MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Natronococcus occultus SP4 plasmid 2

Total Repeats: 233

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019976	ACCC	2	8	2417	2424	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
2	NC_019976	TCAG	2	8	2779	2786	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_019976	ATTC	2	8	4256	4263	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_019976	ATCA	2	8	4674	4681	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_019976	CCGT	2	8	4720	4727	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_019976	AGAA	2	8	6413	6420	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019976	GTCC	2	8	6575	6582	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_019976	CTAC	2	8	6652	6659	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_019976	GGTC	2	8	6817	6824	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_019976	GGCA	2	8	7369	7376	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_019976	AGGT	2	8	9490	9497	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019976	ATTA	2	8	9502	9509	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_019976	GATA	2	8	9522	9529	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_019976	TTCT	2	8	9850	9857	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_019976	CCCG	2	8	12453	12460	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
16	NC_019976	TTTG	2	8	13764	13771	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_019976	AGCG	2	8	13974	13981	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_019976	GCCG	2	8	15221	15228	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
19	NC_019976	GAGC	2	8	16271	16278	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_019976	CGAC	2	8	17973	17980	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_019976	GAGC	2	8	17984	17991	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_019976	GTAC	2	8	18060	18067	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_019976	TCGG	2	8	18462	18469	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_019976	CTCG	2	8	18602	18609	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
25	NC_019976	TAGA	2	8	18611	18618	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019976	GAGC	2	8	22593	22600	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
27	NC_019976	ACGG	2	8	25532	25539	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_019976	TCGT	2	8	25627	25634	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_019976	CCTC	2	8	27459	27466	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
30	NC_019976	GTTG	2	8	27496	27503	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_019976	TGGG	2	8	28258	28265	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
32	NC_019976	AGGG	2	8	28318	28325	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
33	NC_019976	TCGG	2	8	31999	32006	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
34	NC_019976	CTTT	2	8	32151	32158	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_019976	TCGG	2	8	34492	34499	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
36	NC_019976	ACCG	2	8	36662	36669	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_019976	AATT	2	8	36948	36955	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019976	ATTA	2	8	37014	37021	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_019976	ATCT	2	8	38991	38998	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_019976	TTAT	2	8	39067	39074	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019976	AGTT	2	8	41513	41520	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_019976	CGGC	2	8	43004	43011	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
43	NC_019976	CCGA	2	8	44028	44035	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_019976	GAGC	2	8	45390	45397	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_019976	ACTC	2	8	46764	46771	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_019976	GGCT	2	8	46773	46780	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_019976	CAGC	2	8	46783	46790	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
48	NC_019976	CGTA	2	8	46934	46941	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_019976	CGCT	2	8	51313	51320	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_019976	TGTC	2	8	51438	51445	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_019976	AGCC	2	8	51802	51809	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
52	NC_019976	GAGC	2	8	52393	52400	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_019976	TCGT	2	8	55888	55895	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_019976	CGCT	2	8	55931	55938	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
55	NC_019976	TTTG	2	8	58258	58265	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019976	GAGG	2	8	58318	58325	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019976	CAAA	2	8	58330	58337	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_019976	GAAG	2	8	58360	58367	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019976	TTCG	2	8	58374	58381	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_019976	AAGT	2	8	58389	58396	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019976	CGGA	2	8	58568	58575	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_019976	ACAT	2	8	59110	59117	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_019976	GTCG	2	8	60044	60051	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_019976	ATCT	2	8	60069	60076	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_019976	GATC	2	8	60314	60321	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_019976	ACCG	2	8	60354	60361	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_019976	GATC	2	8	60461	60468	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_019976	TTCT	2	8	60547	60554	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_019976	TCGA	2	8	60616	60623	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_019976	TAGC	2	8	63252	63259	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_019976	CGGC	2	8	67465	67472	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NC_019976	TCCG	2	8	67663	67670	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
