MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Sinorhizobium meliloti GR4 plasmid pRmeGR4b

Total Repeats: 54

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019847	CACCGT	2	12	8294	8305	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433615309
2	NC_019847	TCGGGT	2	12	13233	13244	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	433615311
3	NC_019847	TCCTCA	5	30	13755	13784	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	433615311
4	NC_019847	AGCGCA	2	12	23383	23394	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433615317
5	NC_019847	GCCGCT	2	12	26633	26644	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433615321
6	NC_019847	TCGACA	2	12	27231	27242	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433615321
7	NC_019847	CGAAGC	2	12	28876	28887	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433615323
8	NC_019847	GATGCC	2	12	30946	30957	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433615326
9	NC_019847	AATCTC	2	12	33301	33312	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	433615329
10	NC_019847	CCTTTG	2	12	35204	35215	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	433615332
11	NC_019847	AGGAAC	2	12	36972	36983	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	433615334
12	NC_019847	GAACAC	2	12	40574	40585	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	433615339
13	NC_019847	CAATCT	2	12	40794	40805	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	433615340
14	NC_019847	CCTCGA	2	12	42689	42700	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433615341
15	NC_019847	CAGCTC	2	12	46046	46057	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433615344
16	NC_019847	ATGGTT	2	12	52489	52500	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	433615350
17	NC_019847	GCGCCG	2	12	66697	66708	0 %	0 %	50 %	50 %	433615366
18	NC_019847	GCCGGT	2	12	67157	67168	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433615366
19	NC_019847	TTCGGC	2	12	70043	70054	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	433615368
20	NC_019847	GCGATC	2	12	72109	72120	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433615369
21	NC_019847	CATCCA	2	12	91571	91582	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	433615397
22	NC_019847	GCAGTC	2	12	101265	101276	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433615409
23	NC_019847	ATCCGC	2	12	108219	108230	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	433615418
24	NC_019847	CTATGC	2	12	112448	112459	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	433615424
25	NC_019847	GAAGCC	2	12	118481	118492	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433615431
26	NC_019847	CAATCC	2	12	128864	128875	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	433615442
27	NC_019847	AGGCGC	2	12	130737	130748	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433615444
28	NC_019847	TCGGCA	2	12	159931	159942	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433615473
29	NC_019847	TGCCGC	2	12	160059	160070	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433615473
30	NC_019847	GACGAA	2	12	162184	162195	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	433615475
31	NC_019847	GCGTCC	2	12	163777	163788	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433615476
32	NC_019847	GCGCCC	2	12	163791	163802	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	433615476
33	NC_019847	CTGCCG	2	12	170446	170457	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433615486
34	NC_019847	TATCGT	2	12	171774	171785	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	433615487
35	NC_019847	GCCAAG	2	12	173423	173434	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433615491
36	NC_019847	GACGGC	2	12	175689	175700	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	433615493
37	NC_019847	CCAGAG	2	12	175953	175964	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	433615493
38	NC_019847	TTGCCG	2	12	180153	180164	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	433615498
39	NC_019847	ACGCAC	2	12	182572	182583	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	433615501
40	NC_019847	ACCGTG	2	12	184179	184190	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433615502
41	NC_019847	TGGCGC	2	12	191551	191562	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433615509
42	NC_019847	TCAGCA	2	12	191926	191937	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	433615509
43	NC_019847	AGCCCG	2	12	195718	195729	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433615512
44	NC_019847	CTGCAG	2	12	198009	198020	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	433615517
45	NC_019847	AAGGAG	2	12	200267	200278	50 %	0 %	50 %	0 %	433615518
46	NC_019847	CGTGGA	2	12	200943	200954	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	433615519
47	NC_019847	GCGTCG	2	12	207333	207344	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	433615525
48	NC_019847	TATGGG	2	12	207616	207627	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	433615525
49	NC_019847	CCTGCT	2	12	210060	210071	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	433615528
50	NC_019847	GCCCGC	2	12	214387	214398	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	433615534
51	NC_019847	GTCGCC	2	12	214432	214443	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	433615534
52	NC_019847	GATCAG	2	12	214857	214868	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	433615535
53	NC_019847	CCGCAG	2	12	223226	223237	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	433615543
54	NC_019847	ATGTCG	2	12	224932	224943	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	433615545

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.