MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Mycobacterium smegmatis JS623 plasmid pMYCSM02

Total Repeats: 168

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019958	CCGCG	2	10	2849	2858	0 %	0 %	40 %	60 %	433644443
2	NC_019958	CTCAC	2	10	3154	3163	20 %	20 %	0 %	60 %	433644444
3	NC_019958	GGGAT	2	10	3269	3278	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
4	NC_019958	ATGCG	2	10	5389	5398	20 %	20 %	40 %	20 %	433644448
5	NC_019958	GCCAG	2	10	6779	6788	20 %	0 %	40 %	40 %	433644448
6	NC_019958	GTCTG	2	10	7932	7941	0 %	40 %	40 %	20 %	433644449
7	NC_019958	GCGCG	2	10	8811	8820	0 %	0 %	60 %	40 %	433644451
8	NC_019958	GCGCG	2	10	9785	9794	0 %	0 %	60 %	40 %	433644453
9	NC_019958	CGTGC	2	10	13299	13308	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_019958	GCCGT	2	10	14430	14439	0 %	20 %	40 %	40 %	433644459
11	NC_019958	CTGAT	2	10	15611	15620	20 %	40 %	20 %	20 %	433644460
12	NC_019958	GCTGC	2	10	18137	18146	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_019958	TTGAG	2	10	22335	22344	20 %	40 %	40 %	0 %	433644469
14	NC_019958	CGGCA	2	10	23092	23101	20 %	0 %	40 %	40 %	433644470
15	NC_019958	CGGCA	2	10	24043	24052	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_019958	CGGAC	2	10	24636	24645	20 %	0 %	40 %	40 %	433644473
17	NC_019958	CCCAC	2	10	24883	24892	20 %	0 %	0 %	80 %	433644473
18	NC_019958	CTCGC	2	10	24911	24920	0 %	20 %	20 %	60 %	433644473
19	NC_019958	CGCGC	2	10	26742	26751	0 %	0 %	40 %	60 %	433644475
20	NC_019958	TCCCC	2	10	27992	28001	0 %	20 %	0 %	80 %	433644476
21	NC_019958	CACTG	2	10	29126	29135	20 %	20 %	20 %	40 %	433644478
22	NC_019958	GCAGC	2	10	31683	31692	20 %	0 %	40 %	40 %	433644484
23	NC_019958	GGCCG	2	10	33548	33557	0 %	0 %	60 %	40 %	433644489
24	NC_019958	TCGCC	2	10	35260	35269	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
25	NC_019958	CGGAC	2	10	36681	36690	20 %	0 %	40 %	40 %	433644495
26	NC_019958	CCTGC	2	10	38014	38023	0 %	20 %	20 %	60 %	433644496
27	NC_019958	GGTCG	2	10	38143	38152	0 %	20 %	60 %	20 %	433644496
28	NC_019958	GGCCA	2	10	38195	38204	20 %	0 %	40 %	40 %	433644496
29	NC_019958	CGGGC	2	10	38856	38865	0 %	0 %	60 %	40 %	433644497
30	NC_019958	GTCGG	2	10	40064	40073	0 %	20 %	60 %	20 %	433644499
31	NC_019958	GGCCG	2	10	40106	40115	0 %	0 %	60 %	40 %	433644499
32	NC_019958	GGCCA	2	10	40684	40693	20 %	0 %	40 %	40 %	433644500
33	NC_019958	AGACG	2	10	41998	42007	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_019958	GCCAT	2	10	42766	42775	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_019958	CTCGG	2	10	43765	43774	0 %	20 %	40 %	40 %	433644503
36	NC_019958	GACAC	2	10	44550	44559	40 %	0 %	20 %	40 %	433644504
37	NC_019958	AGTGC	2	10	47140	47149	20 %	20 %	40 %	20 %	433644506
38	NC_019958	GGCGA	2	10	47553	47562	20 %	0 %	60 %	20 %	433644506
39	NC_019958	CGACA	2	10	49286	49295	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_019958	GCGAT	2	10	52919	52928	20 %	20 %	40 %	20 %	433644516
41	NC_019958	CGCAA	2	10	53551	53560	40 %	0 %	20 %	40 %	433644517
42	NC_019958	CGTAG	2	10	54668	54677	20 %	20 %	40 %	20 %	433644519
