MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Sinorhizobium meliloti GR4 plasmid pRmeGR4b

Total Repeats: 167

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019847	CTTGC	2	10	433	442	0 %	40 %	20 %	40 %	433615301
2	NC_019847	AGTCG	2	10	1179	1188	20 %	20 %	40 %	20 %	433615301
3	NC_019847	GGCCC	2	10	1854	1863	0 %	0 %	40 %	60 %	433615302
4	NC_019847	TTCCT	2	10	2136	2145	0 %	60 %	0 %	40 %	433615302
5	NC_019847	AGCCA	2	10	3242	3251	40 %	0 %	20 %	40 %	433615303
6	NC_019847	AGGGC	2	10	3482	3491	20 %	0 %	60 %	20 %	433615303
7	NC_019847	CAGGC	2	10	4701	4710	20 %	0 %	40 %	40 %	433615306
8	NC_019847	AGGGG	2	10	5408	5417	20 %	0 %	80 %	0 %	433615307
9	NC_019847	AGGGG	2	10	5913	5922	20 %	0 %	80 %	0 %	433615307
10	NC_019847	AGGGG	2	10	6136	6145	20 %	0 %	80 %	0 %	433615307
11	NC_019847	GCGCC	2	10	7056	7065	0 %	0 %	40 %	60 %	433615308
12	NC_019847	CATGC	2	10	11180	11189	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_019847	GTGGC	2	10	15050	15059	0 %	20 %	60 %	20 %	433615311
14	NC_019847	GCTTT	2	10	15588	15597	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_019847	GGCGG	2	10	17610	17619	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
16	NC_019847	CGTTT	2	10	19886	19895	0 %	60 %	20 %	20 %	433615315
17	NC_019847	GCAAG	2	10	20380	20389	40 %	0 %	40 %	20 %	433615315
18	NC_019847	CATTT	2	10	34212	34221	20 %	60 %	0 %	20 %	433615330
19	NC_019847	AGGGC	2	10	34411	34420	20 %	0 %	60 %	20 %	433615331
20	NC_019847	GATGG	2	10	36100	36109	20 %	20 %	60 %	0 %	433615333
21	NC_019847	TGAAG	2	10	36537	36546	40 %	20 %	40 %	0 %	433615333
22	NC_019847	GCCGA	2	10	36854	36863	20 %	0 %	40 %	40 %	433615334
23	NC_019847	TCATT	2	10	37731	37740	20 %	60 %	0 %	20 %	433615336
24	NC_019847	GCTTC	2	10	37747	37756	0 %	40 %	20 %	40 %	433615336
25	NC_019847	CTTCG	2	10	39212	39221	0 %	40 %	20 %	40 %	433615338
26	NC_019847	ATGCA	2	10	39942	39951	40 %	20 %	20 %	20 %	433615338
27	NC_019847	CGTTT	2	10	40387	40396	0 %	60 %	20 %	20 %	433615339
28	NC_019847	AAAGG	2	10	41232	41241	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_019847	TGCGA	2	10	42414	42423	20 %	20 %	40 %	20 %	433615341
30	NC_019847	CCGCG	2	10	42611	42620	0 %	0 %	40 %	60 %	433615341
31	NC_019847	GGTGG	2	10	43978	43987	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
32	NC_019847	CAACG	2	10	44889	44898	40 %	0 %	20 %	40 %	433615343
33	NC_019847	GCCGA	2	10	45330	45339	20 %	0 %	40 %	40 %	433615343
34	NC_019847	CGTTA	2	10	46668	46677	20 %	40 %	20 %	20 %	433615345
35	NC_019847	TGAGG	2	10	48364	48373	20 %	20 %	60 %	0 %	433615347
36	NC_019847	GATCC	2	10	48700	48709	20 %	20 %	20 %	40 %	433615347
37	NC_019847	TCGGC	2	10	51050	51059	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_019847	GATAG	2	10	52303	52312	40 %	20 %	40 %	0 %	433615350
39	NC_019847	GGAAA	2	10	54816	54825	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019847	CAATC	2	10	59136	59145	40 %	20 %	0 %	40 %	433615359
41	NC_019847	AAATT	2	10	59590	59599	60 %	40 %	0 %	0 %	433615360
42	NC_019847	GCATT	2	10	60629	60638	20 %	40 %	20 %	20 %	433615361
43	NC_019847	CGTTT	2	10	61835	61844	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_019847	CAACG	2	10	62198	62207	40 %	0 %	20 %	40 %	433615363
