MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Methanomethylovorans hollandica DSM 15978 plasmid pMETHO01

Total Repeats: 283

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019972	TGATT	2	10	1400	1409	20 %	60 %	20 %	0 %	435849689
2	NC_019972	TCTAT	2	10	2314	2323	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_019972	TCCAT	2	10	3191	3200	20 %	40 %	0 %	40 %	435849690
4	NC_019972	CTATC	2	10	3488	3497	20 %	40 %	0 %	40 %	435849690
5	NC_019972	TTAAT	2	10	5210	5219	40 %	60 %	0 %	0 %	435849692
6	NC_019972	AAAGA	2	10	5286	5295	80 %	0 %	20 %	0 %	435849692
7	NC_019972	TTTCC	2	10	5844	5853	0 %	60 %	0 %	40 %	435849693
8	NC_019972	TTTCG	2	10	7330	7339	0 %	60 %	20 %	20 %	435849695
9	NC_019972	TCTTT	2	10	7367	7376	0 %	80 %	0 %	20 %	435849695
10	NC_019972	TTTCA	2	10	8517	8526	20 %	60 %	0 %	20 %	435849697
11	NC_019972	TGCAA	2	10	10517	10526	40 %	20 %	20 %	20 %	435849700
12	NC_019972	ATTGA	2	10	11883	11892	40 %	40 %	20 %	0 %	435849702
13	NC_019972	CTTTT	2	10	12964	12973	0 %	80 %	0 %	20 %	435849703
14	NC_019972	ATAAC	2	10	14555	14564	60 %	20 %	0 %	20 %	435849704
15	NC_019972	TTCTA	2	10	15748	15757	20 %	60 %	0 %	20 %	435849705
16	NC_019972	TTTAT	2	10	17083	17092	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_019972	ATAGT	2	10	17203	17212	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_019972	CAAAA	2	10	17440	17449	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_019972	TTAAA	2	10	18549	18558	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_019972	ATCAA	2	10	18961	18970	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_019972	GAAAA	2	10	20741	20750	80 %	0 %	20 %	0 %	435849707
22	NC_019972	AGATA	2	10	22008	22017	60 %	20 %	20 %	0 %	435849708
23	NC_019972	ATCTT	2	10	24056	24065	20 %	60 %	0 %	20 %	435849709
24	NC_019972	AAGGA	2	10	27761	27770	60 %	0 %	40 %	0 %	435849712
25	NC_019972	ATCAT	2	10	28343	28352	40 %	40 %	0 %	20 %	435849715
26	NC_019972	AATAT	2	10	28842	28851	60 %	40 %	0 %	0 %	435849717
27	NC_019972	TCTGT	2	10	29472	29481	0 %	60 %	20 %	20 %	435849719
28	NC_019972	ATCAG	2	10	29606	29615	40 %	20 %	20 %	20 %	435849719
29	NC_019972	TTTGG	2	10	30924	30933	0 %	60 %	40 %	0 %	435849721
30	NC_019972	AATTT	2	10	32001	32010	40 %	60 %	0 %	0 %	435849721
31	NC_019972	TGGAT	2	10	33389	33398	20 %	40 %	40 %	0 %	435849721
32	NC_019972	ATTGC	2	10	34281	34290	20 %	40 %	20 %	20 %	435849722
33	NC_019972	CAATT	2	10	34859	34868	40 %	40 %	0 %	20 %	435849722
34	NC_019972	AATGA	2	10	35137	35146	60 %	20 %	20 %	0 %	435849723
35	NC_019972	TCTTG	2	10	36585	36594	0 %	60 %	20 %	20 %	435849724
36	NC_019972	CAACA	2	10	36980	36989	60 %	0 %	0 %	40 %	435849725
37	NC_019972	ATTGT	2	10	37944	37953	20 %	60 %	20 %	0 %	435849727
38	NC_019972	GTATA	2	10	40152	40161	40 %	40 %	20 %	0 %	435849730
39	NC_019972	CATAT	2	10	41546	41555	40 %	40 %	0 %	20 %	435849730
40	NC_019972	ATAAA	2	10	44816	44825	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019972	ATTTT	2	10	45759	45768	20 %	80 %	0 %	0 %	435849735
42	NC_019972	TAAAT	2	10	45869	45878	60 %	40 %	0 %	0 %	435849735
43	NC_019972	TTGCA	2	10	46358	46367	20 %	40 %	20 %	20 %	435849735
44	NC_019972	GATAT	2	10	46543	46552	40 %	40 %	20 %	0 %	435849735
45	NC_019972	TATTT	2	10	46796	46805	20 %	80 %	0 %	0 %	435849735
46	NC_019972	GCAAT	2	10	47160	47169	40 %	20 %	20 %	20 %	435849735
47	NC_019972	CCTTT	2	10	48291	48300	0 %	60 %	0 %	40 %	435849736
48	NC_019972	GAATT	2	10	48716	48725	40 %	40 %	20 %	0 %	435849736
49	NC_019972	TTTCA	2	10	49139	49148	20 %	60 %	0 %	20 %	435849737
50	NC_019972	ATAGC	2	10	50173	50182	40 %	20 %	20 %	20 %	435849737
51	NC_019972	TTTAC	2	10	50261	50270	20 %	60 %	0 %	20 %	435849738
