MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Cylindrospermum stagnale PCC 7417

Total Repeats: 4569

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019757	GTCCC	2	10	92	101	0 %	20 %	20 %	60 %	434402185
2	NC_019757	TTGAG	2	10	1443	1452	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_019757	TTAAG	2	10	1513	1522	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_019757	CTGGC	2	10	3493	3502	0 %	20 %	40 %	40 %	434402187
5	NC_019757	CACTC	2	10	4606	4615	20 %	20 %	0 %	60 %	434402187
6	NC_019757	GCCCA	2	10	4696	4705	20 %	0 %	20 %	60 %	434402187
7	NC_019757	TAATT	2	10	5867	5876	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_019757	TCACT	2	10	7445	7454	20 %	40 %	0 %	40 %	434402190
9	NC_019757	TACAC	2	10	7933	7942	40 %	20 %	0 %	40 %	434402190
10	NC_019757	TTCTG	2	10	13863	13872	0 %	60 %	20 %	20 %	434402196
11	NC_019757	GAGTT	2	10	13887	13896	20 %	40 %	40 %	0 %	434402196
12	NC_019757	CAATG	2	10	14912	14921	40 %	20 %	20 %	20 %	434402197
13	NC_019757	AGCCC	2	10	17306	17315	20 %	0 %	20 %	60 %	434402198
14	NC_019757	ATTTG	2	10	17420	17429	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_019757	AATGT	2	10	20898	20907	40 %	40 %	20 %	0 %	434402201
16	NC_019757	TACAA	2	10	21131	21140	60 %	20 %	0 %	20 %	434402201
17	NC_019757	CCAAT	2	10	22078	22087	40 %	20 %	0 %	40 %	434402202
18	NC_019757	GACGC	2	10	25680	25689	20 %	0 %	40 %	40 %	434402204
19	NC_019757	TATTT	2	10	27041	27050	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_019757	CAGTC	2	10	36427	36436	20 %	20 %	20 %	40 %	434402209
21	NC_019757	AGCGT	2	10	37317	37326	20 %	20 %	40 %	20 %	434402211
22	NC_019757	ATAAC	2	10	38503	38512	60 %	20 %	0 %	20 %	434402213
23	NC_019757	ATTTA	2	10	39285	39294	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_019757	GCCAA	2	10	39913	39922	40 %	0 %	20 %	40 %	434402214
25	NC_019757	CAGCC	2	10	41027	41036	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
26	NC_019757	TTTGC	2	10	42639	42648	0 %	60 %	20 %	20 %	434402215
27	NC_019757	AAGGG	2	10	46908	46917	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
28	NC_019757	CAAAA	2	10	47762	47771	80 %	0 %	0 %	20 %	434402218
29	NC_019757	TAAAA	2	10	48516	48525	80 %	20 %	0 %	0 %	434402218
30	NC_019757	TTTTA	2	10	48862	48871	20 %	80 %	0 %	0 %	434402218
31	NC_019757	AGGTG	2	10	50436	50445	20 %	20 %	60 %	0 %	434402219
32	NC_019757	CAAAT	2	10	54730	54739	60 %	20 %	0 %	20 %	434402224
33	NC_019757	CTGCG	2	10	56058	56067	0 %	20 %	40 %	40 %	434402228
34	NC_019757	AATTA	2	10	58943	58952	60 %	40 %	0 %	0 %	434402230
35	NC_019757	CTTTG	2	10	62272	62281	0 %	60 %	20 %	20 %	434402232
36	NC_019757	AATTA	2	10	65108	65117	60 %	40 %	0 %	0 %	434402234
37	NC_019757	TGATT	2	10	68736	68745	20 %	60 %	20 %	0 %	434402237
38	NC_019757	AAGTG	2	10	70918	70927	40 %	20 %	40 %	0 %	434402240
39	NC_019757	CTGGG	2	10	71922	71931	0 %	20 %	60 %	20 %	434402240
40	NC_019757	ATACC	2	10	74841	74850	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_019757	AGCCG	2	10	75480	75489	20 %	0 %	40 %	40 %	434402244
42	NC_019757	TCAAT	2	10	77169	77178	40 %	40 %	0 %	20 %	434402246
43	NC_019757	CTTGA	2	10	77590	77599	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_019757	CAGAC	2	10	79718	79727	40 %	0 %	20 %	40 %	434402250
45	NC_019757	ATTTT	2	10	80058	80067	20 %	80 %	0 %	0 %	434402251
46	NC_019757	CCAAA	2	10	81335	81344	60 %	0 %	0 %	40 %	434402252
47	NC_019757	ACTAC	2	10	82767	82776	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_019757	CAAGC	2	10	83192	83201	40 %	0 %	20 %	40 %	434402253
49	NC_019757	TAAAT	2	10	83461	83470	60 %	40 %	0 %	0 %	434402253
50	NC_019757	AGATG	2	10	83578	83587	40 %	20 %	40 %	0 %	434402253
51	NC_019757	CCATC	2	10	84250	84259	20 %	20 %	0 %	60 %	434402253
52	NC_019757	AGAAA	2	10	84673	84682	80 %	0 %	20 %	0 %	434402253