73	NC_019976	TAGA	2	8	75852	75859	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019976	TCGT	2	8	78543	78550	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_019976	CGTT	2	8	78555	78562	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_019976	GTTC	2	8	80507	80514	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_019976	CGAC	2	8	80656	80663	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_019976	CGAT	2	8	80670	80677	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_019976	GACC	2	8	80869	80876	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
80	NC_019976	GTTC	2	8	81607	81614	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_019976	CACC	2	8	81685	81692	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
82	NC_019976	TCGA	2	8	89874	89881	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_019976	GATC	2	8	93699	93706	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_019976	CAGC	2	8	93787	93794	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
85	NC_019976	GTTC	2	8	93950	93957	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_019976	TCGA	2	8	93984	93991	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_019976	GAAC	2	8	94027	94034	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_019976	TCGA	2	8	95276	95283	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_019976	CGGT	2	8	95284	95291	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_019976	GAAA	2	8	95332	95339	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019976	ACGG	2	8	98056	98063	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_019976	AGCG	2	8	98580	98587	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_019976	ACCG	2	8	99160	99167	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
94	NC_019976	GACG	2	8	99828	99835	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_019976	ACCG	2	8	100553	100560	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_019976	CGCC	2	8	101037	101044	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
97	NC_019976	GCGA	2	8	101062	101069	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_019976	GAAC	2	8	102211	102218	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_019976	TCGA	2	8	102567	102574	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_019976	CCTC	2	8	102580	102587	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
101	NC_019976	CCGA	2	8	102676	102683	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
102	NC_019976	TTGC	2	8	108265	108272	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_019976	GTCG	2	8	112129	112136	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
104	NC_019976	CGAT	2	8	112462	112469	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_019976	ATGC	2	8	113192	113199	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_019976	GGCC	2	8	115444	115451	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
107	NC_019976	CGAG	2	8	116124	116131	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_019976	ACCA	2	8	116495	116502	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_019976	GCCC	2	8	116671	116678	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
110	NC_019976	CGGC	2	8	116832	116839	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
111	NC_019976	CGAA	2	8	117459	117466	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_019976	CCGT	2	8	117760	117767	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_019976	GAAG	2	8	118213	118220	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_019976	GTGA	2	8	118362	118369	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_019976	CGGA	2	8	120764	120771	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_019976	GTCG	2	8	121010	121017	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
117	NC_019976	GCTC	2	8	121026	121033	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_019976	GTCG	2	8	121510	121517	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NC_019976	CGGA	2	8	124947	124954	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
120	NC_019976	CGTC	2	8	125770	125777	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
121	NC_019976	TTCT	2	8	128340	128347	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_019976	CAGC	3	12	129099	129110	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_019976	TAGA	2	8	131284	131291	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_019976	TAAC	2	8	131415	131422	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_019976	CTAA	2	8	131481	131488	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_019976	CATC	2	8	131641	131648	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_019976	CCTT	2	8	131708	131715	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_019976	ATAC	2	8	131889	131896	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_019976	AGCG	2	8	131932	131939	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
130	NC_019976	CGGA	2	8	132005	132012	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
131	NC_019976	GTTG	2	8	134484	134491	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_019976	ACGC	2	8	136260	136267	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_019976	CGAC	2	8	137560	137567	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
134	NC_019976	GTTC	2	8	137641	137648	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_019976	CGTC	2	8	138223	138230	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
136	NC_019976	CGCC	2	8	138235	138242	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
137	NC_019976	CGTC	2	8	139714	139721	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
138	NC_019976	CGAT	2	8	141576	141583	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_019976	TGTC	2	8	142909	142916	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_019976	CGTC	2	8	148713	148720	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
141	NC_019976	CGCC	2	8	151833	151840	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
142	NC_019976	ACCG	2	8	152467	152474	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
143	NC_019976	TGGG	2	8	152536	152543	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
