MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum AS43.3 chromosome

Total Repeats: 445

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019842	ATATT	2	10	143	152	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019842	TCGTG	2	10	10837	10846	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_019842	GGACG	2	10	11695	11704	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
4	NC_019842	CCTTT	2	10	15745	15754	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NC_019842	GAAAT	2	10	23390	23399	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_019842	TCGTG	2	10	32554	32563	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_019842	GGACG	2	10	33159	33168	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_019842	ACAAA	2	10	36219	36228	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_019842	TTTTG	2	10	53814	53823	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_019842	TAAAG	2	10	64779	64788	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019842	TAAAA	2	10	83465	83474	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019842	TCGTG	2	10	92274	92283	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_019842	GGACG	2	10	92975	92984	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
14	NC_019842	TCGTG	2	10	98099	98108	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_019842	GGACG	2	10	98800	98809	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
16	NC_019842	TTACG	2	10	120550	120559	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_019842	TAAAA	2	10	121190	121199	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_019842	TTGTG	2	10	154418	154427	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_019842	CGGCC	2	10	159228	159237	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
20	NC_019842	TCGTG	2	10	162682	162691	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_019842	GGACG	2	10	163383	163392	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
22	NC_019842	TACAT	2	10	166944	166953	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_019842	TCGTG	2	10	167596	167605	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_019842	GGACG	2	10	168471	168480	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
25	NC_019842	TCGTG	2	10	172951	172960	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_019842	GGACG	2	10	173652	173661	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_019842	TTTTC	2	10	181493	181502	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_019842	TTCCT	2	10	181561	181570	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_019842	TTTTG	2	10	191641	191650	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019842	CTGAA	2	10	192379	192388	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_019842	AAATA	2	10	192689	192698	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_019842	ACAAG	2	10	203600	203609	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_019842	CTTGG	2	10	208073	208082	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_019842	TCCTT	2	10	227033	227042	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_019842	AGATT	2	10	236142	236151	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019842	AATAA	2	10	240972	240981	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_019842	TGATA	2	10	241045	241054	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019842	GAATA	2	10	243759	243768	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_019842	TAAAA	2	10	250050	250059	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019842	ATAAA	2	10	250646	250655	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019842	CAAAA	2	10	250970	250979	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_019842	TAATT	2	10	252196	252205	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_019842	CGTTT	2	10	252264	252273	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_019842	CTTTT	2	10	259662	259671	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_019842	GAGAA	2	10	264221	264230	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_019842	AAATG	2	10	303711	303720	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_019842	AATAA	2	10	323375	323384	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_019842	AGGAG	2	10	324138	324147	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
49	NC_019842	GGGAA	2	10	363637	363646	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019842	AAGAA	2	10	434706	434715	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019842	CTATA	2	10	435999	436008	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_019842	ACGGG	2	10	446168	446177	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NC_019842	TGCTG	2	10	446398	446407	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_019842	TGTAG	2	10	452526	452535	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019842	AGGAA	2	10	464516	464525	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019842	ATAAA	2	10	471021	471030	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019842	TAAAT	2	10	491869	491878	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_019842	AACTT	2	10	516761	516770	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_019842	ATTTT	2	10	518319	518328	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019842	CATGT	2	10	521790	521799	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_019842	AATGA	2	10	522099	522108	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019842	AAATC	2	10	523975	523984	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_019842	AAGAT	2	10	527279	527288	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_019842	TAACG	2	10	529298	529307	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_019842	AGAAA	2	10	529653	529662	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019842	GATGC	2	10	533406	533415	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_019842	AAACA	2	10	539934	539943	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_019842	GAGAG	2	10	542880	542889	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
69	NC_019842	TAAAC	2	10	548630	548639	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_019842	CGCGG	2	10	550178	550187	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
71	NC_019842	GAGAC	2	10	554404	554413	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_019842	CAAAA	2	10	559550	559559	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_019842	TCGTA	2	10	561321	561330	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_019842	AAAGG	2	10	564537	564546	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_019842	TCCGC	2	10	568802	568811	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
