MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Mycobacterium smegmatis JS623 plasmid pMYCSM01

Total Repeats: 54

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019957	CTCGC	2	10	10508	10517	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
2	NC_019957	TTCGG	2	10	15503	15512	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_019957	CACCC	2	10	15826	15835	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
4	NC_019957	GCATC	2	10	19865	19874	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_019957	CACCC	2	10	22370	22379	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
6	NC_019957	GCCGT	2	10	22791	22800	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
7	NC_019957	GCGTG	2	10	39124	39133	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_019957	CGCGC	2	10	93999	94008	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
9	NC_019957	CGGGA	2	10	95199	95208	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
10	NC_019957	GCTTG	2	10	96595	96604	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_019957	GTCCG	2	10	109904	109913	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
12	NC_019957	ACCCC	2	10	119216	119225	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
13	NC_019957	AACGA	2	10	127157	127166	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_019957	TGCGG	2	10	132912	132921	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_019957	GTTGC	2	10	157259	157268	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_019957	GCGAT	2	10	167205	167214	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_019957	TCGCA	2	10	176613	176622	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_019957	GCCGG	2	10	178157	178166	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
19	NC_019957	GCAGC	2	10	179039	179048	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_019957	CGACG	2	10	179077	179086	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_019957	ACGTC	2	10	180614	180623	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_019957	ATGCT	2	10	182520	182529	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_019957	GGCGG	2	10	192436	192445	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
24	NC_019957	CGGAT	2	10	197119	197128	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_019957	TCAGC	2	10	197507	197516	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_019957	GCCCG	2	10	197578	197587	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
27	NC_019957	AATGA	2	10	211244	211253	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_019957	CGCGG	2	10	212705	212714	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
29	NC_019957	GCCGG	2	10	225587	225596	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
30	NC_019957	CACCG	2	10	230122	230131	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
31	NC_019957	ATCAC	2	10	231577	231586	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_019957	AGCCG	2	10	234893	234902	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
33	NC_019957	GGTGG	2	10	244381	244390	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019957	GGTGG	2	10	245694	245703	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
35	NC_019957	TTCTA	2	10	247217	247226	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_019957	GATCG	2	10	254083	254092	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_019957	TGCCC	2	10	256012	256021	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_019957	CAGCC	2	10	275052	275061	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_019957	TCAGG	2	10	275146	275155	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_019957	GCAAT	2	10	276313	276322	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_019957	GAGGG	2	10	294125	294134	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
42	NC_019957	ACGCA	2	10	306991	307000	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_019957	GTGTG	2	10	314636	314645	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019957	GCCGC	2	10	320225	320234	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
45	NC_019957	CGTGG	2	10	322649	322658	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
46	NC_019957	ACCGA	2	10	325668	325677	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_019957	AGTGG	2	10	328434	328443	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
48	NC_019957	TCGTG	2	10	333696	333705	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_019957	GCAAC	2	10	334077	334086	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_019957	ACGCT	2	10	334202	334211	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_019957	CCTGG	2	10	336413	336422	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_019957	CTGCC	2	10	344990	344999	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
53	NC_019957	GCGTC	2	10	345480	345489	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_019957	ACGGG	2	10	373596	373605	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.