MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Cylindrospermum stagnale PCC 7417 plasmid pCYLST.02

Total Repeats: 75

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019744	TTTAG	2	10	689	698	20 %	60 %	20 %	0 %	434389957
2	NC_019744	AAAAT	2	10	6198	6207	80 %	20 %	0 %	0 %	434389961
3	NC_019744	GAAAA	2	10	12686	12695	80 %	0 %	20 %	0 %	434389966
4	NC_019744	ATTTT	2	10	13528	13537	20 %	80 %	0 %	0 %	434389967
5	NC_019744	CAACC	2	10	18471	18480	40 %	0 %	0 %	60 %	434389971
6	NC_019744	GAAAA	2	10	21164	21173	80 %	0 %	20 %	0 %	434389973
7	NC_019744	TCAAC	2	10	21704	21713	40 %	20 %	0 %	40 %	434389974
8	NC_019744	CTGAC	2	10	25649	25658	20 %	20 %	20 %	40 %	434389974
9	NC_019744	GGGAG	2	10	25664	25673	20 %	0 %	80 %	0 %	434389974
10	NC_019744	ATGTT	2	10	26610	26619	20 %	60 %	20 %	0 %	434389974
11	NC_019744	ACCTT	2	10	27832	27841	20 %	40 %	0 %	40 %	434389975
12	NC_019744	GCCGA	2	10	29149	29158	20 %	0 %	40 %	40 %	434389976
13	NC_019744	TTTGA	2	10	34908	34917	20 %	60 %	20 %	0 %	434389981
14	NC_019744	AAATT	2	10	35306	35315	60 %	40 %	0 %	0 %	434389982
15	NC_019744	AATTA	2	10	40025	40034	60 %	40 %	0 %	0 %	434389987
16	NC_019744	GAAAG	2	10	40804	40813	60 %	0 %	40 %	0 %	434389987
17	NC_019744	AACCA	2	10	42257	42266	60 %	0 %	0 %	40 %	434389987
18	NC_019744	AATTC	2	10	42307	42316	40 %	40 %	0 %	20 %	434389987
19	NC_019744	CAAAT	2	10	42764	42773	60 %	20 %	0 %	20 %	434389987
20	NC_019744	TGGCG	2	10	45932	45941	0 %	20 %	60 %	20 %	434389987
21	NC_019744	AAATC	2	10	47205	47214	60 %	20 %	0 %	20 %	434389988
22	NC_019744	GAAAT	2	10	51497	51506	60 %	20 %	20 %	0 %	434389992
23	NC_019744	CAGAA	2	10	51560	51569	60 %	0 %	20 %	20 %	434389992
24	NC_019744	CTTGC	2	10	51781	51790	0 %	40 %	20 %	40 %	434389992
25	NC_019744	GCACG	2	10	52414	52423	20 %	0 %	40 %	40 %	434389992
26	NC_019744	GGTAT	2	10	54487	54496	20 %	40 %	40 %	0 %	434389994
27	NC_019744	TATTT	2	10	55476	55485	20 %	80 %	0 %	0 %	434389995
28	NC_019744	GAAGC	2	10	60070	60079	40 %	0 %	40 %	20 %	434389998
29	NC_019744	GTCAG	2	10	62950	62959	20 %	20 %	40 %	20 %	434389999
30	NC_019744	CATTC	2	10	70540	70549	20 %	40 %	0 %	40 %	434390006
31	NC_019744	CGGCG	2	10	72195	72204	0 %	0 %	60 %	40 %	434390006
32	NC_019744	TTTTG	2	10	72404	72413	0 %	80 %	20 %	0 %	434390006
33	NC_019744	TTCTC	2	10	74542	74551	0 %	60 %	0 %	40 %	434390008
34	NC_019744	CATTT	2	10	74824	74833	20 %	60 %	0 %	20 %	434390008
35	NC_019744	TGGTT	2	10	75295	75304	0 %	60 %	40 %	0 %	434390008
36	NC_019744	ATCCC	2	10	78041	78050	20 %	20 %	0 %	60 %	434390010
37	NC_019744	ACTTT	2	10	79351	79360	20 %	60 %	0 %	20 %	434390010