76	NC_019842	CAAAA	2	10	578661	578670	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_019842	TAAAA	2	10	585338	585347	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019842	TCGTG	2	10	593232	593241	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_019842	GGACG	2	10	593917	593926	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
80	NC_019842	AAACG	2	10	597151	597160	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_019842	AAAAG	2	10	609951	609960	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019842	TACTG	2	10	610466	610475	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_019842	GATGA	2	10	624763	624772	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019842	AGACG	2	10	635971	635980	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_019842	TCATG	2	10	636023	636032	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_019842	TCAAT	2	10	636233	636242	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_019842	ATACA	2	10	640824	640833	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_019842	ATTGA	2	10	643354	643363	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_019842	GCGGG	2	10	646246	646255	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
90	NC_019842	AGGAA	2	10	668581	668590	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019842	CAACC	2	10	701987	701996	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
92	NC_019842	CATTA	2	10	718692	718701	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_019842	AGCTA	2	10	719993	720002	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_019842	CAATT	2	10	750498	750507	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_019842	GAATA	2	10	753452	753461	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019842	GACCG	2	10	766824	766833	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_019842	GAAGC	2	10	773909	773918	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_019842	ATCAG	2	10	796181	796190	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_019842	AATTA	2	10	805406	805415	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019842	AGAAC	2	10	805433	805442	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_019842	AGAGC	2	10	813562	813571	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_019842	TAAAA	2	10	836540	836549	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_019842	AAAAG	2	10	836572	836581	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019842	ATAAA	2	10	836720	836729	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019842	TTATA	2	10	855030	855039	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_019842	TTTTC	2	10	858263	858272	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_019842	AAGGA	2	10	861283	861292	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019842	CTTTC	2	10	862279	862288	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
109	NC_019842	TCGTG	2	10	880461	880470	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_019842	GGACG	2	10	881162	881171	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
111	NC_019842	TATTT	2	10	885137	885146	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_019842	GTTTC	2	10	906064	906073	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_019842	TAAAG	2	10	928634	928643	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_019842	GGGGA	2	10	928667	928676	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
115	NC_019842	GTGAT	2	10	930382	930391	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019842	CCGCT	2	10	937398	937407	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
117	NC_019842	ATAAA	2	10	948584	948593	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_019842	CTTTT	2	10	952755	952764	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_019842	ATGTT	2	10	955856	955865	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_019842	AAGTC	2	10	956090	956099	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_019842	ATATT	2	10	958026	958035	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_019842	GGAAG	2	10	961958	961967	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
123	NC_019842	GACAA	2	10	974067	974076	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_019842	ATGAT	2	10	975225	975234	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_019842	AAAAG	2	10	975236	975245	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019842	AGTGG	2	10	989512	989521	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019842	TTTTG	2	10	997484	997493	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019842	AAATT	2	10	1007368	1007377	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019842	ATTAC	2	10	1008075	1008084	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_019842	TTTTC	2	10	1009846	1009855	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_019842	AATAA	2	10	1009868	1009877	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_019842	CAAAA	2	10	1013083	1013092	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_019842	AGAAA	2	10	1032499	1032508	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_019842	TGTGA	2	10	1050449	1050458	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_019842	GATAG	2	10	1053108	1053117	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_019842	TTTAT	2	10	1062728	1062737	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019842	TGGAA	2	10	1074687	1074696	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_019842	TGGCC	2	10	1087180	1087189	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
139	NC_019842	AAATA	2	10	1092393	1092402	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_019842	GCCCC	2	10	1095090	1095099	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
141	NC_019842	CTTTT	2	10	1101566	1101575	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_019842	GAATA	2	10	1115402	1115411	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_019842	TTCCT	2	10	1124656	1124665	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_019842	GAAGG	2	10	1138384	1138393	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
145	NC_019842	CACAA	2	10	1140524	1140533	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_019842	TCATA	2	10	1144361	1144370	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_019842	TGATA	2	10	1145784	1145793	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_019842	TATGA	2	10	1156955	1156964	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_019842	AAGGA	2	10	1161704	1161713	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
