MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Natrinema pellirubrum DSM 15624 plasmid pNATPE01

Total Repeats: 178

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019967	CTCGA	2	10	962	971	20 %	20 %	20 %	40 %	433593319
2	NC_019967	CGTTC	2	10	1579	1588	0 %	40 %	20 %	40 %	433593319
3	NC_019967	CAGCG	2	10	5136	5145	20 %	0 %	40 %	40 %	433593322
4	NC_019967	GACAG	2	10	9626	9635	40 %	0 %	40 %	20 %	433593326
5	NC_019967	CGGTC	2	10	9938	9947	0 %	20 %	40 %	40 %	433593327
6	NC_019967	ACTGG	2	10	12925	12934	20 %	20 %	40 %	20 %	433593330
7	NC_019967	CCGCG	2	10	12976	12985	0 %	0 %	40 %	60 %	433593330
8	NC_019967	GCTGC	2	10	17429	17438	0 %	20 %	40 %	40 %	433593335
9	NC_019967	ATCGT	2	10	17719	17728	20 %	40 %	20 %	20 %	433593335
10	NC_019967	TCGCA	2	10	19653	19662	20 %	20 %	20 %	40 %	433593337
11	NC_019967	TGTCG	2	10	22602	22611	0 %	40 %	40 %	20 %	433593342
12	NC_019967	GTCGA	2	10	23149	23158	20 %	20 %	40 %	20 %	433593343
13	NC_019967	ACAGC	2	10	23822	23831	40 %	0 %	20 %	40 %	433593344
14	NC_019967	CGAGT	2	10	24239	24248	20 %	20 %	40 %	20 %	433593344
15	NC_019967	ACTCC	2	10	26104	26113	20 %	20 %	0 %	60 %	433593345
16	NC_019967	TCTCG	2	10	26314	26323	0 %	40 %	20 %	40 %	433593345
17	NC_019967	ACTGC	2	10	26338	26347	20 %	20 %	20 %	40 %	433593345
18	NC_019967	AGCGG	2	10	27628	27637	20 %	0 %	60 %	20 %	433593345
19	NC_019967	CGAGT	2	10	28432	28441	20 %	20 %	40 %	20 %	433593346
20	NC_019967	CGACC	2	10	28670	28679	20 %	0 %	20 %	60 %	433593346
21	NC_019967	GTGGA	2	10	29823	29832	20 %	20 %	60 %	0 %	433593347
22	NC_019967	CATTT	2	10	30813	30822	20 %	60 %	0 %	20 %	433593349
23	NC_019967	AACGT	2	10	33403	33412	40 %	20 %	20 %	20 %	433593351
24	NC_019967	GATTG	2	10	35682	35691	20 %	40 %	40 %	0 %	433593354
25	NC_019967	TTCCA	2	10	36974	36983	20 %	40 %	0 %	40 %	433593355
26	NC_019967	TTCGG	2	10	37083	37092	0 %	40 %	40 %	20 %	433593355
27	NC_019967	GGGAG	2	10	37260	37269	20 %	0 %	80 %	0 %	433593355
28	NC_019967	TTGTC	2	10	37410	37419	0 %	60 %	20 %	20 %	433593355
29	NC_019967	CATAT	2	10	38648	38657	40 %	40 %	0 %	20 %	433593356
30	NC_019967	TGGTT	2	10	42451	42460	0 %	60 %	40 %	0 %	433593360
31	NC_019967	GCGAC	2	10	44599	44608	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_019967	TCCTG	2	10	48360	48369	0 %	40 %	20 %	40 %	433593363
33	NC_019967	ACTCG	2	10	50948	50957	20 %	20 %	20 %	40 %	433593365
34	NC_019967	CATCG	2	10	52019	52028	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_019967	GTCTC	2	10	52440	52449	0 %	40 %	20 %	40 %	433593366
36	NC_019967	TCGCT	2	10	54359	54368	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_019967	TCGTC	2	10	54811	54820	0 %	40 %	20 %	40 %	433593370
38	NC_019967	ATCGA	2	10	55403	55412	40 %	20 %	20 %	20 %	433593370
39	NC_019967	CTCTC	2	10	56025	56034	0 %	40 %	0 %	60 %	433593370
40	NC_019967	GCCGC	2	10	57482	57491	0 %	0 %	40 %	60 %	433593371
41	NC_019967	GATCG	2	10	58343	58352	20 %	20 %	40 %	20 %	433593372
42	NC_019967	CGAGT	2	10	59074	59083	20 %	20 %	40 %	20 %	433593373
43	NC_019967	CACTA	2	10	60537	60546	40 %	20 %	0 %	40 %	433593374
44	NC_019967	CCCTT	2	10	61194	61203	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
45	NC_019967	AGTTG	2	10	61444	61453	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_019967	GTCGA	2	10	62139	62148	20 %	20 %	40 %	20 %	433593375
