MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Caldisphaera lagunensis DSM 15908 chromosome

Total Repeats: 821

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019791	TTAAAT	2	12	3856	3867	50 %	50 %	0 %	0 %	429216261
2	NC_019791	CTAAAT	2	12	4841	4852	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_019791	TATGGT	2	12	6100	6111	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	429216263
4	NC_019791	AAGATA	2	12	7508	7519	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	429216265
5	NC_019791	AATTAT	2	12	13167	13178	50 %	50 %	0 %	0 %	429216271
6	NC_019791	AATATC	2	12	19833	19844	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	429216278
7	NC_019791	TTTAAG	2	12	26602	26613	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	429216285
8	NC_019791	ATAATG	2	12	27366	27377	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	429216286
9	NC_019791	TTTCTA	2	12	27413	27424	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	429216286
10	NC_019791	TAGAGA	2	12	28335	28346	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	429216287
11	NC_019791	TTTAAA	2	12	29290	29301	50 %	50 %	0 %	0 %	429216288
12	NC_019791	ATTTGT	2	12	31035	31046	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	429216290
13	NC_019791	AAAATT	2	12	32972	32983	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_019791	TTGAGA	2	12	34223	34234	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	429216292
15	NC_019791	TCATTA	2	12	34613	34624	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	429216293
16	NC_019791	ATTTTA	2	12	36019	36030	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	429216295
17	NC_019791	AAATAA	2	12	37301	37312	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	429216296
18	NC_019791	ATTTTA	2	12	38907	38918	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_019791	ATATTT	2	12	39981	39992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	429216300
20	NC_019791	TATAAA	2	12	42371	42382	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	429216300
21	NC_019791	TAATGG	2	12	43182	43193	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	429216300
22	NC_019791	AGGGCA	2	12	48008	48019	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	429216306
23	NC_019791	ATTCAA	2	12	48509	48520	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	429216307
24	NC_019791	CAAATC	2	12	50071	50082	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	429216308
25	NC_019791	AGTATT	2	12	51386	51397	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019791	TGGTAA	2	12	52150	52161	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	429216310
27	NC_019791	ATGAAC	2	12	52660	52671	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	429216310
28	NC_019791	AGGTTT	2	12	52675	52686	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	429216310
29	NC_019791	TTACCA	2	12	54536	54547	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	429216312
30	NC_019791	AAAAAT	2	12	57429	57440	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_019791	TATAAT	2	12	62046	62057	50 %	50 %	0 %	0 %	429216318
32	NC_019791	TTTATG	2	12	64752	64763	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	429216319
33	NC_019791	TATATC	2	12	64941	64952	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	429216319
34	NC_019791	GAACTT	2	12	66962	66973	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	429216321
35	NC_019791	TATTAA	2	12	68193	68204	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019791	TTATAA	2	12	72039	72050	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_019791	ATATAA	2	12	77596	77607	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	429216329
38	NC_019791	TAAATA	2	12	79573	79584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_019791	GAAAAG	2	12	82918	82929	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	429216334
40	NC_019791	AGCTAG	2	12	85442	85453	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	429216336
41	NC_019791	TAATCA	2	12	91528	91539	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_019791	CTTATG	2	12	93190	93201	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	429216345
43	NC_019791	TAACAA	2	12	93535	93546	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	429216345
44	NC_019791	CTTAGC	2	12	94172	94183	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	429216345
45	NC_019791	CCTGGG	2	12	96133	96144	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	429216347
46	NC_019791	AATATT	2	12	98689	98700	50 %	50 %	0 %	0 %	429216350
47	NC_019791	TATTGG	2	12	99287	99298	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	429216351
48	NC_019791	ATAAAA	2	12	101835	101846	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	429216353
49	NC_019791	TATATG	2	12	109093	109104	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	429216361
50	NC_019791	TCAATG	2	12	109544	109555	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	429216362
51	NC_019791	GAAATA	2	12	109772	109783	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	429216362
52	NC_019791	TTTAAA	2	12	110395	110406	50 %	50 %	0 %	0 %	429216363
53	NC_019791	ATATTA	2	12	117730	117741	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_019791	TATTAA	2	12	118567	118578	50 %	50 %	0 %	0 %	429216369
55	NC_019791	TTTGGT	2	12	118737	118748	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	429216369
56	NC_019791	AAACAG	2	12	120925	120936	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	429216372
57	NC_019791	TTTGAG	2	12	123689	123700	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	429216374
58	NC_019791	CCTTAT	2	12	125505	125516	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	429216375
59	NC_019791	TATAGC	2	12	126823	126834	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	429216376
60	NC_019791	CATCCA	2	12	128184	128195	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	429216377
61	NC_019791	ACTTTT	2	12	138156	138167	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_019791	ATGTTG	2	12	141974	141985	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	429216386
63	NC_019791	TATTAA	2	12	142678	142689	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_019791	CGGCTT	2	12	143046	143057	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	429216387
65	NC_019791	TTCTTT	2	12	146504	146515	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_019791	ACATAA	2	12	148150	148161	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_019791	TTATAT	2	12	149392	149403	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019791	ATTTTT	2	12	150762	150773	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_019791	TCATTT	2	12	151904	151915	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_019791	AAATGA	2	12	151999	152010	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	429216394
71	NC_019791	CATGTA	2	12	152213	152224	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	429216394
72	NC_019791	TAAATC	2	12	153808	153819	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	429216396
