MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Natrinema pellirubrum DSM 15624 plasmid pNATPE02

Total Repeats: 163

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019963	GACGA	2	10	201	210	40 %	0 %	40 %	20 %	433593058
2	NC_019963	TCGAA	2	10	1197	1206	40 %	20 %	20 %	20 %	433593058
3	NC_019963	GATGG	2	10	1315	1324	20 %	20 %	60 %	0 %	433593058
4	NC_019963	GCACC	2	10	1485	1494	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
5	NC_019963	CAGCG	2	10	3614	3623	20 %	0 %	40 %	40 %	433593062
6	NC_019963	TCGCC	2	10	5345	5354	0 %	20 %	20 %	60 %	433593064
7	NC_019963	AGCTC	2	10	8629	8638	20 %	20 %	20 %	40 %	433593067
8	NC_019963	TTCCG	2	10	9342	9351	0 %	40 %	20 %	40 %	433593068
9	NC_019963	GAGAT	2	10	9727	9736	40 %	20 %	40 %	0 %	433593069
10	NC_019963	GGGGC	2	10	10843	10852	0 %	0 %	80 %	20 %	433593070
11	NC_019963	CTGGA	2	10	13957	13966	20 %	20 %	40 %	20 %	433593075
12	NC_019963	ACGCC	2	10	19295	19304	20 %	0 %	20 %	60 %	433593085
13	NC_019963	GTGAG	2	10	21201	21210	20 %	20 %	60 %	0 %	433593088
14	NC_019963	TCGGG	2	10	21399	21408	0 %	20 %	60 %	20 %	433593088
15	NC_019963	TCGGG	2	10	24877	24886	0 %	20 %	60 %	20 %	433593092
16	NC_019963	GTTCG	2	10	24995	25004	0 %	40 %	40 %	20 %	433593092
17	NC_019963	GCGTG	2	10	25716	25725	0 %	20 %	60 %	20 %	433593094
18	NC_019963	TCGTG	2	10	27365	27374	0 %	40 %	40 %	20 %	433593095
19	NC_019963	TTGAT	2	10	27846	27855	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_019963	GGAAG	2	10	30167	30176	40 %	0 %	60 %	0 %	433593097
21	NC_019963	GTCTG	2	10	32510	32519	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_019963	CGTCC	2	10	32904	32913	0 %	20 %	20 %	60 %	433593101
23	NC_019963	GCGGG	2	10	33896	33905	0 %	0 %	80 %	20 %	433593102
24	NC_019963	CGAGA	2	10	35309	35318	40 %	0 %	40 %	20 %	433593104
25	NC_019963	CAGCG	2	10	35426	35435	20 %	0 %	40 %	40 %	433593104
26	NC_019963	GCCGG	2	10	36969	36978	0 %	0 %	60 %	40 %	433593106
27	NC_019963	GACCG	2	10	38326	38335	20 %	0 %	40 %	40 %	433593107
28	NC_019963	CTCCG	2	10	39621	39630	0 %	20 %	20 %	60 %	433593109
29	NC_019963	CTGTC	2	10	40720	40729	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_019963	CCTGA	2	10	40829	40838	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_019963	TCGTC	2	10	43159	43168	0 %	40 %	20 %	40 %	433593110
32	NC_019963	AGCGG	2	10	43684	43693	20 %	0 %	60 %	20 %	433593110
33	NC_019963	TCCTC	2	10	44050	44059	0 %	40 %	0 %	60 %	433593111
34	NC_019963	CATCG	2	10	47335	47344	20 %	20 %	20 %	40 %	433593112
35	NC_019963	AGCCG	2	10	48141	48150	20 %	0 %	40 %	40 %	433593112
36	NC_019963	ACGCC	2	10	48294	48303	20 %	0 %	20 %	60 %	433593112
37	NC_019963	ACCAG	2	10	48951	48960	40 %	0 %	20 %	40 %	433593113
38	NC_019963	CGAGA	2	10	49121	49130	40 %	0 %	40 %	20 %	433593113
39	NC_019963	TCAGT	2	10	51141	51150	20 %	40 %	20 %	20 %	433593115
40	NC_019963	GTACT	2	10	53535	53544	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_019963	TCGAC	2	10	53743	53752	20 %	20 %	20 %	40 %	433593119
