MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Cylindrospermum stagnale PCC 7417 plasmid pCYLST.02

Total Repeats: 120

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019744	TTTC	2	8	191	198	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_019744	TTTC	2	8	234	241	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_019744	GTTC	2	8	266	273	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_019744	TCAG	2	8	1952	1959	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_019744	TCAT	2	8	3767	3774	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_019744	CTTA	2	8	8375	8382	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_019744	ACAA	2	8	8477	8484	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_019744	GTCT	2	8	10640	10647	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_019744	GTAA	2	8	11783	11790	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_019744	TCAT	2	8	11865	11872	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_019744	TAAA	2	8	12981	12988	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019744	GCTG	2	8	15363	15370	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_019744	CTGC	2	8	15455	15462	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_019744	GCGT	2	8	15509	15516	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_019744	TGGG	2	8	16080	16087	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
16	NC_019744	ATTA	2	8	16238	16245	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_019744	AATC	2	8	16479	16486	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_019744	CTGT	2	8	17762	17769	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_019744	AGGG	2	8	18596	18603	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
20	NC_019744	TAGT	2	8	20430	20437	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_019744	GGGT	2	8	20631	20638	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
22	NC_019744	CTTA	2	8	21548	21555	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_019744	ACAA	2	8	21601	21608	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_019744	AATC	2	8	27127	27134	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_019744	TCCA	2	8	30547	30554	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_019744	TAAA	2	8	30779	30786	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_019744	GCAA	2	8	30857	30864	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_019744	ATAA	2	8	32490	32497	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_019744	GTTA	2	8	32574	32581	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019744	TAAT	2	8	32794	32801	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_019744	TTAT	2	8	33723	33730	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_019744	GGGC	2	8	35912	35919	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
33	NC_019744	TTAA	2	8	39123	39130	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019744	AAAT	2	8	39135	39142	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_019744	ATAA	2	8	39350	39357	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019744	TGCC	2	8	48045	48052	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_019744	ATCC	2	8	49381	49388	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_019744	CATA	2	8	50013	50020	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_019744	TAAG	2	8	50095	50102	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019744	CTAC	2	8	50214	50221	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_019744	ATAA	2	8	53548	53555	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_019744	ATAA	2	8	53628	53635	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_019744	ATAA	2	8	53874	53881	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019744	ATAA	2	8	54189	54196	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_019744	TAAT	2	8	57562	57569	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_019744	CAGT	2	8	57787	57794	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_019744	GAAG	2	8	57832	57839	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_019744	CAAA	2	8	57887	57894	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_019744	CGCC	2	8	58175	58182	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
50	NC_019744	GCTG	2	8	58800	58807	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_019744	TCCA	2	8	58870	58877	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_019744	ATCA	2	8	58934	58941	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_019744	ACAA	2	8	59118	59125	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_019744	AAAC	2	8	59468	59475	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_019744	GCTT	2	8	59824	59831	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_019744	TTAC	2	8	61859	61866	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_019744	AAAC	2	8	61882	61889	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_019744	CCTT	2	8	65148	65155	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_019744	GTAG	2	8	67280	67287	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019744	TAAT	2	8	67360	67367	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019744	TTGG	2	8	69258	69265	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019744	TACT	2	8	73526	73533	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_019744	AAGT	2	8	73534	73541	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_019744	AAGA	2	8	73903	73910	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019744	GGAT	2	8	75339	75346	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019744	ATTC	2	8	76262	76269	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_019744	ACTT	2	8	76727	76734	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_019744	AGCA	2	8	76743	76750	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_019744	AATA	2	8	83027	83034	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019744	TTAT	2	8	84659	84666	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019744	TATT	2	8	84673	84680	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_019744	GTTC	2	8	84911	84918	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_019744	TTAA	2	8	85568	85575	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019744	GCGG	2	8	87141	87148	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
75	NC_019744	TTAG	2	8	87403	87410	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019744	TCAC	2	8	87436	87443	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_019744	GCTT	2	8	87527	87534	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_019744	AAAG	2	8	90642	90649	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019744	CTAC	2	8	91945	91952	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_019744	CAAA	2	8	92547	92554	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_019744	AAAT	2	8	93140	93147	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019744	GAGC	2	8	93238	93245	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_019744	AACA	2	8	93531	93538	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_019744	ATTC	2	8	93695	93702	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_019744	ATTA	2	8	95733	95740	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_019744	AATT	2	8	97043	97050	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_019744	ATTG	2	8	97103	97110	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019744	ATTC	2	8	98154	98161	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_019744	ACTT	2	8	98381	98388	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_019744	TGAT	2	8	98448	98455	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019744	AGCA	2	8	99728	99735	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_019744	TACT	2	8	102299	102306	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_019744	CTGG	2	8	105820	105827	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
94	NC_019744	AATT	2	8	107251	107258	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019744	AGGT	2	8	107499	107506	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019744	CGGT	2	8	107689	107696	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
97	NC_019744	AACA	2	8	107778	107785	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_019744	AATT	2	8	107908	107915	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_019744	GTGG	2	8	111574	111581	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019744	TGCT	2	8	111915	111922	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_019744	CAAT	2	8	112195	112202	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_019744	GCGG	2	8	112246	112253	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
103	NC_019744	ATAC	2	8	113468	113475	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_019744	TAAT	2	8	113807	113814	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019744	TATC	2	8	114752	114759	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_019744	AAAT	2	8	116657	116664	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_019744	AGTT	2	8	118381	118388	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019744	ATCT	2	8	118405	118412	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_019744	TACA	2	8	127407	127414	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_019744	TACC	2	8	127688	127695	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_019744	GCAG	2	8	129785	129792	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
112	NC_019744	TAGG	2	8	130093	130100	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_019744	AAAT	2	8	136149	136156	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_019744	AATT	2	8	136192	136199	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_019744	TAAT	2	8	147836	147843	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019744	AGTC	2	8	147981	147988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_019744	TGAT	2	8	148170	148177	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_019744	GAAC	2	8	148282	148289	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_019744	TCTT	2	8	149050	149057	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_019744	TTAA	2	8	153235	153242	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.