45	NC_019847	GCCGA	2	10	62639	62648	20 %	0 %	40 %	40 %	433615363
46	NC_019847	CTTCG	2	10	63029	63038	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_019847	AGGGA	2	10	65030	65039	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
48	NC_019847	TGCAT	2	10	65513	65522	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_019847	GGAAG	2	10	66092	66101	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019847	CGATC	2	10	68991	69000	20 %	20 %	20 %	40 %	433615367
51	NC_019847	CGTTT	2	10	69315	69324	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_019847	GACGA	2	10	70145	70154	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_019847	CCGTA	2	10	73363	73372	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_019847	CCTTC	2	10	75896	75905	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
55	NC_019847	CGCGT	2	10	76671	76680	0 %	20 %	40 %	40 %	433615372
56	NC_019847	GAGGG	2	10	79137	79146	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019847	AGCAA	2	10	81135	81144	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_019847	GGAGA	2	10	81576	81585	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019847	TTCTT	2	10	83862	83871	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_019847	ATCGC	2	10	84470	84479	20 %	20 %	20 %	40 %	433615384
61	NC_019847	TCCGA	2	10	84604	84613	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_019847	CTTCC	2	10	84884	84893	0 %	40 %	0 %	60 %	433615385
63	NC_019847	GGGCA	2	10	85058	85067	20 %	0 %	60 %	20 %	433615385
64	NC_019847	GTTTT	2	10	85320	85329	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019847	TCGCT	2	10	85666	85675	0 %	40 %	20 %	40 %	433615387
66	NC_019847	GACCG	2	10	86957	86966	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_019847	CCCCG	2	10	87686	87695	0 %	0 %	20 %	80 %	433615391
68	NC_019847	ACCGG	2	10	88474	88483	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_019847	GCCGA	2	10	88579	88588	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_019847	GTGGC	2	10	89780	89789	0 %	20 %	60 %	20 %	433615395
71	NC_019847	CTTGC	2	10	90473	90482	0 %	40 %	20 %	40 %	433615397
72	NC_019847	GCGCA	2	10	90690	90699	20 %	0 %	40 %	40 %	433615397
73	NC_019847	GAGCC	2	10	91030	91039	20 %	0 %	40 %	40 %	433615397
74	NC_019847	GGCCG	2	10	91472	91481	0 %	0 %	60 %	40 %	433615397
75	NC_019847	CGAGG	2	10	91652	91661	20 %	0 %	60 %	20 %	433615397
76	NC_019847	GTTCG	2	10	94514	94523	0 %	40 %	40 %	20 %	433615401
77	NC_019847	TGAAC	2	10	97329	97338	40 %	20 %	20 %	20 %	433615405
78	NC_019847	AGGTC	2	10	99993	100002	20 %	20 %	40 %	20 %	433615407
79	NC_019847	TCGCT	2	10	100640	100649	0 %	40 %	20 %	40 %	433615408
80	NC_019847	CTTGC	2	10	101452	101461	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_019847	CAAAC	2	10	102825	102834	60 %	0 %	0 %	40 %	433615411
82	NC_019847	GCTTA	2	10	103283	103292	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_019847	CCGAT	2	10	104339	104348	20 %	20 %	20 %	40 %	433615414
84	NC_019847	GAACA	2	10	105079	105088	60 %	0 %	20 %	20 %	433615415
