MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Cylindrospermum stagnale PCC 7417 plasmid pCYLST.02

Total Repeats: 426

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019744	TTTC	2	8	191	198	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_019744	TTTC	2	8	234	241	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_019744	GTTC	2	8	266	273	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_019744	TCAC	2	8	834	841	25 %	25 %	0 %	50 %	434389957
5	NC_019744	CAAC	3	12	1612	1623	50 %	0 %	0 %	50 %	434389957
6	NC_019744	TCAA	2	8	1659	1666	50 %	25 %	0 %	25 %	434389957
7	NC_019744	TCAG	2	8	1952	1959	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_019744	GTTT	2	8	2426	2433	0 %	75 %	25 %	0 %	434389958
9	NC_019744	AATT	2	8	2641	2648	50 %	50 %	0 %	0 %	434389958
10	NC_019744	TCAT	2	8	3767	3774	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_019744	ATTA	2	8	3833	3840	50 %	50 %	0 %	0 %	434389959
12	NC_019744	ATGA	2	8	4049	4056	50 %	25 %	25 %	0 %	434389959
13	NC_019744	ATTT	2	8	4111	4118	25 %	75 %	0 %	0 %	434389959
14	NC_019744	AATC	2	8	4238	4245	50 %	25 %	0 %	25 %	434389959
15	NC_019744	AATT	2	8	4536	4543	50 %	50 %	0 %	0 %	434389959
16	NC_019744	TTCC	2	8	4557	4564	0 %	50 %	0 %	50 %	434389959
17	NC_019744	TGAT	2	8	5040	5047	25 %	50 %	25 %	0 %	434389959
18	NC_019744	TGTT	2	8	5196	5203	0 %	75 %	25 %	0 %	434389959
19	NC_019744	GACT	2	8	5508	5515	25 %	25 %	25 %	25 %	434389959
20	NC_019744	TAAC	2	8	5902	5909	50 %	25 %	0 %	25 %	434389961
21	NC_019744	TAAT	2	8	6070	6077	50 %	50 %	0 %	0 %	434389961
22	NC_019744	TGTA	2	8	6100	6107	25 %	50 %	25 %	0 %	434389961
23	NC_019744	TAAT	2	8	6459	6466	50 %	50 %	0 %	0 %	434389961
24	NC_019744	ATTG	2	8	6796	6803	25 %	50 %	25 %	0 %	434389961
25	NC_019744	TTGT	2	8	6901	6908	0 %	75 %	25 %	0 %	434389961
26	NC_019744	ATTT	2	8	6919	6926	25 %	75 %	0 %	0 %	434389961
27	NC_019744	TTGT	2	8	7265	7272	0 %	75 %	25 %	0 %	434389961
28	NC_019744	TTAA	2	8	7632	7639	50 %	50 %	0 %	0 %	434389961
29	NC_019744	TTAT	2	8	7869	7876	25 %	75 %	0 %	0 %	434389961
30	NC_019744	GACA	2	8	8107	8114	50 %	0 %	25 %	25 %	434389961
31	NC_019744	TTGA	2	8	8146	8153	25 %	50 %	25 %	0 %	434389961
32	NC_019744	TTTC	2	8	8251	8258	0 %	75 %	0 %	25 %	434389961
33	NC_019744	TCTA	2	8	8291	8298	25 %	50 %	0 %	25 %	434389961
34	NC_019744	CTTA	2	8	8375	8382	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_019744	ACAA	2	8	8477	8484	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_019744	TTCT	2	8	8569	8576	0 %	75 %	0 %	25 %	434389962
37	NC_019744	AAAT	2	8	8859	8866	75 %	25 %	0 %	0 %	434389962
38	NC_019744	ATTG	2	8	9006	9013	25 %	50 %	25 %	0 %	434389962
39	NC_019744	TTAA	2	8	9202	9209	50 %	50 %	0 %	0 %	434389962
40	NC_019744	TTTG	2	8	9804	9811	0 %	75 %	25 %	0 %	434389963
41	NC_019744	ACAT	2	8	9919	9926	50 %	25 %	0 %	25 %	434389963
42	NC_019744	CCAC	2	8	10096	10103	25 %	0 %	0 %	75 %	434389963
43	NC_019744	GTCT	2	8	10640	10647	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_019744	GTGA	2	8	11159	11166	25 %	25 %	50 %	0 %	434389964
45	NC_019744	GTAA	2	8	11783	11790	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_019744	TCAT	2	8	11865	11872	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_019744	CAAC	2	8	12773	12780	50 %	0 %	0 %	50 %	434389966
48	NC_019744	TAAA	2	8	12981	12988	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_019744	TTGA	2	8	13281	13288	25 %	50 %	25 %	0 %	434389967
50	NC_019744	CAAG	2	8	13299	13306	50 %	0 %	25 %	25 %	434389967
