MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Halothece sp. PCC 7418 chromosome

Total Repeats: 1766

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019779	GAAGCA	2	12	765	776	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	428774688
2	NC_019779	TTATCA	2	12	3149	3160	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	428774690
3	NC_019779	CCAGTT	2	12	8778	8789	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	428774693
4	NC_019779	AGCAGA	2	12	15245	15256	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	428774699
5	NC_019779	TCAACT	2	12	16112	16123	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428774699
6	NC_019779	AAGAAA	2	12	16297	16308	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	428774699
7	NC_019779	TGCTTT	2	12	17384	17395	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	428774700
8	NC_019779	TTTTGG	2	12	19223	19234	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	428774703
9	NC_019779	ACAGTA	2	12	19876	19887	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	428774703
10	NC_019779	TAGCAG	2	12	21685	21696	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	428774703
11	NC_019779	TCGACA	2	12	24363	24374	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	428774704
12	NC_019779	AAGATG	2	12	25496	25507	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	428774707
13	NC_019779	CGATCG	2	12	34521	34532	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428774713
14	NC_019779	AGAACA	2	12	34992	35003	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	428774713
15	NC_019779	AAAACT	2	12	35007	35018	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	428774713
16	NC_019779	AAACCA	2	12	35781	35792	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	428774714
17	NC_019779	TTCTGG	3	18	38752	38769	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	428774715
18	NC_019779	AAATCA	2	12	40743	40754	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	428774716
19	NC_019779	GTTAGG	2	12	41062	41073	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	428774716
20	NC_019779	GAAGAT	2	12	43480	43491	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	428774719
21	NC_019779	AAGGAG	2	12	46098	46109	50 %	0 %	50 %	0 %	428774721
22	NC_019779	GCAGAA	2	12	46987	46998	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	428774722
23	NC_019779	GATCAG	2	12	52205	52216	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	428774726
24	NC_019779	GACTTT	2	12	52866	52877	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	428774727
25	NC_019779	GCTTGC	2	12	54347	54358	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428774727
26	NC_019779	TTAAAA	2	12	56456	56467	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428774730
27	NC_019779	CCAATC	2	12	58205	58216	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	428774731
28	NC_019779	AGGATT	2	12	60931	60942	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428774733
29	NC_019779	GCAGTC	2	12	61522	61533	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428774734
30	NC_019779	CCAAAA	2	12	75785	75796	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	428774745
31	NC_019779	ACCAGC	2	12	78042	78053	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	428774747
32	NC_019779	CCATCA	2	12	78733	78744	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	428774747
33	NC_019779	TGTATC	2	12	78858	78869	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	428774747
34	NC_019779	CAGCAC	2	12	79337	79348	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	428774747
35	NC_019779	CATTAC	2	12	80885	80896	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428774747
36	NC_019779	CAACGG	2	12	83162	83173	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428774748
37	NC_019779	AAGGTT	2	12	83770	83781	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428774748
38	NC_019779	AGCATT	2	12	84258	84269	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	428774748
39	NC_019779	TTGCCA	2	12	87344	87355	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	428774750
40	NC_019779	ATTTTA	2	12	90442	90453	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	428774753
41	NC_019779	GATGGC	2	12	92733	92744	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	428774753
42	NC_019779	ACCCGA	2	12	92939	92950	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	428774753
43	NC_019779	CGATGG	2	12	94748	94759	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	428774753
44	NC_019779	CCTGAA	4	24	97320	97343	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	428774753
45	NC_019779	TTGGTG	2	12	98830	98841	0 %	50 %	50 %	0 %	428774754
46	NC_019779	GCACCA	2	12	98890	98901	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	428774754
47	NC_019779	CCGAAC	2	12	99277	99288	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	428774754
48	NC_019779	AATAAA	2	12	102130	102141	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	428774756
49	NC_019779	CTGCTT	2	12	103968	103979	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	428774758
50	NC_019779	TTTCTT	2	12	104501	104512	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	428774759