47	NC_019967	CGCAG	2	10	66369	66378	20 %	0 %	40 %	40 %	433593380
48	NC_019967	GACGC	2	10	68402	68411	20 %	0 %	40 %	40 %	433593386
49	NC_019967	CGATC	2	10	72638	72647	20 %	20 %	20 %	40 %	433593389
50	NC_019967	GTGAG	2	10	74390	74399	20 %	20 %	60 %	0 %	433593391
51	NC_019967	CGTTC	2	10	74588	74597	0 %	40 %	20 %	40 %	433593391
52	NC_019967	CGTCC	2	10	76187	76196	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
53	NC_019967	AGGGG	2	10	78881	78890	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
54	NC_019967	TCCGT	2	10	82400	82409	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_019967	GACGC	2	10	84040	84049	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_019967	TCCTG	2	10	85315	85324	0 %	40 %	20 %	40 %	433593397
57	NC_019967	CGGAT	2	10	85674	85683	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_019967	GACTA	2	10	85740	85749	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_019967	TCGTT	2	10	91080	91089	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_019967	TCGCC	2	10	91607	91616	0 %	20 %	20 %	60 %	433593405
61	NC_019967	TCGAT	2	10	92523	92532	20 %	40 %	20 %	20 %	433593406
62	NC_019967	TCGGA	2	10	94506	94515	20 %	20 %	40 %	20 %	433593407
63	NC_019967	CGCCA	2	10	96637	96646	20 %	0 %	20 %	60 %	433593410
64	NC_019967	CGGCA	2	10	98569	98578	20 %	0 %	40 %	40 %	433593412
65	NC_019967	TTGTT	2	10	99187	99196	0 %	80 %	20 %	0 %	433593413
66	NC_019967	GTATG	2	10	99535	99544	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_019967	CCGTG	2	10	99833	99842	0 %	20 %	40 %	40 %	433593414
68	NC_019967	TGCCG	2	10	100255	100264	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_019967	GAAGA	2	10	100694	100703	60 %	0 %	40 %	0 %	433593415
70	NC_019967	GTTCA	2	10	104883	104892	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_019967	TCGAG	2	10	105375	105384	20 %	20 %	40 %	20 %	433593418
72	NC_019967	CGCTA	2	10	106584	106593	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_019967	GATGG	2	10	107516	107525	20 %	20 %	60 %	0 %	433593419
74	NC_019967	GATCC	2	10	107864	107873	20 %	20 %	20 %	40 %	433593419
75	NC_019967	AGTTG	2	10	111555	111564	20 %	40 %	40 %	0 %	433593421
76	NC_019967	CGTTT	2	10	112373	112382	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_019967	CGCCC	2	10	112448	112457	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
78	NC_019967	CGGTT	2	10	112669	112678	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_019967	CGATC	2	10	118937	118946	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_019967	ATCAT	2	10	119866	119875	40 %	40 %	0 %	20 %	433593427
81	NC_019967	GAACT	2	10	123694	123703	40 %	20 %	20 %	20 %	433593430
82	NC_019967	CTGTT	2	10	124774	124783	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_019967	CGGAC	2	10	129730	129739	20 %	0 %	40 %	40 %	433593434
84	NC_019967	GATCG	2	10	129900	129909	20 %	20 %	40 %	20 %	433593434
85	NC_019967	CACGG	2	10	130269	130278	20 %	0 %	40 %	40 %	433593434
86	NC_019967	TCGAT	2	10	132964	132973	20 %	40 %	20 %	20 %	433593437
87	NC_019967	CGCGC	2	10	133308	133317	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
88	NC_019967	TGCCC	2	10	133321	133330	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
89	NC_019967	GGCGG	2	10	133601	133610	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