42	NC_019963	CGACG	2	10	53930	53939	20 %	0 %	40 %	40 %	433593119
43	NC_019963	TGGCT	2	10	55610	55619	0 %	40 %	40 %	20 %	433593122
44	NC_019963	CGTCG	2	10	57979	57988	0 %	20 %	40 %	40 %	433593124
45	NC_019963	TCCTC	2	10	59054	59063	0 %	40 %	0 %	60 %	433593124
46	NC_019963	GGACT	2	10	64538	64547	20 %	20 %	40 %	20 %	433593134
47	NC_019963	TGATG	2	10	65441	65450	20 %	40 %	40 %	0 %	433593135
48	NC_019963	CGTCG	2	10	66699	66708	0 %	20 %	40 %	40 %	433593137
49	NC_019963	CGATC	2	10	68058	68067	20 %	20 %	20 %	40 %	433593138
50	NC_019963	TTCCG	2	10	71516	71525	0 %	40 %	20 %	40 %	433593141
51	NC_019963	CGTTG	2	10	75640	75649	0 %	40 %	40 %	20 %	433593145
52	NC_019963	GCACG	2	10	83916	83925	20 %	0 %	40 %	40 %	433593151
53	NC_019963	GACTG	2	10	87467	87476	20 %	20 %	40 %	20 %	433593156
54	NC_019963	AGCTG	2	10	90403	90412	20 %	20 %	40 %	20 %	433593160
55	NC_019963	ACGTG	2	10	90822	90831	20 %	20 %	40 %	20 %	433593161
56	NC_019963	TCGTC	2	10	92601	92610	0 %	40 %	20 %	40 %	433593163
57	NC_019963	GGCGT	2	10	95895	95904	0 %	20 %	60 %	20 %	433593164
58	NC_019963	CACCC	2	10	97080	97089	20 %	0 %	0 %	80 %	433593165
59	NC_019963	TCCCC	2	10	97451	97460	0 %	20 %	0 %	80 %	433593165
60	NC_019963	CGTCT	2	10	98078	98087	0 %	40 %	20 %	40 %	433593167
61	NC_019963	ACGTC	2	10	98127	98136	20 %	20 %	20 %	40 %	433593167
62	NC_019963	TTCCG	2	10	98141	98150	0 %	40 %	20 %	40 %	433593167
63	NC_019963	GCTCG	2	10	99271	99280	0 %	20 %	40 %	40 %	433593167
64	NC_019963	TATCG	2	10	101646	101655	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_019963	TTGCC	2	10	103001	103010	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_019963	GAACT	2	10	104234	104243	40 %	20 %	20 %	20 %	433593171
67	NC_019963	TCGTC	2	10	104499	104508	0 %	40 %	20 %	40 %	433593171
68	NC_019963	ACCCC	2	10	110118	110127	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
69	NC_019963	CTGCT	2	10	110644	110653	0 %	40 %	20 %	40 %	433593176
70	NC_019963	GTGGG	2	10	112088	112097	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019963	TGGCG	2	10	115626	115635	0 %	20 %	60 %	20 %	433593179
72	NC_019963	TTCGT	2	10	116073	116082	0 %	60 %	20 %	20 %	433593180
73	NC_019963	ATCGC	2	10	116178	116187	20 %	20 %	20 %	40 %	433593180
74	NC_019963	CCGGC	2	10	117454	117463	0 %	0 %	40 %	60 %	433593180
75	NC_019963	TCGTC	2	10	117724	117733	0 %	40 %	20 %	40 %	433593180
76	NC_019963	GCGTC	2	10	117816	117825	0 %	20 %	40 %	40 %	433593180
77	NC_019963	GGGAA	2	10	121613	121622	40 %	0 %	60 %	0 %	433593182
78	NC_019963	CTCGT	2	10	123735	123744	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_019963	CGCTC	2	10	126644	126653	0 %	20 %	20 %	60 %	433593185
80	NC_019963	CGCGA	2	10	126765	126774	20 %	0 %	40 %	40 %	433593185
81	NC_019963	TTCAA	2	10	128274	128283	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_019963	TCACC	2	10	130933	130942	20 %	20 %	0 %	60 %	433593189
83	NC_019963	GGTTC	2	10	132929	132938	0 %	40 %	40 %	20 %	433593191