51	NC_019744	CAGT	2	8	13963	13970	25 %	25 %	25 %	25 %	434389968
52	NC_019744	GTCC	2	8	14159	14166	0 %	25 %	25 %	50 %	434389968
53	NC_019744	AGTT	2	8	14187	14194	25 %	50 %	25 %	0 %	434389968
54	NC_019744	GCTG	2	8	15363	15370	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_019744	CTGC	2	8	15455	15462	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_019744	GCGT	2	8	15509	15516	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_019744	TGGG	2	8	16080	16087	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
58	NC_019744	ATTA	2	8	16238	16245	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019744	AATC	2	8	16479	16486	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_019744	AACA	2	8	17353	17360	75 %	0 %	0 %	25 %	434389969
61	NC_019744	CTGT	2	8	17762	17769	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_019744	TCAT	2	8	18159	18166	25 %	50 %	0 %	25 %	434389970
63	NC_019744	AGGG	2	8	18596	18603	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
64	NC_019744	CCAA	2	8	19586	19593	50 %	0 %	0 %	50 %	434389972
65	NC_019744	TAGT	2	8	20430	20437	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019744	GGGT	2	8	20631	20638	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
67	NC_019744	ATTA	2	8	20977	20984	50 %	50 %	0 %	0 %	434389973
68	NC_019744	GCTG	2	8	21445	21452	0 %	25 %	50 %	25 %	434389973
69	NC_019744	CTTA	2	8	21548	21555	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_019744	ACAA	2	8	21601	21608	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_019744	CAAA	2	8	21741	21748	75 %	0 %	0 %	25 %	434389974
72	NC_019744	CCAA	2	8	21803	21810	50 %	0 %	0 %	50 %	434389974
73	NC_019744	ATGG	2	8	21839	21846	25 %	25 %	50 %	0 %	434389974
74	NC_019744	GGTT	2	8	22417	22424	0 %	50 %	50 %	0 %	434389974
75	NC_019744	AGTC	2	8	22540	22547	25 %	25 %	25 %	25 %	434389974
76	NC_019744	TCAT	2	8	23128	23135	25 %	50 %	0 %	25 %	434389974
77	NC_019744	CACC	2	8	23279	23286	25 %	0 %	0 %	75 %	434389974
78	NC_019744	TGCC	2	8	23592	23599	0 %	25 %	25 %	50 %	434389974
79	NC_019744	ATTG	2	8	23614	23621	25 %	50 %	25 %	0 %	434389974
80	NC_019744	CCTT	2	8	24173	24180	0 %	50 %	0 %	50 %	434389974
81	NC_019744	AAGC	2	8	24302	24309	50 %	0 %	25 %	25 %	434389974
82	NC_019744	TATC	2	8	24683	24690	25 %	50 %	0 %	25 %	434389974
83	NC_019744	ACCT	2	8	24954	24961	25 %	25 %	0 %	50 %	434389974
84	NC_019744	CAAA	2	8	25069	25076	75 %	0 %	0 %	25 %	434389974
85	NC_019744	CAGG	2	8	25680	25687	25 %	0 %	50 %	25 %	434389974
86	NC_019744	TTTG	2	8	25720	25727	0 %	75 %	25 %	0 %	434389974
87	NC_019744	GAGT	2	8	25926	25933	25 %	25 %	50 %	0 %	434389974
88	NC_019744	ATAG	2	8	25996	26003	50 %	25 %	25 %	0 %	434389974
89	NC_019744	AGAA	2	8	26451	26458	75 %	0 %	25 %	0 %	434389974
90	NC_019744	TAAG	2	8	26774	26781	50 %	25 %	25 %	0 %	434389974
91	NC_019744	AATC	2	8	27127	27134	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_019744	CATC	2	8	27629	27636	25 %	25 %	0 %	50 %	434389975
93	NC_019744	GAGC	2	8	27945	27952	25 %	0 %	50 %	25 %	434389975
94	NC_019744	CCGG	2	8	27977	27984	0 %	0 %	50 %	50 %	434389975
95	NC_019744	AAAG	2	8	28143	28150	75 %	0 %	25 %	0 %	434389975
96	NC_019744	GGGC	2	8	28206	28213	0 %	0 %	75 %	25 %	434389975
97	NC_019744	GACC	2	8	28826	28833	25 %	0 %	25 %	50 %	434389976
98	NC_019744	ACTG	2	8	29349	29356	25 %	25 %	25 %	25 %	434389976
99	NC_019744	TCCG	2	8	29793	29800	0 %	25 %	25 %	50 %	434389977
100	NC_019744	TCCT	2	8	29830	29837	0 %	50 %	0 %	50 %	434389977