85	NC_019847	CCGTC	2	10	108691	108700	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_019847	GATCG	2	10	113817	113826	20 %	20 %	40 %	20 %	433615424
87	NC_019847	CTCGA	2	10	114238	114247	20 %	20 %	20 %	40 %	433615424
88	NC_019847	ATGGA	2	10	116795	116804	40 %	20 %	40 %	0 %	433615428
89	NC_019847	AAAGG	2	10	118605	118614	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019847	GTCCT	2	10	119001	119010	0 %	40 %	20 %	40 %	433615432
91	NC_019847	GGCCA	2	10	119102	119111	20 %	0 %	40 %	40 %	433615432
92	NC_019847	CGATC	2	10	119736	119745	20 %	20 %	20 %	40 %	433615433
93	NC_019847	GTTAT	2	10	120176	120185	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019847	CGTCA	2	10	122601	122610	20 %	20 %	20 %	40 %	433615435
95	NC_019847	ATGGC	2	10	124247	124256	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_019847	TGCGA	2	10	124444	124453	20 %	20 %	40 %	20 %	433615437
97	NC_019847	ACGGT	2	10	125634	125643	20 %	20 %	40 %	20 %	433615438
98	NC_019847	CAAAA	2	10	128511	128520	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_019847	TGCAG	2	10	128999	129008	20 %	20 %	40 %	20 %	433615442
100	NC_019847	TGCAA	2	10	130849	130858	40 %	20 %	20 %	20 %	433615444
101	NC_019847	CACCT	2	10	131612	131621	20 %	20 %	0 %	60 %	433615445
102	NC_019847	GCCGC	2	10	134910	134919	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
103	NC_019847	CGCCC	2	10	135450	135459	0 %	0 %	20 %	80 %	433615450
104	NC_019847	CCTTC	2	10	135649	135658	0 %	40 %	0 %	60 %	433615450
105	NC_019847	CCAAC	2	10	138289	138298	40 %	0 %	0 %	60 %	433615453
106	NC_019847	TTCCT	2	10	138545	138554	0 %	60 %	0 %	40 %	433615454
107	NC_019847	AATCA	2	10	139780	139789	60 %	20 %	0 %	20 %	433615455
108	NC_019847	TTTGG	2	10	141418	141427	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_019847	CGAAG	2	10	144824	144833	40 %	0 %	40 %	20 %	433615460
110	NC_019847	TGACG	2	10	144914	144923	20 %	20 %	40 %	20 %	433615460
111	NC_019847	CTTTG	2	10	146389	146398	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_019847	CGGGA	2	10	146484	146493	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
113	NC_019847	AACAA	2	10	150615	150624	80 %	0 %	0 %	20 %	433615465
114	NC_019847	GATCT	2	10	152368	152377	20 %	40 %	20 %	20 %	433615467
115	NC_019847	CCCCG	2	10	154644	154653	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
116	NC_019847	CGTCA	2	10	156883	156892	20 %	20 %	20 %	40 %	433615470
117	NC_019847	GCCGC	2	10	158955	158964	0 %	0 %	40 %	60 %	433615472
118	NC_019847	AGGTC	2	10	159322	159331	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_019847	GCGTG	2	10	159462	159471	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
120	NC_019847	CCGCC	2	10	159476	159485	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
121	NC_019847	GATCG	2	10	161106	161115	20 %	20 %	40 %	20 %	433615474
122	NC_019847	GCTCT	2	10	161343	161352	0 %	40 %	20 %	40 %	433615474
123	NC_019847	GCGTC	2	10	162860	162869	0 %	20 %	40 %	40 %	433615476
124	NC_019847	GAAAG	2	10	165882	165891	60 %	0 %	40 %	0 %	433615479
125	NC_019847	CCTTC	2	10	169886	169895	0 %	40 %	0 %	60 %	433615484
126	NC_019847	GGCTT	2	10	174859	174868	0 %	40 %	40 %	20 %	433615491
127	NC_019847	CGGCA	2	10	175627	175636	20 %	0 %	40 %	40 %	433615493
