MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio parahaemolyticus BB22OP chromosome 2

Total Repeats: 236

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019971	CTGTT	2	10	21147	21156	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_019971	CTTGT	2	10	42401	42410	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_019971	AATTA	2	10	48546	48555	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_019971	ATGTT	2	10	60806	60815	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_019971	CTGCG	2	10	63255	63264	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
6	NC_019971	AAAAT	2	10	75939	75948	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019971	TTTTG	2	10	80963	80972	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_019971	TTACT	2	10	83041	83050	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_019971	CGAGC	2	10	94302	94311	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_019971	GTTTT	2	10	122114	122123	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019971	GTAGT	2	10	133371	133380	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019971	TAAAT	2	10	152579	152588	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_019971	TTAAG	2	10	183191	183200	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_019971	TTTTG	2	10	186444	186453	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_019971	CTTTT	2	10	190502	190511	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_019971	GTTCA	2	10	192219	192228	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_019971	CGGAC	2	10	193359	193368	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_019971	TCTTT	2	10	193499	193508	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_019971	GCAAG	2	10	202815	202824	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_019971	CAATA	2	10	211506	211515	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_019971	TTGCT	2	10	211653	211662	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_019971	GAGCA	2	10	217310	217319	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_019971	CCTTA	2	10	221368	221377	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_019971	CTTTT	2	10	235391	235400	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_019971	TGAAT	2	10	242220	242229	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019971	CAAAA	2	10	259322	259331	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_019971	ATATT	2	10	262615	262624	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_019971	AAGCG	2	10	264034	264043	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_019971	AAAGA	2	10	264981	264990	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019971	ATTTT	2	10	265883	265892	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_019971	ATGCA	2	10	281920	281929	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_019971	GTTTT	2	10	292801	292810	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_019971	TAATT	2	10	303039	303048	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019971	TTTTG	2	10	313441	313450	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_019971	TGAAG	2	10	314414	314423	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019971	TTTAT	2	10	318842	318851	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_019971	TTTCA	2	10	325493	325502	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_019971	CTATA	2	10	339001	339010	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_019971	TGTTT	2	10	340022	340031	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019971	GTAAC	2	10	354027	354036	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_019971	ATCAA	2	10	370652	370661	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_019971	TAAAT	2	10	398304	398313	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_019971	TCTTA	2	10	401493	401502	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_019971	CAAAA	2	10	422420	422429	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_019971	CTCTT	2	10	428928	428937	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_019971	TTCTA	2	10	429090	429099	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_019971	TGTTT	2	10	443960	443969	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_019971	AATTA	2	10	454282	454291	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_019971	TTTAT	2	10	454531	454540	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019971	AAACT	2	10	465742	465751	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_019971	CTTGG	2	10	488597	488606	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_019971	TTGAA	2	10	488621	488630	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019971	TTATT	2	10	491931	491940	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_019971	GATTG	2	10	501197	501206	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019971	TTTCC	2	10	517060	517069	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_019971	TTTTG	2	10	521229	521238	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019971	AACGT	2	10	522918	522927	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_019971	GTTGA	2	10	537154	537163	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019971	TATCA	2	10	538887	538896	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_019971	GAAGT	2	10	539390	539399	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019971	TTGGC	2	10	545205	545214	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_019971	TGTTC	2	10	557368	557377	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_019971	CTCAG	2	10	570504	570513	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_019971	CTGAA	2	10	576584	576593	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_019971	GAAAA	2	10	580884	580893	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019971	CAAAG	2	10	584188	584197	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_019971	TCACT	2	10	602954	602963	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_019971	AAATC	2	10	624996	625005	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_019971	TTTGG	2	10	627308	627317	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019971	AAATT	2	10	633522	633531	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019971	TCTCT	2	10	636619	636628	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_019971	AGCTT	2	10	646499	646508	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_019971	GATGA	2	10	647248	647257	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019971	ATGAA	2	10	647578	647587	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_019971	TATTT	2	10	648709	648718	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019971	ATTAG	2	10	676396	676405	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019971	ATTTA	2	10	678943	678952	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019971	TGAGA	2	10	689203	689212	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019971	TTTTA	2	10	690911	690920	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019971	ATTTA	2	10	696033	696042	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_019971	AGTAG	2	10	710813	710822	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019971	ATCAA	2	10	715106	715115	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_019971	TTTTG	2	10	717341	717350	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019971	AATAA	2	10	724583	724592	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019971	TGAGG	2	10	729452	729461	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
