MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Cylindrospermum stagnale PCC 7417

Total Repeats: 1349

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019757	TTGAG	2	10	1443	1452	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019757	TTAAG	2	10	1513	1522	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_019757	TAATT	2	10	5867	5876	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_019757	ATTTG	2	10	17420	17429	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_019757	TATTT	2	10	27041	27050	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_019757	ATTTA	2	10	39285	39294	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019757	CAGCC	2	10	41027	41036	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
8	NC_019757	AAGGG	2	10	46908	46917	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
9	NC_019757	ATACC	2	10	74841	74850	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_019757	CTTGA	2	10	77590	77599	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_019757	ACTAC	2	10	82767	82776	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_019757	TCGCT	2	10	85105	85114	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_019757	CCTAT	2	10	86007	86016	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
14	NC_019757	TTGAA	2	10	89732	89741	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_019757	ATGAA	2	10	92729	92738	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_019757	AGATG	2	10	105909	105918	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_019757	TAATA	2	10	107491	107500	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_019757	AATAG	2	10	116320	116329	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_019757	CCCAC	2	10	132565	132574	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
20	NC_019757	TAGGG	2	10	135559	135568	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_019757	TAACA	2	10	137359	137368	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_019757	AACAG	2	10	147475	147484	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_019757	ACTAT	2	10	148052	148061	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_019757	TTTGT	2	10	149400	149409	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_019757	CCCAC	2	10	157769	157778	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
26	NC_019757	AGAGG	2	10	160444	160453	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
27	NC_019757	GGAAA	2	10	160454	160463	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_019757	AGGTT	2	10	163473	163482	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_019757	AATCT	2	10	163619	163628	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_019757	GTTTA	2	10	165756	165765	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_019757	GGCAG	2	10	183687	183696	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
32	NC_019757	TAAAA	2	10	192317	192326	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_019757	ACTAA	2	10	195492	195501	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_019757	TGCTC	2	10	206136	206145	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_019757	AATTA	2	10	219252	219261	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019757	GACTC	2	10	229380	229389	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_019757	ATTAA	2	10	235235	235244	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019757	TCTCC	2	10	236059	236068	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
39	NC_019757	AGAGA	2	10	239378	239387	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019757	ATTCA	2	10	240006	240015	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_019757	AAAAT	2	10	240156	240165	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_019757	GCTTC	2	10	240383	240392	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_019757	AAGTT	2	10	241464	241473	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019757	CAACC	2	10	262881	262890	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
45	NC_019757	GTAAA	2	10	264288	264297	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_019757	AGACG	2	10	266505	266514	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_019757	ATAGG	2	10	276799	276808	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_019757	AGGCA	2	10	277177	277186	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_019757	CTTGG	2	10	277846	277855	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_019757	GAACC	2	10	279325	279334	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_019757	TCGTG	2	10	280459	280468	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_019757	GCGGA	2	10	284204	284213	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NC_019757	AGCCG	2	10	284338	284347	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_019757	ATATT	2	10	286364	286373	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019757	GTCAA	2	10	286386	286395	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_019757	CAAGC	2	10	291200	291209	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_019757	GAGCA	2	10	296319	296328	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_019757	TAAAT	2	10	296398	296407	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019757	GATGC	2	10	298152	298161	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_019757	AGTGG	2	10	311474	311483	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019757	TAGCG	2	10	311550	311559	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_019757	CCCAC	2	10	311575	311584	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
63	NC_019757	CGGTT	2	10	316807	316816	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_019757	GTAGG	2	10	319645	319654	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019757	TAGGT	2	10	335161	335170	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019757	GGTGA	2	10	351085	351094	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
