MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Natrinema pellirubrum DSM 15624 plasmid pNATPE02

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019963	GCCGAA	2	12	1572	1583	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_019963	TGATCG	2	12	1982	1993	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433593060
3	NC_019963	ACGTCG	2	12	3097	3108	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433593061
4	NC_019963	CCAGAT	2	12	5640	5651	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433593064
5	NC_019963	CGCCGT	2	12	6234	6245	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433593065
6	NC_019963	TCGGGC	2	12	6263	6274	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433593065
7	NC_019963	CGCTCG	2	12	7022	7033	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433593065
8	NC_019963	CTTGAT	2	12	7162	7173	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	433593065
9	NC_019963	GCCCTC	2	12	7606	7617	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_019963	GCCGTG	2	12	10931	10942	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433593070
11	NC_019963	GAACGA	2	12	11228	11239	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	433593071
12	NC_019963	CGGCGA	2	12	13257	13268	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433593073
13	NC_019963	CGAGAC	2	12	16865	16876	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433593079
14	NC_019963	GCTTGA	2	12	24704	24715	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433593091
15	NC_019963	TTCGGG	2	12	25698	25709	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	433593094
16	NC_019963	TTCGTC	2	12	27406	27417	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	433593095
17	NC_019963	ATAGTG	2	12	38438	38449	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	433593107
18	NC_019963	CTCGGA	2	12	40058	40069	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433593109
19	NC_019963	GACGAT	2	12	43034	43045	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433593110
20	NC_019963	CACGGG	2	12	44387	44398	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433593111
21	NC_019963	GCGACG	2	12	50133	50144	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433593114
22	NC_019963	GATGAG	2	12	55912	55923	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	433593122
23	NC_019963	TCGGCC	2	12	61166	61177	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433593129
24	NC_019963	GCTGGG	2	12	61632	61643	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433593130
25	NC_019963	TGAGGT	2	12	62705	62716	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	433593132
26	NC_019963	GATGAG	2	12	63468	63479	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	433593132
27	NC_019963	CAGAAT	2	12	63519	63530	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	433593132
28	NC_019963	ATCGCC	2	12	63696	63707	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433593132
29	NC_019963	TCGTGA	2	12	63755	63766	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433593132
30	NC_019963	TCGACT	2	12	65850	65861	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433593136
31	NC_019963	TGACCG	2	12	67837	67848	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433593137
32	NC_019963	GTTCCG	2	12	68430	68441	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	433593138
33	NC_019963	GTCGAT	2	12	68883	68894	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433593139
34	NC_019963	CAGCGT	2	12	70390	70401	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433593141
35	NC_019963	ACGCGA	2	12	70497	70508	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433593141
36	NC_019963	TGATCG	2	12	80720	80731	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433593148
37	NC_019963	GCTGGT	2	12	84193	84204	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	433593151
38	NC_019963	GACCTC	2	12	89671	89682	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433593159
39	NC_019963	ACCGGG	2	12	98387	98398	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433593167
40	NC_019963	TCTCCA	2	12	100020	100031	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	433593167
41	NC_019963	TCGCCC	2	12	109933	109944	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_019963	TGATCG	2	12	112212	112223	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433593177
43	NC_019963	ACGTCG	2	12	113327	113338	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433593178
44	NC_019963	TGTAGT	2	12	114382	114393	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	433593179
45	NC_019963	GTTCTC	2	12	116090	116101	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	433593180
46	NC_019963	CGAATC	2	12	116504	116515	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433593180
47	NC_019963	TTCGCG	2	12	118837	118848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	433593181
48	NC_019963	CTCCAC	2	12	120198	120209	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	433593181
49	NC_019963	ATCGAT	2	12	120891	120902	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	433593181
50	NC_019963	CTGATT	2	12	124751	124762	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	433593184
51	NC_019963	CCGAAG	2	12	126304	126315	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433593185
52	NC_019963	CCAGAT	2	12	129012	129023	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433593186
53	NC_019963	GAGGTC	2	12	130589	130600	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433593189
54	NC_019963	GTTCGA	2	12	137356	137367	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433593193