38	NC_019744	TACTT	2	10	79397	79406	20 %	60 %	0 %	20 %	434390010
39	NC_019744	GTCAA	2	10	79411	79420	40 %	20 %	20 %	20 %	434390010
40	NC_019744	ACGGA	2	10	79554	79563	40 %	0 %	40 %	20 %	434390010
41	NC_019744	CCTTG	2	10	81011	81020	0 %	40 %	20 %	40 %	434390012
42	NC_019744	CCCAA	2	10	82699	82708	40 %	0 %	0 %	60 %	434390013
43	NC_019744	ATTTG	2	10	82914	82923	20 %	60 %	20 %	0 %	434390013
44	NC_019744	ACTTT	2	10	88067	88076	20 %	60 %	0 %	20 %	434390018
45	NC_019744	TAATT	2	10	89398	89407	40 %	60 %	0 %	0 %	434390019
46	NC_019744	CATGA	2	10	93904	93913	40 %	20 %	20 %	20 %	434390022
47	NC_019744	GTCAA	2	10	94385	94394	40 %	20 %	20 %	20 %	434390022
48	NC_019744	TGGGT	2	10	95319	95328	0 %	40 %	60 %	0 %	434390023
49	NC_019744	ATTTG	2	10	95808	95817	20 %	60 %	20 %	0 %	434390025
50	NC_019744	TAGTA	2	10	96459	96468	40 %	40 %	20 %	0 %	434390025
51	NC_019744	ACCGC	2	10	96623	96632	20 %	0 %	20 %	60 %	434390025
52	NC_019744	TTGGA	2	10	101308	101317	20 %	40 %	40 %	0 %	434390029
53	NC_019744	TTGCA	2	10	103126	103135	20 %	40 %	20 %	20 %	434390031
54	NC_019744	AAAAC	2	10	106272	106281	80 %	0 %	0 %	20 %	434390034
55	NC_019744	AATGT	2	10	106623	106632	40 %	40 %	20 %	0 %	434390034
56	NC_019744	TCCCC	2	10	108955	108964	0 %	20 %	0 %	80 %	434390035
57	NC_019744	GCCAC	2	10	108982	108991	20 %	0 %	20 %	60 %	434390035
58	NC_019744	TCTGG	2	10	109356	109365	0 %	40 %	40 %	20 %	434390036
59	NC_019744	AGGGC	2	10	113110	113119	20 %	0 %	60 %	20 %	434390039
60	NC_019744	TGCCG	2	10	113169	113178	0 %	20 %	40 %	40 %	434390039
61	NC_019744	AGCGC	2	10	113294	113303	20 %	0 %	40 %	40 %	434390039
62	NC_019744	GGATT	2	10	115758	115767	20 %	40 %	40 %	0 %	434390041
63	NC_019744	AAACC	2	10	118822	118831	60 %	0 %	0 %	40 %	434390044
64	NC_019744	ATGGC	2	10	120161	120170	20 %	20 %	40 %	20 %	434390044
65	NC_019744	AAATT	2	10	123694	123703	60 %	40 %	0 %	0 %	434390049
66	NC_019744	CAGGT	2	10	129603	129612	20 %	20 %	40 %	20 %	434390052
67	NC_019744	ATTTA	2	10	133132	133141	40 %	60 %	0 %	0 %	434390055
68	NC_019744	ACCCA	2	10	134535	134544	40 %	0 %	0 %	60 %	434390056
69	NC_019744	GAATG	2	10	136993	137002	40 %	20 %	40 %	0 %	434390057
70	NC_019744	ACTAT	2	10	143949	143958	40 %	40 %	0 %	20 %	434390062
71	NC_019744	GTGAA	2	10	146299	146308	40 %	20 %	40 %	0 %	434390063
72	NC_019744	TGAAT	2	10	147198	147207	40 %	40 %	20 %	0 %	434390064
73	NC_019744	CACAC	2	10	147605	147614	40 %	0 %	0 %	60 %	434390064
74	NC_019744	ATTAA	2	10	149360	149369	60 %	40 %	0 %	0 %	434390065
75	NC_019744	AAGAG	2	10	149660	149669	60 %	0 %	40 %	0 %	434390066

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.