MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Mycobacterium smegmatis JS623 plasmid pMYCSM01

Total Repeats: 308

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019957	GGGCC	2	10	344	353	0 %	0 %	60 %	40 %	433644117
2	NC_019957	CCGGC	2	10	1245	1254	0 %	0 %	40 %	60 %	433644118
3	NC_019957	CGGCG	2	10	2638	2647	0 %	0 %	60 %	40 %	433644118
4	NC_019957	CAGGC	2	10	2793	2802	20 %	0 %	40 %	40 %	433644118
5	NC_019957	GTCCG	2	10	7730	7739	0 %	20 %	40 %	40 %	433644122
6	NC_019957	GGCGG	2	10	8783	8792	0 %	0 %	80 %	20 %	433644123
7	NC_019957	GCAGT	2	10	9555	9564	20 %	20 %	40 %	20 %	433644124
8	NC_019957	CGACC	2	10	11524	11533	20 %	0 %	20 %	60 %	433644125
9	NC_019957	GTCGG	2	10	13778	13787	0 %	20 %	60 %	20 %	433644127
10	NC_019957	GTTCC	2	10	16668	16677	0 %	40 %	20 %	40 %	433644129
11	NC_019957	GCACC	2	10	17945	17954	20 %	0 %	20 %	60 %	433644130
12	NC_019957	CGTCG	2	10	18090	18099	0 %	20 %	40 %	40 %	433644130
13	NC_019957	CCTGG	2	10	26484	26493	0 %	20 %	40 %	40 %	433644134
14	NC_019957	CCGAA	2	10	27041	27050	40 %	0 %	20 %	40 %	433644134
15	NC_019957	CCGGT	2	10	29757	29766	0 %	20 %	40 %	40 %	433644136
16	NC_019957	TCAGC	2	10	29826	29835	20 %	20 %	20 %	40 %	433644136
17	NC_019957	CTTCG	2	10	31843	31852	0 %	40 %	20 %	40 %	433644138
18	NC_019957	CGACC	2	10	32187	32196	20 %	0 %	20 %	60 %	433644138
19	NC_019957	GGCCG	2	10	40508	40517	0 %	0 %	60 %	40 %	433644144
20	NC_019957	GACCA	2	10	41139	41148	40 %	0 %	20 %	40 %	433644144
21	NC_019957	GCCGT	2	10	42483	42492	0 %	20 %	40 %	40 %	433644144
22	NC_019957	TCGTG	2	10	44669	44678	0 %	40 %	40 %	20 %	433644145
23	NC_019957	TCGTG	2	10	45698	45707	0 %	40 %	40 %	20 %	433644145
24	NC_019957	GTCGG	2	10	46441	46450	0 %	20 %	60 %	20 %	433644145
25	NC_019957	GGTCG	2	10	48269	48278	0 %	20 %	60 %	20 %	433644145
26	NC_019957	TTGAC	2	10	52396	52405	20 %	40 %	20 %	20 %	433644149
27	NC_019957	GGATG	2	10	54779	54788	20 %	20 %	60 %	0 %	433644150
28	NC_019957	GCGAT	2	10	56529	56538	20 %	20 %	40 %	20 %	433644150
29	NC_019957	GAACC	2	10	57913	57922	40 %	0 %	20 %	40 %	433644150
30	NC_019957	GCCGC	2	10	58080	58089	0 %	0 %	40 %	60 %	433644150
31	NC_019957	CATGG	2	10	58295	58304	20 %	20 %	40 %	20 %	433644150
32	NC_019957	CGGGT	2	10	60511	60520	0 %	20 %	60 %	20 %	433644151
33	NC_019957	CGGCG	2	10	61696	61705	0 %	0 %	60 %	40 %	433644152
34	NC_019957	CCGAT	2	10	62175	62184	20 %	20 %	20 %	40 %	433644152
35	NC_019957	GGTCG	2	10	65086	65095	0 %	20 %	60 %	20 %	433644153
36	NC_019957	GCCGG	2	10	66232	66241	0 %	0 %	60 %	40 %	433644153
37	NC_019957	GGGGT	2	10	67151	67160	0 %	20 %	80 %	0 %	433644155
38	NC_019957	CCGGG	2	10	68393	68402	0 %	0 %	60 %	40 %	433644157
39	NC_019957	CTGGG	2	10	68585	68594	0 %	20 %	60 %	20 %	433644157
40	NC_019957	GATCC	2	10	72247	72256	20 %	20 %	20 %	40 %	433644160
41	NC_019957	CTCTT	2	10	72271	72280	0 %	60 %	0 %	40 %	433644160
42	NC_019957	TCGCG	2	10	72515	72524	0 %	20 %	40 %	40 %	433644160
43	NC_019957	TCGCG	2	10	73280	73289	0 %	20 %	40 %	40 %	433644160
44	NC_019957	GCCGC	2	10	73444	73453	0 %	0 %	40 %	60 %	433644160
45	NC_019957	GCTGC	2	10	73682	73691	0 %	20 %	40 %	40 %	433644160
46	NC_019957	TTGTC	2	10	75014	75023	0 %	60 %	20 %	20 %	433644160