150	NC_019842	AGGGG	2	10	1165265	1165274	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
151	NC_019842	TTTGC	2	10	1170167	1170176	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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153	NC_019842	GTGAA	2	10	1220154	1220163	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
154	NC_019842	CTCTC	2	10	1223913	1223922	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
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156	NC_019842	AAGGA	2	10	1236156	1236165	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
157	NC_019842	TTCAC	2	10	1237766	1237775	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
158	NC_019842	ATACT	2	10	1248452	1248461	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
159	NC_019842	ATAAA	2	10	1251161	1251170	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_019842	TAAAA	2	10	1251199	1251208	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_019842	TCCAT	2	10	1261075	1261084	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
162	NC_019842	GAGTA	2	10	1262607	1262616	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
163	NC_019842	CTTTT	2	10	1264064	1264073	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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167	NC_019842	TCTCT	2	10	1323385	1323394	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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169	NC_019842	TTATC	2	10	1331587	1331596	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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171	NC_019842	AACGG	2	10	1350216	1350225	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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173	NC_019842	TAAAA	2	10	1355620	1355629	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_019842	TTTAT	2	10	1416068	1416077	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_019842	TAAAG	2	10	1437197	1437206	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
183	NC_019842	CAGCT	2	10	1453071	1453080	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
184	NC_019842	TTTCG	2	10	1514656	1514665	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
185	NC_019842	ATTAT	2	10	1516240	1516249	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_019842	AGGGG	2	10	1524602	1524611	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
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188	NC_019842	CGTCT	2	10	1545042	1545051	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
189	NC_019842	CGTTT	2	10	1551273	1551282	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
190	NC_019842	CTTTT	2	10	1552167	1552176	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
191	NC_019842	ATCTA	2	10	1552231	1552240	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
192	NC_019842	CAATT	2	10	1556725	1556734	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
193	NC_019842	CAATG	2	10	1570744	1570753	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
194	NC_019842	GCATT	2	10	1570773	1570782	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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262	NC_019842	AAATT	2	10	2372992	2373001	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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269	NC_019842	ATTGC	2	10	2566510	2566519	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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273	NC_019842	TTCTG	2	10	2603362	2603371	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
274	NC_019842	TCATA	2	10	2605109	2605118	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
275	NC_019842	GTATT	2	10	2605602	2605611	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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280	NC_019842	ATTTT	2	10	2643114	2643123	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
281	NC_019842	GGAGA	2	10	2656595	2656604	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
282	NC_019842	ATAAA	2	10	2668035	2668044	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
283	NC_019842	TCTCT	2	10	2670663	2670672	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
284	NC_019842	TAAAA	2	10	2717090	2717099	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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286	NC_019842	TGTTT	2	10	2741368	2741377	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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288	NC_019842	TTTGA	2	10	2749170	2749179	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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413	NC_019842	ATCAG	2	10	3713173	3713182	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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420	NC_019842	CTTCC	2	10	3782647	3782656	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
421	NC_019842	TTATT	2	10	3785293	3785302	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
422	NC_019842	CACGC	2	10	3800039	3800048	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
423	NC_019842	TATCA	2	10	3805850	3805859	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
424	NC_019842	CAAAA	2	10	3850143	3850152	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
425	NC_019842	TTTTA	2	10	3851838	3851847	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
426	NC_019842	CAAAA	2	10	3861353	3861362	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
427	NC_019842	TTCAT	2	10	3894084	3894093	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
428	NC_019842	TTTCT	2	10	3894469	3894478	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
429	NC_019842	TAAAG	2	10	3894485	3894494	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
430	NC_019842	TGAGA	2	10	3902138	3902147	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
431	NC_019842	TGCTT	2	10	3902921	3902930	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
432	NC_019842	CGATA	2	10	3903157	3903166	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
433	NC_019842	TGTGC	2	10	3912863	3912872	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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441	NC_019842	TTCCT	2	10	3939397	3939406	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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443	NC_019842	ATGAC	2	10	3951117	3951126	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
444	NC_019842	TAAAA	2	10	3953655	3953664	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
445	NC_019842	GTTTG	2	10	3958754	3958763	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.