86	NC_019971	TTGCT	2	10	729683	729692	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_019971	GTATT	2	10	732922	732931	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019971	GGGAA	2	10	733083	733092	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
89	NC_019971	TTTTA	2	10	733122	733131	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019971	AAAAG	2	10	776441	776450	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019971	CTAGG	2	10	779247	779256	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_019971	GATTG	2	10	780680	780689	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_019971	CCCAA	2	10	798026	798035	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
94	NC_019971	GTTTG	2	10	798048	798057	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019971	TTTCA	2	10	798104	798113	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_019971	TCACT	2	10	798241	798250	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_019971	TTATT	2	10	802637	802646	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019971	AGCCT	2	10	804695	804704	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
99	NC_019971	TTTTA	2	10	806780	806789	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019971	AGTGG	2	10	808647	808656	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
101	NC_019971	AGTTA	2	10	815507	815516	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_019971	AAATT	2	10	817224	817233	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_019971	CCTTA	2	10	822264	822273	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_019971	ATTTT	2	10	862043	862052	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019971	CAAAA	2	10	871530	871539	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_019971	ATGCG	2	10	878998	879007	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_019971	TATGT	2	10	879076	879085	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019971	TTTTG	2	10	886468	886477	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_019971	TTTTA	2	10	915890	915899	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_019971	ATCAC	2	10	920040	920049	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_019971	TTTGA	2	10	920171	920180	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_019971	TTTGC	2	10	920239	920248	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_019971	TGAAA	2	10	923644	923653	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_019971	TAACA	2	10	932723	932732	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_019971	TCAAT	2	10	933602	933611	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_019971	TGATT	2	10	934836	934845	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_019971	TAATT	2	10	934918	934927	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_019971	CTCTA	2	10	942739	942748	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
119	NC_019971	TTTGA	2	10	969737	969746	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_019971	GTAAA	2	10	997760	997769	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_019971	CAATA	2	10	999791	999800	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_019971	GCTTT	2	10	1006800	1006809	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_019971	ATAAA	2	10	1016137	1016146	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_019971	AATGT	2	10	1019634	1019643	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_019971	AGAGA	4	20	1021462	1021481	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019971	AGAGA	3	15	1021489	1021503	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019971	GTTTT	2	10	1024012	1024021	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019971	CGTTG	2	10	1030154	1030163	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_019971	GCCTT	2	10	1074434	1074443	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_019971	AAATC	2	10	1096174	1096183	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_019971	AAATC	2	10	1103623	1103632	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_019971	ATCTG	2	10	1122644	1122653	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_019971	CTTTT	2	10	1125145	1125154	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_019971	AATCA	2	10	1131468	1131477	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_019971	ATATG	2	10	1131808	1131817	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_019971	TGAGT	2	10	1138559	1138568	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019971	TTCAG	2	10	1138575	1138584	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_019971	TGTGT	2	10	1145818	1145827	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
139	NC_019971	TTGAG	2	10	1155042	1155051	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_019971	TTGTT	2	10	1181207	1181216	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_019971	CAAAA	2	10	1205749	1205758	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_019971	CAACG	2	10	1207813	1207822	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_019971	TTTAT	2	10	1220225	1220234	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_019971	GAAAT	2	10	1225999	1226008	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_019971	TGGTG	2	10	1226930	1226939	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
146	NC_019971	AAAAC	2	10	1227048	1227057	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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234	NC_019971	CGGTT	2	10	1791680	1791689	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
235	NC_019971	CAAAA	2	10	1793363	1793372	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
236	NC_019971	CAATA	2	10	1801579	1801588	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.