MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Natronococcus occultus SP4 plasmid 2

Total Repeats: 233

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019976	TCAGC	2	10	2805	2814	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_019976	CTTAT	2	10	2867	2876	20 %	60 %	0 %	20 %	435849399
3	NC_019976	ATGAG	2	10	3182	3191	40 %	20 %	40 %	0 %	435849399
4	NC_019976	AAGCG	2	10	4901	4910	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_019976	TGCGT	2	10	5741	5750	0 %	40 %	40 %	20 %	435849400
6	NC_019976	CGTCG	2	10	8276	8285	0 %	20 %	40 %	40 %	435849401
7	NC_019976	TCGAT	2	10	8753	8762	20 %	40 %	20 %	20 %	435849401
8	NC_019976	CGAGG	2	10	16213	16222	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_019976	CGATC	2	10	16335	16344	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_019976	GGTGA	2	10	19062	19071	20 %	20 %	60 %	0 %	435849408
11	NC_019976	GATCG	2	10	19691	19700	20 %	20 %	40 %	20 %	435849409
12	NC_019976	GCCAA	2	10	19847	19856	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_019976	GATCC	2	10	23450	23459	20 %	20 %	20 %	40 %	435849413
14	NC_019976	TCGTT	2	10	26296	26305	0 %	60 %	20 %	20 %	435849415
15	NC_019976	CCTGG	2	10	26867	26876	0 %	20 %	40 %	40 %	435849415
16	NC_019976	AAGCG	2	10	28305	28314	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_019976	TCTCC	2	10	28884	28893	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
18	NC_019976	TCCCC	2	10	28900	28909	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
19	NC_019976	TATCG	2	10	29002	29011	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_019976	CGATT	2	10	29674	29683	20 %	40 %	20 %	20 %	435849417
21	NC_019976	AGGAC	2	10	30075	30084	40 %	0 %	40 %	20 %	435849418
22	NC_019976	CAGTT	2	10	30189	30198	20 %	40 %	20 %	20 %	435849418
23	NC_019976	TCATA	2	10	30485	30494	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_019976	ATTAA	2	10	30496	30505	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_019976	TGTGT	2	10	34550	34559	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019976	ACTCA	2	10	36246	36255	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_019976	CGATT	2	10	37099	37108	20 %	40 %	20 %	20 %	435849427
28	NC_019976	GGTTC	2	10	38205	38214	0 %	40 %	40 %	20 %	435849428
29	NC_019976	TCGAC	2	10	39877	39886	20 %	20 %	20 %	40 %	435849429
30	NC_019976	CTCGC	2	10	43649	43658	0 %	20 %	20 %	60 %	435849434
31	NC_019976	GAGAT	2	10	46176	46185	40 %	20 %	40 %	0 %	435849438
32	NC_019976	TCCTC	2	10	47538	47547	0 %	40 %	0 %	60 %	435849440
33	NC_019976	CTTCG	2	10	47704	47713	0 %	40 %	20 %	40 %	435849440
34	NC_019976	ACAGC	2	10	48399	48408	40 %	0 %	20 %	40 %	435849440
35	NC_019976	AACTC	2	10	49159	49168	40 %	20 %	0 %	40 %	435849441
36	NC_019976	CGGAG	2	10	49474	49483	20 %	0 %	60 %	20 %	435849441
37	NC_019976	TGCGG	2	10	52352	52361	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
38	NC_019976	TCTGC	2	10	53215	53224	0 %	40 %	20 %	40 %	435849443
39	NC_019976	TCGGT	2	10	53343	53352	0 %	40 %	40 %	20 %	435849444
40	NC_019976	GTTGT	2	10	54248	54257	0 %	60 %	40 %	0 %	435849445
41	NC_019976	TCCCG	2	10	54374	54383	0 %	20 %	20 %	60 %	435849445
42	NC_019976	TTCCG	2	10	55675	55684	0 %	40 %	20 %	40 %	435849448
43	NC_019976	GTTCC	2	10	55758	55767	0 %	40 %	20 %	40 %	435849448
