MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Sinorhizobium meliloti GR4 plasmid pRmeGR4b

Total Repeats: 114

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019847	CTTGC	2	10	433	442	0 %	40 %	20 %	40 %	433615301
2	NC_019847	AGTCG	2	10	1179	1188	20 %	20 %	40 %	20 %	433615301
3	NC_019847	GGCCC	2	10	1854	1863	0 %	0 %	40 %	60 %	433615302
4	NC_019847	TTCCT	2	10	2136	2145	0 %	60 %	0 %	40 %	433615302
5	NC_019847	AGCCA	2	10	3242	3251	40 %	0 %	20 %	40 %	433615303
6	NC_019847	AGGGC	2	10	3482	3491	20 %	0 %	60 %	20 %	433615303
7	NC_019847	CAGGC	2	10	4701	4710	20 %	0 %	40 %	40 %	433615306
8	NC_019847	AGGGG	2	10	5408	5417	20 %	0 %	80 %	0 %	433615307
9	NC_019847	AGGGG	2	10	5913	5922	20 %	0 %	80 %	0 %	433615307
10	NC_019847	AGGGG	2	10	6136	6145	20 %	0 %	80 %	0 %	433615307
11	NC_019847	GCGCC	2	10	7056	7065	0 %	0 %	40 %	60 %	433615308
12	NC_019847	GTGGC	2	10	15050	15059	0 %	20 %	60 %	20 %	433615311
13	NC_019847	CGTTT	2	10	19886	19895	0 %	60 %	20 %	20 %	433615315
14	NC_019847	GCAAG	2	10	20380	20389	40 %	0 %	40 %	20 %	433615315
15	NC_019847	CATTT	2	10	34212	34221	20 %	60 %	0 %	20 %	433615330
16	NC_019847	AGGGC	2	10	34411	34420	20 %	0 %	60 %	20 %	433615331
17	NC_019847	GATGG	2	10	36100	36109	20 %	20 %	60 %	0 %	433615333
18	NC_019847	TGAAG	2	10	36537	36546	40 %	20 %	40 %	0 %	433615333
19	NC_019847	GCCGA	2	10	36854	36863	20 %	0 %	40 %	40 %	433615334
20	NC_019847	TCATT	2	10	37731	37740	20 %	60 %	0 %	20 %	433615336
21	NC_019847	GCTTC	2	10	37747	37756	0 %	40 %	20 %	40 %	433615336
22	NC_019847	CTTCG	2	10	39212	39221	0 %	40 %	20 %	40 %	433615338
23	NC_019847	ATGCA	2	10	39942	39951	40 %	20 %	20 %	20 %	433615338
24	NC_019847	CGTTT	2	10	40387	40396	0 %	60 %	20 %	20 %	433615339
25	NC_019847	TGCGA	2	10	42414	42423	20 %	20 %	40 %	20 %	433615341
26	NC_019847	CCGCG	2	10	42611	42620	0 %	0 %	40 %	60 %	433615341
27	NC_019847	CAACG	2	10	44889	44898	40 %	0 %	20 %	40 %	433615343
28	NC_019847	GCCGA	2	10	45330	45339	20 %	0 %	40 %	40 %	433615343
29	NC_019847	CGTTA	2	10	46668	46677	20 %	40 %	20 %	20 %	433615345
30	NC_019847	TGAGG	2	10	48364	48373	20 %	20 %	60 %	0 %	433615347
31	NC_019847	GATCC	2	10	48700	48709	20 %	20 %	20 %	40 %	433615347
32	NC_019847	GATAG	2	10	52303	52312	40 %	20 %	40 %	0 %	433615350
33	NC_019847	CAATC	2	10	59136	59145	40 %	20 %	0 %	40 %	433615359
34	NC_019847	AAATT	2	10	59590	59599	60 %	40 %	0 %	0 %	433615360
35	NC_019847	GCATT	2	10	60629	60638	20 %	40 %	20 %	20 %	433615361
36	NC_019847	CAACG	2	10	62198	62207	40 %	0 %	20 %	40 %	433615363
37	NC_019847	GCCGA	2	10	62639	62648	20 %	0 %	40 %	40 %	433615363
38	NC_019847	CGATC	2	10	68991	69000	20 %	20 %	20 %	40 %	433615367
