	10	242684	242693	20 %	60 %	20 %	0 %	436670144
98	NC_020050	GTTTT	2	10	245930	245939	0 %	80 %	20 %	0 %	436670147
99	NC_020050	AAAGC	2	10	247789	247798	60 %	0 %	20 %	20 %	436670148
100	NC_020050	GGGCT	2	10	250702	250711	0 %	20 %	60 %	20 %	436670150
101	NC_020050	TTGGG	2	10	252080	252089	0 %	40 %	60 %	0 %	436670150
102	NC_020050	CTGAA	2	10	258241	258250	40 %	20 %	20 %	20 %	436670154
103	NC_020050	GGGTA	2	10	268597	268606	20 %	20 %	60 %	0 %	436670162
104	NC_020050	AATAG	2	10	269657	269666	60 %	20 %	20 %	0 %	436670162
105	NC_020050	ATTAA	2	10	270743	270752	60 %	40 %	0 %	0 %	436670162
106	NC_020050	GATTT	2	10	273523	273532	20 %	60 %	20 %	0 %	436670163
107	NC_020050	GCAAT	2	10	274986	274995	40 %	20 %	20 %	20 %	436670164
108	NC_020050	TAACG	2	10	277385	277394	40 %	20 %	20 %	20 %	436670165
109	NC_020050	GCTAC	2	10	278652	278661	20 %	20 %	20 %	40 %	436670166
110	NC_020050	TGCAA	2	10	280138	280147	40 %	20 %	20 %	20 %	436670167
111	NC_020050	GCCCG	2	10	282187	282196	0 %	0 %	40 %	60 %	436670168
112	NC_020050	CTGAT	2	10	282568	282577	20 %	40 %	20 %	20 %	436670168
113	NC_020050	TGACT	2	10	288079	288088	20 %	40 %	20 %	20 %	436670171
114	NC_020050	AGTCG	2	10	290164	290173	20 %	20 %	40 %	20 %	436670171
115	NC_020050	TGCTT	2	10	290375	290384	0 %	60 %	20 %	20 %	436670171
116	NC_020050	AGCAA	2	10	291440	291449	60 %	0 %	20 %	20 %	436670171
117	NC_020050	AGTGA	2	10	292555	292564	40 %	20 %	40 %	0 %	436670172
118	NC_020050	CAGAT	2	10	297333	297342	40 %	20 %	20 %	20 %	436670175
119	NC_020050	GATCA	2	10	299500	299509	40 %	20 %	20 %	20 %	436670175
120	NC_020050	GTAGT	2	10	309854	309863	20 %	40 %	40 %	0 %	436670183
121	NC_020050	TGGAT	2	10	316011	316020	20 %	40 %	40 %	0 %	436670186
122	NC_020050	CAAAA	2	10	323960	323969	80 %	0 %	0 %	20 %	436670195
123	NC_020050	ACCAA	2	10	324946	324955	60 %	0 %	0 %	40 %	436670195
124	NC_020050	GAAAT	2	10	328143	328152	60 %	20 %	20 %	0 %	436670198
125	NC_020050	ATCAT	2	10	328369	328378	40 %	40 %	0 %	20 %	436670199
126	NC_020050	AATCA	2	10	328599	328608	60 %	20 %	0 %	20 %	436670199
127	NC_020050	AGATG	2	10	328731	328740	40 %	20 %	40 %	0 %	436670199
128	NC_020050	GCAAT	2	10	329893	329902	40 %	20 %	20 %	20 %	436670200
129	NC_020050	GGCGT	2	10	333925	333934	0 %	20 %	60 %	20 %	436670204
130	NC_020050	TCCCT	2	10	336488	336497	0 %	40 %	0 %	60 %	436670208
131	NC_020050	AAGCC	2	10	339315	339324	40 %	0 %	20 %	40 %	436670209
132	NC_020050	CTTGT	2	10	342070	342079	0 %	60 %	20 %	20 %	436670211
133	NC_020050	TAGTT	2	10	343712	343721	20 %	60 %	20 %	0 %	436670211
134	NC_020050	GAAGA	2	10	344238	344247	60 %	0 %	40 %	0 %	436670211
135	NC_020050	TTGTC	2	10	344976	344985	0 %	60 %	20 %	20 %	436670212
136	NC_020050	CATTG	2	10	350503	350512	20 %	40 %	20 %	20 %	436670213
137	NC_020050	AACTT	2	10	353042	353051	40 %	40 %	0 %	20 %	436670214
138	NC_020050	CTTAT	2	10	357066	357075	20 %	60 %	0 %	20 %	436670215
139	NC_020050	CTTGA	2	10	357595	357604	20 %	40 %	20 %	20 %	436670215
140	NC_020050	AAATT	2	10	363264	363273	60 %	40 %	0 %	0 %	436670219
141	NC_020050	ATTGC	2	10	365802	365811	20 %	40 %	20 %	20 %	436670222
142	NC_020050	AAATA	2	10	365987	365996	80 %	20 %	0 %	0 %	436670222
143	NC_020050	AGTCA	2	10	367972	367981	40 %	20 %	20 %	20 %	436670223
144	NC_020050	AAGCA	2	10	381286	381295	60 %	0 %	20 %	20 %	436670229
145	NC_020050	AACTC	2	10	381532	381541	40 %	20 %	0 %	40 %	436670229
146	NC_020050	AGTGA	2	10	382255	382264	40 %	20 %	40 %	0 %	436670230
147	NC_020050	TCACA	2	10	394763	394772	40 %	20 %	0 %	40 %	436670236
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149	NC_020050	ACTTT	2	10	397679	397688	20 %	60 %	0 %	20 %	436670236
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151	NC_020050	ATGGG	2	10	400550	400559	20 %	20 %	60 %	0 %	436670238
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154	NC_020050	AATAG	2	10	407515	407524	60 %	20 %	20 %	0 %	436670243
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156	NC_020050	CTGAA	2	10	414046	414055	40 %	20 %	20 %	20 %	436670246
157	NC_020050	GAAAA	2	10	419855	419864	80 %	0 %	20 %	0 %	436670250
158	NC_020050	CAAGG	2	10	422802	422811	40 %	0 %	40 %	20 %	436670253
159	NC_020050	CACGG	2	10	422916	422925	20 %	0 %	40 %	40 %	436670253
160	NC_020050	GTGAA	2	10	425076	425085	40 %	20 %	40 %	0 %	436670254

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.