51	NC_019779	ATCGCG	2	12	108041	108052	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428774763
52	NC_019779	TCGGTT	2	12	113587	113598	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	428774768
53	NC_019779	GCATGA	2	12	114061	114072	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	428774768
54	NC_019779	TGATAT	2	12	114615	114626	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	428774769
55	NC_019779	TAATTT	2	12	120991	121002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	428774775
56	NC_019779	GACTTA	2	12	123025	123036	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	428774776
57	NC_019779	GGAACA	2	12	124459	124470	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	428774778
58	NC_019779	GGTAAA	2	12	130584	130595	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	428774783
59	NC_019779	GTGAAA	2	12	130603	130614	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	428774783
60	NC_019779	GTGAGA	2	12	134950	134961	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	428774787
61	NC_019779	ATTTAT	2	12	136188	136199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	428774790
62	NC_019779	GAAGCA	2	12	136323	136334	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	428774790
63	NC_019779	GGCTGG	2	12	137128	137139	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	428774790
64	NC_019779	ATTCCC	2	12	139633	139644	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	428774792
65	NC_019779	ATCGCG	2	12	146161	146172	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428774796
66	NC_019779	GGAGGC	2	12	149499	149510	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	428774798
67	NC_019779	TGGGGT	2	12	149534	149545	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	428774798
68	NC_019779	CGCAGT	2	12	150890	150901	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428774798
69	NC_019779	CTGATG	2	12	151192	151203	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	428774798
70	NC_019779	TCCGAA	2	12	155412	155423	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	428774804
71	NC_019779	GGAAGA	2	12	158231	158242	50 %	0 %	50 %	0 %	428774806
72	NC_019779	TCCTGA	2	12	159580	159591	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	428774807
73	NC_019779	ACCGCA	2	12	165823	165834	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	428774815
74	NC_019779	AATCAA	2	12	166039	166050	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	428774816
75	NC_019779	AGCAGT	2	12	174839	174850	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	428774825
76	NC_019779	TGGCTT	2	12	175779	175790	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	428774826
77	NC_019779	ACAAGA	2	12	177970	177981	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	428774828
78	NC_019779	AAAACA	2	12	185494	185505	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	428774829
79	NC_019779	ACGAAA	2	12	185607	185618	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	428774829
80	NC_019779	CCAACG	2	12	196352	196363	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	428774836
81	NC_019779	GAACCA	3	18	199587	199604	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	428774839
82	NC_019779	CAACCA	2	12	199605	199616	50 %	0 %	0 %	50 %	428774839
83	NC_019779	CCGAAG	2	12	199794	199805	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428774839
84	NC_019779	CCCGAA	2	12	199806	199817	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	428774839
85	NC_019779	CCGAAG	2	12	199875	199886	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428774839
86	NC_019779	CCCGAA	2	12	199887	199898	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	428774839
87	NC_019779	CAACTT	2	12	200487	200498	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428774839
88	NC_019779	ATCGCG	2	12	202280	202291	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428774841
89	NC_019779	CTCGCA	2	12	204333	204344	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	428774841
90	NC_019779	AGAAGG	2	12	206367	206378	50 %	0 %	50 %	0 %	428774844
91	NC_019779	GGAACA	2	12	212026	212037	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	428774846
92	NC_019779	CCTCTT	2	12	213777	213788	0 %	50 %	0 %	50 %	428774848
93	NC_019779	TCAAAA	2	12	214903	214914	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	428774849
94	NC_019779	ATCTAA	2	12	216667	216678	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	428774852
95	NC_019779	TTCGGT	2	12	218129	218140	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	428774855
96	NC_019779	AACCAC	2	12	219256	219267	50 %	0 %	0 %	50 %	428774857
97	NC_019779	ATCGCG	2	12	222337	222348	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428774860
98	NC_019779	GATCGC	2	12	223377	223388	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428774860
99	NC_019779	AACCGT	2	12	224400	224411	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	428774860
100	NC_019779	TCTACT	2	12	225938	225949	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	428774862
101	NC_019779	AGCAAA	2	12	229703	229714	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	428774867
102	NC_019779	GGGTGA	2	12	230008	230019	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	428774867
