MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Cylindrospermum stagnale PCC 7417

Total Repeats: 465

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019757	ATTTCT	2	12	30710	30721	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_019757	CCAGAA	2	12	80544	80555	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_019757	AAATAT	2	12	86027	86038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_019757	GAAATC	2	12	89586	89597	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_019757	AAATTG	2	12	100623	100634	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_019757	AAATTT	2	12	102278	102289	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019757	ATCTTA	2	12	116686	116697	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_019757	CCTCTA	2	12	126419	126430	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_019757	CTCACA	2	12	156250	156261	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_019757	CACCCA	2	12	160147	160158	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_019757	CAAGCG	2	12	170361	170372	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_019757	CAAAAA	2	12	181863	181874	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_019757	AAACAA	2	12	204254	204265	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_019757	ACCCTA	2	12	225049	225060	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_019757	TTGCTA	2	12	242201	242212	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_019757	AGTAAA	2	12	244506	244517	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_019757	AAAGCG	2	12	282191	282202	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_019757	GTACCC	2	12	283092	283103	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
19	NC_019757	CAAAAA	2	12	284581	284592	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_019757	ACCCAA	2	12	289891	289902	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_019757	TCGCGA	2	12	332785	332796	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_019757	TTTATA	2	12	339404	339415	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019757	TAATTT	2	12	407465	407476	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_019757	GTTTTA	2	12	478980	478991	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_019757	AAACGC	2	12	481016	481027	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_019757	TCTATA	2	12	503008	503019	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_019757	CATCTT	2	12	514097	514108	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_019757	TTGCTA	2	12	524387	524398	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_019757	AAAATA	2	12	557111	557122	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019757	ATGAGG	2	12	562775	562786	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_019757	CTCTTA	2	12	570429	570440	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_019757	CAATTT	2	12	578218	578229	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_019757	GGGAAA	2	12	583592	583603	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019757	CAGCAA	2	12	583916	583927	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_019757	GAGAAA	2	12	593163	593174	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019757	TCATCT	2	12	618496	618507	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_019757	TGGGGA	2	12	632035	632046	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019757	ACAATC	2	12	643637	643648	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_019757	ATAGAC	2	12	648254	648265	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_019757	TAATTT	2	12	672531	672542	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019757	GAGTAG	2	12	685941	685952	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_019757	ATAATT	2	12	738913	738924	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_019757	ACTTCG	2	12	742677	742688	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_019757	AAAATT	2	12	743243	743254	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_019757	CTACGC	2	12	748458	748469	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
46	NC_019757	CTACGC	2	12	754320	754331	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
47	NC_019757	ACAGAA	2	12	760617	760628	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_019757	GAGTTT	2	12	768416	768427	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_019757	AATTTG	2	12	778670	778681	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019757	AAATTA	2	12	800817	800828	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019757	TAGTCT	2	12	821655	821666	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_019757	AATCAA	2	12	826985	826996	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_019757	ATCATT	2	12	846697	846708	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_019757	GTAAAA	2	12	853695	853706	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019757	GAAGGA	2	12	861627	861638	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019757	GACACT	2	12	868829	868840	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_019757	GGGGCA	2	12	894690	894701	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_019757	ATTATG	2	12	908539	908550	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019757	AACCAC	2	12	922428	922439	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_019757	ACTCAA	2	12	935793	935804	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_019757	AAATTT	2	12	938456	938467	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019757	TTCCTG	2	12	942797	942808	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_019757	CGGTTG	2	12	946999	947010	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_019757	TGAACC	2	12	949629	949640	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_019757	TAGTTT	2	12	999833	999844	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019757	TTACTA	2	12	1014013	1014024	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_019757	AAAAAT	2	12	1018959	1018970	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019757	AAAATA	2	12	1059919	1059930	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_019757	ATTGCA	2	12	1088649	1088660	