44	NC_019976	GTCGC	2	10	56346	56355	0 %	20 %	40 %	40 %	435849449
45	NC_019976	GGGAC	2	10	57009	57018	20 %	0 %	60 %	20 %	435849449
46	NC_019976	CCGTC	2	10	57968	57977	0 %	20 %	20 %	60 %	435849450
47	NC_019976	GCCAC	2	10	59153	59162	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
48	NC_019976	CGATC	2	10	60487	60496	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_019976	GCCGA	2	10	64620	64629	20 %	0 %	40 %	40 %	435849457
50	NC_019976	CGGTC	2	10	65461	65470	0 %	20 %	40 %	40 %	435849458
51	NC_019976	CTTTT	2	10	68460	68469	0 %	80 %	0 %	20 %	435849461
52	NC_019976	TCGAA	2	10	68528	68537	40 %	20 %	20 %	20 %	435849461
53	NC_019976	CGAAC	2	10	68593	68602	40 %	0 %	20 %	40 %	435849461
54	NC_019976	CGGAT	2	10	70900	70909	20 %	20 %	40 %	20 %	435849461
55	NC_019976	TGGTG	2	10	74953	74962	0 %	40 %	60 %	0 %	435849462
56	NC_019976	CCCAT	2	10	75676	75685	20 %	20 %	0 %	60 %	435849463
57	NC_019976	GTCGG	2	10	76481	76490	0 %	20 %	60 %	20 %	435849464
58	NC_019976	CCACG	2	10	76820	76829	20 %	0 %	20 %	60 %	435849464
59	NC_019976	TCCCG	2	10	77832	77841	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
60	NC_019976	CTTCG	2	10	78980	78989	0 %	40 %	20 %	40 %	435849467
61	NC_019976	CGTCG	2	10	83294	83303	0 %	20 %	40 %	40 %	435849471
62	NC_019976	CCGTC	2	10	83602	83611	0 %	20 %	20 %	60 %	435849471
63	NC_019976	TGTCG	2	10	89633	89642	0 %	40 %	40 %	20 %	435849476
64	NC_019976	TCGGT	2	10	89662	89671	0 %	40 %	40 %	20 %	435849476
65	NC_019976	GATCG	2	10	90506	90515	20 %	20 %	40 %	20 %	435849477
66	NC_019976	GGAAC	2	10	90706	90715	40 %	0 %	40 %	20 %	435849477
67	NC_019976	TTCGG	2	10	93673	93682	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_019976	CCGTC	2	10	93817	93826	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
69	NC_019976	TCCCC	2	10	95937	95946	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
70	NC_019976	TCTCG	2	10	99061	99070	0 %	40 %	20 %	40 %	435849486
71	NC_019976	CGAAG	2	10	100028	100037	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_019976	CCGCC	2	10	102286	102295	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
73	NC_019976	TACGC	2	10	102478	102487	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_019976	CGGAA	2	10	103213	103222	40 %	0 %	40 %	20 %	435849489
75	NC_019976	TACGA	2	10	103545	103554	40 %	20 %	20 %	20 %	435849490
76	NC_019976	CGGAT	2	10	103894	103903	20 %	20 %	40 %	20 %	435849490
77	NC_019976	GTATC	2	10	104238	104247	20 %	40 %	20 %	20 %	435849491
78	NC_019976	GATCG	2	10	104521	104530	20 %	20 %	40 %	20 %	435849492
79	NC_019976	TTCCG	2	10	104973	104982	0 %	40 %	20 %	40 %	435849493
80	NC_019976	GCCGG	2	10	106397	106406	0 %	0 %	60 %	40 %	435849494
81	NC_019976	GGACG	2	10	107068	107077	20 %	0 %	60 %	20 %	435849495
82	NC_019976	CCAGC	2	10	109497	109506	20 %	0 %	20 %	60 %	435849497
83	NC_019976	TGTGG	2	10	113157	113166	0 %	40 %	60 %	0 %	435849498
84	NC_019976	CCGAC	2	10	114781	114790	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
85	NC_019976	CGTCG	2	10	114871	114880	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_019976	GGCGA	2	10	115149	115158	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
87	NC_019976	GGAAC	2	10	115911	115920	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_019976	GGACG	2	10	117448	117457	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