103	NC_019779	GCAATC	2	12	230877	230888	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	428774867
104	NC_019779	TGAGAT	2	12	231798	231809	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428774868
105	NC_019779	CTTCCA	2	12	233793	233804	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	428774869
106	NC_019779	TAACTG	2	12	233911	233922	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	428774869
107	NC_019779	TTGGGT	2	12	234073	234084	0 %	50 %	50 %	0 %	428774869
108	NC_019779	TGGCGG	2	12	234669	234680	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	428774869
109	NC_019779	AAAACG	2	12	244419	244430	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	428774877
110	NC_019779	CAAACA	2	12	248891	248902	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	428774881
111	NC_019779	ACTGCA	2	12	249391	249402	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	428774881
112	NC_019779	TCGCGA	2	12	250638	250649	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428774882
113	NC_019779	GATCAT	2	12	252048	252059	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	428774883
114	NC_019779	CATGAT	2	12	252069	252080	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	428774883
115	NC_019779	AGTTCT	2	12	253485	253496	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	428774886
116	NC_019779	TTCTGT	2	12	256118	256129	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	428774888
117	NC_019779	GAATGG	2	12	259270	259281	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	428774891
118	NC_019779	GATGAA	2	12	259915	259926	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	428774892
119	NC_019779	GATGAG	2	12	260200	260211	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	428774892
120	NC_019779	CAAGAA	2	12	261121	261132	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	428774892
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125	NC_019779	CACTGG	2	12	272137	272148	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428774902
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228	NC_019779	ATCGCG	2	12	493818	493829	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428775096
229	NC_019779	AATTGA	2	12	494753	494764	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	428775098
230	NC_019779	ATCAAA	2	12	495025	495036	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	428775098
231	NC_019779	TTTGGC	2	12	495971	495982	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	428775099
232	NC_019779	CTCTGA	2	12	500520	500531	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	428775103
233	NC_019779	AAGCGA	2	12	504853	504864	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	428775107
234	NC_019779	TTTTCT	2	12	508755	508766	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	428775112
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236	NC_019779	ATGATA	2	12	511807	511818	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	428775114
237	NC_019779	CGCCTG	2	12	513005	513016	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	428775115
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240	NC_019779	CCTAAA	2	12	517995	518006	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	428775121
241	NC_019779	CAGTCT	2	12	518549	518560	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	428775121
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257	NC_019779	CATCCT	2	12	545291	545302	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	428775145
258	NC_019779	TTCCCG	2	12	552938	552949	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	428775153
259	NC_019779	TGGGCT	2	12	558979	558990	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	428775162
260	NC_019779	GACCAT	2	12	563441	563452	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	428775166
261	NC_019779	CAACCA	2	12	565392	565403	50 %	0 %	0 %	50 %	428775168
262	NC_019779	CGCGAT	2	12	571552	571563	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428775176
263	NC_019779	TCAAGA	2	12	573078	573089	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	428775179
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292	NC_019779	TGTGGT	2	12	636074	636085	0 %	50 %	50 %	0 %	428775225
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298	NC_019779	ATCGCG	2	12	646303	646314	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428775228
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329	NC_019779	CGAACC	2	12	727113	727124	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	428775297
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332	NC_019779	TTGCGT	2	12	730587	730598	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	428775302
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336	NC_019779	ATCGCG	2	12	734603	734614	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428775307
337	NC_019779	GGCAAG	2	12	739232	739243	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	428775311
338	NC_019779	ACTTTA	2	12	739977	739988	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	428775312
339	NC_019779	TAAAAA	2	12	741039	741050	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	428775313
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