43	NC_019958	GGAGA	2	10	59824	59833	40 %	0 %	60 %	0 %	433644527
44	NC_019958	GCCCG	2	10	60726	60735	0 %	0 %	40 %	60 %	433644528
45	NC_019958	TCGCA	2	10	62867	62876	20 %	20 %	20 %	40 %	433644534
46	NC_019958	TCGGT	2	10	63324	63333	0 %	40 %	40 %	20 %	433644535
47	NC_019958	CAGTG	2	10	63336	63345	20 %	20 %	40 %	20 %	433644535
48	NC_019958	CTCGT	2	10	63440	63449	0 %	40 %	20 %	40 %	433644535
49	NC_019958	GCTGG	2	10	63857	63866	0 %	20 %	60 %	20 %	433644536
50	NC_019958	TGCCG	2	10	63961	63970	0 %	20 %	40 %	40 %	433644536
51	NC_019958	GCTGC	2	10	64455	64464	0 %	20 %	40 %	40 %	433644536
52	NC_019958	CGCTT	2	10	64612	64621	0 %	40 %	20 %	40 %	433644536
53	NC_019958	GTCTG	2	10	65516	65525	0 %	40 %	40 %	20 %	433644538
54	NC_019958	TCGCT	2	10	65685	65694	0 %	40 %	20 %	40 %	433644539
55	NC_019958	TGCTC	2	10	69712	69721	0 %	40 %	20 %	40 %	433644546
56	NC_019958	GCCGC	2	10	69892	69901	0 %	0 %	40 %	60 %	433644546
57	NC_019958	CACTG	2	10	71294	71303	20 %	20 %	20 %	40 %	433644547
58	NC_019958	CGTTG	2	10	71417	71426	0 %	40 %	40 %	20 %	433644547
59	NC_019958	GTGCA	2	10	71889	71898	20 %	20 %	40 %	20 %	433644549
60	NC_019958	ACGAG	2	10	73026	73035	40 %	0 %	40 %	20 %	433644550
61	NC_019958	CCGGC	2	10	73807	73816	0 %	0 %	40 %	60 %	433644551
62	NC_019958	GCGCC	2	10	74939	74948	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
63	NC_019958	CCGAC	2	10	76701	76710	20 %	0 %	20 %	60 %	433644552
64	NC_019958	CCCGA	2	10	76842	76851	20 %	0 %	20 %	60 %	433644552
65	NC_019958	CGTCC	2	10	77600	77609	0 %	20 %	20 %	60 %	433644554
66	NC_019958	CCCGC	2	10	79366	79375	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
67	NC_019958	GCACC	2	10	80286	80295	20 %	0 %	20 %	60 %	433644556
68	NC_019958	CGCCC	2	10	82393	82402	0 %	0 %	20 %	80 %	433644559
69	NC_019958	TCCGG	2	10	82673	82682	0 %	20 %	40 %	40 %	433644560
70	NC_019958	CGCCA	2	10	83346	83355	20 %	0 %	20 %	60 %	433644560
71	NC_019958	TTGGT	2	10	84977	84986	0 %	60 %	40 %	0 %	433644562
72	NC_019958	ATCGG	2	10	85079	85088	20 %	20 %	40 %	20 %	433644562
73	NC_019958	GGTCG	2	10	85764	85773	0 %	20 %	60 %	20 %	433644563
74	NC_019958	TGTCG	2	10	87432	87441	0 %	40 %	40 %	20 %	433644565
75	NC_019958	GCGCC	2	10	87624	87633	0 %	0 %	40 %	60 %	433644565
76	NC_019958	GCGCC	2	10	88711	88720	0 %	0 %	40 %	60 %	433644567
77	NC_019958	ATCAG	2	10	89656	89665	40 %	20 %	20 %	20 %	433644568
78	NC_019958	CACGC	2	10	89967	89976	20 %	0 %	20 %	60 %	433644569
79	NC_019958	CCTCG	2	10	90406	90415	0 %	20 %	20 %	60 %	433644569
80	NC_019958	CGCAC	2	10	91386	91395	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
81	NC_019958	GCTGG	2	10	93067	93076	0 %	20 %	60 %	20 %	433644573
82	NC_019958	CACCT	2	10	94349	94358	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
83	NC_019958	GCTCT	2	10	95415	95424	0 %	40 %	20 %	40 %	433644576
84	NC_019958	CGGAC	2	10	96793	96802	20 %	0 %	40 %	40 %	433644578
85	NC_019958	GCGCG	2	10	98062	98071	0 %	0 %	60 %	40 %	433644579
86	NC_019958	CGGTG	2	10	99232	99241	0 %	20 %	60 %	20 %	433644580
87	NC_019958	ACGTG	2	10	100574	100583	20 %	20 %	40 %	20 %	433644581
