MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Mycobacterium smegmatis JS623 plasmid pMYCSM01

Total Repeats: 183

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019957	ACCC	2	8	5465	5472	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
2	NC_019957	TCGG	2	8	6929	6936	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
3	NC_019957	TGAA	2	8	14271	14278	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_019957	CAGA	2	8	15545	15552	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_019957	CTGT	2	8	19311	19318	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_019957	CGCC	2	8	19455	19462	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
7	NC_019957	GCTG	2	8	19480	19487	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_019957	CCAT	2	8	19739	19746	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_019957	CAAG	2	8	20512	20519	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_019957	GAGT	2	8	21781	21788	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019957	CTGC	2	8	21806	21813	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_019957	GATC	2	8	22748	22755	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_019957	TCGC	2	8	22859	22866	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_019957	GCTT	2	8	23009	23016	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_019957	GTCT	2	8	23297	23304	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_019957	GTCG	2	8	24801	24808	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_019957	GACT	2	8	25002	25009	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_019957	GACA	2	8	25043	25050	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_019957	CCGA	2	8	25192	25199	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
20	NC_019957	GCCG	2	8	26131	26138	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
21	NC_019957	CCAC	2	8	27739	27746	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
22	NC_019957	TAAT	2	8	34840	34847	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019957	CGAG	2	8	35025	35032	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_019957	ACGC	2	8	38333	38340	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
25	NC_019957	ATCC	2	8	38442	38449	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_019957	CCGG	2	8	38488	38495	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
27	NC_019957	TGCC	2	8	38948	38955	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
28	NC_019957	CGAC	2	8	39569	39576	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
29	NC_019957	AGGC	2	8	39936	39943	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
30	NC_019957	AGGG	2	8	49727	49734	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
31	NC_019957	GCTG	2	8	80185	80192	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
32	NC_019957	GTCG	2	8	80310	80317	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
33	NC_019957	GTTA	2	8	83729	83736	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019957	GCGA	2	8	84232	84239	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_019957	CAGC	2	8	84392	84399	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_019957	GGTC	2	8	86252	86259	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_019957	CAAA	2	8	86396	86403	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_019957	GAGC	2	8	86453	86460	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_019957	TCGA	2	8	88461	88468	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_019957	CGGC	2	8	93806	93813	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
41	NC_019957	CCCT	2	8	93837	93844	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
42	NC_019957	AGCA	2	8	94157	94164	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_019957	GGCG	2	8	101125	101132	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
44	NC_019957	GCCG	2	8	109078	109085	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
45	NC_019957	GCGG	2	8	109094	109101	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
46	NC_019957	GCAC	2	8	110055	110062	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
47	NC_019957	CCCG	2	8	110115	110122	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
48	NC_019957	TGGG	2	8	112515	112522	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
49	NC_019957	CGCC	2	8	116663	116670	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
50	NC_019957	GCAG	2	8	118472	118479	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_019957	CTGA	2	8	118668	118675	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_019957	TCGC	2	8	119452	119459	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
53	NC_019957	TCGC	2	8	119696	119703	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
54	NC_019957	GCAC	2	8	120078	120085	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
55	NC_019957	TCGC	2	8	120250	120257	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_019957	GAAC	2	8	121592	121599	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_019957	TCAG	2	8	130865	130872	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_019957	CCAT	2	8	131125	131132	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_019957	ACGA	2	8	133149	133156	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_019957	GCCG	2	8	133301	133308	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_019957	CGAG	2	8	133495	133502	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_019957	GTGA	2	8	133684	133691	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_019957	TGAA	2	8	136655	136662	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_019957	CGAC	2	8	136883	136890	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_019957	CTTC	2	8	138036	138043	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_019957	AGGC	2	8	138119	138126	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_019957	ACCG	2	8	150180	150187	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_019957	TTTC	2	8	150720	150727	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_019957	AGAA	2	8	157528	157535	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019957	CTTC	2	8	167174	167181	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_019957	GTTC	2	8	167307	167314	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_019957	CCTA	2	8	168406	168413	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_019957	CCGG	2	8	171189	171196	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
74	NC_019957	GGCA	2	8	171574	171581	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_019957	GGGT	2	8	176457	176464	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019957	CGAC	2	8	176536	176543	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
77	NC_019957	TCCA	2	8	177024	177031	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_019957	GCAG	2	8	177036	177043	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_019957	CGCC	2	8	177054	177061	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
80	NC_019957	GGCC	2	8	178250	178257	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
81	NC_019957	TCAC	2	8	178985	178992	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_019957	TGCA	2	8	183276	183283	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_019957	AGCC	2	8	183365	183372	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_019957	CCAC	2	8	183515	183522	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
85	NC_019957	GCCC	2	8	186706	186713	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
86	NC_019957	CAGT	2	8	192151	192158	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_019957	GCAG	2	8	192412	192419	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
88	NC_019957	TGGT	2	8	193629	193636	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_019957	TGCT	2	8	194046	194053	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_019957	GTCC	2	8	195654	195661	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_019957	CGGC	2	8	195735	195742	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
92	NC_019957	CGGA	2	8	197423	197430	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_019957	ACCC	2	8	197655	197662	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