47	NC_019957	TGCGG	3	15	75486	75500	0 %	20 %	60 %	20 %	433644161
48	NC_019957	CCTGC	2	10	76097	76106	0 %	20 %	20 %	60 %	433644161
49	NC_019957	CGCGG	2	10	77616	77625	0 %	0 %	60 %	40 %	433644163
50	NC_019957	GCGCG	2	10	79231	79240	0 %	0 %	60 %	40 %	433644164
51	NC_019957	GGATC	2	10	86754	86763	20 %	20 %	40 %	20 %	433644169
52	NC_019957	GATCA	2	10	88859	88868	40 %	20 %	20 %	20 %	433644171
53	NC_019957	CGTGC	2	10	89414	89423	0 %	20 %	40 %	40 %	433644171
54	NC_019957	GGTCG	2	10	92222	92231	0 %	20 %	60 %	20 %	433644172
55	NC_019957	GAACT	2	10	93611	93620	40 %	20 %	20 %	20 %	433644174
56	NC_019957	GATCG	2	10	95746	95755	20 %	20 %	40 %	20 %	433644176
57	NC_019957	GTCGC	2	10	97376	97385	0 %	20 %	40 %	40 %	433644179
58	NC_019957	GACGG	2	10	97993	98002	20 %	0 %	60 %	20 %	433644179
59	NC_019957	GCGTT	2	10	98333	98342	0 %	40 %	40 %	20 %	433644179
60	NC_019957	CAGTG	2	10	98967	98976	20 %	20 %	40 %	20 %	433644179
61	NC_019957	TGGTG	2	10	100948	100957	0 %	40 %	60 %	0 %	433644181
62	NC_019957	CCGCG	2	10	101579	101588	0 %	0 %	40 %	60 %	433644182
63	NC_019957	TGGCG	2	10	102403	102412	0 %	20 %	60 %	20 %	433644182
64	NC_019957	CCCGA	2	10	103824	103833	20 %	0 %	20 %	60 %	433644182
65	NC_019957	ACCGC	2	10	104578	104587	20 %	0 %	20 %	60 %	433644183
66	NC_019957	CGCGC	2	10	104713	104722	0 %	0 %	40 %	60 %	433644183
67	NC_019957	GCACC	2	10	104852	104861	20 %	0 %	20 %	60 %	433644183
68	NC_019957	GCGGT	2	10	105254	105263	0 %	20 %	60 %	20 %	433644183
69	NC_019957	CGCGG	2	10	105868	105877	0 %	0 %	60 %	40 %	433644183
70	NC_019957	TCCCG	2	10	108816	108825	0 %	20 %	20 %	60 %	433644185
71	NC_019957	CCGGT	2	10	111631	111640	0 %	20 %	40 %	40 %	433644187
72	NC_019957	GGTGT	2	10	112741	112750	0 %	40 %	60 %	0 %	433644188
73	NC_019957	CGTCG	2	10	113257	113266	0 %	20 %	40 %	40 %	433644188
74	NC_019957	GACAG	2	10	116411	116420	40 %	0 %	40 %	20 %	433644188
75	NC_019957	GCCGC	2	10	118287	118296	0 %	0 %	40 %	60 %	433644189
76	NC_019957	TGCGC	2	10	121337	121346	0 %	20 %	40 %	40 %	433644190
77	NC_019957	GTCAT	2	10	123075	123084	20 %	40 %	20 %	20 %	433644192
78	NC_019957	GCAGC	2	10	123417	123426	20 %	0 %	40 %	40 %	433644193
79	NC_019957	CGGCG	2	10	128575	128584	0 %	0 %	60 %	40 %	433644197
80	NC_019957	GCCGA	2	10	129885	129894	20 %	0 %	40 %	40 %	433644197
81	NC_019957	GCGCC	2	10	132303	132312	0 %	0 %	40 %	60 %	433644198
82	NC_019957	GGCGA	2	10	134905	134914	20 %	0 %	60 %	20 %	433644200
83	NC_019957	CTCGC	2	10	135705	135714	0 %	20 %	20 %	60 %	433644201
84	NC_019957	GCGCG	2	10	136214	136223	0 %	0 %	60 %	40 %	433644201
85	NC_019957	AGGCG	2	10	139239	139248	20 %	0 %	60 %	20 %	433644204
86	NC_019957	GGTTG	2	10	141220	141229	0 %	40 %	60 %	0 %	433644207
87	NC_019957	GATCG	2	10	143579	143588	20 %	20 %	40 %	20 %	433644209
88	NC_019957	GGTTC	2	10	144807	144816	0 %	40 %	40 %	20 %	433644210
89	NC_019957	CCAAG	2	10	144918	144927	40 %	0 %	20 %	40 %	433644210
90	NC_019957	GGCCT	2	10	146152	146161	0 %	20 %	40 %	40 %	433644211
91	NC_019957	GCGGT	2	10	146536	146545	0 %	20 %	60 %	20 %	433644211
92	NC_019957	GGGCG	2	10	147167	147176	0 %	0 %	80 %	20 %	433644212
93	NC_019957	CGGGC	2	10	147191	147200	0 %	0 %	60 %	40 %	433644212
94	NC_019957	AGATC	2	10	148075	148084	40 %	20 %	20 %	20 %	433644212
