MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio parahaemolyticus BB22OP chromosome 1

Total Repeats: 449

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019955	AGAAA	2	10	6409	6418	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019955	AATAA	2	10	22457	22466	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_019955	GTAGT	2	10	34077	34086	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_019955	TAAAG	2	10	35214	35223	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_019955	ATAAA	2	10	50745	50754	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_019955	CTCAG	2	10	55637	55646	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_019955	CTCAA	2	10	82477	82486	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
8	NC_019955	AATTC	2	10	90632	90641	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_019955	AAGAA	2	10	109489	109498	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_019955	GAGAA	2	10	111825	111834	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019955	CATGA	2	10	112614	112623	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_019955	AATTT	2	10	116178	116187	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_019955	GCGAG	2	10	129165	129174	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
14	NC_019955	TGATT	2	10	135702	135711	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_019955	AAGTG	2	10	138743	138752	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_019955	CGGGG	2	10	140626	140635	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
17	NC_019955	GCGAA	2	10	156368	156377	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_019955	AATAA	2	10	157160	157169	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_019955	CCTAA	2	10	163105	163114	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_019955	GATTG	2	10	174465	174474	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_019955	ATTAT	2	10	190926	190935	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_019955	CTTTT	2	10	206310	206319	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_019955	CAAAT	2	10	209292	209301	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_019955	GAAAA	2	10	209390	209399	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_019955	AGTAA	2	10	212677	212686	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019955	CGACT	2	10	233795	233804	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_019955	TGATA	2	10	233818	233827	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_019955	TGAAT	2	10	246773	246782	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_019955	TAGAG	2	10	259762	259771	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019955	TGCTT	2	10	271707	271716	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_019955	AGGGT	2	10	272630	272639	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
32	NC_019955	GTCGT	2	10	275352	275361	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_019955	CAATG	2	10	278317	278326	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_019955	GTGTG	2	10	286014	286023	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
35	NC_019955	GCTTT	2	10	311062	311071	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_019955	TATAA	2	10	318471	318480	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_019955	TCCAA	2	10	338889	338898	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_019955	AACAG	2	10	339793	339802	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_019955	ATTGA	2	10	353362	353371	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019955	AAAAC	2	10	355455	355464	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_019955	TTCCT	2	10	357544	357553	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_019955	TGACG	2	10	371868	371877	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_019955	CGAAA	2	10	374553	374562	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_019955	AAAGA	2	10	387719	387728	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_019955	TTTGA	2	10	391940	391949	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_019955	TTTCC	2	10	398379	398388	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_019955	CGTAA	2	10	398523	398532	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_019955	AAATT	2	10	402191	402200	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_019955	TTTTG	2	10	409618	409627	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019955	ATCAA	2	10	418645	418654	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_019955	TACGT	2	10	424721	424730	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_019955	CGTCA	2	10	427552	427561	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_019955	GCACT	2	10	434668	434677	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_019955	CGATA	2	10	461204	461213	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_019955	CGAAA	2	10	469804	469813	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_019955	AAAAG	2	10	476038	476047	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019955	GGTTA	2	10	477073	477082	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_019955	TATTG	2	10	478894	478903	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019955	CGACA	2	10	504725	504734	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_019955	TAGAA	2	10	511574	511583	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019955	ATTCT	2	10	524684	524693	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_019955	GTTTG	2	10	539388	539397	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_019955	GATAC	2	10	539908	539917	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_019955	GCCAC	2	10	540046	540055	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
65	NC_019955	GGATT	2	10	540441	540450	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019955	CAACA	2	10	542179	542188	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_019955	AACCT	2	10	553420	553429	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_019955	AAAAG	2	10	561817	561826	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_019955	TTTGT	2	10	565293	565302	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019955	GTAGT	2	10	578434	578443	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019955	TCCGC	2	10	583243	583252	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
72	NC_019955	TAATT	2	10	604762	604771	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019955	TGTTT	2	10	604842	604851	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019955	TGAAT	2	10	608893	608902	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_019955	ATTTT	2	10	635688	635697	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019955	GATTG	2	10	637713	637722	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019955	CTTTT	2	10	642611	642620	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_019955	TATTG	2	10	642753	642762	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019955	TTTCT	2	10	649660	649669	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_019955	AAGCA	2	10	663383	663392	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_019955	TATTG	2	10	664531	664540	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019955	AGTTC	2	10	664990	664999	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_019955	GCTTG	2	10	669296	669305	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_019955	TGAGT	2	10	674506	674515	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019955	AACCG	2	10	691124	691133	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