55	NC_019963	TTCGAC	2	12	137564	137575	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433593193
56	NC_019963	GCAACA	2	12	141436	141447	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	433593197
57	NC_019963	TTCGAG	2	12	146666	146677	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_019963	ACGAAC	2	12	155334	155345	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_019963	TCGACT	2	12	163624	163635	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433593215
60	NC_019963	CGGGCG	2	12	167899	167910	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_019963	CCGTCG	2	12	169368	169379	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433593224
62	NC_019963	CCTCCC	2	12	169828	169839	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	433593224
63	NC_019963	GGACTC	2	12	171369	171380	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433593225
64	NC_019963	ACGTCA	2	12	172852	172863	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433593225
65	NC_019963	GGCGTC	2	12	174715	174726	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433593227
66	NC_019963	TGCGAC	2	12	175468	175479	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433593228
67	NC_019963	GAGATC	2	12	176369	176380	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433593229
68	NC_019963	TCCTCG	2	12	187400	187411	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	433593240
69	NC_019963	TCAACA	2	12	187415	187426	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	433593240
70	NC_019963	GCCGTC	2	12	188644	188655	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433593242
71	NC_019963	AACGAT	2	12	190423	190434	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	433593242
72	NC_019963	CTGTCA	2	12	197242	197253	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433593246
73	NC_019963	AGATTG	2	12	198373	198384	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	433593247
74	NC_019963	TGCGAC	2	12	200905	200916	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_019963	AGGTTG	2	12	203923	203934	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019963	CGGACA	2	12	206475	206486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433593254
77	NC_019963	GGACCT	2	12	206714	206725	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_019963	CATCGT	2	12	209011	209022	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433593257
79	NC_019963	CCAAAC	2	12	209956	209967	50 %	0 %	0 %	50 %	433593258
80	NC_019963	CGAAGG	2	12	209993	210004	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	433593258
81	NC_019963	ACTAAC	2	12	210271	210282	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	433593258
82	NC_019963	AGCATC	2	12	210418	210429	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433593258
83	NC_019963	ATGTCG	2	12	211723	211734	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433593259
84	NC_019963	ATCTCG	2	12	212185	212196	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433593259
85	NC_019963	GTCGCC	2	12	212626	212637	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433593259
86	NC_019963	GCTTCG	2	12	212716	212727	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	433593259
87	NC_019963	GCGCTC	2	12	213531	213542	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
88	NC_019963	CTGCAG	2	12	215082	215093	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433593262
89	NC_019963	ACGAGT	2	12	218234	218245	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433593264
90	NC_019963	CTCGAC	2	12	223971	223982	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433593269
91	NC_019963	GTATCG	2	12	224905	224916	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433593269
92	NC_019963	TCCCGT	2	12	226738	226749	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	433593271
93	NC_019963	CGTGGT	2	12	231497	231508	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	433593277
94	NC_019963	CTTGTT	2	12	234479	234490	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_019963	GATGAC	2	12	234992	235003	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433593280
96	NC_019963	ATCAGT	2	12	236782	236793	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_019963	TAAATA	2	12	237338	237349	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019963	GACGTC	2	12	239752	239763	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433593283
99	NC_019963	GCCTCG	2	12	242421	242432	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433593284
100	NC_019963	CGGACG	2	12	254977	254988	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433593289
101	NC_019963	CGTCGA	2	12	255080	255091	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433593289
102	NC_019963	CGAAGA	2	12	256639	256650	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_019963	TCTACT	2	12	257085	257096	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	433593290
104	NC_019963	GCCGAG	2	12	258510	258521	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433593291
105	NC_019963	ATGAAT	2	12	261548	261559	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	433593292
106	NC_019963	CGTTCA	2	12	266687	266698	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433593295
107	NC_019963	CCGAGA	2	12	270601	270612	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_019963	GTGACC	2	12	270652	270663	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_019963	CGACCT	2	12	273671	273682	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433593302
110	NC_019963	TCGCCC	2	12	275527	275538	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	433593302

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.