144	NC_019976	GGAC	2	8	152622	152629	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
145	NC_019976	CGTT	2	8	157110	157117	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_019976	CGGT	2	8	157246	157253	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
147	NC_019976	GATC	2	8	157283	157290	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_019976	GGGT	2	8	157386	157393	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
149	NC_019976	CTTC	2	8	157424	157431	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_019976	GATT	2	8	157502	157509	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_019976	CCGA	2	8	157656	157663	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
152	NC_019976	GTGA	2	8	157706	157713	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
153	NC_019976	CAGG	2	8	159881	159888	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
154	NC_019976	CTCA	2	8	160231	160238	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
155	NC_019976	TCGA	2	8	160259	160266	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
156	NC_019976	GAGT	2	8	161803	161810	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
157	NC_019976	TCGC	2	8	161852	161859	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
158	NC_019976	ACCG	2	8	161862	161869	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
159	NC_019976	TACC	2	8	162040	162047	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
160	NC_019976	CGTT	3	12	162073	162084	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
161	NC_019976	TACA	2	8	163031	163038	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
162	NC_019976	GCGA	2	8	167266	167273	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
163	NC_019976	CGTC	2	8	176591	176598	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
164	NC_019976	TGGT	2	8	179070	179077	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
165	NC_019976	ACGA	2	8	188978	188985	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
166	NC_019976	CGAT	2	8	193270	193277	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
167	NC_019976	CCGG	2	8	199149	199156	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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169	NC_019976	CGGA	2	8	200417	200424	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
170	NC_019976	CGGA	2	8	203532	203539	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
171	NC_019976	GTCC	2	8	206505	206512	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
172	NC_019976	CCGA	2	8	206980	206987	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
173	NC_019976	CGAC	2	8	207008	207015	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
174	NC_019976	CGGT	2	8	207058	207065	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
175	NC_019976	CGAC	2	8	208018	208025	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
176	NC_019976	CCTC	2	8	209284	209291	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
177	NC_019976	CGTC	2	8	209301	209308	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
178	NC_019976	ATCG	2	8	209372	209379	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
179	NC_019976	AGGG	2	8	212739	212746	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
180	NC_019976	CGAC	2	8	215048	215055	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
181	NC_019976	TCGA	2	8	215354	215361	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
182	NC_019976	TCTA	2	8	217179	217186	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
183	NC_019976	GGAC	2	8	219294	219301	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
184	NC_019976	CGAC	2	8	228279	228286	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
185	NC_019976	GAAA	2	8	228472	228479	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
186	NC_019976	CGGA	2	8	228528	228535	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
187	NC_019976	ACCG	2	8	230193	230200	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
188	NC_019976	ATTT	2	8	230268	230275	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_019976	CGAC	2	8	230913	230920	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
190	NC_019976	CTGT	2	8	232123	232130	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
191	NC_019976	TCGA	2	8	235984	235991	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
192	NC_019976	TCGG	2	8	237527	237534	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
193	NC_019976	AGAT	2	8	242773	242780	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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195	NC_019976	CGAC	2	8	247032	247039	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
196	NC_019976	CCGG	2	8	250901	250908	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
197	NC_019976	TCGC	2	8	251071	251078	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
198	NC_019976	TCGT	2	8	251734	251741	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
199	NC_019976	TCGC	2	8	253522	253529	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
200	NC_019976	CCGA	2	8	253573	253580	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
201	NC_019976	ACCG	3	12	253612	253623	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
202	NC_019976	CGTC	2	8	254233	254240	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
203	NC_019976	GTCG	2	8	254844	254851	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
204	NC_019976	GAGC	2	8	255800	255807	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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222	NC_019976	ACGG	2	8	275025	275032	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
223	NC_019976	GTTT	2	8	276625	276632	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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225	NC_019976	GTAC	2	8	278714	278721	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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231	NC_019976	TTAT	2	8	286207	286214	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
232	NC_019976	TAGG	2	8	287612	287619	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
233	NC_019976	CTTC	2	8	287751	287758	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.