53	NC_019757	TCGCT	2	10	85105	85114	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_019757	CCTAT	2	10	86007	86016	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_019757	TTGAA	2	10	89732	89741	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019757	GCGGT	2	10	92559	92568	0 %	20 %	60 %	20 %	434402260
57	NC_019757	ATGAA	2	10	92729	92738	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_019757	TGGCT	2	10	94839	94848	0 %	40 %	40 %	20 %	434402262
59	NC_019757	GATTT	2	10	98075	98084	20 %	60 %	20 %	0 %	434402267
60	NC_019757	TTGGT	2	10	100142	100151	0 %	60 %	40 %	0 %	434402271
61	NC_019757	GCAAT	2	10	100700	100709	40 %	20 %	20 %	20 %	434402272
62	NC_019757	TGTGG	2	10	103354	103363	0 %	40 %	60 %	0 %	434402274
63	NC_019757	AAATT	2	10	104826	104835	60 %	40 %	0 %	0 %	434402275
64	NC_019757	AGATG	2	10	105909	105918	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019757	TGTAC	2	10	106445	106454	20 %	40 %	20 %	20 %	434402276
66	NC_019757	AAAAC	2	10	107384	107393	80 %	0 %	0 %	20 %	434402277
67	NC_019757	TAATA	2	10	107491	107500	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019757	CCCAA	2	10	112589	112598	40 %	0 %	0 %	60 %	434402283
69	NC_019757	GTAGG	2	10	114027	114036	20 %	20 %	60 %	0 %	434402284
70	NC_019757	CAACC	2	10	114300	114309	40 %	0 %	0 %	60 %	434402284
71	NC_019757	GAGAT	2	10	115918	115927	40 %	20 %	40 %	0 %	434402286
72	NC_019757	AATAG	2	10	116320	116329	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019757	AAAAT	2	10	117063	117072	80 %	20 %	0 %	0 %	434402287
74	NC_019757	GTTTA	2	10	118329	118338	20 %	60 %	20 %	0 %	434402288
75	NC_019757	TAAAT	2	10	121895	121904	60 %	40 %	0 %	0 %	434402292
76	NC_019757	GGATA	2	10	123306	123315	40 %	20 %	40 %	0 %	434402293
77	NC_019757	CCAAA	2	10	123562	123571	60 %	0 %	0 %	40 %	434402293
78	NC_019757	CATAG	2	10	127625	127634	40 %	20 %	20 %	20 %	434402298
79	NC_019757	TCCAA	2	10	132014	132023	40 %	20 %	0 %	40 %	434402301
80	NC_019757	CCCAC	2	10	132565	132574	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
81	NC_019757	TTACA	2	10	134148	134157	40 %	40 %	0 %	20 %	434402302
82	NC_019757	TAGGG	2	10	135559	135568	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
83	NC_019757	TAACA	2	10	137359	137368	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_019757	CATCA	2	10	138712	138721	40 %	20 %	0 %	40 %	434402308
85	NC_019757	ATTTT	2	10	138962	138971	20 %	80 %	0 %	0 %	434402308
86	NC_019757	TGATT	2	10	141923	141932	20 %	60 %	20 %	0 %	434402311
87	NC_019757	GAAAG	2	10	143913	143922	60 %	0 %	40 %	0 %	434402312
88	NC_019757	TGGGA	2	10	144284	144293	20 %	20 %	60 %	0 %	434402312
89	NC_019757	TTGGC	2	10	145995	146004	0 %	40 %	40 %	20 %	434402313
90	NC_019757	ATCCT	2	10	146404	146413	20 %	40 %	0 %	40 %	434402314
91	NC_019757	CAGTT	2	10	146468	146477	20 %	40 %	20 %	20 %	434402314
92	NC_019757	AACAG	2	10	147475	147484	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_019757	ACTAT	2	10	148052	148061	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_019757	GTGAA	2	10	148675	148684	40 %	20 %	40 %	0 %	434402318
95	NC_019757	ATAAG	2	10	148976	148985	60 %	20 %	20 %	0 %	434402319
96	NC_019757	TTTGT	2	10	149400	149409	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_019757	TTTGT	2	10	150297	150306	0 %	80 %	20 %	0 %	434402322
98	NC_019757	GTCTT	2	10	151767	151776	0 %	60 %	20 %	20 %	434402323
99	NC_019757	TTGGA	2	10	156879	156888	20 %	40 %	40 %	0 %	434402326
100	NC_019757	CCCAC	2	10	157769	157778	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
101	NC_019757	AGAGG	2	10	160444	160453	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
102	NC_019757	GGAAA	2	10	160454	160463	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_019757	CAAAA	2	10	162742	162751	80 %	0 %	0 %	20 %	434402330
