MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Cylindrospermum stagnale PCC 7417 plasmid pCYLST.02

Total Repeats: 66

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019744	GATTTT	2	12	4169	4180	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	434389959
2	NC_019744	GACTCA	2	12	4863	4874	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	434389959
3	NC_019744	AAGCTG	2	12	4911	4922	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	434389959
4	NC_019744	TTCTGG	2	12	5454	5465	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	434389959
5	NC_019744	CAGTTT	2	12	6142	6153	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	434389961
6	NC_019744	CTATTT	2	12	6883	6894	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	434389961
7	NC_019744	TATCTG	2	12	7237	7248	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	434389961
8	NC_019744	TATGAC	2	12	15497	15508	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_019744	CAAACT	2	12	16564	16575	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_019744	CAGAAC	2	12	19987	19998	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	434389972
11	NC_019744	AAGAAA	2	12	24485	24496	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	434389974
12	NC_019744	CTAAAC	2	12	35663	35674	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	434389982
13	NC_019744	CCCAAA	2	12	37623	37634	50 %	0 %	0 %	50 %	434389984
14	NC_019744	CAAAGA	2	12	40013	40024	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_019744	AGATGG	2	12	40570	40581	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	434389987
16	NC_019744	CAAGCA	2	12	43217	43228	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	434389987
17	NC_019744	TTAACG	2	12	49354	49365	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_019744	AGAAAT	2	12	52588	52599	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	434389993
19	NC_019744	TTCTTA	2	12	55939	55950	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	434389996
20	NC_019744	AGTTTT	2	12	57640	57651	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_019744	GGCTTC	2	12	58620	58631	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_019744	AAAGTA	2	12	60894	60905	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	434389998
23	NC_019744	GGAAGG	2	12	62361	62372	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	434389999
24	NC_019744	CAAATT	2	12	64081	64092	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	434389999
25	NC_019744	TGCTAA	2	12	64389	64400	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	434389999
26	NC_019744	ATAAGC	2	12	65272	65283	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_019744	GAAAGT	2	12	67410	67421	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	434390003
28	NC_019744	ATCGTT	2	12	67671	67682	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	434390003
29	NC_019744	TTGTAG	2	12	72697	72708	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	434390006
30	NC_019744	TTTACT	2	12	72848	72859	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	434390006
31	NC_019744	TATAGA	2	12	86494	86505	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_019744	AGTTCT	2	12	94250	94261	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	434390022
33	NC_019744	AATCTA	2	12	98330	98341	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_019744	CTTCAT	2	12	98674	98685	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	434390027
35	NC_019744	GATGCT	2	12	101219	101230	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	434390029
36	NC_019744	ACTTGG	2	12	101272	101283	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	434390029
37	NC_019744	TGCACC	2	12	101512	101523	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	434390029
38	NC_019744	TGCCAC	2	12	102197	102208	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	434390030
39	NC_019744	AGGAAG	2	12	106434	106445	50 %	0 %	50 %	0 %	434390034
40	NC_019744	ACCAAA	2	12	106590	106601	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434390034
41	NC_019744	GTTTGG	2	12	106921	106932	0 %	50 %	50 %	0 %	434390034
42	NC_019744	TGAAAT	2	12	108569	108580	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	434390035
43	NC_019744	GAATGT	2	12	109273	109284	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434390036
44	NC_019744	CCTGTT	2	12	109889	109900	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	434390037
45	NC_019744	CAACTG	2	12	110150	110161	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	434390037
46	NC_019744	AGCTTA	2	12	110738	110749	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_019744	CACTAC	2	12	114561	114572	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	434390040
48	NC_019744	TGTAAT	2	12	116126	116137	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	434390041
49	NC_019744	ACCAAA	2	12	118562	118573	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434390044
50	NC_019744	CGACAA	2	12	119837	119848	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	434390044
51	NC_019744	TGGTAA	2	12	122891	122902	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434390047
52	NC_019744	TGGGGA	2	12	123307	123318	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	434390048
53	NC_019744	ATGACC	2	12	123838	123849	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	434390049
54	NC_019744	AAAACT	2	12	130601	130612	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	434390053
55	NC_019744	CAGGTG	2	12	133689	133700	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	434390055
56	NC_019744	CTATGC	2	12	139795	139806	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_019744	CTCCCA	2	12	141278	141289	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	434390061
58	NC_019744	TCAAAG	2	12	142599	142610	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	434390062
59	NC_019744	ATCGGT	2	12	143705	143716	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	434390062
60	NC_019744	CTGGAT	2	12	145048	145059	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	434390062
61	NC_019744	ATTTTG	2	12	146819	146830	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	434390064
62	NC_019744	CTCAAT	2	12	147136	147147	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434390064
63	NC_019744	TTACAT	2	12	148467	148478	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_019744	AAACTC	2	12	149076	149087	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	434390065
65	NC_019744	CAAAAA	2	12	149417	149428	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	434390065
66	NC_019744	AAATCC	2	12	151261	151272	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	434390068

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.