95	NC_019957	GCCGA	2	10	148972	148981	20 %	0 %	40 %	40 %	433644213
96	NC_019957	GCCGA	2	10	149248	149257	20 %	0 %	40 %	40 %	433644213
97	NC_019957	GGCCG	2	10	149399	149408	0 %	0 %	60 %	40 %	433644214
98	NC_019957	CGCCA	2	10	149958	149967	20 %	0 %	20 %	60 %	433644214
99	NC_019957	CACGG	2	10	150060	150069	20 %	0 %	40 %	40 %	433644214
100	NC_019957	TCTGG	2	10	150757	150766	0 %	40 %	40 %	20 %	433644216
101	NC_019957	GTGCG	2	10	151045	151054	0 %	20 %	60 %	20 %	433644216
102	NC_019957	CGGCG	2	10	152163	152172	0 %	0 %	60 %	40 %	433644218
103	NC_019957	GTCTT	2	10	155188	155197	0 %	60 %	20 %	20 %	433644220
104	NC_019957	CCAGA	2	10	157003	157012	40 %	0 %	20 %	40 %	433644222
105	NC_019957	TGGAC	2	10	157834	157843	20 %	20 %	40 %	20 %	433644223
106	NC_019957	CACGC	2	10	158945	158954	20 %	0 %	20 %	60 %	433644223
107	NC_019957	GACCG	2	10	159394	159403	20 %	0 %	40 %	40 %	433644224
108	NC_019957	GGACG	2	10	160077	160086	20 %	0 %	60 %	20 %	433644225
109	NC_019957	TCGTC	2	10	162269	162278	0 %	40 %	20 %	40 %	433644226
110	NC_019957	GGAAC	2	10	162290	162299	40 %	0 %	40 %	20 %	433644226
111	NC_019957	TCCTT	2	10	165009	165018	0 %	60 %	0 %	40 %	433644230
112	NC_019957	CCAGC	2	10	165329	165338	20 %	0 %	20 %	60 %	433644230
113	NC_019957	GGTCA	2	10	168224	168233	20 %	20 %	40 %	20 %	433644231
114	NC_019957	GCGCG	2	10	168331	168340	0 %	0 %	60 %	40 %	433644231
115	NC_019957	TCAGG	2	10	168762	168771	20 %	20 %	40 %	20 %	433644232
116	NC_019957	CGCTC	2	10	172955	172964	0 %	20 %	20 %	60 %	433644237
117	NC_019957	GCTGC	2	10	174231	174240	0 %	20 %	40 %	40 %	433644238
118	NC_019957	ACAGG	2	10	174840	174849	40 %	0 %	40 %	20 %	433644238
119	NC_019957	GTCGA	2	10	175563	175572	20 %	20 %	40 %	20 %	433644238
120	NC_019957	CGGCG	2	10	175607	175616	0 %	0 %	60 %	40 %	433644238
121	NC_019957	GATTG	2	10	177588	177597	20 %	40 %	40 %	0 %	433644240
122	NC_019957	AGCGC	2	10	179594	179603	20 %	0 %	40 %	40 %	433644244
123	NC_019957	CAGCG	2	10	181003	181012	20 %	0 %	40 %	40 %	433644246
124	NC_019957	CCCAG	2	10	188748	188757	20 %	0 %	20 %	60 %	433644252
125	NC_019957	GCCGA	2	10	189151	189160	20 %	0 %	40 %	40 %	433644253
126	NC_019957	TCACC	2	10	189974	189983	20 %	20 %	0 %	60 %	433644253
127	NC_019957	AGCCC	2	10	190391	190400	20 %	0 %	20 %	60 %	433644253
128	NC_019957	TCAGC	2	10	196742	196751	20 %	20 %	20 %	40 %	433644257
129	NC_019957	CAGCG	2	10	199546	199555	20 %	0 %	40 %	40 %	433644260
130	NC_019957	CCGAC	2	10	200278	200287	20 %	0 %	20 %	60 %	433644260
131	NC_019957	ACCCG	2	10	202576	202585	20 %	0 %	20 %	60 %	433644264
132	NC_019957	TCACC	2	10	202764	202773	20 %	20 %	0 %	60 %	433644264
133	NC_019957	CTGTT	2	10	202814	202823	0 %	60 %	20 %	20 %	433644264
134	NC_019957	CCGCC	2	10	203047	203056	0 %	0 %	20 %	80 %	433644264
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260	NC_019957	GCAAG	2	10	332496	332505	40 %	0 %	40 %	20 %	433644389
261	NC_019957	GCCCG	2	10	333210	333219	0 %	0 %	40 %	60 %	433644390
262	NC_019957	ACCCA	2	10	333295	333304	40 %	0 %	0 %	60 %	433644390
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308	NC_019957	GGTTG	2	10	392822	392831	0 %	40 %	60 %	0 %	433644436

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.