88	NC_019958	CCTCA	2	10	102516	102525	20 %	20 %	0 %	60 %	433644581
89	NC_019958	TCGAA	2	10	102968	102977	40 %	20 %	20 %	20 %	433644582
90	NC_019958	GGGGC	2	10	105294	105303	0 %	0 %	80 %	20 %	433644586
91	NC_019958	TCGGC	2	10	105584	105593	0 %	20 %	40 %	40 %	433644587
92	NC_019958	CGGGT	2	10	106368	106377	0 %	20 %	60 %	20 %	433644587
93	NC_019958	GCACG	2	10	107319	107328	20 %	0 %	40 %	40 %	433644587
94	NC_019958	CGCGC	2	10	107757	107766	0 %	0 %	40 %	60 %	433644587
95	NC_019958	CGCTG	2	10	110581	110590	0 %	20 %	40 %	40 %	433644591
96	NC_019958	CAGCT	2	10	111240	111249	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_019958	GGCTG	2	10	112327	112336	0 %	20 %	60 %	20 %	433644593
98	NC_019958	GGCGG	2	10	112828	112837	0 %	0 %	80 %	20 %	433644593
99	NC_019958	GCGTG	2	10	113141	113150	0 %	20 %	60 %	20 %	433644594
100	NC_019958	CGGGT	2	10	115149	115158	0 %	20 %	60 %	20 %	433644598
101	NC_019958	TCGCC	2	10	116316	116325	0 %	20 %	20 %	60 %	433644599
102	NC_019958	CGTTT	2	10	117089	117098	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_019958	GCGGG	2	10	118355	118364	0 %	0 %	80 %	20 %	433644602
104	NC_019958	GGGGT	2	10	119626	119635	0 %	20 %	80 %	0 %	433644604
105	NC_019958	TCGGC	2	10	119806	119815	0 %	20 %	40 %	40 %	433644604
106	NC_019958	TGGGC	2	10	120267	120276	0 %	20 %	60 %	20 %	433644604
107	NC_019958	TGGGG	2	10	122420	122429	0 %	20 %	80 %	0 %	433644606
108	NC_019958	GTTGG	2	10	122924	122933	0 %	40 %	60 %	0 %	433644606
109	NC_019958	GGCGG	2	10	126914	126923	0 %	0 %	80 %	20 %	433644609
110	NC_019958	GCGTG	2	10	126962	126971	0 %	20 %	60 %	20 %	433644609
111	NC_019958	GTTCG	2	10	127039	127048	0 %	40 %	40 %	20 %	433644609
112	NC_019958	GGTGA	2	10	130120	130129	20 %	20 %	60 %	0 %	433644611
113	NC_019958	TCGGG	2	10	130613	130622	0 %	20 %	60 %	20 %	433644611
114	NC_019958	TGCGG	2	10	131967	131976	0 %	20 %	60 %	20 %	433644611
115	NC_019958	GCAAC	2	10	132594	132603	40 %	0 %	20 %	40 %	433644612
116	NC_019958	TCCAC	2	10	132675	132684	20 %	20 %	0 %	60 %	433644612
117	NC_019958	CGACA	2	10	133228	133237	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
118	NC_019958	GTGCA	2	10	133917	133926	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_019958	ACCCG	2	10	134505	134514	20 %	0 %	20 %	60 %	433644614
120	NC_019958	GCCGG	2	10	137154	137163	0 %	0 %	60 %	40 %	433644616
121	NC_019958	CGGCG	2	10	143369	143378	0 %	0 %	60 %	40 %	433644618
122	NC_019958	CGGGT	2	10	144833	144842	0 %	20 %	60 %	20 %	433644619
123	NC_019958	GCTCG	2	10	145639	145648	0 %	20 %	40 %	40 %	433644619
124	NC_019958	CTGGG	2	10	145651	145660	0 %	20 %	60 %	20 %	433644619
125	NC_019958	CTTGC	2	10	147359	147368	0 %	40 %	20 %	40 %	433644621
126	NC_019958	GCGGG	2	10	148634	148643	0 %	0 %	80 %	20 %	433644622
127	NC_019958	TGTCC	2	10	149391	149400	0 %	40 %	20 %	40 %	433644623
128	NC_019958	CCGCG	2	10	152860	152869	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
129	NC_019958	TCGAT	2	10	153516	153525	20 %	40 %	20 %	20 %	433644627
130	NC_019958	CGGGC	2	10	153531	153540	0 %	0 %	60 %	40 %	433644627