128	NC_019847	GTAGC	2	10	176661	176670	20 %	20 %	40 %	20 %	433615495
129	NC_019847	TAATT	2	10	180991	181000	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019847	CGCTA	2	10	183731	183740	20 %	20 %	20 %	40 %	433615501
131	NC_019847	AACCC	2	10	185814	185823	40 %	0 %	0 %	60 %	433615505
132	NC_019847	CTTCG	2	10	186303	186312	0 %	40 %	20 %	40 %	433615506
133	NC_019847	AGCAC	2	10	187984	187993	40 %	0 %	20 %	40 %	433615508
134	NC_019847	GTCGC	2	10	188125	188134	0 %	20 %	40 %	40 %	433615508
135	NC_019847	GCGCA	2	10	188633	188642	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
136	NC_019847	TCGCC	2	10	189235	189244	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
137	NC_019847	CGAGC	2	10	189742	189751	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
138	NC_019847	GGGCT	2	10	190055	190064	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
139	NC_019847	GCGCG	2	10	190100	190109	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
140	NC_019847	GCGTA	2	10	190301	190310	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_019847	GAATG	2	10	192009	192018	40 %	20 %	40 %	0 %	433615510
142	NC_019847	CGCGC	2	10	193191	193200	0 %	0 %	40 %	60 %	433615511
143	NC_019847	GCGCC	2	10	195447	195456	0 %	0 %	40 %	60 %	433615512
144	NC_019847	CTCGT	2	10	198079	198088	0 %	40 %	20 %	40 %	433615517
145	NC_019847	CCGGC	2	10	198227	198236	0 %	0 %	40 %	60 %	433615517
146	NC_019847	GCCGC	2	10	201184	201193	0 %	0 %	40 %	60 %	433615520
147	NC_019847	TTGTT	2	10	201956	201965	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_019847	ATCCG	2	10	202334	202343	20 %	20 %	20 %	40 %	433615522
149	NC_019847	CAAGC	2	10	203289	203298	40 %	0 %	20 %	40 %	433615522
150	NC_019847	TTCAC	2	10	205243	205252	20 %	40 %	0 %	40 %	433615525
151	NC_019847	CTTCG	2	10	205417	205426	0 %	40 %	20 %	40 %	433615525
152	NC_019847	GCGCA	2	10	207470	207479	20 %	0 %	40 %	40 %	433615525
153	NC_019847	TCGCC	2	10	208064	208073	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
154	NC_019847	GGCTG	2	10	208922	208931	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
155	NC_019847	CCGAT	2	10	212817	212826	20 %	20 %	20 %	40 %	433615533
156	NC_019847	CTCCC	2	10	212864	212873	0 %	20 %	0 %	80 %	433615533
157	NC_019847	AGAAA	2	10	213158	213167	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
158	NC_019847	GAGGC	2	10	214209	214218	20 %	0 %	60 %	20 %	433615534
159	NC_019847	GCCCG	2	10	215841	215850	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
160	NC_019847	CCGCG	2	10	217591	217600	0 %	0 %	40 %	60 %	433615539
161	NC_019847	AGCGC	2	10	220486	220495	20 %	0 %	40 %	40 %	433615541
162	NC_019847	AGCGG	2	10	220812	220821	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
163	NC_019847	TGAGC	2	10	221753	221762	20 %	20 %	40 %	20 %	433615542
164	NC_019847	GGACC	2	10	221823	221832	20 %	0 %	40 %	40 %	433615542
165	NC_019847	CCTTT	2	10	222157	222166	0 %	60 %	0 %	40 %	433615543
166	NC_019847	GCGCG	2	10	223096	223105	0 %	0 %	60 %	40 %	433615543
167	NC_019847	AGGAA	2	10	224406	224415	60 %	0 %	40 %	0 %	433615544

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.