MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Mycobacterium smegmatis JS623 plasmid pMYCSM02

Total Repeats: 101

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019958	CCCAGT	2	12	1962	1973	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433644441
2	NC_019958	CCGGTG	2	12	2584	2595	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644443
3	NC_019958	TGGCCA	2	12	3557	3568	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644445
4	NC_019958	GGTTTC	2	12	5606	5617	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	433644448
5	NC_019958	TCAGCG	2	12	7637	7648	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644449
6	NC_019958	GCGTCG	2	12	8682	8693	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644451
7	NC_019958	CGAGGT	2	12	11713	11724	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644457
8	NC_019958	GTCGAC	2	12	12749	12760	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644457
9	NC_019958	GGCGCG	2	12	13014	13025	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	433644457
10	NC_019958	TGCGCG	2	12	14039	14050	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644458
11	NC_019958	GCCGGC	2	12	15293	15304	0 %	0 %	50 %	50 %	433644460
12	NC_019958	CCGACA	2	12	17513	17524	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	433644463
13	NC_019958	CTCGAA	2	12	21144	21155	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433644466
14	NC_019958	TCGCCG	2	12	22936	22947	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644470
15	NC_019958	GTCGAC	2	12	23228	23239	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644470
16	NC_019958	CCGGCG	2	12	27703	27714	0 %	0 %	50 %	50 %	433644476
17	NC_019958	AGGCGA	2	12	27952	27963	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	433644476
18	NC_019958	GCAGCC	2	12	28900	28911	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644478
19	NC_019958	GAGGCT	2	12	30563	30574	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644481
20	NC_019958	GGTCGG	2	12	34629	34640	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644492
21	NC_019958	GTCGGT	2	12	40786	40797	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	433644500
22	NC_019958	CGATGA	2	12	44017	44028	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433644503
23	NC_019958	TCGCCG	2	12	45155	45166	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644505
24	NC_019958	GTCGGC	2	12	46982	46993	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644506
25	NC_019958	CGCGCT	2	12	49468	49479	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644509
26	NC_019958	TCAGGC	2	12	54262	54273	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644519
27	NC_019958	GTCGTA	2	12	62751	62762	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433644534
28	NC_019958	AGGTCC	2	12	64480	64491	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644536
29	NC_019958	CGGCGA	2	12	64923	64934	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433644537
30	NC_019958	CCCGAC	2	12	67836	67847	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	433644544
31	NC_019958	ATCGAC	2	12	71127	71138	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433644547
32	NC_019958	ACATGT	2	12	76597	76608	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	433644552
33	NC_019958	TTGGCC	2	12	77670	77681	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	433644554
34	NC_019958	CGGTCG	2	12	78112	78123	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433644554
35	NC_019958	GTCGAC	2	12	84478	84489	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644562
36	NC_019958	GCGGCC	2	12	84887	84898	0 %	0 %	50 %	50 %	433644562
37	NC_019958	ACGGTG	2	12	85489	85500	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644563
38	NC_019958	TTGGCG	2	12	86029	86040	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	433644563
39	NC_019958	CGCCAA	2	12	86313	86324	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	433644563
40	NC_019958	ATCACG	2	12	86377	86388	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433644563
41	NC_019958	CCTGCC	2	12	87535	87546	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	433644565
42	NC_019958	TCGACC	2	12	88505	88516	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433644566
43	NC_019958	GCTCGC	2	12	91595	91606	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644571
44	NC_019958	ACCCCC	2	12	93114	93125	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	433644573
45	NC_019958	CGACGG	2	12	93844	93855	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433644574
46	NC_019958	CAACGA	2	12	102627	102638	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	433644581
47	NC_019958	GGCGCC	2	12	104458	104469	0 %	0 %	50 %	50 %	433644585
48	NC_019958	CGACCA	2	12	104529	104540	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	433644585
49	NC_019958	GCTGGT	2	12	106201	106212	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	433644587
50	NC_019958	CATGGG	2	12	106419	106430	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644587