131	NC_019958	CGCTG	2	10	156568	156577	0 %	20 %	40 %	40 %	433644631
132	NC_019958	GGGGA	2	10	157425	157434	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
133	NC_019958	CCAGG	2	10	159055	159064	20 %	0 %	40 %	40 %	433644633
134	NC_019958	TGAGG	2	10	159532	159541	20 %	20 %	60 %	0 %	433644633
135	NC_019958	GCGGT	2	10	159585	159594	0 %	20 %	60 %	20 %	433644633
136	NC_019958	TGCGC	2	10	160159	160168	0 %	20 %	40 %	40 %	433644634
137	NC_019958	CGTCA	2	10	161175	161184	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_019958	CGAAG	2	10	164303	164312	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_019958	GTGCG	2	10	164667	164676	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
140	NC_019958	GCAGC	2	10	164792	164801	20 %	0 %	40 %	40 %	433644642
141	NC_019958	CGTCG	2	10	167339	167348	0 %	20 %	40 %	40 %	433644643
142	NC_019958	GGTCG	2	10	168488	168497	0 %	20 %	60 %	20 %	433644644
143	NC_019958	TTGCA	2	10	168817	168826	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_019958	GCCGG	2	10	173695	173704	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
145	NC_019958	CGCAA	2	10	174279	174288	40 %	0 %	20 %	40 %	433644655
146	NC_019958	GGAGT	2	10	175329	175338	20 %	20 %	60 %	0 %	433644658
147	NC_019958	CCGAA	2	10	178598	178607	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
148	NC_019958	CGGTC	2	10	179215	179224	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
149	NC_019958	ACCGA	2	10	180365	180374	40 %	0 %	20 %	40 %	433644664
150	NC_019958	GGCGA	2	10	183391	183400	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
151	NC_019958	GTGTG	2	10	184289	184298	0 %	40 %	60 %	0 %	433644671
152	NC_019958	CAGCG	2	10	187541	187550	20 %	0 %	40 %	40 %	433644676
153	NC_019958	CGTGG	2	10	188639	188648	0 %	20 %	60 %	20 %	433644677
154	NC_019958	TCGCG	2	10	188721	188730	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
155	NC_019958	GCAAG	2	10	189530	189539	40 %	0 %	40 %	20 %	433644678
156	NC_019958	GGCCG	2	10	189750	189759	0 %	0 %	60 %	40 %	433644678
157	NC_019958	CACCC	2	10	189846	189855	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
158	NC_019958	GGGTG	2	10	189867	189876	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
159	NC_019958	ACACC	2	10	190710	190719	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
160	NC_019958	GGGTG	2	10	190737	190746	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
161	NC_019958	GCGGG	2	10	191309	191318	0 %	0 %	80 %	20 %	433644680
162	NC_019958	GCGGT	2	10	191683	191692	0 %	20 %	60 %	20 %	433644680
163	NC_019958	CGGCG	2	10	193026	193035	0 %	0 %	60 %	40 %	433644680
164	NC_019958	GCCAA	2	10	195781	195790	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
165	NC_019958	GCGGT	2	10	197665	197674	0 %	20 %	60 %	20 %	433644682
166	NC_019958	GTTGT	2	10	198053	198062	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
167	NC_019958	CCGGC	2	10	198459	198468	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
168	NC_019958	TGACT	2	10	198529	198538	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.