84	NC_019963	GGAAG	2	10	135426	135435	40 %	0 %	60 %	0 %	433593192
85	NC_019963	TGGGG	2	10	142148	142157	0 %	20 %	80 %	0 %	433593197
86	NC_019963	AGACG	2	10	142652	142661	40 %	0 %	40 %	20 %	433593197
87	NC_019963	AAGGA	2	10	143201	143210	60 %	0 %	40 %	0 %	433593198
88	NC_019963	GGACG	2	10	143836	143845	20 %	0 %	60 %	20 %	433593199
89	NC_019963	CGGAC	2	10	146967	146976	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
90	NC_019963	CAAGC	2	10	147704	147713	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
91	NC_019963	TCGGG	2	10	151077	151086	0 %	20 %	60 %	20 %	433593207
92	NC_019963	CGAGC	2	10	151887	151896	20 %	0 %	40 %	40 %	433593209
93	NC_019963	GACGC	2	10	152128	152137	20 %	0 %	40 %	40 %	433593209
94	NC_019963	TCGAC	2	10	152437	152446	20 %	20 %	20 %	40 %	433593209
95	NC_019963	GAACG	2	10	153439	153448	40 %	0 %	40 %	20 %	433593210
96	NC_019963	TTCCG	2	10	154785	154794	0 %	40 %	20 %	40 %	433593211
97	NC_019963	TCGCC	2	10	157879	157888	0 %	20 %	20 %	60 %	433593212
98	NC_019963	CCCGC	2	10	158295	158304	0 %	0 %	20 %	80 %	433593212
99	NC_019963	TCGCG	2	10	159584	159593	0 %	20 %	40 %	40 %	433593213
100	NC_019963	CAGCG	2	10	162167	162176	20 %	0 %	40 %	40 %	433593215
101	NC_019963	CTGTC	2	10	162873	162882	0 %	40 %	20 %	40 %	433593215
102	NC_019963	TGTCC	2	10	163165	163174	0 %	40 %	20 %	40 %	433593215
103	NC_019963	CGGTC	2	10	164033	164042	0 %	20 %	40 %	40 %	433593216
104	NC_019963	CTCGA	2	10	165036	165045	20 %	20 %	20 %	40 %	433593217
105	NC_019963	GCCGT	2	10	165908	165917	0 %	20 %	40 %	40 %	433593218
106	NC_019963	CGCGA	2	10	165958	165967	20 %	0 %	40 %	40 %	433593218
107	NC_019963	AGGTG	2	10	166580	166589	20 %	20 %	60 %	0 %	433593218
108	NC_019963	GCGGG	2	10	167976	167985	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
109	NC_019963	TCACC	2	10	169513	169522	20 %	20 %	0 %	60 %	433593224
110	NC_019963	GCGGG	2	10	170247	170256	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
111	NC_019963	CGTCG	2	10	171117	171126	0 %	20 %	40 %	40 %	433593225
112	NC_019963	TCTCG	2	10	171299	171308	0 %	40 %	20 %	40 %	433593225
113	NC_019963	CGGCT	2	10	173628	173637	0 %	20 %	40 %	40 %	433593225
114	NC_019963	GCTCG	2	10	174186	174195	0 %	20 %	40 %	40 %	433593226
115	NC_019963	CGTCG	2	10	174270	174279	0 %	20 %	40 %	40 %	433593226
116	NC_019963	GGTAC	2	10	174634	174643	20 %	20 %	40 %	20 %	433593227
117	NC_019963	ATCGA	2	10	177825	177834	40 %	20 %	20 %	20 %	433593230
118	NC_019963	TGGGA	2	10	179010	179019	20 %	20 %	60 %	0 %	433593230
119	NC_019963	CCGGA	2	10	179856	179865	20 %	0 %	40 %	40 %	433593230
120	NC_019963	ATCCG	2	10	180778	180787	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
121	NC_019963	CGTAG	2	10	180921	180930	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_019963	TCGCT	2	10	183229	183238	0 %	40 %	20 %	40 %	433593232
123	NC_019963	AGCGA	2	10	183922	183931	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_019963	GCGGG	2	10	183977	183986	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