89	NC_019976	AAACC	2	10	118562	118571	60 %	0 %	0 %	40 %	435849500
90	NC_019976	GGCGA	2	10	120030	120039	20 %	0 %	60 %	20 %	435849501
91	NC_019976	CGGGA	2	10	120367	120376	20 %	0 %	60 %	20 %	435849501
92	NC_019976	GGACG	2	10	120709	120718	20 %	0 %	60 %	20 %	435849502
93	NC_019976	CGCGC	2	10	121588	121597	0 %	0 %	40 %	60 %	435849504
94	NC_019976	GAGCC	2	10	122613	122622	20 %	0 %	40 %	40 %	435849504
95	NC_019976	GGCGA	2	10	122646	122655	20 %	0 %	60 %	20 %	435849504
96	NC_019976	AGCGA	2	10	123814	123823	40 %	0 %	40 %	20 %	435849504
97	NC_019976	GCTCC	2	10	124345	124354	0 %	20 %	20 %	60 %	435849504
98	NC_019976	CGCGT	2	10	124476	124485	0 %	20 %	40 %	40 %	435849504
99	NC_019976	GTCGC	2	10	124530	124539	0 %	20 %	40 %	40 %	435849504
100	NC_019976	TCCGT	2	10	124749	124758	0 %	40 %	20 %	40 %	435849504
101	NC_019976	GACGG	2	10	125153	125162	20 %	0 %	60 %	20 %	435849505
102	NC_019976	AGGGA	2	10	125441	125450	40 %	0 %	60 %	0 %	435849505
103	NC_019976	GTCCC	2	10	126974	126983	0 %	20 %	20 %	60 %	435849507
104	NC_019976	CTAAA	2	10	129213	129222	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_019976	AGTTC	2	10	129416	129425	20 %	40 %	20 %	20 %	435849509
106	NC_019976	ATATA	2	10	131720	131729	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_019976	CGTTC	2	10	132252	132261	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_019976	CGGCG	2	10	132947	132956	0 %	0 %	60 %	40 %	435849513
109	NC_019976	CCGAT	2	10	133485	133494	20 %	20 %	20 %	40 %	435849514
110	NC_019976	TTGCG	2	10	136029	136038	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_019976	ACGGA	2	10	136100	136109	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
112	NC_019976	GTACG	2	10	136197	136206	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_019976	ACCTG	2	10	137198	137207	20 %	20 %	20 %	40 %	435849519
114	NC_019976	ACCGG	2	10	137506	137515	20 %	0 %	40 %	40 %	435849520
115	NC_019976	CGACG	2	10	137943	137952	20 %	0 %	40 %	40 %	435849521
116	NC_019976	GTACC	2	10	138658	138667	20 %	20 %	20 %	40 %	435849522
117	NC_019976	GTCGG	2	10	138833	138842	0 %	20 %	60 %	20 %	435849522
118	NC_019976	ACCGA	2	10	143139	143148	40 %	0 %	20 %	40 %	435849526
119	NC_019976	GGACT	2	10	144073	144082	20 %	20 %	40 %	20 %	435849526
120	NC_019976	GCTCG	2	10	148797	148806	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
121	NC_019976	CTCTC	2	10	148945	148954	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
122	NC_019976	ACAGA	2	10	149007	149016	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_019976	GGTCG	2	10	150810	150819	0 %	20 %	60 %	20 %	435849529
124	NC_019976	CCGGG	2	10	151571	151580	0 %	0 %	60 %	40 %	435849530
125	NC_019976	CGTCG	2	10	154678	154687	0 %	20 %	40 %	40 %	435849533
126	NC_019976	CGTTC	2	10	154852	154861	0 %	40 %	20 %	40 %	435849533
127	NC_019976	CGTTC	2	10	156083	156092	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
128	NC_019976	CAGCG	2	10	158170	158179	20 %	0 %	40 %	40 %	435849536
129	NC_019976	CGAAC	2	10	158301	158310	40 %	0 %	20 %	40 %	435849536
130	NC_019976	TCGGT	2	10	158533	158542	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_019976	CCGTT	2	10	159600	159609	0 %	40 %	20 %	40 %	435849537
132	NC_019976	CAAAG	2	10	160908	160917	60 %	0 %	20 %	20 %	435849538
