MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Natrinema pellirubrum DSM 15624 plasmid pNATPE01

Total Repeats: 128

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019967	CTCGA	2	10	962	971	20 %	20 %	20 %	40 %	433593319
2	NC_019967	CGTTC	2	10	1579	1588	0 %	40 %	20 %	40 %	433593319
3	NC_019967	CAGCG	2	10	5136	5145	20 %	0 %	40 %	40 %	433593322
4	NC_019967	GACAG	2	10	9626	9635	40 %	0 %	40 %	20 %	433593326
5	NC_019967	CGGTC	2	10	9938	9947	0 %	20 %	40 %	40 %	433593327
6	NC_019967	ACTGG	2	10	12925	12934	20 %	20 %	40 %	20 %	433593330
7	NC_019967	CCGCG	2	10	12976	12985	0 %	0 %	40 %	60 %	433593330
8	NC_019967	GCTGC	2	10	17429	17438	0 %	20 %	40 %	40 %	433593335
9	NC_019967	ATCGT	2	10	17719	17728	20 %	40 %	20 %	20 %	433593335
10	NC_019967	TCGCA	2	10	19653	19662	20 %	20 %	20 %	40 %	433593337
11	NC_019967	TGTCG	2	10	22602	22611	0 %	40 %	40 %	20 %	433593342
12	NC_019967	GTCGA	2	10	23149	23158	20 %	20 %	40 %	20 %	433593343
13	NC_019967	ACAGC	2	10	23822	23831	40 %	0 %	20 %	40 %	433593344
14	NC_019967	CGAGT	2	10	24239	24248	20 %	20 %	40 %	20 %	433593344
15	NC_019967	ACTCC	2	10	26104	26113	20 %	20 %	0 %	60 %	433593345
16	NC_019967	TCTCG	2	10	26314	26323	0 %	40 %	20 %	40 %	433593345
17	NC_019967	ACTGC	2	10	26338	26347	20 %	20 %	20 %	40 %	433593345
18	NC_019967	AGCGG	2	10	27628	27637	20 %	0 %	60 %	20 %	433593345
19	NC_019967	CGAGT	2	10	28432	28441	20 %	20 %	40 %	20 %	433593346
20	NC_019967	CGACC	2	10	28670	28679	20 %	0 %	20 %	60 %	433593346
21	NC_019967	GTGGA	2	10	29823	29832	20 %	20 %	60 %	0 %	433593347
22	NC_019967	CATTT	2	10	30813	30822	20 %	60 %	0 %	20 %	433593349
23	NC_019967	AACGT	2	10	33403	33412	40 %	20 %	20 %	20 %	433593351
24	NC_019967	GATTG	2	10	35682	35691	20 %	40 %	40 %	0 %	433593354
25	NC_019967	TTCCA	2	10	36974	36983	20 %	40 %	0 %	40 %	433593355
26	NC_019967	TTCGG	2	10	37083	37092	0 %	40 %	40 %	20 %	433593355
27	NC_019967	GGGAG	2	10	37260	37269	20 %	0 %	80 %	0 %	433593355
28	NC_019967	TTGTC	2	10	37410	37419	0 %	60 %	20 %	20 %	433593355
29	NC_019967	CATAT	2	10	38648	38657	40 %	40 %	0 %	20 %	433593356
30	NC_019967	TGGTT	2	10	42451	42460	0 %	60 %	40 %	0 %	433593360
31	NC_019967	TCCTG	2	10	48360	48369	0 %	40 %	20 %	40 %	433593363
32	NC_019967	ACTCG	2	10	50948	50957	20 %	20 %	20 %	40 %	433593365
33	NC_019967	GTCTC	2	10	52440	52449	0 %	40 %	20 %	40 %	433593366
34	NC_019967	TCGTC	2	10	54811	54820	0 %	40 %	20 %	40 %	433593370
35	NC_019967	ATCGA	2	10	55403	55412	40 %	20 %	20 %	20 %	433593370
36	NC_019967	CTCTC	2	10	56025	56034	0 %	40 %	0 %	60 %	433593370
37	NC_019967	GCCGC	2	10	57482	57491	0 %	0 %	40 %	60 %	433593371
38	NC_019967	GATCG	2	10	58343	58352	20 %	20 %	40 %	20 %	433593372
39	NC_019967	CGAGT	2	10	59074	59083	20 %	20 %	40 %	20 %	433593373
40	NC_019967	CACTA	2	10	60537	60546	40 %	20 %	0 %	40 %	433593374
41	NC_019967	GTCGA	2	10	62139	62148	20 %	20 %	40 %	20 %	433593375
42	NC_019967	CGCAG	2	10	66369	66378	20 %	0 %	40 %	40 %	433593380