67	NC_019757	ACCAG	2	10	353492	353501	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_019757	AAAAC	2	10	365439	365448	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_019757	TGATA	2	10	365679	365688	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019757	GTGTT	2	10	365743	365752	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019757	AAATC	2	10	372807	372816	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_019757	TAATT	2	10	373548	373557	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019757	AATTA	2	10	378271	378280	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019757	ATTAT	2	10	379788	379797	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_019757	TTTCA	2	10	404761	404770	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_019757	AGAGG	2	10	407485	407494	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019757	ATGAG	2	10	416827	416836	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019757	TATAT	2	10	419500	419509	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019757	ACATC	2	10	420358	420367	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_019757	TCCGC	2	10	424607	424616	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
81	NC_019757	TCTAT	2	10	430193	430202	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_019757	TCCCC	2	10	439347	439356	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
83	NC_019757	ATTTT	2	10	446195	446204	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019757	TAAAT	2	10	459093	459102	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019757	CTATT	2	10	463485	463494	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_019757	ATTCT	2	10	467514	467523	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_019757	ATAAA	2	10	480497	480506	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019757	TTAAA	2	10	483793	483802	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_019757	GTTGG	2	10	514227	514236	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019757	TGCTT	2	10	530530	530539	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_019757	AAGAG	2	10	533366	533375	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_019757	AGGAG	2	10	533376	533385	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
93	NC_019757	AAGAG	2	10	533386	533395	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019757	GAAGA	2	10	533471	533480	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019757	CAACC	2	10	540874	540883	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
96	NC_019757	CAAAT	2	10	547717	547726	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_019757	ATTCA	2	10	554464	554473	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_019757	CTATT	2	10	556779	556788	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_019757	CCCAC	2	10	559151	559160	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
100	NC_019757	GAATT	2	10	562661	562670	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_019757	GTAAT	2	10	567558	567567	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_019757	AGCCA	2	10	573211	573220	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_019757	TGGGG	2	10	573430	573439	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019757	GTGTT	2	10	577842	577851	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019757	CAAAT	2	10	578305	578314	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_019757	AGCGA	2	10	585410	585419	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_019757	CTGTC	2	10	585489	585498	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_019757	AGCAG	2	10	585964	585973	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_019757	TTACT	2	10	591558	591567	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_019757	CAACA	2	10	594779	594788	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_019757	TCTAA	2	10	596293	596302	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_019757	AGTAA	2	10	608449	608458	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_019757	AATTA	2	10	608807	608816	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_019757	GTTTT	2	10	617288	617297	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_019757	ATTTT	2	10	623523	623532	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019757	TGAGT	2	10	624024	624033	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_019757	ACATC	2	10	628681	628690	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_019757	AAAGG	2	10	629129	629138	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_019757	AGATT	2	10	630733	630742	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_019757	ACTAA	2	10	636812	636821	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_019757	AAAGT	2	10	648327	648336	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_019757	ATTAA	2	10	648433	648442	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_019757	TCTGT	2	10	662254	662263	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_019757	GAAAG	2	10	662335	662344	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_019757	TCGCT	2	10	666870	666879	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_019757	CTAGC	2	10	691414	691423	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_019757	TGTGG	2	10	695778	695787	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019757	ACCCC	2	10	696481	696490	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
129	NC_019757	TTTTC	2	10	706745	706754	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_019757	TTTGG	2	10	711950	711959	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_019757	GAGTA	2	10	722332	722341	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_019757	AAATG	2	10	726406	726415	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_019757	TTGTA	2	10	741589	741598	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_019757	CAAAC	2	10	742534	742543	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_019757	GCCAA	2	10	742772	742781	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_019757	AATTT	2	10	762282	762291	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019757	GTTAG	2	10	763332	763341	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_019757	CACAC	2	10	767813	767822	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
139	NC_019757	ATTTT	2	10	775809	775818	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_019757	GTAAT	2	10	779140	779149	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_019757	AACCG	2	10	783073	783082	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_019757	ATTTA	2	10	789313	789322	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_019757	TTTAA	2	10	789354	789363	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_019757	ATTTA	2	10	790371	790380	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_019757	AATTT	2	10	792770	792779	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_019757	AAATT	2	10	796643	796652	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_019757	TTAAG	2	10	797723	797732	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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