125	NC_019963	TTCGA	2	10	185066	185075	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_019963	CGGAG	2	10	191075	191084	20 %	0 %	60 %	20 %	433593242
127	NC_019963	CATCG	2	10	194811	194820	20 %	20 %	20 %	40 %	433593244
128	NC_019963	TTTGC	2	10	196209	196218	0 %	60 %	20 %	20 %	433593245
129	NC_019963	ACGGG	2	10	199728	199737	20 %	0 %	60 %	20 %	433593247
130	NC_019963	ATACA	2	10	200704	200713	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_019963	ATTTA	2	10	201644	201653	40 %	60 %	0 %	0 %	433593249
132	NC_019963	CCCTT	2	10	202810	202819	0 %	40 %	0 %	60 %	433593249
133	NC_019963	GGTTC	2	10	212282	212291	0 %	40 %	40 %	20 %	433593259
134	NC_019963	GACCG	2	10	213795	213804	20 %	0 %	40 %	40 %	433593260
135	NC_019963	GACTC	2	10	215415	215424	20 %	20 %	20 %	40 %	433593262
136	NC_019963	AACAA	2	10	216158	216167	80 %	0 %	0 %	20 %	433593263
137	NC_019963	CCTCG	2	10	218826	218835	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
138	NC_019963	GGATC	2	10	219495	219504	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_019963	TGAGA	2	10	223694	223703	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_019963	TGTCG	2	10	226167	226176	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_019963	CGGTT	2	10	227681	227690	0 %	40 %	40 %	20 %	433593272
142	NC_019963	CTGGC	2	10	230326	230335	0 %	20 %	40 %	40 %	433593275
143	NC_019963	AATAC	2	10	230885	230894	60 %	20 %	0 %	20 %	433593276
144	NC_019963	GCGAT	2	10	232647	232656	20 %	20 %	40 %	20 %	433593278
145	NC_019963	GACGC	2	10	236379	236388	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
146	NC_019963	CGTCA	2	10	237505	237514	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
147	NC_019963	GACCG	2	10	238056	238065	20 %	0 %	40 %	40 %	433593281
148	NC_019963	ACGCC	2	10	238688	238697	20 %	0 %	20 %	60 %	433593281
149	NC_019963	TGGGG	2	10	241552	241561	0 %	20 %	80 %	0 %	433593284
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151	NC_019963	TTCGA	2	10	244417	244426	20 %	40 %	20 %	20 %	433593285
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153	NC_019963	CTCCG	2	10	246614	246623	0 %	20 %	20 %	60 %	433593285
154	NC_019963	ACTTC	2	10	247192	247201	20 %	40 %	0 %	40 %	433593285
155	NC_019963	GGGAG	2	10	250935	250944	20 %	0 %	80 %	0 %	433593287
156	NC_019963	GTTCG	2	10	252854	252863	0 %	40 %	40 %	20 %	433593289
157	NC_019963	ACTGA	2	10	256483	256492	40 %	20 %	20 %	20 %	433593289
158	NC_019963	GGAAT	2	10	260043	260052	40 %	20 %	40 %	0 %	433593292
159	NC_019963	GTACT	2	10	262195	262204	20 %	40 %	20 %	20 %	433593293
160	NC_019963	CGCGT	2	10	264004	264013	0 %	20 %	40 %	40 %	433593294
161	NC_019963	TTTGC	2	10	267347	267356	0 %	60 %	20 %	20 %	433593295
162	NC_019963	GAACT	2	10	270678	270687	40 %	20 %	20 %	20 %	433593298
163	NC_019963	CACTC	2	10	273812	273821	20 %	20 %	0 %	60 %	433593302

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.