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_019757	AGTAGC	2	12	1142209	1142220	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_019757	AATATC	2	12	1165595	1165606	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_019757	CAATAG	2	12	1170275	1170286	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_019757	AGTATA	2	12	1188741	1188752	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019757	CAAAGA	2	12	1198946	1198957	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_019757	CAAACC	2	12	1206900	1206911	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_019757	GCATTT	2	12	1209471	1209482	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_019757	ACTTTT	2	12	1218177	1218188	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_019757	GGTGTG	2	12	1231633	1231644	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019757	CAAAGC	2	12	1265050	1265061	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_019757	CTGCAC	2	12	1275763	1275774	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
81	NC_019757	CCTGCT	2	12	1277128	1277139	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
82	NC_019757	CAGACT	2	12	1277317	1277328	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_019757	TCGCAA	2	12	1280564	1280575	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_019757	GGGCAA	2	12	1280591	1280602	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_019757	TCTATT	2	12	1290398	1290409	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_019757	TGACAA	2	12	1295872	1295883	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_019757	GGAAAA	2	12	1301493	1301504	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019757	GAGCGA	2	12	1301722	1301733	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_019757	TGGCGA	2	12	1310576	1310587	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_019757	ACTGCC	2	12	1353156	1353167	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
91	NC_019757	AAGTAA	2	12	1379107	1379118	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_019757	AGTTTT	2	12	1383032	1383043	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_019757	GCGATC	2	12	1393523	1393534	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_019757	TAAGCC	2	12	1393549	1393560	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_019757	TTGATT	2	12	1393946	1393957	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019757	TCAAAT	2	12	1393964	1393975	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_019757	CCAAAG	2	12	1396637	1396648	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_019757	TAATCA	2	12	1396655	1396666	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_019757	ACCGTT	2	12	1397384	1397395	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_019757	AGCTTC	2	12	1397586	1397597	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_019757	TCGCGA	2	12	1397734	1397745	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_019757	CTAGCT	2	12	1426353	1426364	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_019757	GAATTA	2	12	1434791	1434802	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019757	AGATTT	2	12	1435850	1435861	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019757	ATGATT	2	12	1509243	1509254	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_019757	CCATCG	2	12	1538604	1538615	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_019757	TTTTCG	2	12	1547967	1547978	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_019757	GGCTCT	2	12	1553313	1553324	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_019757	TATTAG	2	12	1554065	1554076	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_019757	AAAAGT	2	12	1598319	1598330	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_019757	CCAAGA	2	12	1600460	1600471	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_019757	CTCATA	2	12	1617219	1617230	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_019757	GATTTA	2	12	1630395	1630406	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_019757	TAATTC	2	12	1685528	1685539	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_019757	TTTGGA	2	12	1695582	1695593	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019757	TTTATT	2	12	1698205	1698216	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_019757	TCTAAA	2	12	1699924	1699935	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_019757	TAGATT	2	12	1710073	1710084	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_019757	TTATCT	2	12	1714092	1714103	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_019757	CTTTCT	2	12	1717078	1717089	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_019757	ATTAAT	2	12	1723190	1723201	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_019757	CAGCGA	2	12	1803995	1804006	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_019757	ATATTT	2	12	1829083	1829094	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_019757	AATGAA	2	12	1831210	1831221	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_019757	TATCCA	2	12	1861967	1861978	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_019757	TTGATA	2	12	1862529	1862540	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019757	TACTTT	2	12	1894477	1894488	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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247	NC_019757	AGTAAA	2	12	3671515	3671526	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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250	NC_019757	AATATC	2	12	3704604	3704615	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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253	NC_019757	CTTTCC	2	12	3741034	3741045	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
254	NC_019757	AAAGCG	2	12	3744050	3744061	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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371	NC_019757	TATTAA	2	12	5505889	5505900	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
372	NC_019757	CAAAGC	2	12	5518694	5518705	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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375	NC_019757	AATTTT	2	12	5648526	5648537	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.