MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Calothrix sp. PCC 6303 chromosome

Total Repeats: 1339

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019751	AAATT	2	10	2752	2761	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019751	ATTAA	2	10	2815	2824	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_019751	AAAGT	2	10	9265	9274	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_019751	TTTGG	2	10	9334	9343	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_019751	CAATA	2	10	21770	21779	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_019751	CAATC	2	10	40157	40166	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_019751	AAATT	2	10	46808	46817	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_019751	AAAAC	2	10	48359	48368	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_019751	GACGC	2	10	58153	58162	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_019751	CAACC	2	10	59117	59126	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
11	NC_019751	GTTTA	2	10	61265	61274	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019751	TTATT	2	10	65127	65136	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_019751	AAAAC	2	10	80380	80389	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_019751	TATAT	2	10	83998	84007	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_019751	AAAAT	2	10	90925	90934	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_019751	GAGAA	2	10	112049	112058	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_019751	AAGGG	2	10	113491	113500	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
18	NC_019751	AATCA	2	10	113747	113756	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_019751	GGGTA	2	10	117280	117289	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
20	NC_019751	ACATC	2	10	121907	121916	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_019751	TATTT	2	10	128795	128804	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_019751	GTTTA	2	10	134142	134151	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019751	TCAAC	2	10	157146	157155	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_019751	GTAAA	2	10	160261	160270	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_019751	TTGCT	2	10	161359	161368	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_019751	CCAGT	2	10	161484	161493	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_019751	AAGTT	2	10	165136	165145	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_019751	ATTTT	2	10	165848	165857	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_019751	TAGTT	2	10	168300	168309	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019751	ACCTT	2	10	172911	172920	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_019751	TGTAC	2	10	174306	174315	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_019751	GATTA	2	10	179478	179487	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_019751	ATTAG	2	10	179975	179984	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019751	ACTTT	2	10	179992	180001	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_019751	AGATT	2	10	187619	187628	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019751	ACAAT	2	10	192396	192405	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_019751	TAAAA	2	10	212138	212147	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019751	AATTC	2	10	217319	217328	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_019751	TGATT	2	10	217609	217618	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019751	AACTG	2	10	218192	218201	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_019751	TAGGC	2	10	232963	232972	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_019751	GAAAA	2	10	233149	233158	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_019751	AAATG	2	10	233611	233620	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019751	ACTGA	2	10	235274	235283	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_019751	GGGAT	2	10	235397	235406	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
46	NC_019751	AGTAT	2	10	235522	235531	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_019751	TATGC	2	10	242222	242231	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_019751	AAATC	2	10	243120	243129	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_019751	TAATT	2	10	252616	252625	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019751	TGTAT	2	10	254792	254801	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019751	TTTAA	2	10	257774	257783	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_019751	CTTAA	2	10	258453	258462	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_019751	GGTAT	2	10	270828	270837	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_019751	CCAAG	2	10	271166	271175	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_019751	TTTGC	2	10	290046	290055	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_019751	TTATG	2	10	298084	298093	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019751	ACTTT	2	10	298956	298965	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_019751	CTCTT	2	10	299341	299350	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_019751	AGTAA	2	10	299551	299560	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019751	ATTTA	2	10	300868	300877	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019751	GAAAC	2	10	316590	316599	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_019751	GGTGA	2	10	324074	324083	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
63	NC_019751	CTCCA	2	10	325380	325389	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
64	NC_019751	ACGAA	2	10	325545	325554	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_019751	GTTGT	2	10	328537	328546	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019751	ATGTA	2	10	328664	328673	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_019751	GCATA	2	10	340690	340699	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_019751	GCGTC	2	10	353281	353290	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_019751	TTTAC	2	10	353315	353324	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_019751	AAATA	2	10	355653	355662	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019751	CAATA	2	10	355919	355928	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_019751	CCAGT	2	10	356477	356486	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_019751	GCAAA	2	10	356640	356649	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_019751	ACTGG	2	10	358214	358223	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_019751	CCAGT	2	10	363381	363390	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_019751	AATTC	2	10	374135	374144	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_019751	AAGAG	2	10	383791	383800	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019751	ATAGA	2	10	383904	383913	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019751	TCGGT	2	10	384231	384240	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_019751	AATTT	2	10	385829	385838	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_019751	TCACC	2	10	386956	386965	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
82	NC_019751	TCATC	2	10	387335	387344	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_019751	ATTTA	2	10	397332	397341	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019751	GATCG	2	10	399137	399146	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_019751	GAATC	2	10	401159	401168	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_019751	GAAGG	2	10	405297	405306	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
