MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Natrinema pellirubrum DSM 15624 plasmid pNATPE01

Total Repeats: 82

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019967	AATCGC	2	12	1120	1131	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433593319
2	NC_019967	GGCTTT	2	12	3111	3122	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	433593320
3	NC_019967	CTCACT	2	12	3502	3513	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	433593321
4	NC_019967	GTGGGT	2	12	5821	5832	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	433593323
5	NC_019967	CGCGAC	2	12	6881	6892	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433593324
6	NC_019967	GACATC	2	12	9260	9271	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433593326
7	NC_019967	GTTCGC	2	12	10349	10360	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	433593328
8	NC_019967	TCATCG	2	12	18698	18709	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433593336
9	NC_019967	AGATGT	2	12	21738	21749	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	433593340
10	NC_019967	GCTCGC	2	12	24514	24525	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433593344
11	NC_019967	CGGGCG	2	12	26787	26798	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	433593345
12	NC_019967	GACGAT	2	12	26978	26989	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433593345
13	NC_019967	GAAAGC	2	12	30335	30346	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	433593348
14	NC_019967	GGGGTG	2	12	32377	32388	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	433593351
15	NC_019967	GCTGGG	2	12	32732	32743	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433593351
16	NC_019967	CGTCAT	2	12	39660	39671	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433593357
17	NC_019967	CGCGAG	2	12	46020	46031	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433593361
18	NC_019967	CGAACG	2	12	51598	51609	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433593365
19	NC_019967	GCCGTA	2	12	63863	63874	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433593376
20	NC_019967	CGAATC	2	12	66269	66280	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433593380
21	NC_019967	CTTCGA	2	12	66543	66554	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433593381
22	NC_019967	GGACAA	2	12	67896	67907	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	433593385
23	NC_019967	AAGACG	2	12	68034	68045	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	433593386
24	NC_019967	TGAGAC	2	12	68581	68592	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433593386
25	NC_019967	CAATGG	2	12	81004	81015	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433593394
26	NC_019967	CGGTCG	2	12	81027	81038	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433593394
27	NC_019967	CTCTCC	2	12	84676	84687	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	433593397
28	NC_019967	ATCGAG	2	12	86589	86600	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433593399
29	NC_019967	TCGCGG	2	12	87833	87844	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433593401
30	NC_019967	AGTCAC	2	12	91829	91840	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433593405
31	NC_019967	CCAGAT	2	12	91902	91913	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433593405
32	NC_019967	TGCCCG	2	12	107152	107163	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433593419
33	NC_019967	CTCGTC	2	12	107807	107818	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	433593419
34	NC_019967	GTCGAA	2	12	111376	111387	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433593421
35	NC_019967	CCTTCC	2	12	122297	122308	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	433593429
36	NC_019967	GACTGC	2	12	123349	123360	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433593430
37	NC_019967	GAAGCA	2	12	127273	127284	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	433593433
38	NC_019967	CCGCCA	2	12	127801	127812	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	433593433
39	NC_019967	GACGGT	2	12	129845	129856	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433593434
40	NC_019967	CATGAG	2	12	131421	131432	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433593435
41	NC_019967	CCGATC	2	12	131933	131944	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433593436
42	NC_019967	CCGTCG	2	12	135167	135178	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433593439
43	NC_019967	CTGATC	2	12	136632	136643	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433593441
44	NC_019967	ATCAGT	2	12	145043	145054	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	433593450
45	NC_019967	GCTTCG	2	12	145354	145365	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	433593451
46	NC_019967	CAGATC	2	12	145819	145830	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433593451
47	NC_019967	GACAGA	2	12	146250	146261	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	433593452
48	NC_019967	CGCCAT	2	12	149058	149069	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433593455
49	NC_019967	TCGCCG	2	12	151689	151700	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433593459
50	NC_019967	GGGAAC	2	12	154928	154939	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	433593462
51	NC_019967	GATCAC	2	12	156797	156808	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433593464
52	NC_019967	CTTTGT	2	12	169389	169400	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	433593479
53	NC_019967	TCTCGT	2	12	169458	169469	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	433593479
54	NC_019967	TGAGTC	2	12	171590	171601	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433593483
55	NC_019967	GCCGAC	2	12	171843	171854	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433593483
56	NC_019967	ACGATA	2	12	173331	173342	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	433593485
57	NC_019967	CTCGTA	2	12	179204	179215	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433593490
58	NC_019967	GTCACC	2	12	180845	180856	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433593490
59	NC_019967	CAAGCC	2	12	187910	187921	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	433593494
60	NC_019967	ATCTTC	2	12	197642	197653	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	433593504
61	NC_019967	CCGTGA	2	12	214324	214335	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433593516
62	NC_019967	CGCTGG	2	12	219627	219638	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433593520
63	NC_019967	CGTCTC	2	12	223508	223519	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	433593523
64	NC_019967	GGACGA	2	12	223924	223935	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	433593523
65	NC_019967	ATATCG	2	12	231264	231275	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	433593530
66	NC_019967	CGTGTT	2	12	241508	241519	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	433593540
67	NC_019967	GCGACG	2	12	244295	244306	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433593543
68	NC_019967	GTCCTC	2	12	247312	247323	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	433593546
69	NC_019967	CTCGTC	2	12	247655	247666	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	433593547
70	NC_019967	ACGCCG	2	12	248349	248360	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433593547
71	NC_019967	ACGTCG	2	12	250360	250371	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433593549
72	NC_019967	GTCGAA	2	12	256985	256996	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433593554
73	NC_019967	CGGCTA	2	12	257766	257777	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433593555
74	NC_019967	GTACTC	2	12	264522	264533	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433593561
75	NC_019967	CGTCGA	2	12	264945	264956	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433593561
76	NC_019967	TCGCGG	2	12	269262	269273	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433593565
77	NC_019967	TTCAGC	2	12	271298	271309	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433593567
78	NC_019967	TCGACG	2	12	275571	275582	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433593572
79	NC_019967	GCCATC	2	12	279263	279274	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433593576
80	NC_019967	CCTACA	2	12	282265	282276	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	433593581
81	NC_019967	GGTTGG	2	12	282779	282790	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	433593581
82	NC_019967	CGTGAT	2	12	284729	284740	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433593582

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.