90	NC_019967	CTGGT	2	10	134672	134681	0 %	40 %	40 %	20 %	433593439
91	NC_019967	GCGTC	2	10	135790	135799	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
92	NC_019967	CCCCA	2	10	138400	138409	20 %	0 %	0 %	80 %	433593444
93	NC_019967	CTCGC	2	10	138680	138689	0 %	20 %	20 %	60 %	433593444
94	NC_019967	TCGAT	2	10	138785	138794	20 %	40 %	20 %	20 %	433593444
95	NC_019967	GAATC	2	10	145028	145037	40 %	20 %	20 %	20 %	433593450
96	NC_019967	AGTGA	2	10	145149	145158	40 %	20 %	40 %	0 %	433593450
97	NC_019967	TCGGA	2	10	146149	146158	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_019967	TCGAA	2	10	146159	146168	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_019967	GAGTC	2	10	146263	146272	20 %	20 %	40 %	20 %	433593452
100	NC_019967	TGCGA	2	10	148147	148156	20 %	20 %	40 %	20 %	433593454
101	NC_019967	TCTCT	2	10	148228	148237	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_019967	ACGGA	2	10	148805	148814	40 %	0 %	40 %	20 %	433593455
103	NC_019967	GGTCT	2	10	149116	149125	0 %	40 %	40 %	20 %	433593455
104	NC_019967	TTCAC	2	10	149419	149428	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_019967	GCTGG	2	10	151299	151308	0 %	20 %	60 %	20 %	433593458
106	NC_019967	TTCAC	2	10	155241	155250	20 %	40 %	0 %	40 %	433593462
107	NC_019967	GGACG	2	10	156706	156715	20 %	0 %	60 %	20 %	433593464
108	NC_019967	GTTGA	2	10	161863	161872	20 %	40 %	40 %	0 %	433593469
109	NC_019967	ACAGA	2	10	162710	162719	60 %	0 %	20 %	20 %	433593470
110	NC_019967	TGGAC	2	10	163355	163364	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_019967	GCAGC	2	10	165046	165055	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
112	NC_019967	GCGGG	2	10	166511	166520	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
113	NC_019967	GAAGA	2	10	167894	167903	60 %	0 %	40 %	0 %	433593478
114	NC_019967	TTCCG	2	10	176544	176553	0 %	40 %	20 %	40 %	433593489
115	NC_019967	GCCAC	2	10	176846	176855	20 %	0 %	20 %	60 %	433593489
116	NC_019967	GTCGC	2	10	178798	178807	0 %	20 %	40 %	40 %	433593490
117	NC_019967	TCTCG	2	10	179290	179299	0 %	40 %	20 %	40 %	433593490
118	NC_019967	CGATC	2	10	179962	179971	20 %	20 %	20 %	40 %	433593490
119	NC_019967	AGCGG	2	10	180604	180613	20 %	0 %	60 %	20 %	433593490
120	NC_019967	CGGAT	2	10	181615	181624	20 %	20 %	40 %	20 %	433593491
121	NC_019967	AGTTG	2	10	182000	182009	20 %	40 %	40 %	0 %	433593491
122	NC_019967	ACCGC	2	10	189129	189138	20 %	0 %	20 %	60 %	433593496
123	NC_019967	CTGTT	2	10	190055	190064	0 %	60 %	20 %	20 %	433593496
124	NC_019967	TCGGC	2	10	190768	190777	0 %	20 %	40 %	40 %	433593496
125	NC_019967	GCTCT	2	10	190885	190894	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_019967	TCGAC	2	10	192678	192687	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_019967	TGGGT	2	10	195829	195838	0 %	40 %	60 %	0 %	433593501
128	NC_019967	GTCGA	2	10	196573	196582	20 %	20 %	40 %	20 %	433593502
129	NC_019967	ACTCG	2	10	203150	203159	20 %	20 %	20 %	40 %	433593507
130	NC_019967	GTCGA	2	10	204185	204194	20 %	20 %	40 %	20 %	433593508
131	NC_019967	CGTTT	2	10	204941	204950	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_019967	CGCCC	2	10	205016	205025	0 %	0 %	20 %	80 %	433593510
133	NC_019967	CGGTT	2	10	205237	205246	0 %	40 %	40 %	20 %	433593510
134	NC_019967	CGAGT	2	10	207714	207723	20 %	20 %	40 %	20 %	433593512