52	NC_019972	TCCTT	2	10	51642	51651	0 %	60 %	0 %	40 %	435849739
53	NC_019972	AAGAA	2	10	53848	53857	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_019972	GAGAA	2	10	61491	61500	60 %	0 %	40 %	0 %	435849749
55	NC_019972	ATCAT	2	10	61890	61899	40 %	40 %	0 %	20 %	435849750
56	NC_019972	ATCAA	2	10	62563	62572	60 %	20 %	0 %	20 %	435849750
57	NC_019972	GAAGA	2	10	63259	63268	60 %	0 %	40 %	0 %	435849750
58	NC_019972	AAATA	2	10	64098	64107	80 %	20 %	0 %	0 %	435849750
59	NC_019972	CAAAA	2	10	64691	64700	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_019972	TTTTG	2	10	66613	66622	0 %	80 %	20 %	0 %	435849754
61	NC_019972	TGATT	2	10	68538	68547	20 %	60 %	20 %	0 %	435849757
62	NC_019972	GGACA	2	10	68947	68956	40 %	0 %	40 %	20 %	435849757
63	NC_019972	GTATT	2	10	68984	68993	20 %	60 %	20 %	0 %	435849757
64	NC_019972	TCTTT	2	10	69396	69405	0 %	80 %	0 %	20 %	435849757
65	NC_019972	ACCAA	2	10	69953	69962	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_019972	CTATC	2	10	70053	70062	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_019972	GATAG	2	10	73369	73378	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019972	ATGGT	2	10	75244	75253	20 %	40 %	40 %	0 %	435849761
69	NC_019972	ATAGA	2	10	75593	75602	60 %	20 %	20 %	0 %	435849762
70	NC_019972	GAACA	2	10	75731	75740	60 %	0 %	20 %	20 %	435849762
71	NC_019972	TAGTG	2	10	76028	76037	20 %	40 %	40 %	0 %	435849763
72	NC_019972	TTTCC	2	10	77006	77015	0 %	60 %	0 %	40 %	435849763
73	NC_019972	ATATT	2	10	78340	78349	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019972	CCTCA	2	10	80880	80889	20 %	20 %	0 %	60 %	435849767
75	NC_019972	CTTCT	2	10	83556	83565	0 %	60 %	0 %	40 %	435849770
76	NC_019972	ATTGG	2	10	84579	84588	20 %	40 %	40 %	0 %	435849771
77	NC_019972	TGCAT	2	10	84742	84751	20 %	40 %	20 %	20 %	435849772
78	NC_019972	ATAAA	2	10	84773	84782	80 %	20 %	0 %	0 %	435849772
79	NC_019972	TTCTA	2	10	84856	84865	20 %	60 %	0 %	20 %	435849772
80	NC_019972	ATACA	2	10	85083	85092	60 %	20 %	0 %	20 %	435849773
81	NC_019972	AATGA	2	10	85277	85286	60 %	20 %	20 %	0 %	435849773
82	NC_019972	AAGAT	2	10	85903	85912	60 %	20 %	20 %	0 %	435849773
83	NC_019972	AGTTA	2	10	86620	86629	40 %	40 %	20 %	0 %	435849773
84	NC_019972	CTGGT	2	10	86772	86781	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_019972	AGCTG	2	10	87929	87938	20 %	20 %	40 %	20 %	435849774
86	NC_019972	TTCTC	2	10	90398	90407	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_019972	TGCTG	2	10	90723	90732	0 %	40 %	40 %	20 %	435849777
88	NC_019972	TGAAA	2	10	91090	91099	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_019972	ATTTT	2	10	92882	92891	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019972	AAAGA	2	10	93480	93489	80 %	0 %	20 %	0 %	435849781
91	NC_019972	TAATT	2	10	93582	93591	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_019972	GAAGT	2	10	95201	95210	40 %	20 %	40 %	0 %	435849784
93	NC_019972	TCTAT	2	10	95218	95227	20 %	60 %	0 %	20 %	435849784
94	NC_019972	GAATT	2	10	95426	95435	40 %	40 %	20 %	0 %	435849784
95	NC_019972	GTATT	2	10	95893	95902	20 %	60 %	20 %	0 %	435849785
96	NC_019972	CGATA	2	10	97227	97236	40 %	20 %	20 %	20 %	435849787
97	NC_019972	ATGTT	2	10	99643	99652	20 %	60 %	20 %	0 %	435849789
98	NC_019972	TAATC	2	10	99975	99984	40 %	40 %	0 %	20 %	435849789
99	NC_019972	ATTAT	2	10	100158	100167	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019972	AAGGA	2	10	100701	100710	60 %	0 %	40 %	0 %	435849790
101	NC_019972	AAGAA	2	10	100718	100727	80 %	0 %	20 %	0 %	435849790
102	NC_019972	ATCGA	2	10	101253	101262	40 %	20 %	20 %	20 %	435849790