86	NC_019955	CTTTT	2	10	697139	697148	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_019955	AAAAT	2	10	697224	697233	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019955	CAGCT	2	10	697296	697305	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_019955	TAATT	2	10	702139	702148	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019955	CAGTA	2	10	708582	708591	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_019955	TTGGC	2	10	727370	727379	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_019955	GGTTT	2	10	729399	729408	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_019955	AAGGA	2	10	737381	737390	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019955	CTTTT	2	10	739568	739577	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_019955	TTTTC	2	10	742218	742227	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_019955	TGCGT	2	10	759112	759121	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_019955	AACTT	2	10	772131	772140	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_019955	TCGGG	2	10	787065	787074	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
99	NC_019955	ATTTT	2	10	791588	791597	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019955	CACTG	2	10	800154	800163	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_019955	CTTTT	2	10	808600	808609	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_019955	ATGAG	2	10	808633	808642	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_019955	TTTTC	2	10	821775	821784	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_019955	GGTTT	2	10	825060	825069	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019955	CCTTA	2	10	826892	826901	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
106	NC_019955	GTAAA	2	10	829621	829630	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_019955	ATTAC	2	10	838267	838276	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_019955	CTAAA	2	10	854457	854466	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_019955	AACAT	2	10	859167	859176	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_019955	AATTG	2	10	861340	861349	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_019955	AAGCC	2	10	861431	861440	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_019955	CAAAA	2	10	862740	862749	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_019955	TAAAA	2	10	881264	881273	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_019955	GAGTT	2	10	884369	884378	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_019955	GTTAG	2	10	888001	888010	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019955	TGCCA	2	10	888269	888278	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_019955	TTTTC	2	10	891446	891455	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_019955	TTCAA	2	10	893806	893815	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_019955	CTGTG	2	10	897663	897672	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_019955	AAATA	2	10	897681	897690	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_019955	GCTGT	2	10	900259	900268	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_019955	TCAGA	2	10	910151	910160	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_019955	TACGA	2	10	910880	910889	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_019955	CTTAT	2	10	911512	911521	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_019955	AGAAA	2	10	912959	912968	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019955	GGTTT	2	10	917666	917675	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019955	AAAGC	2	10	940307	940316	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_019955	GGGAT	2	10	948655	948664	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019955	TAAAC	2	10	967225	967234	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_019955	TTAAT	2	10	988297	988306	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_019955	TATCA	2	10	988326	988335	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_019955	TAAGC	2	10	996215	996224	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_019955	ACTTT	2	10	999520	999529	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_019955	TCTCG	2	10	1005853	1005862	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
135	NC_019955	AGCTA	2	10	1010960	1010969	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_019955	TAGAA	2	10	1016869	1016878	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019955	GTAAG	2	10	1022725	1022734	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_019955	TTATT	2	10	1040293	1040302	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_019955	AAATA	2	10	1048657	1048666	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_019955	TTACA	2	10	1051065	1051074	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_019955	TAAAT	2	10	1058698	1058707	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_019955	TCAAA	2	10	1067852	1067861	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_019955	TTTGT	2	10	1076270	1076279	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_019955	GAATA	2	10	1084974	1084983	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_019955	AATTG	2	10	1098994	1099003	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_019955	GTCTT	2	10	1133898	1133907	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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295	NC_019955	TTGCA	2	10	2171730	2171739	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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408	NC_019955	TCGGT	2	10	3069221	3069230	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
409	NC_019955	ACTAC	2	10	3071306	3071315	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
410	NC_019955	TTTCT	2	10	3072052	3072061	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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415	NC_019955	CATTT	2	10	3099939	3099948	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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419	NC_019955	GCGGA	2	10	3111075	3111084	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
420	NC_019955	TCGGT	2	10	3113550	3113559	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
421	NC_019955	ACTAC	2	10	3115635	3115644	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
422	NC_019955	TCGGT	2	10	3118795	3118804	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
423	NC_019955	ACTAC	2	10	3120880	3120889	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
424	NC_019955	TTTCT	2	10	3121626	3121635	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
425	NC_019955	CCTTC	2	10	3147771	3147780	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
426	NC_019955	TCATT	2	10	3147786	3147795	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
427	NC_019955	TGTTC	2	10	3150019	3150028	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
428	NC_019955	CGCCA	2	10	3157853	3157862	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
429	NC_019955	TTCGC	2	10	3164523	3164532	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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431	NC_019955	ATTAA	2	10	3175058	3175067	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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433	NC_019955	ACTAC	2	10	3180808	3180817	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
434	NC_019955	GAGTT	2	10	3181627	3181636	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
435	NC_019955	AAAAC	2	10	3187193	3187202	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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439	NC_019955	AAGCG	2	10	3191505	3191514	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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441	NC_019955	GCGGA	2	10	3217189	3217198	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
442	NC_019955	TCGGT	2	10	3219664	3219673	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
443	NC_019955	CTTTA	2	10	3221003	3221012	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
444	NC_019955	ACTAC	2	10	3222140	3222149	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
445	NC_019955	CTTTA	2	10	3233294	3233303	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
446	NC_019955	ATCTT	2	10	3247129	3247138	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
447	NC_019955	TCGCT	2	10	3251690	3251699	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
448	NC_019955	TGTCA	2	10	3253403	3253412	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
449	NC_019955	GTTAT	2	10	3273480	3273489	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.