135	NC_019967	GAAGA	2	10	208176	208185	60 %	0 %	40 %	0 %	433593513
136	NC_019967	CGAGT	2	10	214225	214234	20 %	20 %	40 %	20 %	433593516
137	NC_019967	AACCC	2	10	214755	214764	40 %	0 %	0 %	60 %	433593516
138	NC_019967	CTCTC	2	10	220744	220753	0 %	40 %	0 %	60 %	433593521
139	NC_019967	TCACA	2	10	223357	223366	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
140	NC_019967	AGACA	2	10	225754	225763	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_019967	TCGGC	2	10	226522	226531	0 %	20 %	40 %	40 %	433593526
142	NC_019967	AGAGA	2	10	227381	227390	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_019967	TCGGC	2	10	229096	229105	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
144	NC_019967	ATCGA	2	10	230062	230071	40 %	20 %	20 %	20 %	433593528
145	NC_019967	TCAGG	2	10	230480	230489	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_019967	CGACG	2	10	237049	237058	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
147	NC_019967	CGCCT	2	10	237645	237654	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
148	NC_019967	TACAG	2	10	240486	240495	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_019967	CAGTC	2	10	240709	240718	20 %	20 %	20 %	40 %	433593540
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151	NC_019967	CACTA	2	10	242898	242907	40 %	20 %	0 %	40 %	433593541
152	NC_019967	ATCGA	2	10	243689	243698	40 %	20 %	20 %	20 %	433593542
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154	NC_019967	TCAAC	2	10	243988	243997	40 %	20 %	0 %	40 %	433593542
155	NC_019967	GTCCG	2	10	244717	244726	0 %	20 %	40 %	40 %	433593543
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158	NC_019967	GCTCG	2	10	246026	246035	0 %	20 %	40 %	40 %	433593544
159	NC_019967	CAGAA	2	10	246706	246715	60 %	0 %	20 %	20 %	433593545
160	NC_019967	ATCGG	2	10	247066	247075	20 %	20 %	40 %	20 %	433593545
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162	NC_019967	ACGCC	2	10	251054	251063	20 %	0 %	20 %	60 %	433593549
163	NC_019967	CGGGA	2	10	253076	253085	20 %	0 %	60 %	20 %	433593551
164	NC_019967	CTATG	2	10	254227	254236	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
165	NC_019967	ACGTC	2	10	259805	259814	20 %	20 %	20 %	40 %	433593556
166	NC_019967	ACGAC	2	10	260655	260664	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
167	NC_019967	AGACG	2	10	263873	263882	40 %	0 %	40 %	20 %	433593560
168	NC_019967	GTAGC	2	10	267241	267250	20 %	20 %	40 %	20 %	433593563
169	NC_019967	TCCCG	2	10	267490	267499	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
170	NC_019967	TCGTG	2	10	269292	269301	0 %	40 %	40 %	20 %	433593565
171	NC_019967	ACTCA	2	10	269599	269608	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
172	NC_019967	ACTCG	2	10	273208	273217	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
173	NC_019967	ATCCG	2	10	277080	277089	20 %	20 %	20 %	40 %	433593574
174	NC_019967	CCGAC	2	10	277764	277773	20 %	0 %	20 %	60 %	433593576
175	NC_019967	GCCGA	2	10	279371	279380	20 %	0 %	40 %	40 %	433593576
176	NC_019967	CGTCC	2	10	284823	284832	0 %	20 %	20 %	60 %	433593582
177	NC_019967	GGATA	2	10	286990	286999	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
178	NC_019967	AGATT	2	10	287775	287784	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.