133	NC_019976	TTTCG	2	10	161006	161015	0 %	60 %	20 %	20 %	435849538
134	NC_019976	TCGGC	2	10	162375	162384	0 %	20 %	40 %	40 %	435849539
135	NC_019976	CGTCG	2	10	163402	163411	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
136	NC_019976	GATCC	2	10	164213	164222	20 %	20 %	20 %	40 %	435849541
137	NC_019976	GCGTC	2	10	164585	164594	0 %	20 %	40 %	40 %	435849541
138	NC_019976	TCGAT	2	10	164887	164896	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_019976	TCGGC	2	10	165825	165834	0 %	20 %	40 %	40 %	435849542
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148	NC_019976	CTTGC	2	10	177049	177058	0 %	40 %	20 %	40 %	435849555
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164	NC_019976	ATCCG	2	10	193393	193402	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
165	NC_019976	CGTCC	2	10	193594	193603	0 %	20 %	20 %	60 %	435849569
166	NC_019976	GGGAC	2	10	196109	196118	20 %	0 %	60 %	20 %	435849570
167	NC_019976	GCGGG	2	10	196991	197000	0 %	0 %	80 %	20 %	435849570
168	NC_019976	GCGCC	2	10	198294	198303	0 %	0 %	40 %	60 %	435849571
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170	NC_019976	GATCG	2	10	200124	200133	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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172	NC_019976	ACCGA	2	10	206601	206610	40 %	0 %	20 %	40 %	435849581
173	NC_019976	TTAGA	2	10	206920	206929	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
174	NC_019976	GATCA	2	10	207509	207518	40 %	20 %	20 %	20 %	435849582
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176	NC_019976	TCCGA	2	10	212395	212404	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
177	NC_019976	TTGTG	2	10	212467	212476	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
178	NC_019976	GTTCG	2	10	213347	213356	0 %	40 %	40 %	20 %	435849588
179	NC_019976	AGCCG	2	10	213602	213611	20 %	0 %	40 %	40 %	435849588
180	NC_019976	AAGCG	2	10	214357	214366	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
181	NC_019976	CGAAC	2	10	216073	216082	40 %	0 %	20 %	40 %	435849589
182	NC_019976	CTCGA	2	10	216423	216432	20 %	20 %	20 %	40 %	435849589
183	NC_019976	ACGGC	2	10	217159	217168	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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189	NC_019976	TCACG	2	10	231276	231285	20 %	20 %	20 %	40 %	435849602
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191	NC_019976	CGACC	2	10	231825	231834	20 %	0 %	20 %	60 %	435849602
192	NC_019976	CCGTC	2	10	232269	232278	0 %	20 %	20 %	60 %	435849603
193	NC_019976	GGCGA	2	10	233153	233162	20 %	0 %	60 %	20 %	435849604
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211	NC_019976	TCGAC	2	10	256126	256135	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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229	NC_019976	ATCGA	2	10	278678	278687	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
230	NC_019976	CATGG	2	10	281336	281345	20 %	20 %	40 %	20 %	435849636
231	NC_019976	GATCA	2	10	282174	282183	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
232	NC_019976	TGGCC	2	10	284872	284881	0 %	20 %	40 %	40 %	435849639
233	NC_019976	GGAGT	2	10	286483	286492	20 %	20 %	60 %	0 %	435849640

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.