MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Cylindrospermum stagnale PCC 7417 plasmid pCYLST.02

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019744	TTTAG	2	10	689	698	20 %	60 %	20 %	0 %	434389957
2	NC_019744	AAAAT	2	10	6198	6207	80 %	20 %	0 %	0 %	434389961
3	NC_019744	ACAAT	2	10	8514	8523	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_019744	AAATT	2	10	9570	9579	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_019744	GAAAA	2	10	12686	12695	80 %	0 %	20 %	0 %	434389966
6	NC_019744	ATTTT	2	10	13528	13537	20 %	80 %	0 %	0 %	434389967
7	NC_019744	TTAGA	2	10	16162	16171	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_019744	CATTT	2	10	16417	16426	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_019744	CAACC	2	10	18471	18480	40 %	0 %	0 %	60 %	434389971
10	NC_019744	GAAAA	2	10	21164	21173	80 %	0 %	20 %	0 %	434389973
11	NC_019744	ATTAT	2	10	21611	21620	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019744	TCAAC	2	10	21704	21713	40 %	20 %	0 %	40 %	434389974
13	NC_019744	CTGAC	2	10	25649	25658	20 %	20 %	20 %	40 %	434389974
14	NC_019744	GGGAG	2	10	25664	25673	20 %	0 %	80 %	0 %	434389974
15	NC_019744	ATGTT	2	10	26610	26619	20 %	60 %	20 %	0 %	434389974
16	NC_019744	ACCTT	2	10	27832	27841	20 %	40 %	0 %	40 %	434389975
17	NC_019744	GCCGA	2	10	29149	29158	20 %	0 %	40 %	40 %	434389976
18	NC_019744	TTTGA	2	10	34908	34917	20 %	60 %	20 %	0 %	434389981
19	NC_019744	TCAAT	2	10	35013	35022	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_019744	AAATT	2	10	35306	35315	60 %	40 %	0 %	0 %	434389982
21	NC_019744	AATTA	2	10	40025	40034	60 %	40 %	0 %	0 %	434389987
22	NC_019744	GAAAG	2	10	40804	40813	60 %	0 %	40 %	0 %	434389987
23	NC_019744	AACCA	2	10	42257	42266	60 %	0 %	0 %	40 %	434389987
24	NC_019744	AATTC	2	10	42307	42316	40 %	40 %	0 %	20 %	434389987
25	NC_019744	CAAAT	2	10	42764	42773	60 %	20 %	0 %	20 %	434389987
26	NC_019744	TGGCG	2	10	45932	45941	0 %	20 %	60 %	20 %	434389987
27	NC_019744	AGTTT	2	10	46814	46823	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_019744	AAATC	2	10	47205	47214	60 %	20 %	0 %	20 %	434389988
29	NC_019744	GAAAT	2	10	51497	51506	60 %	20 %	20 %	0 %	434389992
30	NC_019744	CAGAA	2	10	51560	51569	60 %	0 %	20 %	20 %	434389992
31	NC_019744	CTTGC	2	10	51781	51790	0 %	40 %	20 %	40 %	434389992
32	NC_019744	GCACG	2	10	52414	52423	20 %	0 %	40 %	40 %	434389992
33	NC_019744	TGTAT	2	10	54343	54352	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019744	GGTAT	2	10	54487	54496	20 %	40 %	40 %	0 %	434389994
35	NC_019744	TATTT	2	10	55476	55485	20 %	80 %	0 %	0 %	434389995
36	NC_019744	TGAGA	2	10	57895	57904	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_019744	CTTTC	2	10	58522	58531	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_019744	TTAAG	2	10	59769	59778	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_019744	GAAGC	2	10	60070	60079	40 %	0 %	40 %	20 %	434389998
40	NC_019744	GAACA	2	10	61719	61728	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_019744	GTCAG	2	10	62950	62959	20 %	20 %	40 %	20 %	434389999
42	NC_019744	GTTGA	2	10	67372	67381	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_019744	CATTC	2	10	70540	70549	20 %	40 %	0 %	40 %	434390006
44	NC_019744	CGGCG	2	10	72195	72204	0 %	0 %	60 %	40 %	434390006
45	NC_019744	TTTTG	2	10	72404	72413	0 %	80 %	20 %	0 %	434390006
46	NC_019744	TTCTC	2	10	74542	74551	0 %	60 %	0 %	40 %	434390008
47	NC_019744	CATTT	2	10	74824	74833	20 %	60 %	0 %	20 %	434390008
48	NC_019744	TGGTT	2	10	75295	75304	0 %	60 %	40 %	0 %	434390008
49	NC_019744	TTTAA	2	10	76533	76542	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019744	ATCCC	2	10	78041	78050	20 %	20 %	0 %	60 %	434390010
51	NC_019744	ACTTT	2	10	79351	79360	20 %	60 %	0 %	20 %	434390010
52	NC_019744	TACTT	2	10	79397	79406	20 %	60 %	0 %	20 %	434390010
53	NC_019744	GTCAA	2	10	79411	79420	40 %	20 %	20 %	20 %	434390010
54	NC_019744	ACGGA	2	10	79554	79563	40 %	0 %	40 %	20 %	434390010
