MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio parahaemolyticus BB22OP chromosome 2

Total Repeats: 87

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019971	TGAAAG	2	12	12795	12806	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019971	TAAAAA	2	12	26912	26923	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_019971	AAAGCC	2	12	30740	30751	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_019971	TTTCCT	2	12	49149	49160	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_019971	TGAAAT	2	12	137148	137159	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_019971	TGCAAA	2	12	145288	145299	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_019971	TATTTT	2	12	224358	224369	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_019971	ATAAAT	2	12	266757	266768	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_019971	ACATAA	2	12	301416	301427	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_019971	TGTTTT	2	12	331542	331553	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019971	ATATAA	2	12	339085	339096	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019971	TTTGTT	2	12	339928	339939	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_019971	TAGATT	2	12	348181	348192	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_019971	CTAAAC	2	12	409025	409036	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_019971	TTGATG	2	12	424653	424664	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_019971	GTTTTT	2	12	443746	443757	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_019971	GAGAAA	2	12	481082	481093	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_019971	TGCATT	2	12	518137	518148	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_019971	TATTTT	2	12	518197	518208	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_019971	GATGTG	2	12	536947	536958	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_019971	CTTTCA	2	12	577404	577415	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_019971	TGAAAA	2	12	625803	625814	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019971	TTATGA	2	12	681831	681842	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_019971	CGAACA	2	12	682944	682955	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_019971	AAAAAC	2	12	685970	685981	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_019971	AAAAAG	2	12	692800	692811	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_019971	TACTAT	2	12	730454	730465	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_019971	ACTTAT	2	12	737378	737389	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_019971	TTAAAG	2	12	737498	737509	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019971	ATAAAA	2	12	802410	802421	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_019971	TGAGCA	2	12	804910	804921	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_019971	TTCACT	2	12	808996	809007	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_019971	CATGGG	2	12	809163	809174	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_019971	GAACCA	2	12	810012	810023	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_019971	AGTTTG	2	12	822590	822601	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019971	ATTCAC	2	12	827125	827136	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_019971	TTCCCT	2	12	869252	869263	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_019971	AATTGG	2	12	877192	877203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_019971	AACGCA	2	12	900863	900874	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_019971	TATCAT	2	12	925857	925868	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_019971	TTGACT	2	12	933714	933725	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_019971	TTGGTT	2	12	972686	972697	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_019971	TAAAAA	2	12	1008969	1008980	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019971	CTAGAA	2	12	1015572	1015583	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_019971	GATACG	2	12	1021440	1021451	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_019971	CTTTTT	2	12	1079448	1079459	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_019971	CAACCC	2	12	1145640	1145651	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_019971	TTAACG	2	12	1156387	1156398	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_019971	ATATGT	2	12	1194161	1194172	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019971	ATTCTC	2	12	1202002	1202013	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_019971	TACTTC	2	12	1224444	1224455	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_019971	ATTTTA	2	12	1249480	1249491	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019971	TCGTTA	2	12	1273217	1273228	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_019971	AGAATA	2	12	1292700	1292711	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019971	ATTTTC	2	12	1316247	1316258	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_019971	TGATTA	2	12	1321406	1321417	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019971	CAGCAC	2	12	1330486	1330497	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
58	NC_019971	AAACAT	2	12	1337535	1337546	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_019971	AAATAA	2	12	1342026	1342037	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019971	AGAAAT	2	12	1343542	1343553	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019971	CACTTA	2	12	1378612	1378623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_019971	ATTTCT	2	12	1392192	1392203	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_019971	AGGCTC	2	12	1397051	1397062	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_019971	GAAAAA	2	12	1475916	1475927	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019971	TATAAA	2	12	1479824	1479835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019971	AACGAA	2	12	1514587	1514598	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_019971	AGTGGT	2	12	1522898	1522909	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019971	AAGCAA	2	12	1550957	1550968	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_019971	AGCGTA	2	12	1551800	1551811	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_019971	TAAAAA	2	12	1553050	1553061	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019971	TAAAAC	2	12	1583012	1583023	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_019971	AAAAGC	2	12	1591354	1591365	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_019971	GTTTTT	2	12	1669058	1669069	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019971	AAACTA	2	12	1672776	1672787	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_019971	AAACGA	2	12	1679874	1679885	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_019971	ATTTTA	2	12	1680143	1680154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019971	ATTTAG	2	12	1680868	1680879	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019971	ACAATA	2	12	1715360	1715371	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_019971	CTGTGC	2	12	1726183	1726194	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_019971	CCCAAA	2	12	1758168	1758179	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_019971	TAAAAA	2	12	1764561	1764572	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019971	TGCTTC	2	12	1768288	1768299	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_019971	AATTTT	2	12	1774863	1774874	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019971	CTTTAT	2	12	1777456	1777467	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_019971	AAACAC	2	12	1777468	1777479	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_019971	GATATT	2	12	1791711	1791722	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_019971	CAAAAA	2	12	1801684	1801695	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.