94	NC_019957	CGGG	2	8	200505	200512	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
95	NC_019957	TTGC	2	8	208318	208325	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_019957	ATAC	2	8	208718	208725	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_019957	GCCG	2	8	208749	208756	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
98	NC_019957	CCAC	2	8	210235	210242	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
99	NC_019957	GCCG	2	8	210537	210544	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
100	NC_019957	TGCC	2	8	210579	210586	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
101	NC_019957	CGAT	2	8	211229	211236	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_019957	GTCC	2	8	234964	234971	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
103	NC_019957	TTCG	2	8	235153	235160	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_019957	GGCG	2	8	235181	235188	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
105	NC_019957	TGTC	2	8	236558	236565	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_019957	ACGC	2	8	237354	237361	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_019957	CTGG	2	8	239712	239719	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_019957	GCGG	2	8	239889	239896	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
109	NC_019957	TGGG	2	8	243015	243022	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
110	NC_019957	CGGC	2	8	243215	243222	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
111	NC_019957	CGGC	2	8	243280	243287	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
112	NC_019957	CCGG	2	8	243310	243317	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
113	NC_019957	CGGG	2	8	248036	248043	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
114	NC_019957	TATG	2	8	248885	248892	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_019957	GCTG	2	8	250393	250400	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_019957	TGAA	2	8	254015	254022	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_019957	GCGA	2	8	254167	254174	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
118	NC_019957	CGTG	2	8	258680	258687	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NC_019957	GGAA	2	8	269120	269127	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_019957	GTGG	2	8	271700	271707	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
121	NC_019957	AGTG	2	8	272378	272385	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_019957	CGAC	2	8	273150	273157	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_019957	GATA	2	8	275199	275206	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_019957	ACCC	2	8	276266	276273	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
125	NC_019957	TTGC	2	8	276351	276358	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_019957	CAGC	3	12	276792	276803	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
127	NC_019957	CTGG	2	8	276860	276867	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
128	NC_019957	CTAG	2	8	281920	281927	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_019957	CTGG	2	8	282345	282352	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
130	NC_019957	CGAC	2	8	287084	287091	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
131	NC_019957	CGAG	2	8	287100	287107	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_019957	AACG	2	8	287582	287589	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_019957	AGTG	2	8	287624	287631	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_019957	CGAC	2	8	288640	288647	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
135	NC_019957	GCCG	2	8	288979	288986	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
136	NC_019957	GGGT	2	8	291672	291679	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019957	CAGT	2	8	293269	293276	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_019957	CGGT	2	8	293306	293313	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
139	NC_019957	GGCG	2	8	297618	297625	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
140	NC_019957	CCCG	2	8	309502	309509	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
141	NC_019957	ACAA	2	8	309972	309979	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_019957	GGGC	2	8	310711	310718	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
143	NC_019957	CCGG	2	8	312717	312724	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
144	NC_019957	GAAG	2	8	315806	315813	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_019957	GCGG	2	8	316665	316672	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
146	NC_019957	GCGG	2	8	317917	317924	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
147	NC_019957	CCGC	2	8	317934	317941	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
148	NC_019957	CGAG	2	8	320116	320123	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
149	NC_019957	ATGC	2	8	320177	320184	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_019957	TTCG	2	8	322815	322822	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
151	NC_019957	GCCG	2	8	324526	324533	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
152	NC_019957	AGCG	2	8	325645	325652	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
153	NC_019957	GCCG	2	8	326350	326357	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
154	NC_019957	CTGG	2	8	326389	326396	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
155	NC_019957	CTGA	2	8	326612	326619	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
156	NC_019957	TGAC	2	8	330905	330912	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
157	NC_019957	CCGT	2	8	334661	334668	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
158	NC_019957	CCGC	2	8	334698	334705	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
159	NC_019957	GGCC	2	8	335766	335773	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
160	NC_019957	ATCG	2	8	335942	335949	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
161	NC_019957	CTTG	2	8	336010	336017	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
162	NC_019957	CGGG	2	8	336600	336607	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
163	NC_019957	CCGC	2	8	337972	337979	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
164	NC_019957	GGCC	2	8	341607	341614	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
165	NC_019957	GAAC	2	8	342299	342306	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
166	NC_019957	TAAG	2	8	342797	342804	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
167	NC_019957	GAGC	2	8	349551	349558	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
168	NC_019957	CCGG	2	8	356996	357003	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
169	NC_019957	GAGG	2	8	357137	357144	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
170	NC_019957	TGGC	2	8	363696	363703	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
171	NC_019957	TCGG	2	8	363872	363879	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
172	NC_019957	CGTC	2	8	369277	369284	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
173	NC_019957	CCTT	2	8	370115	370122	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
174	NC_019957	CCTG	2	8	370180	370187	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
175	NC_019957	AATC	2	8	370303	370310	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
176	NC_019957	TGCC	2	8	373549	373556	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
177	NC_019957	GGAT	2	8	373667	373674	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
178	NC_019957	AACC	2	8	375688	375695	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
179	NC_019957	GCGG	2	8	375793	375800	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
180	NC_019957	GCTC	2	8	385903	385910	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
181	NC_019957	TGGA	2	8	386049	386056	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
182	NC_019957	CCGG	2	8	386144	386151	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
183	NC_019957	ATCA	2	8	386218	386225	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.