73	NC_019791	AGCTAA	2	12	155176	155187	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	429216396
74	NC_019791	ATAAAA	2	12	155960	155971	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	429216397
75	NC_019791	GATGGT	2	12	157783	157794	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	429216398
76	NC_019791	AAAATC	2	12	158307	158318	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	429216399
77	NC_019791	AAATGA	2	12	159172	159183	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	429216400
78	NC_019791	AATTAA	2	12	159712	159723	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	429216401
79	NC_019791	TTGTTT	2	12	161785	161796	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	429216402
80	NC_019791	TTAAAA	2	12	162130	162141	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	429216403
81	NC_019791	TAGCAT	2	12	165237	165248	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	429216404
82	NC_019791	AACATA	2	12	167000	167011	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	429216406
83	NC_019791	CCATTG	2	12	167446	167457	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	429216406
84	NC_019791	GATGAA	2	12	172644	172655	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019791	ATGAAA	2	12	176452	176463	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	429216413
86	NC_019791	ATTTTT	2	12	182135	182146	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	429216417
87	NC_019791	AGTAAT	2	12	182604	182615	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	429216418
88	NC_019791	GTTGAG	2	12	183040	183051	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	429216418
89	NC_019791	TTTGCA	2	12	183595	183606	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	429216418
90	NC_019791	TATAAA	2	12	184872	184883	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019791	CTATAT	2	12	187632	187643	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	429216421
92	NC_019791	AATTTT	2	12	187714	187725	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	429216421
93	NC_019791	ACTCCA	2	12	189468	189479	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	429216423
94	NC_019791	GGTACA	2	12	190041	190052	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	429216423
95	NC_019791	ATTTGG	2	12	191427	191438	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019791	TAATTA	2	12	192496	192507	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_019791	AACATA	2	12	193338	193349	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	429216425
98	NC_019791	AAAATG	2	12	197346	197357	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	429216428
99	NC_019791	TTTCTT	2	12	198239	198250	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	429216429
100	NC_019791	TTTACA	2	12	202712	202723	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	429216431
101	NC_019791	TTTATC	2	12	204061	204072	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	429216432
102	NC_019791	ATAAGG	2	12	205075	205086	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	429216433
103	NC_019791	TAAATT	2	12	206404	206415	50 %	50 %	0 %	0 %	429216434
104	NC_019791	TTTAAA	2	12	207372	207383	50 %	50 %	0 %	0 %	429216435
105	NC_019791	TTAAAT	2	12	208014	208025	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_019791	AGAAAA	2	12	208634	208645	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_019791	ATTTTA	2	12	211680	211691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019791	TTAATA	2	12	212005	212016	50 %	50 %	0 %	0 %	429216437
109	NC_019791	TGGTAT	2	12	212302	212313	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	429216437
110	NC_019791	TAATTT	2	12	212490	212501	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_019791	ATAAAA	2	12	212937	212948	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	429216438
112	NC_019791	AGATAA	2	12	217754	217765	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	429216440
113	NC_019791	TCTTTT	2	12	220536	220547	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	429216442
114	NC_019791	AGCATA	2	12	222625	222636	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	429216444
115	NC_019791	TACATT	2	12	222712	222723	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	429216444
116	NC_019791	TTTGGT	2	12	222914	222925	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	429216444
117	NC_019791	GAAATA	2	12	225532	225543	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	429216445
118	NC_019791	AATCAA	2	12	230562	230573	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	429216449
119	NC_019791	TTTTGC	2	12	230941	230952	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	429216449
120	NC_019791	TGCTAT	2	12	231670	231681	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	429216450
121	NC_019791	CTATAG	2	12	231741	231752	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	429216450
122	NC_019791	CCATCA	2	12	232019	232030	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	429216451
123	NC_019791	ATTTAT	2	12	233174	233185	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	429216452
124	NC_019791	TATCAA	2	12	233359	233370	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	429216452
125	NC_019791	TTAACT	2	12	235800	235811	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	429216455
126	NC_019791	ATACCC	2	12	236205	236216	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	429216455
127	NC_019791	TGCATT	2	12	237430	237441	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	429216456
128	NC_019791	TGGATT	2	12	245432	245443	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	429216466
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131	NC_019791	TTTTCC	2	12	252216	252227	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	429216474
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149	NC_019791	TATTAA	2	12	288784	288795	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_019791	CTAAGA	2	12	289452	289463	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	429216514
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239	NC_019791	TTTAAA	2	12	455348	455359	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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365	NC_019791	ATTTTT	2	12	672136	672147	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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478	NC_019791	GCTAAG	2	12	878664	878675	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	429217083
479	NC_019791	AGGAGA	2	12	879017	879028	50 %	0 %	50 %	0 %	429217083
480	NC_019791	ATAAAC	2	12	891330	891341	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	429217095
481	NC_019791	TTTATT	2	12	891658	891669	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	429217095
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491	NC_019791	AATTTT	2	12	907468	907479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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499	NC_019791	TTATCT	2	12	919021	919032	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	429217107
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