43	NC_019967	GACGC	2	10	68402	68411	20 %	0 %	40 %	40 %	433593386
44	NC_019967	CGATC	2	10	72638	72647	20 %	20 %	20 %	40 %	433593389
45	NC_019967	GTGAG	2	10	74390	74399	20 %	20 %	60 %	0 %	433593391
46	NC_019967	CGTTC	2	10	74588	74597	0 %	40 %	20 %	40 %	433593391
47	NC_019967	TCCTG	2	10	85315	85324	0 %	40 %	20 %	40 %	433593397
48	NC_019967	TCGCC	2	10	91607	91616	0 %	20 %	20 %	60 %	433593405
49	NC_019967	TCGAT	2	10	92523	92532	20 %	40 %	20 %	20 %	433593406
50	NC_019967	TCGGA	2	10	94506	94515	20 %	20 %	40 %	20 %	433593407
51	NC_019967	CGCCA	2	10	96637	96646	20 %	0 %	20 %	60 %	433593410
52	NC_019967	CGGCA	2	10	98569	98578	20 %	0 %	40 %	40 %	433593412
53	NC_019967	TTGTT	2	10	99187	99196	0 %	80 %	20 %	0 %	433593413
54	NC_019967	CCGTG	2	10	99833	99842	0 %	20 %	40 %	40 %	433593414
55	NC_019967	GAAGA	2	10	100694	100703	60 %	0 %	40 %	0 %	433593415
56	NC_019967	TCGAG	2	10	105375	105384	20 %	20 %	40 %	20 %	433593418
57	NC_019967	GATGG	2	10	107516	107525	20 %	20 %	60 %	0 %	433593419
58	NC_019967	GATCC	2	10	107864	107873	20 %	20 %	20 %	40 %	433593419
59	NC_019967	AGTTG	2	10	111555	111564	20 %	40 %	40 %	0 %	433593421
60	NC_019967	ATCAT	2	10	119866	119875	40 %	40 %	0 %	20 %	433593427
61	NC_019967	GAACT	2	10	123694	123703	40 %	20 %	20 %	20 %	433593430
62	NC_019967	CGGAC	2	10	129730	129739	20 %	0 %	40 %	40 %	433593434
63	NC_019967	GATCG	2	10	129900	129909	20 %	20 %	40 %	20 %	433593434
64	NC_019967	CACGG	2	10	130269	130278	20 %	0 %	40 %	40 %	433593434
65	NC_019967	TCGAT	2	10	132964	132973	20 %	40 %	20 %	20 %	433593437
66	NC_019967	CTGGT	2	10	134672	134681	0 %	40 %	40 %	20 %	433593439
67	NC_019967	CCCCA	2	10	138400	138409	20 %	0 %	0 %	80 %	433593444
68	NC_019967	CTCGC	2	10	138680	138689	0 %	20 %	20 %	60 %	433593444
69	NC_019967	TCGAT	2	10	138785	138794	20 %	40 %	20 %	20 %	433593444
70	NC_019967	GAATC	2	10	145028	145037	40 %	20 %	20 %	20 %	433593450
71	NC_019967	AGTGA	2	10	145149	145158	40 %	20 %	40 %	0 %	433593450
72	NC_019967	GAGTC	2	10	146263	146272	20 %	20 %	40 %	20 %	433593452
73	NC_019967	TGCGA	2	10	148147	148156	20 %	20 %	40 %	20 %	433593454
74	NC_019967	ACGGA	2	10	148805	148814	40 %	0 %	40 %	20 %	433593455
75	NC_019967	GGTCT	2	10	149116	149125	0 %	40 %	40 %	20 %	433593455
76	NC_019967	GCTGG	2	10	151299	151308	0 %	20 %	60 %	20 %	433593458
77	NC_019967	TTCAC	2	10	155241	155250	20 %	40 %	0 %	40 %	433593462
78	NC_019967	GGACG	2	10	156706	156715	20 %	0 %	60 %	20 %	433593464
79	NC_019967	GTTGA	2	10	161863	161872	20 %	40 %	40 %	0 %	433593469
80	NC_019967	ACAGA	2	10	162710	162719	60 %	0 %	20 %	20 %	433593470
81	NC_019967	GAAGA	2	10	167894	167903	60 %	0 %	40 %	0 %	433593478
82	NC_019967	TTCCG	2	10	176544	176553	0 %	40 %	20 %	40 %	433593489
83	NC_019967	GCCAC	2	10	176846	176855	20 %	0 %	20 %	60 %	433593489
84	NC_019967	GTCGC	2	10	178798	178807	0 %	20 %	40 %	40 %	433593490
85	NC_019967	TCTCG	2	10	179290	179299	0 %	40 %	20 %	40 %	433593490
86	NC_019967	CGATC	2	10	179962	179971	20 %	20 %	20 %	40 %	433593490