39	NC_019847	CGCGT	2	10	76671	76680	0 %	20 %	40 %	40 %	433615372
40	NC_019847	ATCGC	2	10	84470	84479	20 %	20 %	20 %	40 %	433615384
41	NC_019847	CTTCC	2	10	84884	84893	0 %	40 %	0 %	60 %	433615385
42	NC_019847	GGGCA	2	10	85058	85067	20 %	0 %	60 %	20 %	433615385
43	NC_019847	TCGCT	2	10	85666	85675	0 %	40 %	20 %	40 %	433615387
44	NC_019847	CCCCG	2	10	87686	87695	0 %	0 %	20 %	80 %	433615391
45	NC_019847	GTGGC	2	10	89780	89789	0 %	20 %	60 %	20 %	433615395
46	NC_019847	CTTGC	2	10	90473	90482	0 %	40 %	20 %	40 %	433615397
47	NC_019847	GCGCA	2	10	90690	90699	20 %	0 %	40 %	40 %	433615397
48	NC_019847	GAGCC	2	10	91030	91039	20 %	0 %	40 %	40 %	433615397
49	NC_019847	GGCCG	2	10	91472	91481	0 %	0 %	60 %	40 %	433615397
50	NC_019847	CGAGG	2	10	91652	91661	20 %	0 %	60 %	20 %	433615397
51	NC_019847	GTTCG	2	10	94514	94523	0 %	40 %	40 %	20 %	433615401
52	NC_019847	TGAAC	2	10	97329	97338	40 %	20 %	20 %	20 %	433615405
53	NC_019847	AGGTC	2	10	99993	100002	20 %	20 %	40 %	20 %	433615407
54	NC_019847	TCGCT	2	10	100640	100649	0 %	40 %	20 %	40 %	433615408
55	NC_019847	CAAAC	2	10	102825	102834	60 %	0 %	0 %	40 %	433615411
56	NC_019847	CCGAT	2	10	104339	104348	20 %	20 %	20 %	40 %	433615414
57	NC_019847	GAACA	2	10	105079	105088	60 %	0 %	20 %	20 %	433615415
58	NC_019847	GATCG	2	10	113817	113826	20 %	20 %	40 %	20 %	433615424
59	NC_019847	CTCGA	2	10	114238	114247	20 %	20 %	20 %	40 %	433615424
60	NC_019847	ATGGA	2	10	116795	116804	40 %	20 %	40 %	0 %	433615428
61	NC_019847	GTCCT	2	10	119001	119010	0 %	40 %	20 %	40 %	433615432
62	NC_019847	GGCCA	2	10	119102	119111	20 %	0 %	40 %	40 %	433615432
63	NC_019847	CGATC	2	10	119736	119745	20 %	20 %	20 %	40 %	433615433
64	NC_019847	CGTCA	2	10	122601	122610	20 %	20 %	20 %	40 %	433615435
65	NC_019847	TGCGA	2	10	124444	124453	20 %	20 %	40 %	20 %	433615437
66	NC_019847	ACGGT	2	10	125634	125643	20 %	20 %	40 %	20 %	433615438
67	NC_019847	TGCAG	2	10	128999	129008	20 %	20 %	40 %	20 %	433615442
68	NC_019847	TGCAA	2	10	130849	130858	40 %	20 %	20 %	20 %	433615444
69	NC_019847	CACCT	2	10	131612	131621	20 %	20 %	0 %	60 %	433615445
70	NC_019847	CGCCC	2	10	135450	135459	0 %	0 %	20 %	80 %	433615450
71	NC_019847	CCTTC	2	10	135649	135658	0 %	40 %	0 %	60 %	433615450
72	NC_019847	CCAAC	2	10	138289	138298	40 %	0 %	0 %	60 %	433615453
73	NC_019847	TTCCT	2	10	138545	138554	0 %	60 %	0 %	40 %	433615454
74	NC_019847	AATCA	2	10	139780	139789	60 %	20 %	0 %	20 %	433615455
75	NC_019847	CGAAG	2	10	144824	144833	40 %	0 %	40 %	20 %	433615460
76	NC_019847	TGACG	2	10	144914	144923	20 %	20 %	40 %	20 %	433615460