87	NC_019751	CAATA	2	10	411855	411864	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_019751	AGTTA	2	10	439002	439011	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_019751	CCAGT	2	10	446512	446521	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_019751	AATGA	2	10	446934	446943	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019751	CTTTG	2	10	448075	448084	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_019751	ACTGG	2	10	448239	448248	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_019751	GTTTG	2	10	448428	448437	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019751	TGATT	2	10	448900	448909	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019751	TAAAT	2	10	469329	469338	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019751	GATTT	2	10	471161	471170	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_019751	TGTTA	2	10	471557	471566	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019751	TACAT	2	10	471755	471764	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_019751	AGTTT	2	10	479767	479776	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019751	TCTCC	2	10	484942	484951	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
101	NC_019751	ATCTA	2	10	486840	486849	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_019751	AAAGA	2	10	516392	516401	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_019751	TATTT	2	10	521823	521832	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019751	GAGAT	2	10	521936	521945	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019751	AAAAT	2	10	538488	538497	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_019751	GTAGC	2	10	551251	551260	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_019751	TTGGC	2	10	556283	556292	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_019751	TCCTG	2	10	560181	560190	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_019751	ATTTG	2	10	564596	564605	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_019751	AAAGT	2	10	573162	573171	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_019751	TCAAC	2	10	573291	573300	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
112	NC_019751	ATGAC	2	10	576429	576438	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_019751	ATTAA	2	10	581724	581733	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_019751	TTACT	2	10	587273	587282	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_019751	ATAGT	2	10	589984	589993	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019751	GGGGT	2	10	590532	590541	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
117	NC_019751	CCAAT	2	10	591281	591290	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_019751	TATTT	2	10	593024	593033	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_019751	AGGGA	2	10	593222	593231	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
120	NC_019751	AAAAG	2	10	597292	597301	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_019751	AAAAT	2	10	602541	602550	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_019751	TAATG	2	10	603969	603978	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_019751	AAGTA	2	10	605686	605695	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_019751	AAACT	2	10	613534	613543	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_019751	TGAGT	2	10	629586	629595	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019751	TTAAT	2	10	645438	645447	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019751	AAATA	2	10	650827	650836	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019751	AGAGA	2	10	654229	654238	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019751	AAACT	2	10	657876	657885	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_019751	TTAGG	2	10	657977	657986	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_019751	ATTAA	2	10	658138	658147	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_019751	ATATA	2	10	662359	662368	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_019751	GATGT	2	10	669521	669530	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
134	NC_019751	AAAAG	2	10	677483	677492	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_019751	AAAAT	2	10	680119	680128	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_019751	AAATT	2	10	681452	681461	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019751	AGGTA	2	10	685104	685113	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_019751	TGGGA	2	10	688993	689002	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
139	NC_019751	ATTTA	2	10	690728	690737	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_019751	TTATT	2	10	694913	694922	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_019751	TCACA	2	10	694997	695006	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_019751	TTGGG	2	10	706695	706704	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
143	NC_019751	ATAAA	2	10	710499	710508	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_019751	GGTAT	2	10	723447	723456	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
145	NC_019751	ATTTT	2	10	739660	739669	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_019751	AAGTA	2	10	769459	769468	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_019751	TTAAC	2	10	782803	782812	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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289	NC_019751	TTTAT	2	10	1489106	1489115	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NC_019751	CAAAT	2	10	1493746	1493755	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
291	NC_019751	TGTGG	2	10	1495287	1495296	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
292	NC_019751	GGGGT	2	10	1497612	1497621	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
293	NC_019751	GGTAT	2	10	1502258	1502267	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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409	NC_019751	TGAAA	2	10	2117161	2117170	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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421	NC_019751	TGCAA	2	10	2170090	2170099	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
422	NC_019751	ATTTT	2	10	2172100	2172109	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
423	NC_019751	ACTTA	2	10	2176374	2176383	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
424	NC_019751	TATAA	2	10	2184790	2184799	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
425	NC_019751	CTATA	2	10	2189960	2189969	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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445	NC_019751	TATTT	2	10	2297858	2297867	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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449	NC_019751	TTAAT	2	10	2319899	2319908	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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464	NC_019751	TTAGA	2	10	2361299	2361308	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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472	NC_019751	TTTGA	2	10	2373280	2373289	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
473	NC_019751	AAATA	2	10	2375097	2375106	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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492	NC_019751	TAAAT	2	10	2485920	2485929	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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499	NC_019751	TGTGG	2	10	2526662	2526671	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
500	NC_019751	TAAAA	2	10	2529679	2529688	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

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