103	NC_019972	TTTTG	2	10	102114	102123	0 %	80 %	20 %	0 %	435849792
104	NC_019972	TTGGA	3	15	102351	102365	20 %	40 %	40 %	0 %	435849792
105	NC_019972	GTACA	2	10	105689	105698	40 %	20 %	20 %	20 %	435849795
106	NC_019972	CTGTA	2	10	105850	105859	20 %	40 %	20 %	20 %	435849795
107	NC_019972	TTTCC	2	10	106427	106436	0 %	60 %	0 %	40 %	435849796
108	NC_019972	CTTTT	2	10	107276	107285	0 %	80 %	0 %	20 %	435849797
109	NC_019972	TTTGT	2	10	107476	107485	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_019972	GAATT	2	10	108309	108318	40 %	40 %	20 %	0 %	435849798
111	NC_019972	TGAAC	2	10	108732	108741	40 %	20 %	20 %	20 %	435849798
112	NC_019972	TTGAA	2	10	108889	108898	40 %	40 %	20 %	0 %	435849798
113	NC_019972	ATAAG	2	10	110413	110422	60 %	20 %	20 %	0 %	435849801
114	NC_019972	CTCTT	2	10	111480	111489	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_019972	CTAAA	2	10	112499	112508	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_019972	ATATG	2	10	114183	114192	40 %	40 %	20 %	0 %	435849804
117	NC_019972	TAAAG	2	10	114444	114453	60 %	20 %	20 %	0 %	435849804
118	NC_019972	AATTT	2	10	116919	116928	40 %	60 %	0 %	0 %	435849806
119	NC_019972	TGGAA	2	10	117862	117871	40 %	20 %	40 %	0 %	435849807
120	NC_019972	TTATG	2	10	118414	118423	20 %	60 %	20 %	0 %	435849807
121	NC_019972	ACAAA	2	10	118522	118531	80 %	0 %	0 %	20 %	435849807
122	NC_019972	TGAAC	2	10	119913	119922	40 %	20 %	20 %	20 %	435849808
123	NC_019972	TCTTT	2	10	120831	120840	0 %	80 %	0 %	20 %	435849808
124	NC_019972	GAAAT	2	10	121046	121055	60 %	20 %	20 %	0 %	435849808
125	NC_019972	GCAAG	2	10	123927	123936	40 %	0 %	40 %	20 %	435849809
126	NC_019972	TTTAT	2	10	124092	124101	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019972	GTTTC	2	10	126777	126786	0 %	60 %	20 %	20 %	435849813
128	NC_019972	AGTAA	2	10	130324	130333	60 %	20 %	20 %	0 %	435849814
129	NC_019972	TTATC	2	10	130602	130611	20 %	60 %	0 %	20 %	435849814
130	NC_019972	GCAGT	2	10	131049	131058	20 %	20 %	40 %	20 %	435849814
131	NC_019972	TCATT	2	10	133423	133432	20 %	60 %	0 %	20 %	435849815
132	NC_019972	TGGCT	2	10	134678	134687	0 %	40 %	40 %	20 %	435849816
133	NC_019972	TATCA	2	10	136054	136063	40 %	40 %	0 %	20 %	435849816
134	NC_019972	ATTTC	2	10	137928	137937	20 %	60 %	0 %	20 %	435849818
135	NC_019972	ATTTT	2	10	138312	138321	20 %	80 %	0 %	0 %	435849818
136	NC_019972	ATTTG	2	10	138959	138968	20 %	60 %	20 %	0 %	435849818
137	NC_019972	TTTAT	2	10	139137	139146	20 %	80 %	0 %	0 %	435849818
138	NC_019972	TATTC	2	10	139273	139282	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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271	NC_019972	ATACT	2	10	276466	276475	40 %	40 %	0 %	20 %	435849934
272	NC_019972	GATAT	2	10	277086	277095	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
273	NC_019972	CTCTT	2	10	277207	277216	0 %	60 %	0 %	40 %	435849936
274	NC_019972	CACTA	2	10	277745	277754	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
275	NC_019972	ATATT	2	10	277814	277823	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
276	NC_019972	TACTG	2	10	280033	280042	20 %	40 %	20 %	20 %	435849939
277	NC_019972	GAATA	2	10	281120	281129	60 %	20 %	20 %	0 %	435849939
278	NC_019972	GTATT	2	10	281556	281565	20 %	60 %	20 %	0 %	435849939
279	NC_019972	AAGAA	2	10	281767	281776	80 %	0 %	20 %	0 %	435849939
280	NC_019972	AATTG	2	10	282767	282776	40 %	40 %	20 %	0 %	435849940
281	NC_019972	AACGA	2	10	284577	284586	60 %	0 %	20 %	20 %	435849941
282	NC_019972	AAGTG	2	10	284623	284632	40 %	20 %	40 %	0 %	435849941
283	NC_019972	TATTT	2	10	285090	285099	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.