104	NC_019757	AGGTT	2	10	163473	163482	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019757	AATCT	2	10	163619	163628	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_019757	CGCCA	2	10	164038	164047	20 %	0 %	20 %	60 %	434402331
107	NC_019757	GTTTA	2	10	165756	165765	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019757	TACAA	2	10	166963	166972	60 %	20 %	0 %	20 %	434402334
109	NC_019757	AAATC	2	10	171212	171221	60 %	20 %	0 %	20 %	434402338
110	NC_019757	GTCTT	2	10	174245	174254	0 %	60 %	20 %	20 %	434402339
111	NC_019757	GGCAG	2	10	183687	183696	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
112	NC_019757	GGTGT	2	10	187205	187214	0 %	40 %	60 %	0 %	434402350
113	NC_019757	CAAGC	2	10	187334	187343	40 %	0 %	20 %	40 %	434402350
114	NC_019757	ATCTG	2	10	189874	189883	20 %	40 %	20 %	20 %	434402351
115	NC_019757	TGGAA	2	10	190961	190970	40 %	20 %	40 %	0 %	434402352
116	NC_019757	TAAAA	2	10	192317	192326	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_019757	CAGCG	2	10	194871	194880	20 %	0 %	40 %	40 %	434402356
118	NC_019757	ACTAA	2	10	195492	195501	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_019757	TGGGT	2	10	200826	200835	0 %	40 %	60 %	0 %	434402360
120	NC_019757	ACCCC	2	10	202293	202302	20 %	0 %	0 %	80 %	434402362
121	NC_019757	AAAGC	2	10	202387	202396	60 %	0 %	20 %	20 %	434402362
122	NC_019757	TATTG	2	10	202984	202993	20 %	60 %	20 %	0 %	434402362
123	NC_019757	TGCTC	2	10	206136	206145	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_019757	AGTCA	2	10	207377	207386	40 %	20 %	20 %	20 %	434402367
125	NC_019757	GAAAA	2	10	210837	210846	80 %	0 %	20 %	0 %	434402368
126	NC_019757	TCTCT	2	10	211860	211869	0 %	60 %	0 %	40 %	434402369
127	NC_019757	TTTAT	2	10	211934	211943	20 %	80 %	0 %	0 %	434402369
128	NC_019757	CAAAA	2	10	214824	214833	80 %	0 %	0 %	20 %	434402373
129	NC_019757	ATAGG	2	10	215668	215677	40 %	20 %	40 %	0 %	434402374
130	NC_019757	AATTA	2	10	219252	219261	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_019757	ACGCA	2	10	219843	219852	40 %	0 %	20 %	40 %	434402378
132	NC_019757	TTCTG	2	10	223622	223631	0 %	60 %	20 %	20 %	434402380
133	NC_019757	GTGCT	2	10	226043	226052	0 %	40 %	40 %	20 %	434402382
134	NC_019757	TTTAA	2	10	226610	226619	40 %	60 %	0 %	0 %	434402384
135	NC_019757	GACTC	2	10	229380	229389	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_019757	CAATT	2	10	229920	229929	40 %	40 %	0 %	20 %	434402388
137	NC_019757	AAATC	2	10	232039	232048	60 %	20 %	0 %	20 %	434402389
138	NC_019757	TCTTT	2	10	232171	232180	0 %	80 %	0 %	20 %	434402389
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273	NC_019757	ACTTA	2	10	460020	460029	40 %	40 %	0 %	20 %	434402580
274	NC_019757	CTTTG	2	10	460335	460344	0 %	60 %	20 %	20 %	434402580
275	NC_019757	CTATT	2	10	463485	463494	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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281	NC_019757	ATTCT	2	10	467514	467523	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
282	NC_019757	AAATC	2	10	471621	471630	60 %	20 %	0 %	20 %	434402589
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290	NC_019757	TATCT	2	10	476712	476721	20 %	60 %	0 %	20 %	434402592
291	NC_019757	CCAAA	2	10	477014	477023	60 %	0 %	0 %	40 %	434402592
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313	NC_019757	GGCGT	2	10	512100	512109	0 %	20 %	60 %	20 %	434402614
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323	NC_019757	AAGAG	2	10	533386	533395	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
324	NC_019757	GAAGA	2	10	533471	533480	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
325	NC_019757	AAAAG	2	10	533928	533937	80 %	0 %	20 %	0 %	434402627
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402	NC_019757	ATAAG	2	10	650207	650216	60 %	20 %	20 %	0 %	434402713
403	NC_019757	AAATT	2	10	654052	654061	60 %	40 %	0 %	0 %	434402716
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