MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Halothece sp. PCC 7418 chromosome

Total Repeats: 206

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019779	CAGTAA	2	12	49558	49569	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_019779	TTAGAA	2	12	61283	61294	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_019779	ATTTGA	2	12	64487	64498	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_019779	ATCCCT	2	12	66713	66724	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_019779	ATCCCT	2	12	67712	67723	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_019779	ATCCCT	2	12	68681	68692	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_019779	ATCCCT	2	12	69639	69650	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_019779	ATCCCT	2	12	70609	70620	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_019779	ATCCCT	2	12	71566	71577	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_019779	ATCCCT	2	12	72560	72571	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_019779	GAAAAA	2	12	73836	73847	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019779	ATCCCT	2	12	75386	75397	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_019779	TAATTT	2	12	76344	76355	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_019779	AGTGGG	2	12	82466	82477	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_019779	GAGTTG	2	12	85930	85941	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_019779	TTTCCT	2	12	89925	89936	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_019779	TAATCA	2	12	114418	114429	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_019779	TGATGT	2	12	145133	145144	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_019779	TAGATT	2	12	156673	156684	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_019779	CCCTTT	2	12	167979	167990	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_019779	GCCTGG	2	12	180089	180100	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_019779	CGGGTA	2	12	180224	180235	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_019779	TCGCTT	2	12	181117	181128	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_019779	CTTTCA	2	12	188605	188616	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_019779	TAGTCA	2	12	190474	190485	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_019779	CAACTC	2	12	213154	213165	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_019779	CTCCCT	2	12	219135	219146	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_019779	TCATAA	2	12	227581	227592	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_019779	CTAATT	2	12	238296	238307	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_019779	ATCAAA	2	12	281624	281635	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_019779	ATTTTA	2	12	310337	310348	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_019779	TTTGGG	2	12	330624	330635	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_019779	TTAATT	2	12	400451	400462	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019779	TGTTCT	2	12	406155	406166	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_019779	TAACAA	2	12	417495	417506	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_019779	AACAAA	2	12	463609	463620	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_019779	AAAAAT	2	12	463757	463768	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019779	TGAAAG	2	12	473562	473573	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_019779	GCTGTT	2	12	474117	474128	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_019779	TGTTTG	2	12	485966	485977	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019779	TGACAT	2	12	505341	505352	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_019779	ATATTT	2	12	510374	510385	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_019779	GAAAAG	2	12	535397	535408	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019779	AAACCC	2	12	547157	547168	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_019779	TAATGA	2	12	577880	577891	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_019779	ATTCAG	2	12	608420	608431	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_019779	AAAGGT	2	12	621533	621544	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_019779	ACCATG	2	12	625903	625914	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_019779	AAAATT	2	12	710967	710978	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019779	CCAAGT	2	12	745850	745861	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_019779	ATACAC	2	12	752259	752270	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_019779	AAACAT	2	12	771365	771376	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_019779	CAGCAC	2	12	773714	773725	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
54	NC_019779	TAATTC	2	12	787253	787264	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_019779	TCATAA	2	12	863943	863954	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_019779	TTTTGA	2	12	882955	882966	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019779	TTTCCT	2	12	898004	898015	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_019779	ACAAAA	2	12	923227	923238	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_019779	GCCTGG	2	12	924595	924606	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_019779	CGGGTA	2	12	924730	924741	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_019779	TCGCTT	2	12	925622	925633	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_019779	TTTTAA	2	12	934137	934148	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_019779	TTTTTC	2	12	950392	950403	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_019779	AAAAGA	2	12	976154	976165	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019779	GAATAA	2	12	1000665	1000676	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019779	TTTACA	2	12	1004478	1004489	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_019779	TTTAGA	2	12	1020616	1020627	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019779	TTGATT	2	12	1071775	1071786	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_019779	AGGGGG	2	12	1093271	1093282	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019779	TTTAAG	2	12	1094515	1094526	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019779	TTCCTT	2	12	1161521	1161532	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_019779	TATTTT	2	12	1166294	1166305	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019779	CTAATC	2	12	1167804	1167815	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_019779	AATCCC	2	12	1167895	1167906	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_019779	ATGTTC	2	12	1178310	1178321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_019779	TTTGGC	2	12	1179310	1179321	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_019779	AAAGGG	2	12	1222013	1222024	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019779	ACGATT	2	12	1262697	1262708	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_019779	TTTACA	2	12	1277806	1277817	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_019779	CGCGAT	2	12	1292578	1292589	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_019779	ATTAGG	2	12	1326403	1326414	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019779	TGTTAA	2	12	1335803	1335814	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_019779	AAGGAA	2	12	1365568	1365579	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019779	TCCTCA	2	12	1405436	1405447	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_019779	TTAAAA	2	12	1405540	1405551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_019779	GTCAAG	2	12	1413380	1413391	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_019779	TGGGGA	2	12	1424742	1424753	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019779	AGCTTT	2	12	1447617	1447628	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_019779	ATCGCG	2	12	1520225	1520236	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_019779	CCATCA	2	12	1552049	1552060	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_019779	TGTTAT	2	12	1552361	1552372	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_019779	GTTTGG	2	12	1566629	1566640	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_019779	TTTACC	2	12	1612098	1612109	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_019779	TTATTC	2	12	1617968	1617979	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_019779	TTTAGA	2	12	1681927	1681938	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019779	CTTAAT	2	12	1692171	1692182	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_019779	GGAAAA	2	12	1706199	1706210	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019779	ATATTT	2	12	1837569	1837580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_019779	AAATTT	2	12	1875368	1875379	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019779	ACTTTT	2	12	1881740	1881751	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_019779	TCATGA	2	12	1946661	1946672	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_019779	CGTCAA	2	12	1990515	1990526	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_019779	ATTGAA	2	12	2043110	2043121	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019779	ATCCCG	2	12	2090496	2090507	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_019779	ACTTAA	2	12	2101004	2101015	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_019779	TTTTAG	2	12	2114232	2114243	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_019779	TCAAAA	2	12	2130999	2131010	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_019779	ATAAAA	2	12	2145455	2145466	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_019779	TCAAGA	2	12	2188604	2188615	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_019779	TAAAAA	2	12	2219396	2219407	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_019779	ACAAAT	2	12	2219454	2219465	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_019779	GTTTGT	2	12	2274637	2274648	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_019779	GTTGCT	2	12	2293959	2293970	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_019779	ACTGCT	2	12	2326015	2326026	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_019779	TCCCGA	2	12	2352952	2352963	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
116	NC_019779	CTACGA	2	12	2368707	2368718	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_019779	GAAAGG	2	12	2375391	2375402	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_019779	AAAGCA	2	12	2378733	2378744	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_019779	GGGAAA	2	12	2393990	2394001	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_019779	GAAGCA	2	12	2420918	2420929	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_019779	GCTATT	2	12	2425243	2425254	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_019779	GATTCA	2	12	2439012	2439023	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_019779	TATCTT	2	12	2453306	2453317	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_019779	TGTAAA	2	12	2459604	2459615	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_019779	GTTTTA	2	12	2472616	2472627	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019779	TGAAGA	2	12	2492141	2492152	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019779	GATCGC	2	12	2512061	2512072	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_019779	ATTGAT	2	12	2512610	2512621	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019779	AATTTT	2	12	2612284	2612295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019779	TATCGC	2	12	2612402	2612413	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_019779	ATTGCA	2	12	2622373	2622384	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_019779	GTCGTA	2	12	2634453	2634464	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.