77	NC_019847	AACAA	2	10	150615	150624	80 %	0 %	0 %	20 %	433615465
78	NC_019847	GATCT	2	10	152368	152377	20 %	40 %	20 %	20 %	433615467
79	NC_019847	CGTCA	2	10	156883	156892	20 %	20 %	20 %	40 %	433615470
80	NC_019847	GCCGC	2	10	158955	158964	0 %	0 %	40 %	60 %	433615472
81	NC_019847	GATCG	2	10	161106	161115	20 %	20 %	40 %	20 %	433615474
82	NC_019847	GCTCT	2	10	161343	161352	0 %	40 %	20 %	40 %	433615474
83	NC_019847	GCGTC	2	10	162860	162869	0 %	20 %	40 %	40 %	433615476
84	NC_019847	GAAAG	2	10	165882	165891	60 %	0 %	40 %	0 %	433615479
85	NC_019847	CCTTC	2	10	169886	169895	0 %	40 %	0 %	60 %	433615484
86	NC_019847	GGCTT	2	10	174859	174868	0 %	40 %	40 %	20 %	433615491
87	NC_019847	CGGCA	2	10	175627	175636	20 %	0 %	40 %	40 %	433615493
88	NC_019847	GTAGC	2	10	176661	176670	20 %	20 %	40 %	20 %	433615495
89	NC_019847	CGCTA	2	10	183731	183740	20 %	20 %	20 %	40 %	433615501
90	NC_019847	AACCC	2	10	185814	185823	40 %	0 %	0 %	60 %	433615505
91	NC_019847	CTTCG	2	10	186303	186312	0 %	40 %	20 %	40 %	433615506
92	NC_019847	AGCAC	2	10	187984	187993	40 %	0 %	20 %	40 %	433615508
93	NC_019847	GTCGC	2	10	188125	188134	0 %	20 %	40 %	40 %	433615508
94	NC_019847	GAATG	2	10	192009	192018	40 %	20 %	40 %	0 %	433615510
95	NC_019847	CGCGC	2	10	193191	193200	0 %	0 %	40 %	60 %	433615511
96	NC_019847	GCGCC	2	10	195447	195456	0 %	0 %	40 %	60 %	433615512
97	NC_019847	CTCGT	2	10	198079	198088	0 %	40 %	20 %	40 %	433615517
98	NC_019847	CCGGC	2	10	198227	198236	0 %	0 %	40 %	60 %	433615517
99	NC_019847	GCCGC	2	10	201184	201193	0 %	0 %	40 %	60 %	433615520
100	NC_019847	ATCCG	2	10	202334	202343	20 %	20 %	20 %	40 %	433615522
101	NC_019847	CAAGC	2	10	203289	203298	40 %	0 %	20 %	40 %	433615522
102	NC_019847	TTCAC	2	10	205243	205252	20 %	40 %	0 %	40 %	433615525
103	NC_019847	CTTCG	2	10	205417	205426	0 %	40 %	20 %	40 %	433615525
104	NC_019847	GCGCA	2	10	207470	207479	20 %	0 %	40 %	40 %	433615525
105	NC_019847	CCGAT	2	10	212817	212826	20 %	20 %	20 %	40 %	433615533
106	NC_019847	CTCCC	2	10	212864	212873	0 %	20 %	0 %	80 %	433615533
107	NC_019847	GAGGC	2	10	214209	214218	20 %	0 %	60 %	20 %	433615534
108	NC_019847	CCGCG	2	10	217591	217600	0 %	0 %	40 %	60 %	433615539
109	NC_019847	AGCGC	2	10	220486	220495	20 %	0 %	40 %	40 %	433615541
110	NC_019847	TGAGC	2	10	221753	221762	20 %	20 %	40 %	20 %	433615542
111	NC_019847	GGACC	2	10	221823	221832	20 %	0 %	40 %	40 %	433615542
112	NC_019847	CCTTT	2	10	222157	222166	0 %	60 %	0 %	40 %	433615543
113	NC_019847	GCGCG	2	10	223096	223105	0 %	0 %	60 %	40 %	433615543
114	NC_019847	AGGAA	2	10	224406	224415	60 %	0 %	40 %	0 %	433615544

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.