55	NC_019744	CATTT	2	10	79965	79974	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_019744	TATTT	2	10	80856	80865	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019744	CCTTG	2	10	81011	81020	0 %	40 %	20 %	40 %	434390012
58	NC_019744	CCCAA	2	10	82699	82708	40 %	0 %	0 %	60 %	434390013
59	NC_019744	ATTTG	2	10	82914	82923	20 %	60 %	20 %	0 %	434390013
60	NC_019744	TATTG	2	10	83096	83105	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019744	ATTTA	2	10	84828	84837	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019744	TAAGA	2	10	86448	86457	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_019744	ATTTC	2	10	86460	86469	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_019744	GGCTA	2	10	87067	87076	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_019744	TCTGA	2	10	87325	87334	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_019744	ACTTT	2	10	88067	88076	20 %	60 %	0 %	20 %	434390018
67	NC_019744	TAATT	2	10	89398	89407	40 %	60 %	0 %	0 %	434390019
68	NC_019744	CATTC	2	10	91786	91795	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_019744	CATGA	2	10	93904	93913	40 %	20 %	20 %	20 %	434390022
70	NC_019744	GTCAA	2	10	94385	94394	40 %	20 %	20 %	20 %	434390022
71	NC_019744	TGGGT	2	10	95319	95328	0 %	40 %	60 %	0 %	434390023
72	NC_019744	ATTTG	2	10	95808	95817	20 %	60 %	20 %	0 %	434390025
73	NC_019744	TAGTA	2	10	96459	96468	40 %	40 %	20 %	0 %	434390025
74	NC_019744	ACCGC	2	10	96623	96632	20 %	0 %	20 %	60 %	434390025
75	NC_019744	AAATC	2	10	97141	97150	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_019744	GTTGA	2	10	97197	97206	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019744	AAAAC	2	10	97274	97283	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_019744	TTGGA	2	10	101308	101317	20 %	40 %	40 %	0 %	434390029
79	NC_019744	GAGAG	2	10	102380	102389	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019744	GCGCT	2	10	102673	102682	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_019744	TTGCA	2	10	103126	103135	20 %	40 %	20 %	20 %	434390031
82	NC_019744	AAAAC	2	10	106272	106281	80 %	0 %	0 %	20 %	434390034
83	NC_019744	AATGT	2	10	106623	106632	40 %	40 %	20 %	0 %	434390034
84	NC_019744	GAGTA	2	10	107941	107950	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019744	TCCCC	2	10	108955	108964	0 %	20 %	0 %	80 %	434390035
86	NC_019744	GCCAC	2	10	108982	108991	20 %	0 %	20 %	60 %	434390035
87	NC_019744	TCTGG	2	10	109356	109365	0 %	40 %	40 %	20 %	434390036
88	NC_019744	TCATT	2	10	111608	111617	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_019744	AGGGC	2	10	113110	113119	20 %	0 %	60 %	20 %	434390039
90	NC_019744	TGCCG	2	10	113169	113178	0 %	20 %	40 %	40 %	434390039
91	NC_019744	AGCGC	2	10	113294	113303	20 %	0 %	40 %	40 %	434390039
92	NC_019744	AATCT	2	10	114723	114732	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_019744	GGATT	2	10	115758	115767	20 %	40 %	40 %	0 %	434390041
94	NC_019744	AAACC	2	10	118822	118831	60 %	0 %	0 %	40 %	434390044
95	NC_019744	ATGGC	2	10	120161	120170	20 %	20 %	40 %	20 %	434390044
96	NC_019744	CAACC	2	10	121746	121755	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
97	NC_019744	AAATT	2	10	123694	123703	60 %	40 %	0 %	0 %	434390049
98	NC_019744	CTTTT	2	10	127276	127285	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_019744	CAGGT	2	10	129603	129612	20 %	20 %	40 %	20 %	434390052
100	NC_019744	ATTTA	2	10	133132	133141	40 %	60 %	0 %	0 %	434390055
101	NC_019744	ACCCA	2	10	134535	134544	40 %	0 %	0 %	60 %	434390056
102	NC_019744	CATCT	2	10	135900	135909	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_019744	GAATG	2	10	136993	137002	40 %	20 %	40 %	0 %	434390057
104	NC_019744	ACTAT	2	10	143949	143958	40 %	40 %	0 %	20 %	434390062
105	NC_019744	GTGAA	2	10	146299	146308	40 %	20 %	40 %	0 %	434390063
106	NC_019744	TGAAT	2	10	147198	147207	40 %	40 %	20 %	0 %	434390064
107	NC_019744	CACAC	2	10	147605	147614	40 %	0 %	0 %	60 %	434390064
108	NC_019744	ATTAA	2	10	149360	149369	60 %	40 %	0 %	0 %	434390065
109	NC_019744	AAGAG	2	10	149660	149669	60 %	0 %	40 %	0 %	434390066
110	NC_019744	TACAA	2	10	153300	153309	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.