87	NC_019967	AGCGG	2	10	180604	180613	20 %	0 %	60 %	20 %	433593490
88	NC_019967	CGGAT	2	10	181615	181624	20 %	20 %	40 %	20 %	433593491
89	NC_019967	AGTTG	2	10	182000	182009	20 %	40 %	40 %	0 %	433593491
90	NC_019967	ACCGC	2	10	189129	189138	20 %	0 %	20 %	60 %	433593496
91	NC_019967	CTGTT	2	10	190055	190064	0 %	60 %	20 %	20 %	433593496
92	NC_019967	TCGGC	2	10	190768	190777	0 %	20 %	40 %	40 %	433593496
93	NC_019967	TGGGT	2	10	195829	195838	0 %	40 %	60 %	0 %	433593501
94	NC_019967	GTCGA	2	10	196573	196582	20 %	20 %	40 %	20 %	433593502
95	NC_019967	ACTCG	2	10	203150	203159	20 %	20 %	20 %	40 %	433593507
96	NC_019967	GTCGA	2	10	204185	204194	20 %	20 %	40 %	20 %	433593508
97	NC_019967	CGCCC	2	10	205016	205025	0 %	0 %	20 %	80 %	433593510
98	NC_019967	CGGTT	2	10	205237	205246	0 %	40 %	40 %	20 %	433593510
99	NC_019967	CGAGT	2	10	207714	207723	20 %	20 %	40 %	20 %	433593512
100	NC_019967	GAAGA	2	10	208176	208185	60 %	0 %	40 %	0 %	433593513
101	NC_019967	CGAGT	2	10	214225	214234	20 %	20 %	40 %	20 %	433593516
102	NC_019967	AACCC	2	10	214755	214764	40 %	0 %	0 %	60 %	433593516
103	NC_019967	CTCTC	2	10	220744	220753	0 %	40 %	0 %	60 %	433593521
104	NC_019967	TCGGC	2	10	226522	226531	0 %	20 %	40 %	40 %	433593526
105	NC_019967	ATCGA	2	10	230062	230071	40 %	20 %	20 %	20 %	433593528
106	NC_019967	CAGTC	2	10	240709	240718	20 %	20 %	20 %	40 %	433593540
107	NC_019967	CGGTG	2	10	241605	241614	0 %	20 %	60 %	20 %	433593540
108	NC_019967	CACTA	2	10	242898	242907	40 %	20 %	0 %	40 %	433593541
109	NC_019967	ATCGA	2	10	243689	243698	40 %	20 %	20 %	20 %	433593542
110	NC_019967	GCGTC	2	10	243915	243924	0 %	20 %	40 %	40 %	433593542
111	NC_019967	TCAAC	2	10	243988	243997	40 %	20 %	0 %	40 %	433593542
112	NC_019967	GTCCG	2	10	244717	244726	0 %	20 %	40 %	40 %	433593543
113	NC_019967	CGTTC	2	10	245011	245020	0 %	40 %	20 %	40 %	433593543
114	NC_019967	TCGGC	2	10	245076	245085	0 %	20 %	40 %	40 %	433593543
115	NC_019967	GCTCG	2	10	246026	246035	0 %	20 %	40 %	40 %	433593544
116	NC_019967	CAGAA	2	10	246706	246715	60 %	0 %	20 %	20 %	433593545
117	NC_019967	ATCGG	2	10	247066	247075	20 %	20 %	40 %	20 %	433593545
118	NC_019967	AGCCG	2	10	249573	249582	20 %	0 %	40 %	40 %	433593548
119	NC_019967	ACGCC	2	10	251054	251063	20 %	0 %	20 %	60 %	433593549
120	NC_019967	CGGGA	2	10	253076	253085	20 %	0 %	60 %	20 %	433593551
121	NC_019967	ACGTC	2	10	259805	259814	20 %	20 %	20 %	40 %	433593556
122	NC_019967	AGACG	2	10	263873	263882	40 %	0 %	40 %	20 %	433593560
123	NC_019967	GTAGC	2	10	267241	267250	20 %	20 %	40 %	20 %	433593563
124	NC_019967	TCGTG	2	10	269292	269301	0 %	40 %	40 %	20 %	433593565
125	NC_019967	ATCCG	2	10	277080	277089	20 %	20 %	20 %	40 %	433593574
126	NC_019967	CCGAC	2	10	277764	277773	20 %	0 %	20 %	60 %	433593576
127	NC_019967	GCCGA	2	10	279371	279380	20 %	0 %	40 %	40 %	433593576
128	NC_019967	CGTCC	2	10	284823	284832	0 %	20 %	20 %	60 %	433593582

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.