51	NC_019958	CCGATC	2	12	108611	108622	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433644588
52	NC_019958	TCGCTG	2	12	110197	110208	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	433644591
53	NC_019958	TGTTGG	2	12	114774	114785	0 %	50 %	50 %	0 %	433644597
54	NC_019958	TGGCCA	2	12	116828	116839	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644600
55	NC_019958	CCCCGA	2	12	118402	118413	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	433644602
56	NC_019958	GTGCCA	2	12	124281	124292	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644607
57	NC_019958	TGGCGG	2	12	127111	127122	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644609
58	NC_019958	GGTCGG	2	12	128779	128790	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644610
59	NC_019958	ACGCGC	2	12	130083	130094	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433644611
60	NC_019958	GAGGTT	2	12	130345	130356	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	433644611
61	NC_019958	CGTCGA	2	12	131307	131318	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644611
62	NC_019958	GACGGC	2	12	132949	132960	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433644613
63	NC_019958	TACGTC	2	12	134268	134279	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433644614
64	NC_019958	TCGACG	2	12	138000	138011	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644616
65	NC_019958	TTGAGT	2	12	138129	138140	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	433644616
66	NC_019958	TTCGCG	2	12	138368	138379	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	433644616
67	NC_019958	CCAGTC	2	12	140282	140293	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433644616
68	NC_019958	TCGGGG	2	12	141024	141035	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644616
69	NC_019958	CCGCGG	2	12	143509	143520	0 %	0 %	50 %	50 %	433644618
70	NC_019958	GGTGCG	2	12	144225	144236	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644618
71	NC_019958	ACGTCG	3	18	147204	147221	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644621
72	NC_019958	GGAGGC	2	12	147690	147701	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	433644621
73	NC_019958	GTCAGC	2	12	148358	148369	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644622
74	NC_019958	ATCGCC	2	12	149282	149293	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433644623
75	NC_019958	GGGCAT	2	12	149860	149871	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644623
76	NC_019958	CCGCGG	2	12	150093	150104	0 %	0 %	50 %	50 %	433644623
77	NC_019958	GGCGCC	2	12	150889	150900	0 %	0 %	50 %	50 %	433644623
78	NC_019958	CGGTGG	2	12	150984	150995	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	433644623
79	NC_019958	CGGGAC	2	12	154094	154105	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433644628
80	NC_019958	GCCGTC	2	12	154764	154775	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644629
81	NC_019958	AACGCG	2	12	154987	154998	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433644629
82	NC_019958	GGCCGG	2	12	155702	155713	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	433644630
83	NC_019958	GGTCGA	2	12	156528	156539	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644631
84	NC_019958	ATCAGG	2	12	160302	160313	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433644634
85	NC_019958	TGGACG	2	12	163453	163464	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644639
86	NC_019958	CCGCGC	2	12	164737	164748	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	433644642
87	NC_019958	GGCCAA	2	12	166599	166610	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433644643
88	NC_019958	GGTGAC	2	12	172140	172151	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644651
89	NC_019958	GAGCAG	2	12	175449	175460	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	433644658
90	NC_019958	GCTGCC	2	12	177096	177107	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433644659
91	NC_019958	AAGCCG	2	12	177832	177843	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433644660
92	NC_019958	TCACCG	2	12	178300	178311	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433644660
93	NC_019958	ATGACC	2	12	180800	180811	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433644665
94	NC_019958	TCCGGA	2	12	181678	181689	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644667
95	NC_019958	AGAGCG	2	12	182684	182695	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	433644668
96	NC_019958	TTCGTG	2	12	183743	183754	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	433644671
97	NC_019958	GCCGCG	2	12	189684	189695	0 %	0 %	50 %	50 %	433644678
98	NC_019958	ATGCGG	2	12	192008	192019	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433644680
99	NC_019958	TCGGCA	2	12	194735	194746	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433644680
100	NC_019958	CGTCAC	2	12	195102	195113	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433644680
101	NC_019958	GACCGA	2	12	195973	195984	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433644681

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.