101	NC_019744	CGCC	3	12	30274	30285	0 %	0 %	25 %	75 %	434389977
102	NC_019744	CGCT	2	8	30396	30403	0 %	25 %	25 %	50 %	434389977
103	NC_019744	TCCA	2	8	30547	30554	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_019744	TAAA	2	8	30779	30786	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019744	GCAA	2	8	30857	30864	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_019744	CAGA	2	8	30981	30988	50 %	0 %	25 %	25 %	434389978
107	NC_019744	ACTG	2	8	31009	31016	25 %	25 %	25 %	25 %	434389978
108	NC_019744	ATAA	2	8	32464	32471	75 %	25 %	0 %	0 %	434389979
109	NC_019744	ATAA	2	8	32490	32497	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_019744	GTTA	2	8	32574	32581	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_019744	TAAT	2	8	32794	32801	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_019744	TTAT	2	8	33723	33730	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_019744	TCTT	2	8	33859	33866	0 %	75 %	0 %	25 %	434389981
114	NC_019744	ACTC	2	8	33876	33883	25 %	25 %	0 %	50 %	434389981
115	NC_019744	ACCC	2	8	34761	34768	25 %	0 %	0 %	75 %	434389981
116	NC_019744	AGTA	2	8	35624	35631	50 %	25 %	25 %	0 %	434389982
117	NC_019744	AATG	2	8	35651	35658	50 %	25 %	25 %	0 %	434389982
118	NC_019744	GGGC	2	8	35912	35919	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
119	NC_019744	CAAA	2	8	36816	36823	75 %	0 %	0 %	25 %	434389983
120	NC_019744	CATC	2	8	36894	36901	25 %	25 %	0 %	50 %	434389983
121	NC_019744	ATGG	2	8	37454	37461	25 %	25 %	50 %	0 %	434389984
122	NC_019744	ACCA	2	8	37710	37717	50 %	0 %	0 %	50 %	434389984
123	NC_019744	ATTA	2	8	38650	38657	50 %	50 %	0 %	0 %	434389985
124	NC_019744	ACAG	2	8	38773	38780	50 %	0 %	25 %	25 %	434389985
125	NC_019744	TTAA	2	8	39123	39130	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019744	AAAT	2	8	39135	39142	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019744	ATAA	2	8	39350	39357	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019744	GTTA	2	8	39408	39415	25 %	50 %	25 %	0 %	434389986
129	NC_019744	ATTG	2	8	39622	39629	25 %	50 %	25 %	0 %	434389986
130	NC_019744	TGGA	2	8	40561	40568	25 %	25 %	50 %	0 %	434389987
131	NC_019744	CTTC	2	8	40836	40843	0 %	50 %	0 %	50 %	434389987
132	NC_019744	TATT	2	8	40965	40972	25 %	75 %	0 %	0 %	434389987
133	NC_019744	AATG	2	8	41228	41235	50 %	25 %	25 %	0 %	434389987
134	NC_019744	AAAT	2	8	41611	41618	75 %	25 %	0 %	0 %	434389987
135	NC_019744	GAAA	2	8	42924	42931	75 %	0 %	25 %	0 %	434389987
136	NC_019744	ATAA	2	8	43583	43590	75 %	25 %	0 %	0 %	434389987
137	NC_019744	GCTC	2	8	43791	43798	0 %	25 %	25 %	50 %	434389987
138	NC_019744	GTCT	2	8	44133	44140	0 %	50 %	25 %	25 %	434389987
139	NC_019744	GGTA	2	8	44830	44837	25 %	25 %	50 %	0 %	434389987
140	NC_019744	CCAA	2	8	45012	45019	50 %	0 %	0 %	50 %	434389987
141	NC_019744	TTGA	2	8	45524	45531	25 %	50 %	25 %	0 %	434389987
142	NC_019744	AATC	2	8	46760	46767	50 %	25 %	0 %	25 %	434389987
143	NC_019744	AAAG	2	8	47441	47448	75 %	0 %	25 %	0 %	434389988
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145	NC_019744	TGTT	2	8	48473	48480	0 %	75 %	25 %	0 %	434389989
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424	NC_019744	TTAA	2	8	153235	153242	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
425	NC_019744	TGGA	2	8	153418	153425	25 %	25 %	50 %	0 %	434390071
426	NC_019744	CATT	2	8	154029	154036	25 %	50 %	0 %	25 %	434390072

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.